IRF5 - IRF5

IRF5
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	3DSH
Identifikátory
Aliasy	IRF5„SLEB10, interferonový regulační faktor 5
Externí ID	OMIM: 607218 MGI: 1350924 HomoloGene: 8088 Genové karty: IRF5
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 7 (lidský)
Konec	128,950,038 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 6 (myš)
Konec	29,541,871 bp
Exprese RNA vzor
	; ;
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• Vazba DNA; • GO: 0001131, GO: 0001151, GO: 0001130, GO: 0001204 Aktivita transkripčního faktoru vázajícího DNA; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • GO: 0001077, GO: 0001212, GO: 0001213, GO: 0001211, GO: 0001205 Aktivita aktivátoru transkripce vázající DNA, specifická pro RNA polymerázu II; • sekvenčně specifická vazba DNA; • identická vazba na protein; • GO: 0001200, GO: 0001133, GO: 0001201 Aktivita transkripčního faktoru vázajícího DNA, specifická pro RNA polymerázu II;
Buněčná složka	• cytoplazma; • cytosol; • buněčné jádro;
Biologický proces	• regulace transkripce, DNA-šablony; • pozitivní regulace produkce interleukinu-12; • interferon-gama zprostředkovaná signální dráha; • proces imunitního systému; • regulace transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • pozitivní regulace produkce interferonu-alfa; • reakce na muramyldipeptid; • transkripce, chráněná DNA; • obranná reakce na virus; • interferonová signální dráha typu I; • reakce na peptidoglykan; • pozitivní regulace apoptotického procesu; • vrozený imunitní systém; • pozitivní regulace transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • pozitivní regulace produkce interferonu-beta; • cytokiny zprostředkovanou signální cestu; • transkripce z promotoru RNA polymerázy II;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	3663
	27056
	ENSG00000128604
	ENSMUSG00000029771
	Q13568
	P56477
NM_001098627; NM_001098629; NM_001098630; NM_001242452; NM_032643;
	NM_001347928; NM_001364314
	NM_001252382; NM_012057; NM_001311083
NP_001092097; NP_001092099; NP_001092100; NP_001229381; NP_116032;
	NP_001334857; NP_001351243; NP_001092099.1
	NP_001239311; NP_001298012; NP_036187
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Interferonový regulační faktor 5 je protein že u lidí je kódován IRF5 gen.^[5]

Funkce

IRF5 je členem interferonový regulační faktor (IRF) rodina, skupina transkripční faktory s různými rolemi, včetně virem zprostředkované aktivace interferonu a modulace buněčného růstu, diferenciace, apoptózy a aktivity imunitního systému. Členové rodiny IRF se vyznačují konzervativci N-terminál Doména vázající DNA obsahující tryptofan (W) se opakuje. Existují alternativní varianty sestřihu kódující různé izoformy.^[5]

Studie z roku 2020 ukázala, že adaptorový protein s názvem TASL hraje důležitou regulační roli v aktivaci IRF5 tím, že je fosforylován na motivu pLxIS,^[6] kreslení podobné analogie k IRF3 aktivační cesta přes adaptorové proteiny MAVS, STING a TRIF.^[7]

Klinický význam

IRF5 funguje jako molekulární přepínač, který řídí, zda makrofágy bude podporovat nebo potlačovat zánět. Blokování produkce IRF5 v makrofágech může pomoci léčit širokou škálu autoimunitních onemocnění a že zvýšení hladin IRF5 může pomoci léčit lidi, jejichž imunitní systém je slabý, narušený nebo poškozený. Zdá se, že IRF5 funguje „buď přímou interakcí s DNA, nebo interakcí s jinými proteiny, které samy řídí, které geny jsou zapnuty.“^[8]

Viz také

Interferonové regulační faktory

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000128604 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání Ensembl 89: ENSMUSG00000029771 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ ^A ^b "Entrez Gene: IRF5 interferon regulační faktor 5".
^ Heinz, Leonhard X .; Lee, JangEun; Kapoor, Utkarsh; Kartnig, Felix; Sedlyarov, Vitaly; Papakostas, Konstantinos; César-Razquin, Adrian; Essletzbichler, Patrick; Goldmann, Ulrich; Stefanovic, Adrijana; Bigenzahn, Johannes W .; Scorzoni, Stefania; Pizzagalli, Mattia D .; Bensimon, Ariel; Müller, André C .; King, F. James; Li, červen; Girardi, Enrico; Mbow, M. Lamine; Whitehurst, Charles E .; Rebsamen, Manuele; Superti-Furga, Giulio (13. května 2020). „TASL je adaptér spojený s SLC15A4 pro aktivaci IRF5 pomocí TLR7–9“. Příroda. 581 (7808): 316–322. Bibcode:2020Natur.581..316H. doi:10.1038 / s41586-020-2282-0. PMID 32433612. S2CID 218625265.
^ Liu S, Cai X, Wu J, Cong Q, Chen X, Li T, Du F, Ren J, Wu Y, Grishin N a Chen ZJ (13. března 2015). „Fosforylace vrozených proteinů imunitního adaptéru MAVS, STING a TRIF indukuje aktivaci IRF3“. Věda. 347 (6227): aaa2630. doi:10.1126 / science.aaa2630. PMID 25636800.
^ Krausgruber T, Blažek K, Smallie T, Alzabin S, Lockstone H, Sahgal N, Hussell T, Feldmann M, Udalova IA (leden 2011). „IRF5 podporuje zánětlivou polarizaci makrofágů a odpovědi T (H) 1-T (H) 17“. Nat Immunol. 12 (3): 231–238. doi:10.1038 / ni.1990. PMID 21240265. S2CID 13730047. Shrnutí ležel – MedScape.

Další čtení

Pitha PM, Au WC, Lowther W a kol. (1999). „Role interferonových regulačních faktorů (IRF) ve virem zprostředkované signalizaci a regulaci buněčného růstu“. Biochimie. 80 (8–9): 651–8. doi:10.1016 / S0300-9084 (99) 80018-2. PMID 9865487.
Barnes B, Lubyova B, Pitha PM (2002). "O roli IRF v obraně hostitele". J. Interferon Cytokine Res. 22 (1): 59–71. doi:10.1089/107999002753452665. PMID 11846976.
Barnes BJ, Moore PA, Pitha PM (2001). „Virově specifická aktivace nového interferonového regulačního faktoru, IRF-5, vede k indukci odlišných genů interferonu alfa“. J. Biol. Chem. 276 (26): 23382–90. doi:10,1074 / jbc.M101216200. PMID 11303025.
Nehyba J, Hrdlicková R, Burnside J, Bose HR (2002). „Nový interferonový regulační faktor (IRF), IRF-10, má jedinečnou roli v imunitní obraně a je indukován v-Rel onkoproteinem“. Mol. Buňka. Biol. 22 (11): 3942–57. doi:10.1128 / MCB.22.11.3942-3957.2002. PMC 133824. PMID 11997525.
Barnes BJ, Kellum MJ, Field AE, Pitha PM (2002). "Více regulačních domén IRF-5 kontroluje aktivaci, buněčnou lokalizaci a indukci chemokinů, které zprostředkovávají nábor T lymfocytů". Mol. Buňka. Biol. 22 (16): 5721–40. doi:10.1128 / MCB.22.16.5721-5740.2002. PMC 133975. PMID 12138184.
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH a kol. (2003). „Generování a počáteční analýza více než 15 000 lidských a myších cDNA sekvencí plné délky“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99 (26): 16899–903. Bibcode:2002PNAS ... 9916899M. doi:10.1073 / pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
Barnes BJ, Field AE, Pitha-Rowe PM (2003). „Virusem indukovaná tvorba heterodimerů mezi IRF-5 a IRF-7 moduluje sestavení IFNA enhanceromu in vivo a transkripční aktivitu genů IFNA“. J. Biol. Chem. 278 (19): 16630–41. doi:10,1074 / jbc.M212609200. PMID 12600985.
Scherer SW, Cheung J, MacDonald JR a kol. (2003). „Lidský chromozom 7: sekvence DNA a biologie“. Věda. 300 (5620): 767–72. Bibcode:2003Sci ... 300..767S. doi:10.1126 / science.1083423. PMC 2882961. PMID 12690205.
Barnes BJ, Kellum MJ, Pinder KE a kol. (2003). „Interferonový regulační faktor 5, nový mediátor zástavy buněčného cyklu a buněčné smrti“. Cancer Res. 63 (19): 6424–31. PMID 14559832.
Barnes BJ, Richards J, Mancl M a kol. (2004). „Globální a odlišné cíle IRF-5 a IRF-7 během vrozené reakce na virovou infekci“. J. Biol. Chem. 279 (43): 45194–207. doi:10,1074 / jbc.M400726200. PMID 15308637.
Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA a kol. (2004). „Stav, kvalita a rozšíření projektu cDNA NIH v plné délce: Mammalian Gene Collection (MGC)“. Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10,1101 / gr. 2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
Lin R, Yang L, Arguello M a kol. (2005). „Cesta regulace jaderného exportu závislá na CRM1 je zapojena do regulace subcelulární lokalizace IRF-5“. J. Biol. Chem. 280 (4): 3088–95. doi:10,1074 / jbc.M408452200. PMID 15556946.
Sigurdsson S, Nordmark G, Göring HH a kol. (2005). „Polymorfismy v genech pro tyrosinkinázu 2 a interferonový regulační faktor 5 jsou spojeny se systémovým lupus erythematodes“. Dopoledne. J. Hum. Genet. 76 (3): 528–37. doi:10.1086/428480. PMC 1196404. PMID 15657875.
Takaoka A, Yanai H, Kondo S a kol. (2005). "Integrovaná role IRF-5 v programu indukce genů aktivovaného receptory podobnými Toll". Příroda. 434 (7030): 243–9. Bibcode:2005 Natur.434..243T. doi:10.1038 / nature03308. PMID 15665823. S2CID 667829.
Schoenemeyer A, Barnes BJ, Mancl ME a kol. (2005). „Interferonový regulační faktor, IRF5, je centrálním mediátorem signalizace podobného mýtnému receptoru 7“. J. Biol. Chem. 280 (17): 17005–12. doi:10,1074 / jbc.M412584200. PMID 15695821.
Mancl ME, Hu G, Sangster-Guity N, Olshalsky SL, Hoops K, Fitzgerald-Bocarsly P, Pitha PM, Pinder K, Barnes BJ (červen 2005). „Dva diskrétní promotory regulují alternativně sestříhané izoformy lidského interferonového regulačního faktoru 5. Několik izoforem s odlišnou expresí, lokalizací, regulací a funkcí specifickou pro daný buněčný typ. J. Biol. Chem. 280 (22): 21078–90. doi:10,1074 / jbc.M500543200. PMID 15805103.
Rual JF, Venkatesan K, Hao T a kol. (2005). „Směrem k mapě lidské interakční sítě protein-protein v měřítku proteomu“. Příroda. 437 (7062): 1173–8. Bibcode:2005 Natur.437.1173R. doi:10.1038 / nature04209. PMID 16189514. S2CID 4427026.
Graham RR, Kozyrev SV, Baechler EC a kol. (2006). „Běžný haplotyp interferonového regulačního faktoru 5 (IRF5) reguluje sestřih a expresi a je spojen se zvýšeným rizikem systémového lupus erythematodes“. Nat. Genet. 38 (5): 550–5. doi:10.1038 / ng1782. PMID 16642019. S2CID 21426281.

externí odkazy

IRF5 + protein, + člověk v americké národní lékařské knihovně Lékařské předměty (Pletivo)
Přehled všech strukturálních informací dostupných v PDB pro UniProt: Q13568 (Regulační faktor interferonu 5) na PDBe-KB.

Tento článek včlení text z United States National Library of Medicine, který je v veřejná doména.

Tento článek o gen na lidský chromozom 7 je pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000128604 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání Ensembl 89: ENSMUSG00000029771 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[entrez-5] A ^b "Entrez Gene: IRF5 interferon regulační faktor 5".

[6] Heinz, Leonhard X .; Lee, JangEun; Kapoor, Utkarsh; Kartnig, Felix; Sedlyarov, Vitaly; Papakostas, Konstantinos; César-Razquin, Adrian; Essletzbichler, Patrick; Goldmann, Ulrich; Stefanovic, Adrijana; Bigenzahn, Johannes W .; Scorzoni, Stefania; Pizzagalli, Mattia D .; Bensimon, Ariel; Müller, André C .; King, F. James; Li, červen; Girardi, Enrico; Mbow, M. Lamine; Whitehurst, Charles E .; Rebsamen, Manuele; Superti-Furga, Giulio (13. května 2020). „TASL je adaptér spojený s SLC15A4 pro aktivaci IRF5 pomocí TLR7–9“. Příroda. 581 (7808): 316–322. Bibcode:2020Natur.581..316H. doi:10.1038 / s41586-020-2282-0. PMID 32433612. S2CID 218625265.

[7] Liu S, Cai X, Wu J, Cong Q, Chen X, Li T, Du F, Ren J, Wu Y, Grishin N a Chen ZJ (13. března 2015). „Fosforylace vrozených proteinů imunitního adaptéru MAVS, STING a TRIF indukuje aktivaci IRF3“. Věda. 347 (6227): aaa2630. doi:10.1126 / science.aaa2630. PMID 25636800.

[pmid21240265-8] Krausgruber T, Blažek K, Smallie T, Alzabin S, Lockstone H, Sahgal N, Hussell T, Feldmann M, Udalova IA (leden 2011). „IRF5 podporuje zánětlivou polarizaci makrofágů a odpovědi T (H) 1-T (H) 17“. Nat Immunol. 12 (3): 231–238. doi:10.1038 / ni.1990. PMID 21240265. S2CID 13730047. Shrnutí ležel – MedScape.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]