RUNX3 - RUNX3 - Wikipedia

RUNX3
Identifikátory
Aliasy	RUNX3, AML2, CBFA3, PEBP2aC, transkripční faktor 3 související s cykly, transkripční faktor 3 rodiny RUNX
Externí ID	OMIM: 600210 MGI: 102672 HomoloGene: 37914 Genové karty: RUNX3
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 1 (lidský)
Konec	24,965,121 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 4 (myš)
Konec	135,177,990 bp
Exprese RNA vzor
	; ;
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• Vazba DNA; • Vazba DNA specifické pro regulační oblast RNA polymerázy II; • GO: 0001131, GO: 0001151, GO: 0001130, GO: 0001204 Aktivita transkripčního faktoru vázajícího DNA; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • ATP vazba; • GO: 0001200, GO: 0001133, GO: 0001201 Aktivita transkripčního faktoru vázajícího DNA, specifická pro RNA polymerázu II;
Buněčná složka	• cytoplazma; • nukleární chromatin; • buněčné jádro; • jádro; • intracelulární membránou vázaná organela; • nukleoplazma; • cytosol; • komplex faktoru vazby na jádro;
Biologický proces	• vývoj neuronů periferního nervového systému; • regulace transkripce, DNA-šablony; • diferenciace chondrocytů; • zkostnatění; • regulace transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • negativní regulace buněčného cyklu; • negativní regulace transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • transkripce, chráněná DNA; • pozitivní regulace transkripce, chráněná DNA; • fosforylace bílkovin; • negativní regulace proliferace epiteliálních buněk; • regulace diferenciace buněk; • reakce na transformaci růstového faktoru beta; • krvetvorba; • negativní regulace diferenciace CD4-pozitivních alfa-beta T buněk; • pozitivní regulace diferenciace T-buněk pozitivních na CD8 pozitivní alfa-beta; • neuronová diferenciace;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	864
	12399
	ENSG00000020633
	ENSMUSG00000070691
	Q13761
	Q64131
	NM_001031680; NM_004350; NM_001320672
	NM_019732; NM_001369050
	NP_001026850; NP_001307601; NP_004341
	NP_062706; NP_001355979
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Runt-související transkripční faktor 3 je protein že u lidí je kódován RUNX3 gen.^[5]

Funkce

Tento gen kóduje člena rodiny transkripčních faktorů obsahující runt doménu. Heterodimer tohoto proteinu a beta podjednotky tvoří komplex, který se váže na základní sekvenci DNA 5'-YGYGGT-3 ', která se nachází v řadě zesilovačů a promotorů,^[6] a může buď aktivovat nebo potlačit transkripci. Interaguje také s dalšími transkripčními faktory. Funguje jako tumor supresor a gen je u rakoviny často odstraněn nebo transkripčně umlčen. Pro tento gen bylo nalezeno několik variant transkriptu kódujících různé izoformy.^[7]

V melanocytických buňkách může být exprese genu RUNX3 regulována pomocí MITF.^[8]

Vyřazovací myš

Runx3 nulová myší žaludeční sliznice vykazuje hyperplazii v důsledku stimulované proliferace a potlačené apoptóza v epitelových buňkách a buňky jsou rezistentní na stimulaci TGF-beta.^[9]

Kontroverze RUNX3

V roce 2011 došlo k vážné pochybnosti o funkci supresoru nádorů Runx3, která vychází z dřívější publikace Li a spolupracovníků.^[10]Na základě původní studie Li a spolupracovníků (2002) většina pozdější literatury citující Li a spolupracovníky (2002) předpokládala, že RUNX3 byl exprimován v normálním střevním epitelu, a proto je pravděpodobné, že bude působit jako supresor nádoru u konkrétního zkoumaného epiteliálního karcinomu. Většina této literatury používala methylační status promotoru RUNX3 u různých druhů rakoviny jako proxy pro jeho expresi. Je však známo, že je poměrně mnoho genů methylováno v genomech nádorových buněk, a většina z těchto genů není exprimována v normální tkáni původu těchto rakovin. Jiní použili špatně charakterizované (nebo zcela znehodnocené) protilátky k detekci proteinu RUNX3 nebo použili RT-PCR nebo validované protilátky a nedokázali detekovat RUNX3 ve střevním epitelu, ale stále nezpochybňovali původní nález Li a spolupracovníků (2002) . Tato fakta byla nedávno diskutována v knize Ülo Maiväliho.^[11]

Interakce

RUNX3 bylo prokázáno komunikovat s TLE1.^[12]

Viz také

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000020633 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000070691 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Levanon D, Negreanu V, Bernstein Y, Bar-Am I, Avivi L, Groner Y (září 1994). "AML1, AML2 a AML3, lidské členy genové rodiny runt domény: struktura cDNA, exprese a lokalizace chromozomů". Genomika. 23 (2): 425–32. doi:10.1006 / geno.1994.1519. PMID 7835892.
^ Levanon D, Eisenstein M, Groner Y (duben 1998). „Cílová mutageneze podporuje trojrozměrný model domény runt“. Journal of Molecular Biology. 277 (3): 509–12. doi:10.1006 / jmbi.1998.1633. PMID 9533875. S2CID 13139512.
^ „Entrez Gene: RUNX3 runt-related transkripční faktor 3“.
^ Hoek KS, Schlegel NC, Eichhoff OM, Widmer DS, Praetorius C, Einarsson SO, Valgeirsdottir S, Bergsteinsdottir K, Schepsky A, Dummer R, Steingrimsson E (prosinec 2008). "Nové cíle MITF identifikované pomocí dvoustupňové strategie DNA microarray". Výzkum pigmentových buněk a melanomu. 21 (6): 665–76. doi:10.1111 / j.1755-148X.2008.00505.x. PMID 19067971.
^ Li QL, Ito K, Sakakura C, Fukamachi H, Inoue Ki, Chi XZ, Lee KY, Nomura S, Lee CW, Han SB, Kim HM, Kim WJ, Yamamoto H, Yamashita N, Yano T, Ikeda T, Itohara S , Inazawa J, Abe T, Hagiwara A, Yamagishi H, Ooe A, Kaneda A, Sugimura T, Ushijima T, Bae SC, Ito Y (duben 2002). "Příčinná souvislost mezi ztrátou exprese RUNX3 a rakovinou žaludku". Buňka. 109 (1): 113–24. doi:10.1016 / S0092-8674 (02) 00690-6. PMID 11955451. S2CID 11362226.
^ Levanon D, Bernstein Y, Negreanu V, Bone KR, Pozner A, Eilam R, Lotem J, Brenner O, Groner Y (říjen 2011). „Absence exprese Runx3 v normálním gastrointestinálním epitelu zpochybňuje jeho funkci potlačující nádory“. EMBO Mol Med. 3 (10): 593–604. doi:10.1002 / emmm.201100168. PMC 3258485. PMID 21786422.
^ Maiväli, Ülo (2015). Tlumočení biomedicínské vědy. Akademický tisk. str. 44–45. ISBN 9780124186897.
^ Levanon D, Goldstein RE, Bernstein Y, Tang H, Goldenberg D, Stifani S, Paroush Z, Groner Y (září 1998). „Transkripční represe pomocí AML1 a LEF-1 je zprostředkována korepresory TLE / Groucho“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 95 (20): 11590–5. Bibcode:1998PNAS ... 9511590L. doi:10.1073 / pnas.95.20.11590. PMC 21685. PMID 9751710.

Další čtení

Vogiatzi P, De Falco G, Claudio PP, Giordano A (duben 2006). "Jak lidský gen RUNX3 indukuje apoptózu u rakoviny žaludku? Nejnovější data, úvahy a reakce". Biologie a terapie rakoviny. 5 (4): 371–4. doi:10,4161 / cbt. 5.4.4748. PMID 16627973.
Wijmenga C, Speck NA, Dracopoli NC, Hofker MH, Liu P, Collins FS (duben 1995). „Identifikace nového genu obsahující myší myší runtovou doménu, Cbfa3, a lokalizace lidského homologu, CBFA3, do chromozomu 1p35-pter“. Genomika. 26 (3): 611–4. doi:10.1016 / 0888-7543 (95) 80185-O. PMID 7607690.
Bae SC, Takahashi E, Zhang YW, Ogawa E, Shigesada K, Namba Y, Satake M, Ito Y (červenec 1995). "Klonování, mapování a exprese PEBP2 alfa C, třetí gen kódující savčí Runt doménu". Gen. 159 (2): 245–8. doi:10.1016 / 0378-1119 (95) 00060-J. PMID 7622058.
Bae SC, Yamaguchi-Iwai Y, Ogawa E, Maruyama M, Inuzuka M, Kagoshima H, Shigesada K, Satake M, Ito Y (březen 1993). „Izolace PEBP2 alfa B cDNA představující myší homolog genu lidské akutní myeloidní leukémie, AML1“. Onkogen. 8 (3): 809–14. PMID 8437866.
Levanon D, Goldstein RE, Bernstein Y, Tang H, Goldenberg D, Stifani S, Paroush Z, Groner Y (září 1998). „Transkripční represe pomocí AML1 a LEF-1 je zprostředkována korepresory TLE / Groucho“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 95 (20): 11590–5. Bibcode:1998PNAS ... 9511590L. doi:10.1073 / pnas.95.20.11590. PMC 21685. PMID 9751710.
Bangsow C, Rubins N, Glusman G, Bernstein Y, Negreanu V, Goldenberg D, Lotem J, Ben-Asher E, Lancet D, Levanon D, Groner Y (listopad 2001). "Gen RUNX3 - sekvence, struktura a regulovaná exprese". Gen. 279 (2): 221–32. doi:10.1016 / S0378-1119 (01) 00760-0. PMID 11733147.
Waki T, Tamura G, Sato M, Terashima M, Nishizuka S, Motoyama T (duben 2003). „Stav methylace promotoru genů DAP-kinázy a RUNX3 v neoplastických a nenádorových žaludečních epitelích“. Cancer Science. 94 (4): 360–4. doi:10.1111 / j.1349-7006.2003.tb01447.x. PMID 12824905. S2CID 22030810.
Puig-Kröger A, Sanchez-Elsner T, Ruiz N, Andreu EJ, Prosper F, Jensen UB, Gil J, Erickson P, Drabkin H, Groner Y, Corbi AL (listopad 2003). „Faktory RUNX / AML a C / EBP regulují expresi integrinu CD11a v myeloidních buňkách prostřednictvím překrývajících se regulačních prvků“. Krev. 102 (9): 3252–61. doi:10.1182 / krev-2003-02-0618. hdl:10171/18733. PMID 12855590.
Kato N, Tamura G, Fukase M, Shibuya H, Motoyama T (srpen 2003). „Hypermethylace promotoru genu RUNX3 v nádoru žloutkového vaku kojenců u varlat“. American Journal of Pathology. 163 (2): 387–91. doi:10.1016 / S0002-9440 (10) 63668-1. PMC 1868235. PMID 12875960.
Yang N, Zhang L, Zhang Y, Kazazian HH (srpen 2003). „Důležitá role pro RUNX3 v transkripci a retrotranspozici lidské L1“. Výzkum nukleových kyselin. 31 (16): 4929–40. doi:10.1093 / nar / gkg663. PMC 169909. PMID 12907736.
Li QL, Kim HR, Kim WJ, Choi JK, Lee YH, Kim HM, Li LS, Kim H, Chang J, Ito Y, Youl Lee K, Bae SC (leden 2004). „Transkripční umlčení genu RUNX3 hypermetylací CpG je spojeno s rakovinou plic“. Sdělení o biochemickém a biofyzikálním výzkumu. 314 (1): 223–8. doi:10.1016 / j.bbrc.2003.12.079. PMID 14715269.
Xiao WH, Liu WW (únor 2004). "Hemizygotní delece a hypermethylace genu RUNX3 v hepatocelulárním karcinomu". World Journal of Gastroenterology. 10 (3): 376–80. doi:10,3748 / wjg.v10.i3,376. PMC 4724901. PMID 14760761.
Oshimo Y, Oue N, Mitani Y, Nakayama H, Kitadai Y, Yoshida K, Ito Y, Chayama K, Yasui W (2004). "Častá ztráta exprese RUNX3 hypermethylací promotoru u karcinomu žaludku". Patobiologie. 71 (3): 137–43. doi:10.1159/000076468. PMID 15051926. S2CID 25618007.
Jin YH, Jeon EJ, Li QL, Lee YH, Choi JK, Kim WJ, Lee KY, Bae SC (červenec 2004). „Transformující růstový faktor-beta stimuluje acetylaci RUNX3 závislou na p300, která inhibuje degradaci zprostředkovanou ubikvitinací“. The Journal of Biological Chemistry. 279 (28): 29409–17. doi:10,1074 / jbc.M313120200. PMID 15138260.
Ku JL, Kang SB, Shin YK, Kang HC, Hong SH, Kim IJ, Shin JH, Han IO, Park JG (září 2004). „Hypermethylace promotoru downreguluje expresi genu RUNX3 v buněčných liniích kolorektálního karcinomu“. Onkogen. 23 (40): 6736–42. doi:10.1038 / sj.onc.1207731. PMID 15273736.
Sakakura C, Hagiwara A, Miyagawa K, Nakashima S, Yoshikawa T, Kin S, Nakase Y, Ito K, Yamagishi H, Yazumi S, Chiba T, Ito Y (leden 2005). "Častá downregulace aktivních transkripčních faktorů domény RUNX1, RUNX3 a jejich kofaktoru CBFB u rakoviny žaludku". International Journal of Cancer. 113 (2): 221–8. doi:10.1002 / ijc.20551. PMID 15386419.