Transkripční faktor - Transcription factor
Slovník transkripčních faktorů | |
---|---|
| |

v molekulární biologie, a transkripční faktor (TF) (nebo sekvenčně specifický vazebný faktor DNA) je protein který řídí rychlost transkripce z genetický informace od DNA na messenger RNA vazbou na konkrétní Sekvence DNA.[1][2] Funkce TF je regulovat - zapínat a vypínat - geny, aby se ujistil, že jsou vyjádřený po celou dobu životnosti buňky a organismu ve správné buňce ve správný čas a ve správném množství. Skupiny TF fungují koordinovaně a řídí buněčné dělení, růst buněk, a buněčná smrt Během života; migrace a organizace buněk (tělesný plán ) během embryonálního vývoje; a přerušovaně v reakci na signály z vně buňky, jako je a hormon. Ve službě je až 1600 TF lidský genom.[3]
TF fungují samostatně nebo s jinými proteiny v komplexu tím, že propagují (jako aktivátor ), nebo blokování (jako represor ) nábor RNA polymeráza (enzym, který provádí transkripce genetické informace z DNA na RNA) ke konkrétním genům.[4][5][6]
Charakteristickým rysem TF je, že obsahují alespoň jeden Doména vázající DNA (DBD), který se váže na specifickou sekvenci DNA sousedící s geny, které regulují.[7][8] TF jsou seskupeny do tříd na základě jejich DBD.[9][10] Jiné bílkoviny jako např koaktivátory, remodelovače chromatinu, histon acetyltransferázy, histonové deacetylázy, kinázy, a methylázy jsou také nezbytné pro regulaci genů, ale postrádají domény vázající DNA, a proto nejsou TF.[11]
TF jsou v medicíně zajímavé, protože mutace TF mohou způsobit specifická onemocnění a léky na ně mohou být potenciálně zaměřeny.
Číslo
Transkripční faktory jsou nezbytné pro regulaci genové exprese a v důsledku toho se nacházejí ve všech živých organismech. Počet transkripčních faktorů nalezených v organismu se zvyšuje s velikostí genomu a větší genomy mají tendenci mít více transkripčních faktorů na gen.[12]
Ve složce je přibližně 2 800 proteinů lidský genom které obsahují domény vázající DNA a u 1600 z nich se předpokládá, že fungují jako transkripční faktory,[3] ačkoli jiné studie naznačují, že jde o menší počet.[13] Proto přibližně 10% genů v genomu kóduje transkripční faktory, což z této rodiny dělá jedinou největší rodinu lidských proteinů. Kromě toho jsou geny často ohraničeny několika vazebnými místy pro odlišné transkripční faktory a účinná exprese každého z těchto genů vyžaduje kooperativní působení několika různých transkripčních faktorů (viz například hepatocytární jaderné faktory ). Kombinatorické použití podmnožiny přibližně 2 000 lidských transkripčních faktorů tedy snadno odpovídá za jedinečnou regulaci každého genu v lidském genomu během rozvoj.[11]
Mechanismus
Transkripční faktory se vážou na jeden zesilovač nebo promotér oblasti DNA sousedící s geny, které regulují. V závislosti na transkripčním faktoru je transkripce sousedního genu buď regulováno nahoru nebo dolů. Transkripční faktory používají k regulaci genové exprese různé mechanismy.[14] Mezi tyto mechanismy patří:
- stabilizovat nebo blokovat vazbu RNA polymerázy na DNA
- katalyzovat acetylace nebo deacetylace histon bílkoviny. Transkripční faktor to může buď udělat přímo, nebo získat další proteiny s touto katalytickou aktivitou. Mnoho transkripčních faktorů používá k regulaci transkripce jeden nebo druhý ze dvou protichůdných mechanismů:[15]
- histon acetyltransferáza (HAT) aktivita - acetyláty histon bílkoviny, které oslabují asociaci DNA s histony, které zpřístupňují DNA transkripci, a tím regulují transkripci
- histon deacetyláza (HDAC) aktivita - deacetyláty histon proteiny, které posilují asociaci DNA s histony, díky nimž je DNA méně přístupná transkripci, a tím reguluje transkripci dolů
- rekrut koaktivátor nebo corepressor proteiny do komplexu transkripčního faktoru DNA[16]
Funkce
Transkripční faktory jsou jednou ze skupin proteinů, které čtou a interpretují genetický „plán“ v DNA. Váží se na DNA a pomáhají iniciovat program zvýšené nebo snížené genové transkripce. Proto jsou životně důležité pro mnoho důležitých buněčných procesů. Níže jsou uvedeny některé důležité funkce a biologické role transkripčních faktorů:
Regulace bazální transkripce
v eukaryoty, což je důležitá třída transkripčních faktorů nazývaných obecné transkripční faktory (GTF) jsou nezbytné pro transkripci.[17][18][19] Mnoho z těchto GTF ve skutečnosti neváže DNA, ale je spíše součástí velkého transkripční preiniciační komplex který interaguje s RNA polymeráza přímo. Nejběžnější GTF jsou TFIIA, TFIIB, TFIID (viz také Protein vázající TATA ), TFIIE, TFIIF, a TFIIH.[20] Preiniciační komplex se váže na promotér oblasti DNA před genem, který regulují.
Diferenciální zesílení transkripce
Jiné transkripční faktory odlišně regulují expresi různých genů vazbou na zesilovač oblasti DNA sousedící s regulovanými geny. Tyto transkripční faktory jsou zásadní pro zajištění toho, že geny jsou exprimovány ve správné buňce ve správný čas a ve správném množství, v závislosti na měnících se požadavcích organismu.
Rozvoj
Mnoho transkripčních faktorů v mnohobuněčné organismy podílejí se na vývoji.[21] V reakci na podněty tyto transkripční faktory zapínají a vypínají transkripci příslušných genů, což zase umožňuje změny v buňce morfologie nebo činnosti potřebné pro stanovení osudu buňky a buněčná diferenciace. The Hox rodina transkripčních faktorů je například důležitá pro správné tvorba tělesných vzorů v organizmech tak rozmanitých, jako jsou ovocné mušky k lidem.[22][23] Dalším příkladem je transkripční faktor kódovaný kódem oblast určující pohlaví Y (SRY) gen, který hraje hlavní roli při určování pohlaví u lidí.[24]
Odezva na mezibuněčné signály
Buňky mohou navzájem komunikovat uvolňováním molekul, které produkují signalizační kaskády v jiné vnímavé buňce. Pokud signál vyžaduje upregulaci nebo downregulaci genů v buňce příjemce, často budou transkripční faktory v signální kaskádě downstream.[25] Estrogen signalizace je příkladem poměrně krátké signalizační kaskády, která zahrnuje estrogenový receptor transkripční faktor: Estrogen je vylučován tkáněmi, jako je vaječníky a placenta, prochází přes buněčná membrána buňky příjemce a je vázán estrogenovým receptorem v buňce cytoplazma. Estrogenový receptor pak jde do buňky jádro a váže se na jeho DNA vazebná místa, změna transkripční regulace asociovaných genů.[26]
Reakce na životní prostředí
Transkripční faktory působí nejen za signálními kaskádami souvisejícími s biologickými stimuly, ale mohou být také za signálními kaskádami zapojenými do environmentálních stimulů. Mezi příklady patří faktor tepelného šoku (HSF), který zvyšuje regulaci genů nezbytných pro přežití při vyšších teplotách,[27] hypoxií indukovatelný faktor (HIF), který zvyšuje hladinu genů nezbytných pro přežití buněk v prostředí s nízkým obsahem kyslíku,[28] a protein vázající regulační prvek sterolu (SREBP), který pomáhá udržovat správné lipid úrovně v buňce.[29]
Řízení buněčného cyklu
Mnoho transkripčních faktorů, zejména těch, které jsou protoonkogeny nebo potlačující nádory, pomáhají regulovat buněčný cyklus a jako takové určete, jak velká bude buňka a kdy se může rozdělit na dvě dceřiné buňky.[30][31] Jedním z příkladů je Moje C onkogen, který hraje důležitou roli v růst buněk a apoptóza.[32]
Patogeneze
Transkripční faktory lze také použít ke změně genové exprese v hostitelské buňce k podpoře patogeneze. Dobře prostudovaným příkladem jsou transkripční aktivátory podobné efektorům (TAL efektory ) vylučuje Xanthomonas bakterie. Po injekčním podání do rostlin mohou tyto proteiny vstoupit do jádra rostlinné buňky, vázat sekvence promotoru rostlin a aktivovat transkripci rostlinných genů, které pomáhají při bakteriální infekci.[33] TAL efektory obsahují centrální repetiční oblast, ve které existuje jednoduchý vztah mezi identitou dvou kritických zbytků v sekvenčních repetecích a sekvenčních bází DNA v cílovém místě efektoru TAL.[34][35] Tato vlastnost pravděpodobně usnadňuje vývoj těchto proteinů, aby lépe konkurovaly obranným mechanismům hostitelské buňky.[36]
Nařízení
V biologii je běžné, že důležité procesy mají více vrstev regulace a kontroly. To platí také pro transkripční faktory: Transkripční faktory nejen řídí rychlost transkripce, aby regulovaly množství genových produktů (RNA a proteinů) dostupných pro buňku, ale samotné transkripční faktory jsou regulovány (často jinými transkripčními faktory). Níže je uveden stručný přehled některých způsobů, jak lze regulovat aktivitu transkripčních faktorů:
Syntéza
Transkripční faktory (jako všechny proteiny) se přepisují z genu na chromozomu do RNA a poté se RNA převádí na protein. Libovolný z těchto kroků lze regulovat tak, aby ovlivňoval produkci (a tedy aktivitu) transkripčního faktoru. Důsledkem toho je, že transkripční faktory se mohou samy regulovat. Například v a negativní zpětná vazba smyčka, transkripční faktor působí jako svůj vlastní represor: Pokud protein transkripčního faktoru váže DNA svého vlastního genu, reguluje produkci více sebe sama. Toto je jeden mechanismus k udržení nízké hladiny transkripčního faktoru v buňce.[37]
Jaderná lokalizace
v eukaryoty, transkripční faktory (jako většina proteinů) se přepisují do jádro ale poté jsou přeloženy do buňky cytoplazma. Mnoho proteinů, které jsou aktivní v jádře, obsahuje jaderné lokalizační signály které je nasměrují do jádra. Pro mnoho transkripčních faktorů je to však klíčový bod v jejich regulaci.[38] Důležité třídy transkripčních faktorů, například některé jaderné receptory musí nejprve svázat a ligand zatímco se nacházejí v cytoplazmě, než se mohou přemístit do jádra.[38]
Aktivace
Transkripční faktory mohou být aktivovány (nebo deaktivovány) prostřednictvím jejich doména snímající signál řadou mechanismů včetně:
- ligand vazba - nejen vazba ligandu může ovlivnit, kde je transkripční faktor umístěn v buňce, ale vazba ligandu může také ovlivnit, zda je transkripční faktor v aktivním stavu a je schopen vázat DNA nebo jiné kofaktory (viz například jaderné receptory ).
- fosforylace[39][40] - Mnoho transkripčních faktorů, jako je STAT proteiny musí být fosforylovaný než mohou vázat DNA.
- interakce s jinými transkripčními faktory (např., homo- nebo hetero-dimerizace ) nebo regulační bílkoviny
Přístupnost místa vázajícího DNA
U eukaryot je DNA organizována pomocí histony na kompaktní částice zvané nukleosomy, kde sekvence přibližně 147 párů bází DNA provádějí ~ 1,65 otáček kolem histonových proteinových oktamerů. DNA v nukleosomech je nepřístupná mnoha transkripčním faktorům. Některé transkripční faktory, tzv průkopnické faktory jsou stále schopni vázat svá vazebná místa na DNA na nukleosomální DNA. U většiny ostatních transkripčních faktorů by měl být nukleosom aktivně odvíjen molekulárními motory, jako jsou remodelovače chromatinu.[41] Alternativně může být nukleosom částečně rozbalen tepelnými fluktuacemi, což umožňuje dočasný přístup k vazebnému místu transkripčního faktoru. V mnoha případech je třeba transkripční faktor soutěžit o vazbu na své vazebné místo pro DNA s dalšími transkripčními faktory a histony nebo proteiny bez histonového chromatinu.[42] Páry transkripčních faktorů a dalších proteinů mohou hrát antagonistickou roli (aktivátor versus represor) při regulaci stejných gen.
Dostupnost dalších kofaktorů / transkripčních faktorů
Většina transkripčních faktorů nefunguje samostatně. Mnoho velkých TF rodin vytváří komplexní homotypické nebo heterotypické interakce prostřednictvím dimerizace.[43] Aby došlo k genové transkripci, musí se na regulační sekvence DNA vázat řada transkripčních faktorů. Tato kolekce transkripčních faktorů zase získává zprostředkující proteiny, jako je kofaktory které umožňují efektivní nábor preiniciační komplex a RNA polymeráza. Aby tedy jeden transkripční faktor zahájil transkripci, musí být také přítomny všechny tyto další proteiny a transkripční faktor musí být ve stavu, kdy se na ně může v případě potřeby vázat. Kofaktory jsou proteiny, které modulují účinky transkripčních faktorů. Kofaktory jsou zaměnitelné mezi specifickými promotory genů; proteinový komplex, který zabírá promotorovou DNA, a aminokyselinová sekvence kofaktoru určují jeho prostorovou konformaci. Například některé steroidní receptory si mohou vyměňovat kofaktory s NF-kB, což je přechod mezi zánětem a buněčnou diferenciací; tím mohou steroidy ovlivnit zánětlivou reakci a funkci určitých tkání.[44]
Interakce s methylovaným cytosinem
Transkripční faktory a methylované cytosiny v DNA mají hlavní roli v regulaci genové exprese. (K methylaci cytosinu v DNA dochází primárně tam, kde po cytosinu následuje guanin v sekvenci DNA 5 'až 3', což je CpG stránky.) Metylace CpG míst v promotorové oblasti genu obvykle potlačuje transkripci genu,[45] zatímco methylace CpG v těle genu zvyšuje expresi.[46] Enzymy TET hrají ústřední roli v demetylaci methylovaných cytosinů. Demetylace CpG v promotoru genu pomocí Enzym TET aktivita zvyšuje transkripci genu.[47]
The DNA vazebná místa bylo hodnoceno 519 transkripčních faktorů.[48] Z nich 169 transkripčních faktorů (33%) nemělo ve vazebných místech CpG dinukleotidy a 33 transkripčních faktorů (6%) se mohlo vázat na motiv obsahující CpG, ale nevykazovalo preferenci vazebného místa ani methylovaným nebo nemetylovaný CpG. Bylo 117 transkripčních faktorů (23%), kterým byla inhibována vazba na jejich vazebnou sekvenci, pokud obsahovala methylované CpG místo, 175 transkripčních faktorů (34%), které měly zvýšenou vazbu, pokud jejich vazebná sekvence měla methylované CpG místo, a 25 transkripce faktory (5%) byly buď inhibovány, nebo měly zvýšenou vazbu v závislosti na tom, kde ve vazebné sekvenci byl umístěn methylovaný CpG.
Enzymy TET specificky se neváží na methylcytosin, pokud nejsou přijati (viz Demetylace DNA ). Několik transkripčních faktorů důležitých při diferenciaci buněk a specifikaci linie, včetně NANOG, SALL4A, WT1, EBF1, PU.1, a E2A Bylo prokázáno, že rekrutují Enzymy TET ke specifickým genomovým lokusům (primárně zesilovačům), aby působily na methylcytosin (mC) a převáděly jej na hydroxymethylcytosin hmC (a ve většině případů je označovaly pro následnou úplnou demethylaci na cytosin).[49] Zdá se, že TET zprostředkovaná konverze mC na hmC narušuje vazbu 5mC-vazebných proteinů MECP2 a MBD (Doména vázající methyl-CpG ) proteiny, usnadňující remodelaci nukleosomů a vazbu transkripčních faktorů, čímž aktivuje transkripci těchto genů. EGR1 je důležité transkripční faktor v Paměť formace. Má zásadní roli v mozek neuron epigenetický přeprogramování. Transkripční faktor EGR1 rekrutuje TET1 protein, který iniciuje cestu Demetylace DNA.[50] EGR1 se společně s TET1 používá při programování distribuce methylačních míst na mozkové DNA během vývoje mozku a při učení se (vidět Epigenetika v učení a paměti ).
Struktura

Transkripční faktory mají modulární strukturu a obsahují následující domén:[1]
- Doména vázající DNA (DBD), který se váže na specifické sekvence DNA (zesilovač nebo promotér. Nezbytná součást pro všechny vektory. Používá se k řízení transkripce vektorového transgenu promotér sekvence) sousedící s regulovanými geny. Sekvence DNA, které vážou transkripční faktory, jsou často označovány jako prvky odezvy.
- Aktivační doména (INZERÁT), který obsahuje vazebná místa pro jiné proteiny, jako je transkripční koregulátory. Tato vazebná místa jsou často označována jako aktivační funkce (AF), Transaktivační doména (TAD) nebo Transaktivující doména TAD ale nemíchat s topologicky přidruženou doménou TAD.[51]
- Volitelné doména snímající signál (SSD) (např., doména vázající ligand), která snímá vnější signály a v reakci na ně přenáší tyto signály na zbytek transkripčního komplexu, což vede k regulaci genové exprese nahoru nebo dolů. Také domény DBD a signálu mohou detekovat samostatné proteiny, které se sdružují v transkripčním komplexu za účelem regulace genové exprese.
Doména vázající DNA

Část (doména ) transkripčního faktoru, který váže DNA, se nazývá jeho doména vázající DNA. Níže je uveden částečný seznam některých hlavních rodin domén vázajících DNA / transkripčních faktorů:
Rodina | InterPro | Pfam | SCOP |
---|---|---|---|
základní šroubovice-smyčka-šroubovice[52] | InterPro: IPR001092 | Pfam PF00010 | SCOP 47460 |
základní leucinový zip (bZIP )[53] | InterPro: IPR004827 | Pfam PF00170 | SCOP 57959 |
C-koncová doména efektoru bipartitních regulátorů odezvy | InterPro: IPR001789 | Pfam PF00072 | SCOP 46894 |
Krabice AP2 / ERF / GCC | InterPro: IPR001471 | Pfam PF00847 | SCOP 54176 |
helix-turn-helix[54] | |||
proteiny homeodomény, které jsou kódovány pomocí homeobox geny, jsou transkripční faktory. Homeodoménové proteiny hrají klíčovou roli v regulaci rozvoj.[55][56] | InterPro: IPR009057 | Pfam PF00046 | SCOP 46689 |
lambda represor -jako | InterPro: IPR010982 | SCOP 47413 | |
srf-like (faktor sérové odpovědi ) | InterPro: IPR002100 | Pfam PF00319 | SCOP 55455 |
spárovaný box[57] | |||
okřídlená spirála | InterPro: IPR013196 | Pfam PF08279 | SCOP 46785 |
zinkové prsty[58] | |||
* více domén Cys2Jeho2 zinkové prsty[59] | InterPro: IPR007087 | Pfam PF00096 | SCOP 57667 |
* Zn2/ Cys6 | SCOP 57701 | ||
* Zn2/ Cys8 jaderný receptor zinkový prst | InterPro: IPR001628 | Pfam PF00105 | SCOP 57716 |
Prvky odpovědi
Sekvence DNA, na kterou se váže transkripční faktor, se nazývá a místo vázající transkripční faktor nebo prvek odpovědi.[60]
Transkripční faktory interagují s jejich vazebnými místy pomocí kombinace elektrostatický (z toho Vodíkové vazby jsou zvláštní případ) a Van der Waalsovy síly. Vzhledem k povaze těchto chemických interakcí se většina transkripčních faktorů váže na DNA sekvenčně specifickým způsobem. Ne však všechny základny ve vazebném místě transkripčního faktoru může skutečně interagovat s transkripčním faktorem. Některé z těchto interakcí mohou být navíc slabší než jiné. Transkripční faktory se tedy neváží pouze na jednu sekvenci, ale jsou schopné vázat podmnožinu úzce souvisejících sekvencí, z nichž každý má jinou sílu interakce.
Například, i když konsensuální vazebné místo pro Protein vázající TATA (TBP) je TATAAAA, transkripční faktor TBP může také vázat podobné sekvence, jako je TATATAT nebo TATATAA.
Protože transkripční faktory mohou vázat sadu souvisejících sekvencí a tyto sekvence mají tendenci být krátké, mohou se potenciálně vyskytnout potenciální vazebná místa transkripčních faktorů, pokud je sekvence DNA dostatečně dlouhá. Je však nepravděpodobné, že transkripční faktor bude vázat všechny kompatibilní sekvence v genom z buňka. Další omezení, jako je dostupnost DNA v buňce nebo dostupnost kofaktory může také pomoci diktovat, kde se transkripční faktor skutečně váže. Vzhledem k sekvenci genomu je tedy stále obtížné předpovědět, kde se transkripční faktor skutečně bude vázat v živé buňce.
Další rozpoznávací specificita však může být získána použitím více než jedné domény vázající DNA (například tandemové DBD ve stejném transkripčním faktoru nebo dimerizací dvou transkripčních faktorů), které se vážou na dvě nebo více sousedních sekvencí DNA.
Klinický význam
Transkripční faktory mají klinický význam přinejmenším ze dvou důvodů: (1) mutace mohou být spojeny se specifickými chorobami a (2) mohou být cílem léčby.
Poruchy
Vzhledem k jejich důležitým rolím ve vývoji, mezibuněčné signalizaci a buněčnému cyklu jsou spojována některá lidská onemocnění mutace v transkripčních faktorech.[61]
Mnoho transkripčních faktorů je buď potlačující nádory nebo onkogeny, a tedy jejich mutace nebo odchylná regulace je spojena s rakovinou. Je známo, že u lidské rakoviny jsou důležité tři skupiny transkripčních faktorů: (1) NF-kappaB a AP-1 rodiny, (2) STAT rodina a (3) steroidní receptory.[62]
Níže uvádíme několik lépe prostudovaných příkladů:
Stav | Popis | Místo |
---|---|---|
Rettův syndrom | Mutace v MECP2 transkripční faktor jsou spojeny s Rettův syndrom, neurodevelopmentální porucha.[63][64] | Xq28 |
Cukrovka | Vzácná forma cukrovka volala MODY (Diabetes u mladých dospělých) může být způsoben mutacemi v hepatocytární jaderné faktory (HNF)[65] nebo faktor 1 podporující inzulín (IPF1 / Pdx1).[66] | násobek |
Vývojová verbální dyspraxie | Mutace v FOXP2 transkripční faktor jsou spojeny s vývojová verbální dyspraxie, onemocnění, při kterém jednotlivci nejsou schopni produkovat jemně koordinované pohyby potřebné pro řeč.[67] | 7q31 |
Autoimunitní onemocnění | Mutace v FOXP3 transkripční faktor způsobuje vzácnou formu autoimunitní onemocnění volala IPEX.[68] | Xp11.23-q13.3 |
Li-Fraumeniho syndrom | Způsobeno mutacemi v tumor supresoru p53.[69] | 17p13.1 |
Rakovina prsu | The STAT rodina je relevantní pro rakovina prsu.[70] | násobek |
Několik druhů rakoviny | The HOX rodina je zapojena do různých druhů rakoviny.[71] | násobek |
Osteoartróza | Mutace nebo snížená aktivita SOX9[72] |
Potenciální drogové cíle
Přibližně 10% aktuálně předepisovaných léků přímo cílí na jaderný receptor třída transkripčních faktorů.[73] Mezi příklady patří tamoxifen a bikalutamid pro léčbu prsa a rakovina prostaty, respektive, a různé typy protizánětlivý a anabolický steroidy.[74] Kromě toho jsou transkripční faktory často nepřímo modulovány léky signalizační kaskády. Je možné přímo zacílit na další méně prozkoumávané transkripční faktory, jako je NF-kB s drogami.[75][76][77][78] Předpokládá se, že je obtížnější zacílit transkripční faktory mimo rodinu nukleárních receptorů malá molekula terapeutika, protože není jasné, že jsou "lék" ale na Pax2 bylo dosaženo pokroku[79][80] a zářez cesta.[81]
Role v evoluci
Genetická duplikace hrála v EU zásadní roli vývoj druhů. To platí zejména pro transkripční faktory. Jakmile se vyskytnou jako duplikáty, mohou proběhnout nahromaděné mutace kódující jednu kopii, aniž by to negativně ovlivnilo regulaci následných cílů. Změny vazebných specificit DNA pro jednu kopii LEAFY transkripční faktor, který se vyskytuje ve většině suchozemských rostlin, byl nedávno objasněn. V tomto ohledu může transkripční faktor s jednou kopií projít změnou specificity promiskuitním meziproduktem, aniž by ztratil funkci. Podobné mechanismy byly navrženy v kontextu všech alternativ fylogenetické hypotézy a role transkripčních faktorů ve vývoji všech druhů.[82][83]
Analýza
K analýze transkripčních faktorů jsou k dispozici různé technologie. Na genomický úroveň, DNAsekvenování[84] a databázový výzkum se běžně používají[85] Proteinová verze transkripčního faktoru je detekovatelná pomocí specifické protilátky. Vzorek je detekován na a western blot. Používáním test posunu elektroforetické mobility (EMSA),[86] lze detekovat aktivační profil transkripčních faktorů. A multiplex přístupem k aktivačnímu profilování je čipový systém TF, kde lze paralelně detekovat několik různých transkripčních faktorů.
Nejběžněji používanou metodou pro identifikaci vazebných míst transkripčního faktoru je imunoprecipitace chromatinu (Čip).[87] Tato technika se spoléhá na chemickou fixaci chromatinu pomocí formaldehyd, následovaná společnou srážením DNA a požadovaného transkripčního faktoru pomocí protilátka který se konkrétně zaměřuje na tento protein. Sekvence DNA pak mohou být identifikovány pomocí microarray nebo vysoce výkonného sekvenování (ChIP-sekv ) k určení vazebných míst transkripčního faktoru. Pokud pro požadovaný protein není k dispozici žádná protilátka, DamID může být pohodlnou alternativou.[88]
Třídy
Jak je podrobněji popsáno níže, transkripční faktory lze klasifikovat podle (1) mechanismu účinku, (2) regulační funkce nebo (3) sekvenční homologie (a tedy strukturní podobnosti) v jejich doménách vázajících DNA.
Mechanický
Existují dvě mechanické třídy transkripčních faktorů:
- Obecné transkripční faktory podílejí se na tvorbě a preiniciační komplex. Nejběžnější jsou zkráceny jako TFIIA, TFIIB, TFIID, TFIIE, TFIIF, a TFIIH. Jsou všudypřítomné a interagují s oblastí hlavního promotoru obklopující počáteční místo transkripce všech geny třídy II.[89]
- Upstream transkripční faktory jsou proteiny, které se vážou někde proti směru od iniciačního místa, aby stimulovaly nebo potlačovaly transkripci. Jedná se zhruba o synonymum pro specifické transkripční faktory, protože se značně liší v závislosti na tom, co rozpoznávací sekvence jsou přítomny v blízkosti genu.[90]
Příklady specifických transkripčních faktorů[90] | |||
---|---|---|---|
Faktor | Strukturální typ | Sekvence rozpoznávání | Váže jako |
SP1 | Zinkový prst | 5' -GGGCGG-3' | Monomer |
AP-1 | Základní zip | 5'-TGA (G / C) TCA-3 ' | Dimer |
C / EBP | Základní zip | 5'-ATTGCGCAAT-3 ' | Dimer |
Faktor tepelného šoku | Základní zip | 5'-XGAAX-3 ' | Trimer |
ATF / CREB | Základní zip | 5'-TGACGTCA-3 ' | Dimer |
c-Myc | Základní šroubovice-smyčka-šroubovice | 5'-CACGTG-3 ' | Dimer |
1. října | Helix-turn-helix | 5'-ATGCAAAT-3 ' | Monomer |
NF-1 | Román | 5'-TTGGCXXXXXGCCAA-3 ' | Dimer |
(G / C) = G nebo C. X = A, T, G nebo C |
Funkční
Transkripční faktory byly klasifikovány podle jejich regulační funkce:[11]
- I. konstitutivně aktivní - přítomný ve všech buňkách po celou dobu - obecné transkripční faktory, Sp1, NF1, CCAAT
- II. podmíněně aktivní - vyžaduje aktivaci
- II.A vývojový (specifické pro buňku) - exprese je přísně kontrolována, ale jakmile je exprimována, nevyžaduje žádnou další aktivaci - GATA, HNF, PIT-1, MyoD, Myf5, Hox, Okřídlená šroubovice
- II.B závislé na signálu - vyžaduje pro aktivaci externí signál
- II.B.1 extracelulární ligand (endokrinní nebo parakrin ) -závislé – jaderné receptory
- II.B.2 intracelulární ligand (autokrinní ) -závislé - aktivováno malými intracelulárními molekulami - SREBP, p53, osiřelé jaderné receptory
- II.B.3 v závislosti na receptoru buněčné membrány - signalizační kaskády druhého posla vedoucí k fosforylaci transkripčního faktoru
Strukturální
Transkripční faktory jsou často klasifikovány na základě sekvenční podobnost a tudíž terciární struktura jejich domén vázajících DNA:[91][10][92][9]
- 1 Nadtřída: Základní domény
- 1.1 Třída: Leucinový zip faktory (bZIP )
- 1.2 Třída: Faktory šroubovice-smyčka-šroubovice (bHLH )
- 1.2.1 Rodina: Všudypřítomné faktory (třída A)
- 1.2.2 Rodina: Myogenní transkripční faktory (MyoD )
- 1.2.3 Rodina: Achaete-Scute
- 1.2.4 Rodina: Tal / Twist / Atonal / Hen
- 1.3 Třída: faktory zipu Helix-loop-helix / leucin (bHLH-ZIP )
- 1.4 Třída: NF-1
- 1.5 Třída: RF-X
- 1.6 Třída: bHSH
- 2 Nadtřída: domény vázající DNA vázající se na zinek
- 2.1 Třída: Cys4 zinkový prst z jaderný receptor typ
- 2.1.1 Rodina: Receptory steroidních hormonů
- 2.1.2 Rodina: Receptor hormonu štítné žlázy - podobné faktory
- 2.2 Třída: různé zinkové prsty Cys4
- 2.2.1 Rodina: Faktory GATA
- 2.3 Třída: doména zinkových prstů Cys2His2
- 2.4 Třída: Cys6 cystein-zinek
- 2.5 Třída: Zinkové prsty střídavého složení
- 2.1 Třída: Cys4 zinkový prst z jaderný receptor typ
- 3 nadtřída: Helix-turn-helix
- 3.1 Třída: Homeo doména
- 3.1.1 Rodina: Pouze doména Homeo; zahrnuje Ubx
- 3.1.2 Rodina: Doména POU faktory; zahrnuje Října
- 3.1.3 Rodina: doména Homeo s regionem LIM
- 3.1.4 Rodina: homeo doména plus motivy zinkových prstů
- 3.2 Třída: Spárovaná krabice
- 3.2.1 Rodina: Spárovaná doména plus homeo
- 3.2.2 Rodina: Pouze spárovaná doména
- 3.3 Třída: Hlava vidlice / okřídlená spirála
- 3.3.1 Rodina: vývojové regulátory; zahrnuje vidlice
- 3.3.2 Rodina: Regulátory specifické pro tkáně
- 3.3.3 Rodina: Faktory ovlivňující buněčný cyklus
- 3.3.0 Rodina: Ostatní regulační orgány
- 3.4 Třída: Faktory tepelných šoků
- 3.4.1 Rodina: HSF
- 3.5 Třída: Tryptofanové klastry
- 3.5.1 Rodina: Myb
- 3.5.2 Rodina: typ ETS
- 3.5.3 Rodina: Interferonové regulační faktory
- 3.6 Třída: doména TEA (transkripční enhancerový faktor)
- 3.1 Třída: Homeo doména
- 4 Nadtřída: Faktory lešení beta s kontakty Minor Groove
- 4.1 Třída: RHR (Rel homologická oblast )
- 4.2 Třída: STAT
- 4.2.1 Rodina: STAT
- 4.3 Třída: p53
- 4.3.1 Rodina: p53
- 4.4 Třída: MADS box
- 4.4.1 Rodina: Regulační orgány diferenciace; zahrnuje (Mef2 )
- 4.4.2 Rodina: Odpovědi na externí signály, SRF (faktor sérové odpovědi ) (SRF )
- 4.4.3 Rodina: Metabolické regulátory (ARG80)
- 4.5 Třída: transkripční faktory beta-hlavně alfa-šroubovice
- 4.6 Třída: Proteiny vázající TATA
- 4.6.1 Rodina: TBP
- 4.7 Třída: HMG-box
- 4.8 Třída: Heteromerní faktory CCAAT
- 4.8.1 Rodina: Heteromerní faktory CCAAT
- 4.9 Třída: Grainyhead
- 4.9.1 Rodina: Grainyhead
- 4.10 Třída: Doména chladného šoku faktory
- 4.10.1 Rodina: CSD
- 4.11 Třída: Runt
- 4.11.1 Rodina: Runt
- 0 Nadtřída: Další transkripční faktory
Viz také
- Rodina proteinů Cdx
- Protein vázající DNA
- Inhibitor proteinu vázajícího DNA
- Jaderný receptor, třída transkripčních faktorů aktivovaných ligandem
- Fylogenetická stopa
- Databáze TRANSFAC
Reference
- ^ A b Latchman DS (prosinec 1997). „Faktory přepisu: přehled“. International Journal of Biochemistry & Cell Biology. 29 (12): 1305–12. doi:10.1016 / S1357-2725 (97) 00085-X. PMC 2002184. PMID 9570129.
- ^ Karin M (únor 1990). "Příliš mnoho transkripčních faktorů: pozitivní a negativní interakce". Nový biolog. 2 (2): 126–31. PMID 2128034.
- ^ A b Babu MM, Luscombe NM, Aravind L, Gerstein M, Teichmann SA (červen 2004). „Struktura a vývoj transkripčních regulačních sítí“ (PDF). Aktuální názor na strukturní biologii. 14 (3): 283–91. doi:10.1016 / j.sbi.2004.05.004. PMID 15193307.
- ^ Roeder RG (září 1996). "Úloha obecných iniciačních faktorů při transkripci RNA polymerázou II". Trendy v biochemických vědách. 21 (9): 327–35. doi:10.1016 / S0968-0004 (96) 10050-5. PMID 8870495.
- ^ Nikolov DB, Burley SK (leden 1997). „Zahájení transkripce RNA polymerázy II: strukturální pohled“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 94 (1): 15–22. Bibcode:1997PNAS ... 94 ... 15N. doi:10.1073 / pnas.94.1.15. PMC 33652. PMID 8990153.
- ^ Lee TI, Young RA (2000). "Transkripce genů kódujících eukaryotický protein". Výroční přehled genetiky. 34: 77–137. doi:10.1146 / annurev.genet.34.1.77. PMID 11092823.
- ^ Mitchell PJ, Tjian R (červenec 1989). "Regulace transkripce v savčích buňkách sekvenčně specifickými proteiny vázajícími DNA". Věda. 245 (4916): 371–8. Bibcode:1989Sci ... 245..371M. doi:10.1126 / science.2667136. PMID 2667136.
- ^ Ptashne M, Gann A (duben 1997). Msgstr "Aktivace transkripce náborem". Příroda. 386 (6625): 569–77. Bibcode:1997 Natur.386..569P. doi:10.1038 / 386569a0. PMID 9121580. S2CID 6203915.
- ^ A b Jin J, Zhang H, Kong L, Gao G, Luo J (leden 2014). „PlantTFDB 3.0: portál pro funkční a evoluční studium transkripčních faktorů rostlin“. Výzkum nukleových kyselin. 42 (Problém s databází): D1182-7. doi:10.1093 / nar / gkt1016. PMC 3965000. PMID 24174544.
- ^ A b Matys V, Kel-Margoulis OV, Fricke E, Liebich I, Land S, Barre-Dirrie A, Reuter I, Chekmenev D, Krull M, Hornischer K, Voss N, Stegmaier P, Lewicki-Potapov B, Saxel H, Kel AE , Wingender E (leden 2006). „TRANSFAC a jeho modul TRANSCompel: regulace transkripčních genů u eukaryot“. Výzkum nukleových kyselin. 34 (Problém s databází): D108-10. doi:10.1093 / nar / gkj143. PMC 1347505. PMID 16381825.
- ^ A b C Brivanlou AH, Darnell JE (únor 2002). "Transdukce signálu a řízení genové exprese". Věda. 295 (5556): 813–8. Bibcode:2002Sci ... 295..813B. doi:10.1126 / science.1066355. PMID 11823631. S2CID 14954195.
- ^ van Nimwegen E (září 2003). "Škálování zákonů ve funkčním obsahu genomů". Trendy v genetice. 19 (9): 479–84. arXiv:fyzika / 0307001. doi:10.1016 / S0168-9525 (03) 00203-8. PMID 12957540. S2CID 15887416.
- ^ Seznam všech transkripčních faktorů u člověka
- ^ Gill G (2001). "Regulace zahájení eukaryotické transkripce". Eseje v biochemii. 37: 33–43. doi:10.1042 / bse0370033. PMID 11758455.
- ^ Narlikar GJ, Fan HY, Kingston RE (únor 2002). "Spolupráce mezi komplexy, které regulují strukturu a transkripci chromatinu". Buňka. 108 (4): 475–87. doi:10.1016 / S0092-8674 (02) 00654-2. PMID 11909519. S2CID 14586791.
- ^ Xu L, Glass CK, Rosenfeld MG (duben 1999). "Komplexy koaktivátorů a korpresorů ve funkci jaderných receptorů". Aktuální názor na genetiku a vývoj. 9 (2): 140–7. doi:10.1016 / S0959-437X (99) 80021-5. PMID 10322133.
- ^ Robert O. J. Weinzierl (1999). Mechanismy genové exprese: struktura, funkce a vývoj bazálního transkripčního aparátu. Světová vědecká nakladatelská společnost. ISBN 1-86094-126-5.
- ^ Reese JC (duben 2003). "Bazální transkripční faktory". Aktuální názor na genetiku a vývoj. 13 (2): 114–8. doi:10.1016 / S0959-437X (03) 00013-3. PMID 12672487.
- ^ Shilatifard A, Conaway RC, Conaway JW (2003). "Prodlužovací komplex RNA polymerázy II". Roční přehled biochemie. 72: 693–715. doi:10,1146 / annurev.biochem.72.121801.161551. PMID 12676794.
- ^ Thomas MC, Chiang CM (2006). "Obecný transkripční stroj a obecné kofaktory". Kritické recenze v biochemii a molekulární biologii. 41 (3): 105–78. doi:10.1080/10409230600648736. PMID 16858867. S2CID 13073440.
- ^ Lobe CG (1992). Transkripční faktory a vývoj savců. Aktuální témata ve vývojové biologii. 27. str. 351–83. doi:10.1016 / S0070-2153 (08) 60539-6. ISBN 978-0-12-153127-0. PMID 1424766.
- ^ Lemons D, McGinnis W (září 2006). "Genomická evoluce klastrů genů Hox". Věda. 313 (5795): 1918–22. Bibcode:2006Sci ... 313.1918L. doi:10.1126 / science.1132040. PMID 17008523. S2CID 35650754.
- ^ Moens CB, Selleri L (březen 2006). "Hox kofaktory při vývoji obratlovců". Vývojová biologie. 291 (2): 193–206. doi:10.1016 / j.ydbio.2005.10.032. PMID 16515781.
- ^ Ottolenghi C, Uda M, Crisponi L, Omari S, Cao A, Forabosco A, Schlessinger D (leden 2007). "Stanovení a stabilita pohlaví". BioEssays. 29 (1): 15–25. doi:10.1002 / bies.20515. PMID 17187356. S2CID 23824870.
- ^ Pawson T (1993). "Signální transdukce - konzervovaná cesta z membrány do jádra". Vývojová genetika. 14 (5): 333–8. doi:10.1002 / dvg.1020140502. PMID 8293575.
- ^ Osborne CK, Schiff R, Fuqua SA, Shou J (prosinec 2001). "Estrogenový receptor: současné chápání jeho aktivace a modulace". Klinický výzkum rakoviny. 7 (12 Suppl): 4338s - 4342s, diskuze 4411s - 4412s. PMID 11916222.
- ^ Shamovsky I, Nudler E (březen 2008). "Nové poznatky o mechanismu aktivace reakce na tepelný šok". Buněčné a molekulární biologické vědy. 65 (6): 855–61. doi:10.1007 / s00018-008-7458-r. PMID 18239856. S2CID 9912334.
- ^ Benizri E, Ginouvès A, Berra E (duben 2008). „Kouzlo kaskády signalizující hypoxii“. Buněčné a molekulární biologické vědy. 65 (7–8): 1133–49. doi:10.1007 / s00018-008-7472-0. PMID 18202826. S2CID 44049779.
- ^ Weber LW, Boll M, Stampfl A (listopad 2004). „Udržování homeostázy cholesterolu: proteiny vázající regulační prvek sterolu“. World Journal of Gastroenterology. 10 (21): 3081–7. doi:10,3748 / wjg.v10.i21.3081. PMC 4611246. PMID 15457548.
- ^ Wheaton K, Atadja P, Riabowol K (1996). "Regulace aktivity transkripčního faktoru během buněčného stárnutí". Biochemie a buněčná biologie. 74 (4): 523–34. doi:10.1139 / o96-056. PMID 8960358.
- ^ Meyyappan M, Atadja PW, Riabowol KT (1996). "Regulace genové exprese a aktivity vazby transkripčního faktoru během buněčného stárnutí". Biologické signály. 5 (3): 130–8. doi:10.1159/000109183. PMID 8864058.
- ^ Evan G, Harrington E, Fanidi A, Land H, Amati B, Bennett M (srpen 1994). "Integrated control of cell proliferation and cell death by the c-myc oncogene". Filozofické transakce Královské společnosti v Londýně. Série B, Biologické vědy. 345 (1313): 269–75. Bibcode:1994RSPTB.345..269E. doi:10.1098/rstb.1994.0105. PMID 7846125.
- ^ Boch J, Bonas U (2010). "Xanthomonas AvrBs3 family-type III effectors: discovery and function". Roční přehled fytopatologie. 48: 419–36. doi:10.1146/annurev-phyto-080508-081936. PMID 19400638.
- ^ Moscou MJ, Bogdanove AJ (December 2009). "A simple cipher governs DNA recognition by TAL effectors". Věda. 326 (5959): 1501. Bibcode:2009Sci...326.1501M. doi:10.1126/science.1178817. PMID 19933106. S2CID 6648530.
- ^ Boch J, Scholze H, Schornack S, Landgraf A, Hahn S, Kay S, Lahaye T, Nickstadt A, Bonas U (December 2009). "Breaking the code of DNA binding specificity of TAL-type III effectors". Věda. 326 (5959): 1509–12. Bibcode:2009Sci...326.1509B. doi:10.1126/science.1178811. PMID 19933107. S2CID 206522347.
- ^ Voytas DF, Joung JK (December 2009). "Plant science. DNA binding made easy". Věda. 326 (5959): 1491–2. Bibcode:2009Sci...326.1491V. doi:10.1126/science.1183604. PMID 20007890. S2CID 33257689.
- ^ Pan G, Li J, Zhou Y, Zheng H, Pei D (August 2006). "A negative feedback loop of transcription factors that controls stem cell pluripotency and self-renewal". FASEB Journal. 20 (10): 1730–2. doi:10.1096/fj.05-5543fje. PMID 16790525.
- ^ A b Whiteside ST, Goodbourn S (April 1993). "Signal transduction and nuclear targeting: regulation of transcription factor activity by subcellular localisation". Journal of Cell Science. 104 (4): 949–55. PMID 8314906.
- ^ Bohmann D (November 1990). "Transcription factor phosphorylation: a link between signal transduction and the regulation of gene expression". Cancer Cells. 2 (11): 337–44. PMID 2149275.
- ^ Weigel NL, Moore NL (October 2007). "Steroid receptor phosphorylation: a key modulator of multiple receptor functions". Molekulární endokrinologie. 21 (10): 2311–9. doi:10.1210/me.2007-0101. PMID 17536004.
- ^ Teif VB, Rippe K (září 2009). „Predikce pozic nukleosomů na DNA: kombinace preferencí vnitřní sekvence a aktivit remodelace“. Výzkum nukleových kyselin. 37 (17): 5641–55. doi:10.1093 / nar / gkp610. PMC 2761276. PMID 19625488.
- ^ Teif VB, Rippe K (October 2010). "Statistical-mechanical lattice models for protein-DNA binding in chromatin". Journal of Physics: Condensed Matter. 22 (41): 414105. arXiv:1004.5514. Bibcode:2010JPCM...22O4105T. doi:10.1088/0953-8984/22/41/414105. PMID 21386588. S2CID 103345.
- ^ Amoutzias GD, Robertson DL, Van de Peer Y, Oliver SG (May 2008). "Choose your partners: dimerization in eukaryotic transcription factors". Trendy v biochemických vědách. 33 (5): 220–9. doi:10.1016/j.tibs.2008.02.002. PMID 18406148.
- ^ Copland JA, Sheffield-Moore M, Koldzic-Zivanovic N, Gentry S, Lamprou G, Tzortzatou-Stathopoulou F, Zoumpourlis V, Urban RJ, Vlahopoulos SA (červen 2009). „Pohlavní steroidní receptory při diferenciaci skeletu a epiteliální neoplazii: je možný tkáňově specifický zásah?“. BioEssays. 31 (6): 629–41. doi:10.1002 / bies.200800138. PMID 19382224. S2CID 205469320.
- ^ Weber M, Hellmann I, Stadler MB, Ramos L, Pääbo S, Rebhan M, Schübeler D (April 2007). "Distribution, silencing potential and evolutionary impact of promoter DNA methylation in the human genome". Nat. Genet. 39 (4): 457–66. doi:10.1038/ng1990. PMID 17334365. S2CID 22446734.
- ^ Yang X, Han H, De Carvalho DD, Lay FD, Jones PA, Liang G (October 2014). "Gene body methylation can alter gene expression and is a therapeutic target in cancer". Rakovinová buňka. 26 (4): 577–90. doi:10.1016/j.ccr.2014.07.028. PMC 4224113. PMID 25263941.
- ^ Maeder ML, Angstman JF, Richardson ME, Linder SJ, Cascio VM, Tsai SQ, Ho QH, Sander JD, Reyon D, Bernstein BE, Costello JF, Wilkinson MF, Joung JK (December 2013). "Targeted DNA demethylation and activation of endogenous genes using programmable TALE-TET1 fusion proteins". Nat. Biotechnol. 31 (12): 1137–42. doi:10.1038/nbt.2726. PMC 3858462. PMID 24108092.
- ^ Yin Y, Morgunova E, Jolma A, Kaasinen E, Sahu B, Khund-Sayeed S, Das PK, Kivioja T, Dave K, Zhong F, Nitta KR, Taipale M, Popov A, Ginno PA, Domcke S, Yan J, Schübeler D, Vinson C, Taipale J (May 2017). "Impact of cytosine methylation on DNA binding specificities of human transcription factors". Věda. 356 (6337): eaaj2239. doi:10.1126/science.aaj2239. PMID 28473536. S2CID 206653898.
- ^ Lio CJ, Rao A (2019). "TET Enzymes and 5hmC in Adaptive and Innate Immune Systems". Front Immunol. 10: 210. doi:10.3389/fimmu.2019.00210. PMC 6379312. PMID 30809228.
- ^ Sun Z, Xu X, He J, Murray A, Sun MA, Wei X, Wang X, McCoig E, Xie E, Jiang X, Li L, Zhu J, Chen J, Morozov A, Pickrell AM, Theus MH, Xie H. EGR1 recruits TET1 to shape the brain methylome during development and upon neuronal activity. Nat Commun. 2019 Aug 29;10(1):3892. doi: 10.1038/s41467-019-11905-3. PMID: 31467272
- ^ Wärnmark A, Treuter E, Wright AP, Gustafsson JA (October 2003). "Activation functions 1 and 2 of nuclear receptors: molecular strategies for transcriptional activation". Molekulární endokrinologie. 17 (10): 1901–9. doi:10.1210/me.2002-0384. PMID 12893880.
- ^ Littlewood TD, Evan GI (1995). "Transcription factors 2: helix-loop-helix". Protein Profile. 2 (6): 621–702. PMID 7553065.
- ^ Vinson C, Myakishev M, Acharya A, Mir AA, Moll JR, Bonovich M (September 2002). "Classification of human B-ZIP proteins based on dimerization properties". Molekulární a buněčná biologie. 22 (18): 6321–35. doi:10.1128/MCB.22.18.6321-6335.2002. PMC 135624. PMID 12192032.
- ^ Wintjens R, Rooman M (September 1996). "Structural classification of HTH DNA-binding domains and protein-DNA interaction modes". Journal of Molecular Biology. 262 (2): 294–313. doi:10.1006/jmbi.1996.0514. PMID 8831795.
- ^ Gehring WJ, Affolter M, Bürglin T (1994). "Homeodomain proteins". Roční přehled biochemie. 63: 487–526. doi:10.1146/annurev.bi.63.070194.002415. PMID 7979246.
- ^ Bürglin TR, Affolter M (June 2016). "Homeodomain proteins: an update". Chromozom. 125 (3): 497–521. doi:10.1007/s00412-015-0543-8. PMC 4901127. PMID 26464018.
- ^ Dahl E, Koseki H, Balling R (September 1997). "Pax genes and organogenesis". BioEssays. 19 (9): 755–65. doi:10.1002/bies.950190905. PMID 9297966. S2CID 23755557.
- ^ Laity JH, Lee BM, Wright PE (February 2001). "Zinc finger proteins: new insights into structural and functional diversity". Aktuální názor na strukturní biologii. 11 (1): 39–46. doi:10.1016/S0959-440X(00)00167-6. PMID 11179890.
- ^ Wolfe SA, Nekludova L, Pabo CO (2000). "DNA recognition by Cys2His2 zinc finger proteins". Roční přehled biofyziky a biomolekulární struktury. 29: 183–212. doi:10.1146/annurev.biophys.29.1.183. PMID 10940247.
- ^ Wang JC (March 2005). "Finding primary targets of transcriptional regulators". Buněčný cyklus. 4 (3): 356–8. doi:10.4161/cc.4.3.1521. PMID 15711128.
- ^ Semenza, Gregg L. (1999). Transcription factors and human disease. Oxford [Oxfordshire]: Oxford University Press. ISBN 978-0-19-511239-9.
- ^ Libermann TA, Zerbini LF (February 2006). "Targeting transcription factors for cancer gene therapy". Současná genová terapie. 6 (1): 17–33. doi:10.2174/156652306775515501. PMID 16475943.
- ^ Moretti P, Zoghbi HY (June 2006). "MeCP2 dysfunction in Rett syndrome and related disorders". Aktuální názor na genetiku a vývoj. 16 (3): 276–81. doi:10.1016/j.gde.2006.04.009. PMID 16647848.
- ^ Chadwick LH, Wade PA (April 2007). "MeCP2 in Rett syndrome: transcriptional repressor or chromatin architectural protein?". Aktuální názor na genetiku a vývoj. 17 (2): 121–5. doi:10.1016/j.gde.2007.02.003. PMID 17317146.
- ^ Maestro MA, Cardalda C, Boj SF, Luco RF, Servitja JM, Ferrer J (2007). "Distinct Roles of HNF1 Β , HNF1 α , and HNF4 α in Regulating Pancreas Development, Β -Cell Function and Growth". Distinct roles of HNF1beta, HNF1alpha, and HNF4alpha in regulating pancreas development, beta-cell function and growth. Endocrine Development. 12. pp. 33–45. doi:10.1159/000109603. ISBN 978-3-8055-8385-5. PMID 17923767.
- ^ Al-Quobaili F, Montenarh M (April 2008). "Pancreatic duodenal homeobox factor-1 and diabetes mellitus type 2 (review)". International Journal of Molecular Medicine. 21 (4): 399–404. doi:10.3892/ijmm.21.4.399. PMID 18360684.
- ^ Lennon PA, Cooper ML, Peiffer DA, Gunderson KL, Patel A, Peters S, Cheung SW, Bacino CA (April 2007). "Deletion of 7q31.1 supports involvement of FOXP2 in language impairment: clinical report and review". American Journal of Medical Genetics. Část A. 143A (8): 791–8. doi:10.1002/ajmg.a.31632. PMID 17330859. S2CID 22021740.
- ^ van der Vliet HJ, Nieuwenhuis EE (2007). "IPEX as a result of mutations in FOXP3". Clinical & Developmental Immunology. 2007: 1–5. doi:10.1155/2007/89017. PMC 2248278. PMID 18317533.
- ^ Iwakuma T, Lozano G, Flores ER (July 2005). "Li-Fraumeni syndrome: a p53 family affair". Buněčný cyklus. 4 (7): 865–7. doi:10.4161/cc.4.7.1800. PMID 15917654.
- ^ "Roles and Regulation of Stat Family Transcription Factors in Human Breast Cancer" 2004
- ^ "Transcription factors as targets and markers in cancer" Workshop 2007
- ^ Govindaraj, Kannan; Hendriks, Jan; Lidke, Diane S.; Karperien, Marcel; Post, Janine N. (1 January 2019). "Changes in Fluorescence Recovery After Photobleaching (FRAP) as an indicator of SOX9 transcription factor activity". Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Gene Regulatory Mechanisms. 1862 (1): 107–117. doi:10.1016/j.bbagrm.2018.11.001. ISSN 1874-9399. PMID 30465885.
- ^ Overington JP, Al-Lazikani B, Hopkins AL (December 2006). "How many drug targets are there?". Recenze přírody. Objev drog. 5 (12): 993–6. doi:10.1038/nrd2199. PMID 17139284. S2CID 11979420.
- ^ Gronemeyer H, Gustafsson JA, Laudet V (November 2004). "Principles for modulation of the nuclear receptor superfamily". Recenze přírody. Objev drog. 3 (11): 950–64. doi:10.1038/nrd1551. PMID 15520817. S2CID 205475111.
- ^ Bustin SA, McKay IA (June 1994). "Transcription factors: targets for new designer drugs". British Journal of Biomedical Science. 51 (2): 147–57. PMID 8049612.
- ^ Butt TR, Karathanasis SK (1995). "Transcription factors as drug targets: opportunities for therapeutic selectivity". Genový výraz. 4 (6): 319–36. PMC 6134363. PMID 7549464.
- ^ Papavassiliou AG (August 1998). "Transcription-factor-modulating agents: precision and selectivity in drug design". Molecular Medicine Today. 4 (8): 358–66. doi:10.1016/S1357-4310(98)01303-3. PMID 9755455.
- ^ Ghosh D, Papavassiliou AG (2005). "Transcription factor therapeutics: long-shot or lodestone". Současná léčivá chemie. 12 (6): 691–701. doi:10.2174/0929867053202197. PMID 15790306.
- ^ Grimley E, Liao C, Ranghini E, Nikolovska-Coleska Z, Dressler G (2017). "Inhibition of Pax2 Transcription Activation with a Small Molecule that Targets the DNA Binding Domain". ACS Chemická biologie. 12 (3): 724–734. doi:10.1021/acschembio.6b00782. PMC 5761330. PMID 28094913.
- ^ Grimley E, Dressler GR (2018). "Are Pax proteins potential therapeutic targets in kidney disease and cancer?". Ledviny International. 94 (2): 259–267. doi:10.1016/j.kint.2018.01.025. PMC 6054895. PMID 29685496.
- ^ Moellering RE, Cornejo M, Davis TN, Del Bianco C, Aster JC, Blacklow SC, Kung AL, Gilliland DG, Verdine GL, Bradner JE (November 2009). "Direct inhibition of the NOTCH transcription factor complex". Příroda. 462 (7270): 182–8. Bibcode:2009Natur.462..182M. doi:10.1038/nature08543. PMC 2951323. PMID 19907488. Shrnutí ležel – Vědec.
- ^ Sayou C, Monniaux M, Nanao MH, Moyroud E, Brockington SF, Thévenon E, Chahtane H, Warthmann N, Melkonian M, Zhang Y, Wong GK, Weigel D, Parcy F, Dumas R (February 2014). "A promiscuous intermediate underlies the evolution of LEAFY DNA binding specificity". Věda. 343 (6171): 645–8. Bibcode:2014Sci...343..645S. doi:10.1126/science.1248229. PMID 24436181. S2CID 207778924.
- ^ Jin J, He K, Tang X, Li Z, Lv L, Zhao Y, Luo J, Gao G (July 2015). „Transkripční regulační mapa Arabidopsis odhaluje charakteristické funkční a evoluční vlastnosti nových transkripčních faktorů“. Molekulární biologie a evoluce. 32 (7): 1767–73. doi:10.1093 / molbev / msv058. PMC 4476157. PMID 25750178.
- ^ EntrezGene database
- ^ Grau J, Ben-Gal I, Posch S, Grosse I (July 2006). "VOMBAT: prediction of transcription factor binding sites using variable order Bayesian trees" (PDF). Výzkum nukleových kyselin. 34 (Web Server issue): W529-33. doi:10.1093/nar/gkl212. PMC 1538886. PMID 16845064.
- ^ Wenta N, Strauss H, Meyer S, Vinkemeier U (July 2008). "Tyrosine phosphorylation regulates the partitioning of STAT1 between different dimer conformations". Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 105 (27): 9238–43. Bibcode:2008PNAS..105.9238W. doi:10.1073/pnas.0802130105. PMC 2453697. PMID 18591661.
- ^ Furey TS (December 2012). "ChIP-seq and beyond: new and improved methodologies to detect and characterize protein-DNA interactions". Recenze přírody. Genetika. 13 (12): 840–52. doi:10.1038/nrg3306. PMC 3591838. PMID 23090257.
- ^ Aughey GN, Southall TD (January 2016). "Dam it's good! DamID profiling of protein-DNA interactions". Wiley Interdisciplinary Reviews: Developmental Biology. 5 (1): 25–37. doi:10.1002/wdev.205. PMC 4737221. PMID 26383089.
- ^ Orphanides G, Lagrange T, Reinberg D (November 1996). "The general transcription factors of RNA polymerase II". Geny a vývoj. 10 (21): 2657–83. doi:10.1101/gad.10.21.2657. PMID 8946909.
- ^ A b Boron WF (2003). Medical Physiology: A Cellular And Molecular Approaoch. Elsevier / Saunders. str. 125–126. ISBN 1-4160-2328-3.
- ^ Stegmaier P, Kel AE, Wingender E (2004). "Systematic DNA-binding domain classification of transcription factors". Genome Informatics. International Conference on Genome Informatics. 15 (2): 276–86. PMID 15706513. Archivovány od originál dne 19. června 2013.
- ^ "TRANSFAC database". Citováno 5. srpna 2007.
Další čtení
- Carretero-Paulet, Lorenzo; Galstyan, Anahit; Roig-Villanova, Irma; Martínez-García, Jaime F.; Bilbao-Castro, Jose R. «Genome-Wide Classification and Evolutionary Analysis of the bHLH Family of Transcription Factors in Arabidopsis, Poplar, Rice, Moss, and Algae».Fyziologie rostlin, 153, 3, 2010-07, pàg. 1398–1412. DOI: 10.1104/pp.110.153593. ISSN: 0032-0889
- Jin J, He K, Tang X, Li Z, Lv L, Zhao Y, Luo J, Gao G (2015). „Transkripční regulační mapa Arabidopsis odhaluje charakteristické funkční a evoluční vlastnosti nových transkripčních faktorů“. Molekulární biologie a evoluce. 32 (7): 1767–73. doi:10.1093 / molbev / msv058. PMC 4476157. PMID 25750178.
- Lambert S, Jolma A, Campitelli L, Pratyush Z, Das K, Yin Y, Albu M, Chen X, Taipae J, Hughes T, Weirauch M (2018). "The Human Transcription Factors". Buňka. 172 (4): 650–665. doi:10.1016/j.cell.2018.01.029. PMID 29425488.
externí odkazy
- Transcription+Factors v americké národní lékařské knihovně Lékařské předměty (Pletivo)
- Transcription factor database
- Plant Transcription Factor Database and Transcriptional Regulation Data and Analysis Platform