TFAP2A - TFAP2A

TFAP2A
Identifikátory
AliasyTFAP2A, AP-2, AP-2alfa, AP2TF, BOFS, TFAP2, transkripční faktor AP-2 alfa
Externí IDOMIM: 107580 MGI: 104671 HomoloGene: 2421 Genové karty: TFAP2A
Umístění genu (člověk)
Chromozom 6 (lidský)
Chr.Chromozom 6 (lidský)[1]
Chromozom 6 (lidský)
Genomické umístění pro TFAP2A
Genomické umístění pro TFAP2A
Kapela6p24.3Start10,393,186 bp[1]
Konec10,419,659 bp[1]
Exprese RNA vzor
PBB GE TFAP2A 204653 na fs.png

PBB GE TFAP2A 210669 na fs.png

PBB GE TFAP2A 204654 s na fs.png
Další údaje o referenčních výrazech
Ortology
DruhČlověkMyš
Entrez

7020

21418

Ensembl

ENSG00000137203

ENSMUSG00000021359

UniProt

P05549

P34056

RefSeq (mRNA)

NM_001032280
NM_001042425
NM_003220
NM_001372066

NM_001122948
NM_001301674
NM_011547

RefSeq (protein)

NP_001027451
NP_001035890
NP_003211
NP_001358995

NP_001116420
NP_001288603
NP_035677

Místo (UCSC)Chr 6: 10,39 - 10,42 MbChr 13: 40,72 - 40,74 Mb
PubMed Vyhledávání[3][4]
Wikidata
Zobrazit / upravit člověkaZobrazit / upravit myš

Transkripční faktor AP-2 alfa (Aoživení vazby zesilovače Protein 2 alfa), také známý jako TFAP2A, je protein že u lidí je kódován TFAP2A gen.[5]

Funkce

AP-2 alfa protein působí jako sekvenčně specifická DNA vazba transkripční faktor rozpoznání a navázání na specifickou sekvenci DNA a nábor transkripčního aparátu. Jeho vazebným místem je sekvence bohatá na GC, která je přítomna v cis-regulační oblasti několika virových a buněčných genů.[6] AP2-alfa je 52 kD kyselina retinová -indukovatelný a vývojově regulovaný aktivátor transkripce, který se váže na konsensuální sekvenci vázající DNA GCCNNNGGC v SV40 a metalothionein promotéři.[5]

AP-2 alfa je vyjádřen v neurální lišta buněčné linie s nejvyššími úrovněmi exprese odpovídající buňkám časného neurálního lišty, což naznačuje, že AP-2 alfa hraje roli v jejich diferenciaci a vývoji. Transkripční faktor AP-2 alfa je vyjádřen v ektoderm a v buňkách neurální lišty migrujících z lebečních záhybů během uzavírání neurální trubice u myši. Kraniální buňka neurální lišty poskytuje vzorování informace pro kraniofaciální morfogeneze a generovat většinu kostí lebky a lebeční ganglia.[6][7][8][9]

AP-2 alfa knockout myši zemřít perinatálně s kranio-abdominoschisis a těžká dysmorfogeneze obličeje, lebky, smyslových orgánů a lebečních ganglií.[10] Homozygotní knockout myši mají také defekty neurální trubice následované kraniofaciálními abnormalitami a abnormalitami stěny těla.[11] In vivo genové dodání AP-2 alfa potlačilo spontánní střevní polypy u myši Apc (Min / +).[12] AP-2 alfa také funguje jako hlavní regulátor více transkripčních faktorů v myších játrech.[13]

v melanocytární Exprese genu TFAP2A v buňkách může být regulována MITF.[14]

Klinický význam

Mutace v genu TFAP2A způsobují syndrom Branchio-oculo-facial často se střední linií rozštěp rtu.[15] V rodině se syndromem branchio-oculo-facial (BOFS)[16] byla detekována delece 3,2 Mb na chromozomu 6p24.3.[17] Sekvenování kandidátských genů v této oblasti u 4 dalších nesouvisejících pacientů s BOFS odhalilo 4 různé de novo missense mutace v exonech 4 a 5 genu TFAP2A.

Narušení AP-2 alfa vazebného místa v an IRF6 zesilovač je spojen s rozštěp rtu.[18] Mutace v genu IRF6 způsobují Van der Woudeův syndrom (VWS)[19] to je vzácná mendelianská rozštěpová autosomálně dominantní porucha s jamkami dolních rtů u 85% postižených jedinců.[20] Zbývajících 15% jedinců s Van der Woudeovým syndromem se ukazuje pouze rozštěp rtu a / nebo rozštěp patra (CL / P) a jsou klinicky nerozeznatelné od běžného nesyndromatického CL / P. NSCL / P se vyskytuje u přibližně 1/700 živě narozených dětí a je jednou z nejčastějších forem vrozených vad. Předchozí asociační studie mezi SNP v IRF6 a kolem něj a NSCL / P ukázala významné výsledky u různých populací[21] a byla nezávisle replikována.[22][23][24][25]

Bylo provedeno hledání případů NSCL / P pro potenciální regulační prvky pro gen IRF6 tak, aby byly genomové sekvence srovnány s oblastí 500 kB obsahující IRF6 od 17 druhů obratlovců. Lidská sekvence jako reference a hledal multidruhové konzervované sekvence (MCS). Oblasti obsažené v intronech 5 'a 3' obklopujících IRF6 byly skrínovány přímým sekvenováním na potenciální kauzativní varianty v 184 případech NSCL / P. Vzácná alela SNP rs642961 vykazovala významnou souvislost s případy rozštěpu rtu. Analýza analýzy vazebného místa transkripčního faktoru ukázala, že riziková alela narušuje vazebné místo pro AP-2 alfa.[18]

Mutace v genu AP-2 alfa také způsobují syndrom branchio-oculo-facial,[17] který má překrývající se rysy s Van der Woudeovým syndromem, jako je orofaciální rozštěp a příležitostné retní jamky, díky nimž je rs642961 dobrým kandidátem na etiologickou variantu. Tato zjištění ukazují, že IRF6 a AP-2 alfa jsou ve stejné vývojové dráze a identifikují variantu v regulační oblasti, která podstatně přispívá ke společné komplexní poruše.

Interakce

Ukázalo se, že TFAP2A komunikovat s:

Viz také

Reference

  1. ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000137203 - Ensembl, Květen 2017
  2. ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000021359 - Ensembl, Květen 2017
  3. ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
  4. ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
  5. ^ A b "Entrez Gene: TFAP2A transkripční faktor AP-2 alfa (aktivující zesilovač vázající protein 2 alfa)".
  6. ^ A b Williams T, Tjian R (duben 1991). „Analýza vazebných a aktivačních vlastností DNA lidského transkripčního faktoru AP-2“. Geny a vývoj. 5 (4): 670–82. doi:10,1101 / gad. 5.4.670. PMID  2010091.
  7. ^ Mitchell PJ, Wang C, Tjian R (září 1987). „Pozitivní a negativní regulace transkripce in vitro: protein AP-2 vázající enhancer je inhibován antigenem SV40 T“. Buňka. 50 (6): 847–61. doi:10.1016/0092-8674(87)90512-5. PMID  3040262. S2CID  25657738.
  8. ^ Williams T, Admon A, Lüscher B, Tjian R (prosinec 1988). „Klonování a exprese AP-2, transkripčního faktoru specifického pro daný buněčný typ, který aktivuje indukovatelné zesilovací prvky“. Geny a vývoj. 2 (12A): 1557–69. doi:10.1101 / gad.2.12a.1557. PMID  3063603.
  9. ^ Le Douarin NM, Ziller C, Couly GF (září 1993). "Modelování derivátů neurálního lišty u ptačího embrya: studie in vivo a in vitro". Vývojová biologie. 159 (1): 24–49. doi:10.1006 / dbio.1993.1219. PMID  8365563.
  10. ^ Schorle H, Meier P, Buchert M, Jaenisch R, Mitchell PJ (květen 1996). "Transkripční faktor AP-2 nezbytný pro kraniální uzávěr a kraniofaciální vývoj". Příroda. 381 (6579): 235–8. Bibcode:1996 Natur.381..235S. doi:10.1038 / 381235a0. PMID  8622765. S2CID  581362.
  11. ^ Zhang J, Hagopian-Donaldson S, Serbedzija G, Elsemore J, Plehn-Dujowich D, McMahon AP, Flavell RA, Williams T (květen 1996). "Poruchy neurální trubice, kosterní a tělesné stěny u myší bez transkripčního faktoru AP-2". Příroda. 381 (6579): 238–41. Bibcode:1996 Natur.381..238Z. doi:10.1038 / 381238a0. PMID  8622766. S2CID  4367622.
  12. ^ Li Q, Löhr CV, Dashwood RH (září 2009). „Aktivátorový protein 2alfa potlačuje intestinální tumorigenezi u myší Apc (min.)“. Dopisy o rakovině. 283 (1): 36–42. doi:10.1016 / j.canlet.2009.03.026. PMC  2713803. PMID  19376641.
  13. ^ Li Q, Luo C, Löhr CV, Dashwood RH (srpen 2011). „Aktivátor protein-2α funguje jako hlavní regulátor více transkripčních faktorů v myších játrech“. Hepatologický výzkum. 41 (8): 776–83. doi:10.1111 / j.1872-034X.2011.00827.x. PMC  4139281. PMID  21682828.
  14. ^ Hoek KS, Schlegel NC, Eichhoff OM, Widmer DS, Praetorius C, Einarsson SO, Valgeirsdottir S, Bergsteinsdottir K, Schepsky A, Dummer R, Steingrimsson E (prosinec 2008). "Nové cíle MITF identifikované pomocí dvoustupňové strategie DNA microarray". Výzkum pigmentových buněk a melanomu. 21 (6): 665–76. doi:10.1111 / j.1755-148X.2008.00505.x. PMID  19067971. S2CID  24698373.
  15. ^ Dixon MJ, Marazita ML, Beaty TH, Murray JC (2011). „Rozštěp rtu a patra: porozumění genetickým a environmentálním vlivům“. Nature Reviews Genetics (12): 167-178.
  16. ^ Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM): 113620
  17. ^ A b Milunsky JM, Maher TA, Zhao G, Roberts AE, Stalker HJ, Zori RT, Burch MN, Clemens M, Mulliken JB, Smith R, Lin AE (květen 2008). "Mutace TFAP2A vedou k syndromu branchio-oculo-facial". American Journal of Human Genetics. 82 (5): 1171–7. doi:10.1016 / j.ajhg.2008.03.005. PMC  2427243. PMID  18423521.
  18. ^ A b Rahimov F, Marazita ML, Visel A, Cooper ME, Hitchler MJ, Rubini M, Domann FE, Govil M, Christensen K, Bille C, Melbye M, Jugessur A, Lie RT, Wilcox AJ, Fitzpatrick DR, Green ED, Mossey PA , Little J, Steegers-Theunissen RP, Pennacchio LA, Schutte BC, Murray JC (listopad 2008). „Narušení vazebného místa AP-2alfa v zesilovači IRF6 je spojeno s rozštěpem rtu“. Genetika přírody. 40 (11): 1341–7. doi:10,1038 / ng.242. PMC  2691688. PMID  18836445.
  19. ^ Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM): 119300
  20. ^ Kondo S, Schutte BC, Richardson RJ, Bjork BC, Knight AS, Watanabe Y, Howard E, de Lima RL, Daack-Hirsch S, Sander A, McDonald-McGinn DM, Zackai EH, Lammer EJ, Aylsworth AS, Ardinger HH, Lidral AC, Pober BR, Moreno L, Arcos-Burgos M, Valencia C, Houdayer C, Bahuau M, Moretti-Ferreira D, Richieri-Costa A, Dixon MJ, Murray JC (říjen 2002). „Mutace v IRF6 způsobují Van der Woudeovy a popliteální pterygiové syndromy“. Genetika přírody. 32 (2): 285–9. doi:10.1038 / ng985. PMC  3169431. PMID  12219090.
  21. ^ Zucchero TM, Cooper ME, Maher BS, Daack-Hirsch S, Nepomuceno B, Ribeiro L, Caprau D, Christensen K, Suzuki Y, Machida J, Natsume N, Yoshiura K, Vieira AR, Orioli IM, Castilla EE, Moreno L, Arcos-Burgos M, Lidral AC, Field LL, Liu YE, Ray A, Goldstein TH, Schultz RE, Shi M, Johnson MK, Kondo S, Schutte BC, Marazita ML, Murray JC (srpen 2004). „Varianty genu interferonového regulačního faktoru 6 (IRF6) a riziko izolovaného rozštěpu rtu nebo patra“. The New England Journal of Medicine. 351 (8): 769–80. doi:10.1056 / NEJMoa032909. PMID  15317890.
  22. ^ Scapoli L, Palmieri A, Martinelli M, Pezzetti F, Carinci P, Tognon M, Carinci F (leden 2005). „Silný důkaz vazebné nerovnováhy mezi polymorfismy v lokusu IRF6 a nesyndromickým rozštěpem rtu s rozštěpem patra nebo bez něj u italské populace“. American Journal of Human Genetics. 76 (1): 180–3. doi:10.1086/427344. PMC  1196422. PMID  15558496.
  23. ^ Blanton SH, Cortez A, Stal S, Mulliken JB, Finnell RH, Hecht JT (září 2005). „Variace v IRF6 přispívá k nesyndromickému rozštěpu rtu a patra“. American Journal of Medical Genetics Part A. 137A (3): 259–62. doi:10,1002 / ajmg.a. 30887. PMID  16096995. S2CID  25084563.
  24. ^ Ghassibé M, Bayet B, Revencu N, Verellen-Dumoulin C, Gillerot Y, Vanwijck R, Vikkula M (listopad 2005). „Interferonový regulační faktor-6: gen predisponující k izolovanému rozštěpu rtu s nebo bez rozštěpu patra v belgické populaci“. European Journal of Human Genetics. 13 (11): 1239–42. doi:10.1038 / sj.ejhg.5201486. PMID  16132054.
  25. ^ Park JW, McIntosh I, Hetmanski JB, Jabs EW, Vander Kolk CA, Wu-Chou YH, Chen PK, Chong SS, Yeow V, Jee SH, Park BY, Fallin MD, Ingersoll R, Scott AF, Beaty TH (duben 2007 ). „Sdružení mezi IRF6 a nesyndromickým rozštěpem rtu s rozštěpem patra nebo bez něj u čtyř populací“. Genetika v medicíně. 9 (4): 219–27. doi:10.1097 / GIM.0b013e3180423cca. PMC  2846512. PMID  17438386.
  26. ^ Li Q, Dashwood RH (říjen 2004). „Aktivátorový protein 2alfa se asociuje s adenomatózní polypózou coli / beta-katenin a inhibuje transkripční aktivitu faktoru beta-katenin / T-buňka v buňkách kolorektálního karcinomu.“. The Journal of Biological Chemistry. 279 (44): 45669–75. doi:10,1074 / jbc.M405025200. PMC  2276578. PMID  15331612.
  27. ^ A b Bragança J, Eloranta JJ, Bamforth SD, Ibbitt JC, Hurst HC, Bhattacharya S (květen 2003). „Fyzické a funkční interakce mezi transkripčními faktory AP-2, proteinem vázajícím p300 / CREB a CITED2“. The Journal of Biological Chemistry. 278 (18): 16021–9. doi:10,1074 / jbc.M208144200. PMID  12586840.
  28. ^ Bragança J, Swingler T, Marques FI, Jones T, Eloranta JJ, Hurst HC, Shioda T, Bhattacharya S (březen 2002). „Lidský CREB-vazebný protein / p300-interagující transaktivátor s ED-bohatým ocasem (CITED) 4, nový člen rodiny CITED, funguje jako koaktivátor transkripčního faktoru AP-2“. The Journal of Biological Chemistry. 277 (10): 8559–65. doi:10,1074 / jbc.M110850200. PMID  11744733.
  29. ^ Campillos M, García MA, Valdivieso F, Vázquez J (březen 2003). „Aktivace transkripce pomocí AP-2alfa je modulována onkogenem DEK“. Výzkum nukleových kyselin. 31 (5): 1571–5. doi:10.1093 / nar / gkg247. PMC  149840. PMID  12595566.
  30. ^ Gaubatz S, Imhof A, Dosch R, Werner O, Mitchell P, Buettner R, Eilers M (duben 1995). „Aktivace transkripce pomocí Myc je pod negativní kontrolou transkripčním faktorem AP-2“. Časopis EMBO. 14 (7): 1508–19. doi:10.1002 / j.1460-2075.1995.tb07137.x. PMC  398238. PMID  7729426.
  31. ^ McPherson LA, Loktev AV, Weigel RJ (listopad 2002). "Tumor potlačující aktivita AP2alpha zprostředkovaná přímou interakcí s p53". The Journal of Biological Chemistry. 277 (47): 45028–33. doi:10,1074 / jbc.M208924200. PMID  12226108.

Další čtení

externí odkazy

Tento článek včlení text z United States National Library of Medicine, který je v veřejná doména.