IRF6 - IRF6

IRF6
Identifikátory
AliasyIRF6, LPS, OFC6, PIT, PPS, PPS1, VWS, VWS1, interferon regulační faktor 6
Externí IDOMIM: 607199 MGI: 1859211 HomoloGene: 4479 Genové karty: IRF6
Umístění genu (člověk)
Chromozom 1 (lidský)
Chr.Chromozom 1 (lidský)[1]
Chromozom 1 (lidský)
Genomická poloha pro IRF6
Genomická poloha pro IRF6
Kapela1q32.2Start209,785,617 bp[1]
Konec209,806,175 bp[1]
Ortology
DruhČlověkMyš
Entrez

3664

54139

Ensembl

ENSG00000117595

ENSMUSG00000026638

UniProt

O14896

P97431

RefSeq (mRNA)

NM_006147
NM_001206696

NM_016851
NM_178083

RefSeq (protein)

NP_001193625
NP_006138

NP_058547

Místo (UCSC)Chr 1: 209,79 - 209,81 MbChr 1: 193,15 - 193,17 Mb
PubMed Vyhledávání[3][4]
Wikidata
Zobrazit / upravit člověkaZobrazit / upravit myš

Interferonový regulační faktor 6 také známý jako IRF6 je protein že u lidí je kódován IRF6 gen.[5]

Funkce

Tento gen kóduje člena interferonový regulační transkripční faktor (IRF) rodina. Členové rodiny sdílejí velmi konzervované N-terminál helix-turn-helix Doména vázající DNA a méně konzervovaná C-terminál doména vázající protein.[6] Funkce IRF6 souvisí s tvorbou pojivová tkáň, například, že patro.[7] Tento gen kóduje člena interferon rodina regulačních transkripčních faktorů (IRF). Kromě toho bylo pozorováno, že gen IRF6 je pod epigenetickou regulací promotorem methylace.[8]

Patologie

A mutace IRF6 gen může vést k autosomální dominanci van der Woudeho syndrom (VWS) [9] nebo související syndrom poplitealního pterygia (PPS).[10] Van der Woudeův syndrom může zahrnovat rozštěp rtu a patra rysy spolu s anomáliemi zubů a píštělemi rtů. Kromě toho byly běžné alely v IRF6 také spojovány s nesyndromovými případy rozštěpu rtu a / nebo patra prostřednictvím asociačních studií v celém genomu a v mnoha kandidátských genových studiích.[11] Tyto poruchy jsou způsobeny mutacemi v genu IRF6 a část fenotypové heterogenity je způsobena různými typy mutací IRF6.[5]Jedno vysvětlení této fenotypové variace mezi syndromy je založeno na diferenciálním dopadu na strukturu dimerizovaných mutantních proteinů. Zdá se, že výsledkem jsou mutace VWS haploinsufficiency zatímco mutace PPS mohou být dominantní negativní v přírodě.[12] Spektrum mutací u VWS a PPS bylo nedávno shrnuto.[13] Bylo prokázáno, že IRF6 hraje kritickou roli ve vývoji keratinocytů.[14][15] Role IRF6 v běžných formách rozštěp rtu a patra bylo také prokázáno[16] a může vysvětlit ~ 20% případů pouze rozštěpu rtu.[17] Varianty v IRF6 přinesly konzistentní důkazy o asociaci se syndromickou rozštěpem a / nebo patrem napříč několika studiemi. Studie Birnbauma a kolegů z roku 2009 potvrdila dopad tohoto genu na etiologii rozštěpu rtu a / nebo patra a studie GENEVA Cleft Consortium, která studovala rodiny z více populací, znovu potvrdila zjištění, že mutace IRF6 jsou silně spojeny s rozštěpem a / nebo patro. Role IRF6 při vzniku rozštěpu rtu a / nebo patra je dále podporována analýzou myší s mutací IRF6, které vykazují hyperproliferativní epidermis, která nepodléhá terminální diferenciaci, což vede k mnohonásobným adhezím epitelu, které mohou uzavřít ústní dutinu a vést k rozštěpení patro. Výzkum na zvířecích modelech naznačuje, že IRF6 určuje proliferaci keratinocytů a má také klíčovou roli při tvorbě orálního peridermu. Nedávno se pomocí využití genetiky myší, analýz genové exprese, studií imunoprecipitace chromatinu a reportérů luciferázy ukázalo, že IRF6 je přímým cílem p63, který je základem několika malformačních syndromů, které zahrnují rozštěpové rysy, a p63 aktivuje transkripci IRF6 prostřednictvím Prvek zesilovače IRF6. Variace v zesilovacím prvku zvyšuje citlivost pouze na rozštěp rtu. Oba rozštěp rtu s nebo bez rozštěp patra a funkce rozštěpu patra byly pozorovány u rodin s mutací IRF6. Kromě toho se v rámci jedné rodiny mohou oddělit různé typy rozštěpů.[11]

Epigenetika

Aberantní promotor IRF6 Hypermethylace DNA byla pozorována v souvislosti s nástupem / progresí rakoviny. Opravdu, toto nevhodné epigenetický fenomén byl pozorován u žen postižených Vulvar spinocelulární karcinom vznikl z vulver lichen sclerosus.[18] Metylace promotoru IRF6 může být markerem rizika rakoviny u pacientů postižených tímto onemocněním.[8]

Rakovina

Gen IRF6 byl pozorován progresivně downregulovaný v Lidsky papillomavirus -pozitivní neoplastické keratinocyty odvozeno z děložního čípku preneoplastické léze na různých úrovních malignity.[19] Z tohoto důvodu je tento gen pravděpodobně spojen s tumorigenezí a může být potenciálním prognostickým markerem pro děložní děložní hrdlo. preneoplastické léze postup.[19] Podobně bylo zjištěno, že IRF6 je geneticky a epigeneticky neregulován Rakovina vulvaru.[8]

Viz také

Reference

  1. ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000117595 - Ensembl, Květen 2017
  2. ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000026638 - Ensembl, Květen 2017
  3. ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
  4. ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
  5. ^ A b Kondo S, Schutte BC, Richardson RJ, Bjork BC, Knight AS, Watanabe Y, Howard E, de Lima RL, Daack-Hirsch S, Sander A, McDonald-McGinn DM, Zackai EH, Lammer EJ, Aylsworth AS, Ardinger HH, Lidral AC, Pober BR, Moreno L, Arcos-Burgos M, Valencia C, Houdayer C, Bahuau M, Moretti-Ferreira D, Richieri-Costa A, Dixon MJ, Murray JC (říjen 2002). „Mutace v IRF6 způsobují Van der Woudeovy a popliteální pterygiové syndromy“. Nat. Genet. 32 (2): 285–9. doi:10.1038 / ng985. PMC  3169431. PMID  12219090.
  6. ^ „Entrez Gene: IRF6“.
  7. ^ Blanton SH, Cortez A, Stal S, Mulliken JB, Finnell RH, Hecht JT (září 2005). „Variace v IRF6 přispívá k nesyndromickému rozštěpu rtu a patra“. Dopoledne. J. Med. Genet. A. 137A (3): 259–62. doi:10,1002 / ajmg.a. 30887. PMID  16096995. S2CID  25084563.
  8. ^ A b C Rotondo JC, Borghi A, Selvatici R, Magri E, Bianchini E, Montinari E, Corazza M, Virgili A, Tognon M, Martini F (2016). „Hypermethylačně indukovaná inaktivace genu IRF6 jako možná časná událost v progresi vulválního karcinomu dlaždicových buněk spojeného s lišejníkovým sklerosem“. JAMA Dermatologie. 152 (8): 928–33. doi:10.1001 / jamadermatol.2016.1336. PMID  27223861.
  9. ^ Van der Woude, A (červen 1954). "Fistula labii inferioris congenita a její asociace s rozštěpem rtu a patra". Dopoledne. J. Hum. Genet. 6 (2): 244–56. PMC  1716548. PMID  13158329.
  10. ^ Gorlin RJ, Sedano HO, Cervenka J (únor 1968). "Popliteal pterygium syndrom. Syndrom zahrnující rozštěp rtu patra, popliteal a intercrural pterygia, digitální a genitální anomálie". Pediatrie. 41 (2): 503–9. PMID  4384166.
  11. ^ A b Dixon MJ, Marazita ML, Beaty TH, Murray JC (březen 2011). „Rozštěp rtu a patra: porozumění genetickým a environmentálním vlivům“. Nat. Genet. 12 (3): 167–78. doi:10.1038 / nrg2933. PMC  3086810. PMID  21331089.
  12. ^ Little HJ, Rorick NK, Su LI, Baldock C, Malhotra S, Jowitt T, Gakhar L, Subramanian R, Schutte BC, Dixon MJ, Shore P (listopad 2008). „Missense mutace, které způsobují Van der Woudeův syndrom a popliteální pterygiový syndrom, ovlivňují funkce IRF6 vázající DNA a transkripční aktivaci“. Hučení. Mol. Genet. 18 (3): 535–45. doi:10,1093 / hmg / ddn381. PMC  2638798. PMID  19036739.
  13. ^ de Lima RL, Hoper SA, Ghassibe M, et al. (Duben 2009). „Prevalence a nenáhodná distribuce exonových mutací v interferonovém regulačním faktoru 6 (IRF6) ve 307 rodinách s Van der Woudeovým syndromem a 37 rodinách se syndromem popliteálního pterygia“. Genet. Med. 11 (4): 241–7. doi:10.1097 / GIM.0b013e318197a49a. PMC  2789395. PMID  19282774.
  14. ^ Richardson RJ, Dixon J, Malhotra S, Hardman MJ, Knowles L, Boot-Handford RP, Shore P, Whitmarsh A, Dixon MJ (listopad 2006). „Irf6 je klíčovým determinantem přepínače proliferace a diferenciace keratinocytů“. Nat. Genet. 38 (11): 1329–34. doi:10.1038 / ng1894. PMID  17041603. S2CID  13102953.
  15. ^ Ingraham CR, Kinoshita A, Kondo S, Yang B, Sajan S, Trout KJ, Malik MI, Dunnwald M, Goudy SL, Lovett M, Murray JC, Schutte BC (listopad 2006). „Abnormální morfogeneze kůže, končetin a kraniofaciální tkáně u myší s deficitem interferonového regulačního faktoru 6 (Irf6)“. Nat. Genet. 38 (11): 1335–40. doi:10.1038 / ng1903. PMC  2082114. PMID  17041601.
  16. ^ Zucchero TM, Cooper ME, Maher BS, Daack-Hirsch S, Nepomuceno B, Ribeiro L, Caprau D, Christensen K, Suzuki Y, Machida J, Natsume N, Yoshiura K, Vieira AR, Orioli IM, Castilla EE, Moreno L, Arcos-Burgos M, Lidral AC, Field LL, Liu YE, Ray A, Goldstein TH, Schultz RE, Shi M, Johnson MK, Kondo S, Schutte BC, Marazita ML, Murray JC (srpen 2004). „Varianty genu interferonového regulačního faktoru 6 (IRF6) a riziko izolovaného rozštěpu rtu nebo patra“. N. Engl. J. Med. 351 (8): 769–80. doi:10.1056 / NEJMoa032909. PMID  15317890.
  17. ^ Rahimov F, Marazita ML, Visel A, Cooper ME, Hitchler MJ, Rubini M, Domann FE, Govil M, Christensen K, Bille C, Melbye M, Jugessur A, Lie RT, Wilcox AJ, Fitzpatrick DR, Green ED, Mossey PA Malý J, Steegers-Theunissen RP, Pennacchio LA, Schutte BC, Murray JC (listopad 2008). „Narušení vazebného místa AP-2α v zesilovači IRF6 je silně spojeno s rozštěpem rtu“. Nat. Genet. 40 (11): 1341–7. doi:10,1038 / ng.242. PMC  2691688. PMID  18836445.
  18. ^ Rotondo JC, Borghi A, Selvatici R, Magri E, Bianchini E, Montinari E, Corazza M, Virgili A, Tognon M, Martini F (2016). „Hypermethylačně indukovaná inaktivace genu IRF6 jako možná časná událost v progresi vulválního karcinomu dlaždicových buněk spojeného s lišejníkovým sklerosem“. JAMA Dermatologie. 152 (8): 928–33. doi:10.1001 / jamadermatol.2016.1336. PMID  27223861.
  19. ^ A b Rotondo JC, Bosi S, Bassi C, Ferracin M, Lanza G, Gafà R, Magri E, Selvatici R, Torresani S, Marci R, Garutti P, Negrini M, Tognon M, Martini F (duben 2015). "Změny genové exprese v progresi cervikální neoplazie odhalené mikroarray analýzou cervikálních neoplastických keratinocytů". J Cell Physiol. 230 (4): 802–812. doi:10,1002 / jcp.24808. PMID  25205602.

externí odkazy

Tento článek včlení text z United States National Library of Medicine, který je v veřejná doména.