KLF3 - KLF3 - Wikipedia

KLF3
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	1P7A, 1U85, 1U86
Identifikátory
Aliasy	KLF3, BKLF, faktor 3 podobný Kruppelovi (základní), faktor 3 jako Kruppel
Externí ID	OMIM: 609392 MGI: 1342773 HomoloGene: 7396 Genové karty: KLF3
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 4 (lidský)
Konec	38,701,517 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 5 (myš)
Konec	64,832,901 bp
Exprese RNA vzor
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• GO: 0001131, GO: 0001151, GO: 0001130, GO: 0001204 Aktivita transkripčního faktoru vázajícího DNA; • Vazba DNA; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • vazba kovových iontů; • vazba nukleové kyseliny; • Vazba DNA specifické pro regulační oblast RNA polymerázy II; • GO: 0001200, GO: 0001133, GO: 0001201 Aktivita transkripčního faktoru vázajícího DNA, specifická pro RNA polymerázu II;
Buněčná složka	• buněčné jádro; • nukleoplazma;
Biologický proces	• vývoj mnohobuněčných organismů; • buněčná odpověď na peptid; • regulace transkripce, DNA-šablony; • transkripce, chráněná DNA; • negativní regulace transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • regulace transkripce z promotoru RNA polymerázy II;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	51274
	16599
	ENSG00000109787
	ENSMUSG00000029178
	P57682
	Q60980
	NM_016531
	NM_008453
	NP_057615
	NP_032479
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Krüppelův faktor 3 je protein že u lidí je kódován KLF3 gen.

Struktura

KLF3, původně označovaný jako Basic Krüppel-like Factor (BKLF), byl třetím členem Krüppelův faktor rodina zinkový prst transkripční faktory být objeven.^[5] Transkripční faktory v této rodině váží DNA na základě 3 charakteristických tří C₂H₂ zinkové prsty na jejich C-konce. Vzhledem k tomu, že jejich domény vázající DNA jsou v rodině vysoce konzervované, všechny proteiny KLF rozpoznávají CACCC nebo CGCCC boxy obecné formy NCR CRC CCN (kde N je jakákoli báze a R je purin ).

Funkce

Zatímco C-konce jsou podobné v různých KLF, N-konce se liší a podle toho mohou různé KLF aktivovat nebo potlačovat transkripci nebo obojí. Zdá se, že KLF3 funguje převážně jako a represor transkripce. Vypíná geny. Dělá to rekrutováním korepresorů vázajících proteiny na C-konci CTBP1 a CTBP2.^[6]^[7] CtBP se zakotví na krátký motiv (zbytky 61-65) na N-konci KLF3, obecné formy Prolin - Isoleucin - Aspartát - Leucin - Serin (motiv PIDLS).^[6]^[7] CtBP zase rekrutuje histon modifikace enzymů ke změně chromatin a potlačit genovou expresi.

KLF3 je vysoce exprimován v červených krvinkách nebo erytroidní linii. Zde je poháněn jiným KLF, Erythroid KLF nebo KLF1 a jeho exprese se zvyšuje s dozráváním erytroidních buněk. Studie v knockout myši odhalují mírnou anémii v nepřítomnosti funkčního KLF3 a de-represi několika cílových genů, které obsahují CACCC boxy ve svých regulačních oblastech.^[8] Mnoho z těchto genů je aktivováno KLF1, a proto se zdá, že KLF3 pracuje ve smyčce negativní zpětné vazby, aby vyvážil aktivační potenciál KLF1. KLF3 také reguluje další represivní KLF, KLF8.^[9] KLF1, KLF3 a KLF8 tedy fungují v těsné regulační síti. KLF3 a KLF8 mohou mít nadbytečné funkce, protože myši postrádající jak KLF3, tak KLF8 vykazují defekty, které jsou závažnější než v každém jednotlivém knockoutu. Umírají in utero kolem 14. dne těhotenství.^[10]

Kromě exprese v erytroidních buňkách je KLF3 přítomen v jiných buněčných typech a analýze knockout myši odhalila vady ovlivňující tuková tkáň^[11] a B buňky.^[12] KLF3 deficientní myši mají méně tukové tkáně a náznaky metabolického zdraví, které lze přičíst de-represi adipokin gen hormonu adipolin.^[13] Role KLF3 v B lymfocytech je složitá, ale zdá se, že funguje v síti s KLF2 a KLF4 ovlivnit přepínání mezi slezina mezní zóna a folikulární B buňky.^[14]

Interakce

KLF3 bylo prokázáno komunikovat s:

CTBP2^[6]^[7] a
FHL3.^[6]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000109787 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání Ensembl 89: ENSMUSG00000029178 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Crossley M (duben 1996). „Izolace a charakterizace cDNA kódující BKLF / TEF-2, hlavní protein vázající se na CACCC-box v erytroidních buňkách a vybraných dalších buňkách“. Mol. Buňka. Biol. 16 (4): 1695–705. doi:10,1128 / mcb.16.4.1695. PMC 231156. PMID 8657145.
^ ^A ^b ^C ^d Turner J, Nicholas H, Bishop D, Matthews JM, Crossley M (2003). „LIM protein FHL3 váže základní faktor podobný Krüppel / faktor podobný Krüppel 3 a jeho kopresor C-terminálně vázající protein 2“. J. Biol. Chem. 278 (15): 12786–95. doi:10,1074 / jbc.M300587200. PMID 12556451.
^ ^A ^b ^C Turner J, Crossley M (1998). „Klonování a charakterizace mCtBP2, ko-represoru, který se asociuje se základním faktorem podobným Krüppel a dalšími regulačními transkripčními systémy savců“. EMBO J.. 17 (17): 5129–40. doi:10.1093 / emboj / 17.17.5129. PMC 1170841. PMID 9724649.
^ Funnell AP, Norton LJ, Mak KS, Burdach J, Artuz CM, Twine NA, Wilkins MR, Power CA, Hung TT, Perdomo J, Koh P, Bell-Anderson KS, Orkin SH, Fraser ST, Perkins AC, Pearson RC, Crossley M (srpen 2012). „CACCC-vazebný protein KLF3 / BKLF potlačuje podmnožinu cílových genů KLF1 / EKLF a je nezbytný pro správné zrání erytroidů in vivo“. Mol. Buňka. Biol. 32 (16): 3281–92. doi:10.1128 / MCB.00173-12. PMC 3434552. PMID 22711990.
^ Eaton SA, Funnell AP, Sue N, Nicholas H, Pearson RC, Crossley M (srpen 2008). „Síť faktorů podobných Krüppel (Klfs). Klf8 je potlačován Klf3 a aktivován Klf1 in vivo“. J. Biol. Chem. 283 (40): 26937–47. doi:10,1074 / jbc.M804831200. PMC 2556010. PMID 18687676.
^ Funnell AP, Mak KS, Twine NA, Pelka GJ, Norton LJ, Radziewic T, Power M, Wilkins MR, Bell-Anderson KS, Fraser ST, Perkins AC, Tam PP, Pearson RC, Crossley M (srpen 2013). „Generace myší s deficitem jak v KLF3 / BKLF, tak v KLF8 odhaluje genetickou interakci a roli těchto faktorů při umlčení embryonálního globinu“. Mol. Buňka. Biol. 33 (15): 2976–87. doi:10.1128 / MCB.00074-13. PMC 3719677. PMID 23716600.
^ Sue N, Jack BH, Eaton SA, Pearson RC, Funnell AP, Turner J, Czolij R, Denyer G, Bao S, Molero-Navajas JC, Perkins A, Fujiwara Y, Orkin SH, Bell-Anderson K, Crossley M (červen 2008). „Cílené narušení základního genu faktoru podobného Kruppel (Klf3) odhaluje roli v adipogenezi“. Mol Cell Biol. 28 (12): 3967–78. doi:10.1128 / MCB.01942-07. PMC 2423134. PMID 18391014.
^ Vu TT, Gatto D, Turner V, Funnell AP, Mak KS, Norton LJ, Kaplan W, Cowley MJ, Agenès F, Kirberg J, Brink R, Pearson RC, Crossley M (listopad 2011). „Zhoršený vývoj B buněk při absenci faktoru 3 podobného Krüppelovi“. J. Immunol. 187 (10): 5032–42. doi:10,4049 / jimmunol. 1101450. PMID 22003205.
^ Bell-Anderson KS, Funnell AP, Williams H, Mat Jusoh H, Scully T, Lim WF, Burdach JG, Mak KS, Knights AJ, Hoy AJ, Nicholas HR, Sainsbury A, Turner N, Pearson RC, Crossley M (duben 2013 ). „Ztráta faktoru 3 podobného Kruppelovi (KLF3 / BKLF) vede k vyšší regulaci faktoru senzibilizujícího na inzulin adipolin (FAM132A / CTRP12 / C1qdc2)“. Cukrovka. 62 (8): 2728–37. doi:10 2337 / db12-1745. PMC 3717849. PMID 23633521.
^ Pearson RC, Funnell AP, Crossley M (únor 2011). "Savčí zinkový prstový transkripční faktor Krüppelův faktor 3 (KLF3 / BKLF)". IUBMB Life. 63 (2): 86–93. doi:10.1002 / iub.422. PMID 21360637. S2CID 38842040.

Další čtení

Turner J, Crossley M (2000). „Základní faktor podobný Krüppelovi funguje v síti interagujících hematopoetických transkripčních faktorů“. Int. J. Biochem. Cell Biol. 31 (10): 1169–74. doi:10.1016 / S1357-2725 (99) 00067-9. PMID 10582345.
Wang MJ, Qu XH, Wang LS, Zhai Y, Wu SL, He FC (2003). "cDNA klonování, subcelulární lokalizace a tkáňová exprese nového lidského transkripčního faktoru podobného Krüppel: lidský základní faktor podobný Krüppel (hBKLF)". Yi Chuan Xue Bao. 30 (1): 1–9. PMID 12812068.
Perdomo J, Verger A, Turner J, Crossley M (2005). „Role pro SUMO modifikaci při usnadnění transkripční represe BKLF“. Mol. Buňka. Biol. 25 (4): 1549–59. doi:10.1128 / MCB.25.4.1549-1559.2005. PMC 548027. PMID 15684403.
Kimura K, Wakamatsu A, Suzuki Y, Ota T, Nishikawa T, Yamashita R, Yamamoto J, Sekine M, Tsuritani K, Wakaguri H, Ishii S, Sugiyama T, Saito K, Isono Y, Irie R, Kushida N, Yoneyama T , Otsuka R, Kanda K, Yokoi T, Kondo H, Wagatsuma M, Murakawa K, Ishida S, Ishibashi T, Takahashi-Fujii A, Tanase T, Nagai K, Kikuchi H, Nakai K, Isogai T, Sugano S (2006) . „Diverzifikace transkripční modulace: rozsáhlá identifikace a charakterizace domnělých alternativních promotorů lidských genů“. Genome Res. 16 (1): 55–65. doi:10,1101 / gr. 4039406. PMC 1356129. PMID 16344560.
Olsen JV, Blagoev B, Gnad F, Macek B, Kumar C, Mortensen P, Mann M (2006). „Globální, in vivo a místně specifická dynamika fosforylace v signálních sítích“. Buňka. 127 (3): 635–48. doi:10.1016 / j.cell.2006.09.026. PMID 17081983. S2CID 7827573.

externí odkazy

KLF3 protein, lidský v americké národní lékařské knihovně Lékařské předměty (Pletivo)

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000109787 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání Ensembl 89: ENSMUSG00000029178 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[5] Crossley M (duben 1996). „Izolace a charakterizace cDNA kódující BKLF / TEF-2, hlavní protein vázající se na CACCC-box v erytroidních buňkách a vybraných dalších buňkách“. Mol. Buňka. Biol. 16 (4): 1695–705. doi:10,1128 / mcb.16.4.1695. PMC 231156. PMID 8657145.

[pmid12556451-6] A ^b ^C ^d Turner J, Nicholas H, Bishop D, Matthews JM, Crossley M (2003). „LIM protein FHL3 váže základní faktor podobný Krüppel / faktor podobný Krüppel 3 a jeho kopresor C-terminálně vázající protein 2“. J. Biol. Chem. 278 (15): 12786–95. doi:10,1074 / jbc.M300587200. PMID 12556451.

[pmid9724649-7] A ^b ^C Turner J, Crossley M (1998). „Klonování a charakterizace mCtBP2, ko-represoru, který se asociuje se základním faktorem podobným Krüppel a dalšími regulačními transkripčními systémy savců“. EMBO J.. 17 (17): 5129–40. doi:10.1093 / emboj / 17.17.5129. PMC 1170841. PMID 9724649.

[pmid22711990-8] Funnell AP, Norton LJ, Mak KS, Burdach J, Artuz CM, Twine NA, Wilkins MR, Power CA, Hung TT, Perdomo J, Koh P, Bell-Anderson KS, Orkin SH, Fraser ST, Perkins AC, Pearson RC, Crossley M (srpen 2012). „CACCC-vazebný protein KLF3 / BKLF potlačuje podmnožinu cílových genů KLF1 / EKLF a je nezbytný pro správné zrání erytroidů in vivo“. Mol. Buňka. Biol. 32 (16): 3281–92. doi:10.1128 / MCB.00173-12. PMC 3434552. PMID 22711990.

[9] Eaton SA, Funnell AP, Sue N, Nicholas H, Pearson RC, Crossley M (srpen 2008). „Síť faktorů podobných Krüppel (Klfs). Klf8 je potlačován Klf3 a aktivován Klf1 in vivo“. J. Biol. Chem. 283 (40): 26937–47. doi:10,1074 / jbc.M804831200. PMC 2556010. PMID 18687676.

[pmid23716600-10] Funnell AP, Mak KS, Twine NA, Pelka GJ, Norton LJ, Radziewic T, Power M, Wilkins MR, Bell-Anderson KS, Fraser ST, Perkins AC, Tam PP, Pearson RC, Crossley M (srpen 2013). „Generace myší s deficitem jak v KLF3 / BKLF, tak v KLF8 odhaluje genetickou interakci a roli těchto faktorů při umlčení embryonálního globinu“. Mol. Buňka. Biol. 33 (15): 2976–87. doi:10.1128 / MCB.00074-13. PMC 3719677. PMID 23716600.

[pmid18391014-11] Sue N, Jack BH, Eaton SA, Pearson RC, Funnell AP, Turner J, Czolij R, Denyer G, Bao S, Molero-Navajas JC, Perkins A, Fujiwara Y, Orkin SH, Bell-Anderson K, Crossley M (červen 2008). „Cílené narušení základního genu faktoru podobného Kruppel (Klf3) odhaluje roli v adipogenezi“. Mol Cell Biol. 28 (12): 3967–78. doi:10.1128 / MCB.01942-07. PMC 2423134. PMID 18391014.

[pmid22003205-12] Vu TT, Gatto D, Turner V, Funnell AP, Mak KS, Norton LJ, Kaplan W, Cowley MJ, Agenès F, Kirberg J, Brink R, Pearson RC, Crossley M (listopad 2011). „Zhoršený vývoj B buněk při absenci faktoru 3 podobného Krüppelovi“. J. Immunol. 187 (10): 5032–42. doi:10,4049 / jimmunol. 1101450. PMID 22003205.

[pmid23633521-13] Bell-Anderson KS, Funnell AP, Williams H, Mat Jusoh H, Scully T, Lim WF, Burdach JG, Mak KS, Knights AJ, Hoy AJ, Nicholas HR, Sainsbury A, Turner N, Pearson RC, Crossley M (duben 2013 ). „Ztráta faktoru 3 podobného Kruppelovi (KLF3 / BKLF) vede k vyšší regulaci faktoru senzibilizujícího na inzulin adipolin (FAM132A / CTRP12 / C1qdc2)“. Cukrovka. 62 (8): 2728–37. doi:10 2337 / db12-1745. PMC 3717849. PMID 23633521.

[pmid21360637-14] Pearson RC, Funnell AP, Crossley M (únor 2011). "Savčí zinkový prstový transkripční faktor Krüppelův faktor 3 (KLF3 / BKLF)". IUBMB Life. 63 (2): 86–93. doi:10.1002 / iub.422. PMID 21360637. S2CID 38842040.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]