Doména vázající methyl-CpG - Methyl-CpG-binding domain
| MBD | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 struktura řešení lidské MECO2 | |||||||||
| Identifikátory | |||||||||
| Symbol | MBD | ||||||||
| Pfam | PF01429 | ||||||||
| Pfam klan | CL0081 | ||||||||
| InterPro | IPR001739 | ||||||||
| SCOP2 | 1qk9 / Rozsah / SUPFAM | ||||||||
| CDD | cd00122 | ||||||||
| |||||||||
The Doména vázající methyl-CpG (MBD) v molekulární biologie váže na DNA který obsahuje jeden nebo více symetricky methylovaný CpG.[1] MBD má zanedbatelnou nespecifickou afinitu k nemetylované DNA. Potisk in vitro s chromozomálním proteinem MeCP2 ukázaly, že MBD může chránit 12 nukleotidovou oblast obklopující pár methyl CpG.[1]
Methylace DNA na CpG dinukleotidy, nejběžnější modifikace DNA u eukaryot, byla spojena s různými jevy, jako jsou změny ve struktuře chromatinu, genomický potisk, transposon a chromozom X inaktivace, diferenciace a rakovina. Účinky methylace DNA jsou zprostředkovány prostřednictvím bílkoviny že svázat na symetricky methylované CpG. Takový bílkoviny obsahovat konkrétní doména z ~ 70 zbytků je vazebná doména methyl-CpG (MBD), která je navázána na další domén spojené s chromatinem, jako je bromodoména, AT háček motiv, SET doména, nebo Prst PHD. Obsahující MBD bílkoviny Zdá se, že působí jako strukturální bílkoviny, které získávají různé histon deacetyláza (HDAC) komplexy a chromatin remodelační faktory, které vedou ke zhutnění chromatinu a následně k transkripční represe. MBD MeCP2, MBD1, MBD2, MBD4 a BAZ2 zprostředkovává vazba na DNA a v případě MeCP2, MBD1 a MBD2 přednostně na methylovaný CpG. v člověk MBD3 a SETDB1 Ukázalo se, že MBD zprostředkovává interakce protein-protein.[2][3] MBD se také nacházejí v DNA demethyláza.[4]
MBD záhyby do sendviče alfa / beta struktura obsahující vrstvu zkroucené beta fólie, podloženou další vrstvou tvořenou alfa1 spirála a vlásenku smyčka na konci C. Tyto vrstvy jsou obě amfipatický, se šroubovice alfa1 a beta list leží paralelně a hydrofobní tváře těsně přiléhající k sobě. Beta vrstva se skládá ze dvou dlouhých vnitřních řetězců (beta2 a beta3) vložených do dvou kratších vnějších řetězců (beta1 a beta4).[5]
Struktura domény MBD navázané na methylovanou DNA byla vyřešena (PDB: 3C2I). Rozpoznává hydrataci hlavní drážky na methylovaných místech.[6]
Reference
- ^ A b Nan X, Meehan RR, Bird A (1993). „Disekce vazebné domény methyl-CpG z chromozomálního proteinu MeCP2“. Nucleic Acids Res. 21 (21): 4886–92. doi:10.1093 / nar / 21.21.4886. PMC 311401. PMID 8177735.
- ^ Roloff TC, Ropers HH, Nuber UA (leden 2003). "Srovnávací studie proteinů vázajících methyl-CpG". BMC Genomics. 4 (1): 1. doi:10.1186/1471-2164-4-1. PMC 149351. PMID 12529184.
- ^ Zemach A, Grafi G (červen 2003). "Characterization of Arabidopsis thaliana methyl-CpG-binding domain (MBD) protein". Rostlina J. 34 (5): 565–72. doi:10.1046 / j.1365-313x.2003.01756.x. PMID 12787239.
- ^ Bhattacharya SK, Ramchandani S, Cervoni N, Szyf M (1999). "Savčí protein se specifickou aktivitou demethylázy pro mCpG DNA". Příroda. 397 (6720): 579–83. Bibcode:1999 Natur.397..579B. doi:10.1038/17533. PMID 10050851. S2CID 4408031.
- ^ Ohki I, Shimotake N, Fujita N, Jee J, Ikegami T, Nakao M, Shirakawa M (květen 2001). „Struktura roztoku vazebné domény methyl-CpG lidského MBD1 v komplexu s methylovanou DNA“. Buňka. 105 (4): 487–97. doi:10.1016 / S0092-8674 (01) 00324-5. PMID 11371345.
- ^ Ho, KL; McNae, IW; Schmiedeberg, L; Klose, RJ; Bird, AP; Walkinshaw, MD (29. února 2008). „Vazba MeCP2 na DNA závisí na hydrataci při methyl-CpG“. Molekulární buňka. 29 (4): 525–31. doi:10.1016 / j.molcel.2007.12.028. PMID 18313390.