Y box vázající protein 1 - Y box binding protein 1

YBX1
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	1H95
Identifikátory
Aliasy	YBX1, BP-8, CSDA2, CSDB, DBPB, MDR-NF1, NSEP-1, NSEP1, YB-1, YB1, CBF-A, EFI-A, Y-box binding protein 1
Externí ID	OMIM: 154030 MGI: 99146 HomoloGene: 88707 Genové karty: YBX1
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 1 (lidský)
Konec	42,703,805 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 4 (myš)
Konec	119,294,604 bp
Genová ontologie
Molekulární funkce	• Vazba DNA; • GO: 0001131, GO: 0001151, GO: 0001130, GO: 0001204 Aktivita transkripčního faktoru vázajícího DNA; • GO: 0001077, GO: 0001212, GO: 0001213, GO: 0001211, GO: 0001205 Aktivita aktivátoru transkripce vázající DNA, specifická pro RNA polymerázu II; • GO: 0000980 RNA polymeráza II cis-regulační oblast sekvenčně specifická vazba DNA; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • Vazba RNA; • vazba nukleové kyseliny; • Vazba GTPázy; • dvouřetězcová vazba DNA; • jednořetězcová vazba DNA; • vazba chromatinu; • GO: 0001200, GO: 0001133, GO: 0001201 Aktivita transkripčního faktoru vázajícího DNA, specifická pro RNA polymerázu II;
Buněčná složka	• cytoplazma; • CRD zprostředkovaný komplex stability mRNA; • ne membrána; • intracelulární membránou vázaná organela; • Spliceozomální komplex typu U12; • nukleoplazma; • extracelulární oblast; • Stresová granule; • extracelulární exosom; • buněčné jádro; • histonový pre-mRNA 3'koncový komplex zpracování; • cytosol; • ribonukleoprotein;
Biologický proces	• Stabilizace mRNA zprostředkovaná CRD; • Sestřih mRNA prostřednictvím spliceosomu; • regulace transkripce, DNA-šablony; • Zpracování mRNA; • transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • lokalizace proteinu do granule cytoplazmatického stresu; • transkripce, chráněná DNA; • pozitivní regulace buněčného dělení; • pozitivní regulace transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • v embryonálním vývoji dělohy; • Sestřih RNA; • negativní regulace diferenciace pruhovaných svalových buněk; • negativní regulace transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • Signální dráha zářezu; • buněčná odpověď na interleukin-7;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	4904
	22608
	ENSG00000065978
	ENSMUSG00000028639
	P67809
	P62960
	NM_004559
	NM_011732
	NP_004550
	NP_035862
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Y box vázající protein 1 také známý jako Faktor transkripce Y-boxu nebo protein vázající prvek citlivý na nukleázy 1 je protein že u lidí je kódován YBX1 gen.^[5]

Klinický význam

YBX1 je potenciální lékový cíl v terapii rakoviny.^[6] YB-1 pomáhá replikaci adenovirus typ 5, běžně používaný vektor v genová terapie.^[6] YB-1 tedy může způsobit „onkolytický“ účinek v YB-1 pozitivních rakovinných buňkách léčených adenoviry.

Interakce

Bylo prokázáno, že protein 1 vázající Y box komunikovat s:

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000065978 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000028639 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Entrez Gene: YBX1 Y box binding protein 1“.
^ ^A ^b Lage H, Surowiak P, Holm PS (listopad 2008). „[YB-1 jako potenciální cíl v léčbě rakoviny]“. Pathologe (v němčině). 29 Suppl 2: 187–90. doi:10.1007 / s00292-008-1030-2. PMID 18773210.
^ ^A ^b Kojic S, Medeot E, Guccione E, Krmac H, Zara I, Martinelli V, Valle G, Faulkner G (2004). "Protein Ankrd2, spojení mezi sarkomérou a jádrem v kosterním svalu". J. Mol. Biol. 339 (2): 313–25. doi:10.1016 / j.jmb.2004.03.071. PMID 15136035.
^ Chernukhin IV, Shamsuddin S, Robinson AF, Carne AF, Paul A, El-Kady AI, Lobanenkov VV, Klenova EM (2000). „Fyzická a funkční interakce mezi dvěma pluripotentními proteiny, Y-box DNA / RNA-binding factor, YB-1, a multivalent zink finger finger, CTCF“. J. Biol. Chem. 275 (38): 29915–21. doi:10,1074 / jbc.M001538200. PMID 10906122.
^ Okamoto T, Izumi H, Imamura T, Takano H, Ise T, Uchiumi T, Kuwano M, Kohno K (2000). „Přímá interakce p53 s proteinem vázajícím Y-box, YB-1: mechanismus pro regulaci lidské genové exprese“. Onkogen. 19 (54): 6194–202. doi:10.1038 / sj.onc.1204029. PMID 11175333.
^ Ise T, Nagatani G, Imamura T, Kato K, Takano H, Nomoto M, Izumi H, Ohmori H, Okamoto T, Ohga T, Uchiumi T, Kuwano M, Kohno K (1999). „Transkripční faktor Y-box vázající protein 1 se přednostně váže na DNA modifikovanou cisplatinou a interaguje s nukleárním antigenem proliferujících buněk“. Cancer Res. 59 (2): 342–6. PMID 9927044.
^ Chibi M, Meyer M, Skepu A, G Rees DJ, Moolman-Smook JC, Pugh DJ (2008). „RBBP6 interaguje s multifunkčním proteinem YB-1 prostřednictvím své prstové domény RING, což vede k ubikvitinaci a proteosomální degradaci YB-1“. J. Mol. Biol. 384 (4): 908–16. doi:10.1016 / j.jmb.2008.09.060. PMID 18851979.
^ Raffetseder U, Frye B, Rauen T, Jürchott K, Royer HD, Jansen PL, Mertens PR (2003). „Interakce spojovacího faktoru SRp30c s proteinem Y-box-1 propůjčuje jadernou přepravu YB-1 a výběr alternativního místa sestřihu“. J. Biol. Chem. 278 (20): 18241–8. doi:10,1074 / jbc.M212518200. PMID 12604611.

Další čtení

Kolluri R, Torrey TA, Kinniburgh AJ (1992). „Protein vázající CT promotorový prvek: definice dvouřetězcového a nového jednořetězcového DNA vazebného motivu“. Nucleic Acids Res. 20 (1): 111–6. doi:10.1093 / nar / 20.1.111. PMC 5356827. PMID 1738588.
Kolluri R, Kinniburgh AJ (1991). "CDNA sekvence plné délky kódující protein vázající protein elementu nukleázy". Nucleic Acids Res. 19 (17): 4771. doi:10.1093 / nar / 19.17.4771. PMC 328725. PMID 1891370.
Sakura H, Maekawa T, Imamoto F a kol. (1989). „Dva lidské geny izolované novou metodou kódují proteiny vázající DNA obsahující společnou oblast homologie“. Gen. 73 (2): 499–507. doi:10.1016/0378-1119(88)90514-8. PMID 2977358.
Didier DK, Schiffenbauer J, Woulfe SL a kol. (1988). "Charakterizace cDNA kódující vazbu proteinu na hlavní box Y třídy histokompatibilního komplexu třídy II". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 85 (19): 7322–6. Bibcode:1988PNAS ... 85.7322D. doi:10.1073 / pnas.85.19.7322. PMC 282178. PMID 3174636.
Kudo S, Mattei MG, Fukuda M (1995). "Charakterizace genu pro dbpA, člena rodiny proteinů vázajících nukleové kyseliny obsahující doménu chladného šoku". Eur. J. Biochem. 231 (1): 72–82. doi:10.1111 / j.1432-1033.1995.tb20672.x. PMID 7628487.
Lloberas J, Maki RA, Celada A (1995). „Represe exprese hlavního genu histokompatibilního komplexu I-A beta pomocí proteinů dbpA a dbpB (mYB-1)“. Mol. Buňka. Biol. 15 (9): 5092–9. doi:10,1128 / mcb.15,9,5092. PMC 230756. PMID 7651426.
Chen NN, Chang CF, Gallia GL a kol. (1995). „Kooperativní působení buněčných proteinů YB-1 a Pur alfa s nádorovým antigenem lidského JC polyomaviru určuje jejich interakci s virovým lytickým kontrolním prvkem“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 92 (4): 1087–91. Bibcode:1995PNAS ... 92.1087C. doi:10.1073 / pnas.92.4.1087. PMC 42642. PMID 7862639.
Horwitz EM, Maloney KA, Ley TJ (1994). „Lidský protein obsahující doménu„ studeného šoku “se specificky váže na H-DNA před lidskými geny gama-globinu.“ J. Biol. Chem. 269 (19): 14130–9. PMID 8188694.
Kashanchi F, Duvall JF, Dittmer J a kol. (1994). "Podíl transkripčního faktoru YB-1 na expresi bazálního genu lidského T-lymfocytárního viru typu I". J. Virol. 68 (1): 561–5. doi:10.1128 / JVI.68.1.561-565.1994. PMC 236322. PMID 8254772.
Makino Y, Ohga T, Toh S a kol. (1996). „Strukturální a funkční analýza promotoru genu lidského Y-box vázajícího proteinu (YB-1)“. Nucleic Acids Res. 24 (10): 1873–8. doi:10.1093 / nar / 24.10.1873. PMC 145870. PMID 8657568.
Funke B, Zuleger B, Benavente R a kol. (1996). „Myší protein vázající poly (C) existuje ve více izoformách a interaguje s několika proteiny vázajícími RNA“. Nucleic Acids Res. 24 (19): 3821–8. doi:10.1093 / nar / 24.19.3821. PMC 146158. PMID 8871564.
Koike K, Uchiumi T, Ohga T a kol. (1998). "Nukleární translokace Y-box vázajícího proteinu ultrafialovým zářením". FEBS Lett. 417 (3): 390–4. doi:10.1016 / S0014-5793 (97) 01296-9. PMID 9409758. S2CID 24656107.
Toh S, Nakamura T, Ohga T a kol. (1998). "Genomická organizace genu lidského proteinu Y-box (YB-1)". Gen. 206 (1): 93–7. doi:10.1016 / S0378-1119 (97) 00570-2. PMID 9461420.
Sawaya BE, Khalili K, Amini S (1998). „Transkripce promotoru viru lidské imunodeficience typu 1 (HIV-1) v buňkách centrálního nervového systému: účinek YB-1 na expresi dlouhého terminálního opakování HIV-1“. J. Gen. Virol. 79. (Pt 2) (2): 239–46. doi:10.1099/0022-1317-79-2-239. PMID 9472608.
Mertens PR, Alfonso-Jaume MA, Steinmann K, Lovett DH (1999). „Synergická interakce transkripčních faktorů AP2 a YB-1 reguluje transkripci závislou na zesilovači želatinázy A“. J. Biol. Chem. 273 (49): 32957–65. doi:10.1074 / jbc.273.49.32957. PMID 9830047.
Ise T, Nagatani G, Imamura T a kol. (1999). „Transkripční faktor Y-box vázající protein 1 se přednostně váže na DNA modifikovanou cisplatinou a interaguje s nukleárním antigenem proliferujících buněk“. Cancer Res. 59 (2): 342–6. PMID 9927044.
Safak M, Gallia GL, Khalili K (1999). „Reciproční interakce mezi dvěma buněčnými proteiny, Puralpha a YB-1, moduluje transkripční aktivitu JCVCY v gliových buňkách“. Mol. Buňka. Biol. 19 (4): 2712–23. doi:10,1128 / mcb.19.4.2712. PMC 84064. PMID 10082537.
Kelm RJ, Cogan JG, Elder PK a kol. (1999). „Molekulární interakce mezi jednovláknovými proteiny vázajícími DNA spojenými s esenciálním prvkem MCAT v promotoru alfa-aktinu hladkého svalstva myši“. J. Biol. Chem. 274 (20): 14238–45. doi:10.1074 / jbc.274.20.14238. PMID 10318844.
Safak M, Gallia GL, Ansari SA, Khalili K (1999). „Fyzická a funkční interakce mezi Y-box vázajícím proteinem YB-1 a velkým T antigenem lidského polyomaviru JC viru“. J. Virol. 73 (12): 10146–57. doi:10.1128 / JVI.73.12.10146-10157.1999. PMC 113067. PMID 10559330.
Ansari SA, Safak M, Gallia GL a kol. (1999). „Interakce YB-1 s virem lidské imunodeficience typu 1 Tat a TAR RNA moduluje aktivitu virového promotoru“. J. Gen. Virol. 80. (Pt 10) (10): 2629–38. doi:10.1099/0022-1317-80-10-2629. PMID 10573156.
Basaki Y, Hosoi F, Oda Y a kol. (2007). "Akt-dependentní nukleární lokalizace Y-box vázajícího proteinu 1 při získávání maligních charakteristik lidskými buňkami rakoviny vaječníků". Onkogen. 26 (19): 2736–46. doi:10.1038 / sj.onc.1210084. PMID 17072343.

externí odkazy

YBX1 + protein, + člověk v americké národní lékařské knihovně Lékařské předměty (Pletivo)

Tento článek včlení text z United States National Library of Medicine, který je v veřejná doména.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000065978 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000028639 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[5] „Entrez Gene: YBX1 Y box binding protein 1“.

[Lage_2008-6] A ^b Lage H, Surowiak P, Holm PS (listopad 2008). „[YB-1 jako potenciální cíl v léčbě rakoviny]“. Pathologe (v němčině). 29 Suppl 2: 187–90. doi:10.1007 / s00292-008-1030-2. PMID 18773210.

[pmid15136035-7] A ^b Kojic S, Medeot E, Guccione E, Krmac H, Zara I, Martinelli V, Valle G, Faulkner G (2004). "Protein Ankrd2, spojení mezi sarkomérou a jádrem v kosterním svalu". J. Mol. Biol. 339 (2): 313–25. doi:10.1016 / j.jmb.2004.03.071. PMID 15136035.

[pmid10906122-8] Chernukhin IV, Shamsuddin S, Robinson AF, Carne AF, Paul A, El-Kady AI, Lobanenkov VV, Klenova EM (2000). „Fyzická a funkční interakce mezi dvěma pluripotentními proteiny, Y-box DNA / RNA-binding factor, YB-1, a multivalent zink finger finger, CTCF“. J. Biol. Chem. 275 (38): 29915–21. doi:10,1074 / jbc.M001538200. PMID 10906122.

[pmid11175333-9] Okamoto T, Izumi H, Imamura T, Takano H, Ise T, Uchiumi T, Kuwano M, Kohno K (2000). „Přímá interakce p53 s proteinem vázajícím Y-box, YB-1: mechanismus pro regulaci lidské genové exprese“. Onkogen. 19 (54): 6194–202. doi:10.1038 / sj.onc.1204029. PMID 11175333.

[pmid9927044-10] Ise T, Nagatani G, Imamura T, Kato K, Takano H, Nomoto M, Izumi H, Ohmori H, Okamoto T, Ohga T, Uchiumi T, Kuwano M, Kohno K (1999). „Transkripční faktor Y-box vázající protein 1 se přednostně váže na DNA modifikovanou cisplatinou a interaguje s nukleárním antigenem proliferujících buněk“. Cancer Res. 59 (2): 342–6. PMID 9927044.

[pmid18851979-11] Chibi M, Meyer M, Skepu A, G Rees DJ, Moolman-Smook JC, Pugh DJ (2008). „RBBP6 interaguje s multifunkčním proteinem YB-1 prostřednictvím své prstové domény RING, což vede k ubikvitinaci a proteosomální degradaci YB-1“. J. Mol. Biol. 384 (4): 908–16. doi:10.1016 / j.jmb.2008.09.060. PMID 18851979.

[pmid12604611-12] Raffetseder U, Frye B, Rauen T, Jürchott K, Royer HD, Jansen PL, Mertens PR (2003). „Interakce spojovacího faktoru SRp30c s proteinem Y-box-1 propůjčuje jadernou přepravu YB-1 a výběr alternativního místa sestřihu“. J. Biol. Chem. 278 (20): 18241–8. doi:10,1074 / jbc.M212518200. PMID 12604611.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]