KDM5A - KDM5A
Lysin-specifická demethyláza 5A je enzym že u lidí je kódován KDM5A gen.[5][6]
Funkce
Protein kódovaný tímto genem je všudypřítomně exprimovaný jaderný protein. Váže se přímo, s několika dalšími proteiny, na protein retinoblastomu, který reguluje buněčnou proliferaci. To bylo dříve známé jako Retinoblastoma Binding Protein 2 (RBP2). Tento protein také interaguje s rhombotinem-2, který funguje zřetelně v erytropoéze a v leukemogenezi T-buněk. Předpokládá se, že rhombotin-2 buď přímo ovlivňuje aktivitu kódovaného proteinu, nebo může nepřímo modulovat funkce proteinu retinoblastomu vazbou na tento protein. Alternativně byly pro tento gen nalezeny sestřižené varianty transkriptu kódující odlišné izoformy.[6]
The Drosophila homolog, LID, bylo zjištěno, že je H3K4 histon demethyláza na které se váže c-Myc.[7] Nedávno byla přejmenována na Lysine Demethylase 5A (KDM5A).
Enzymaticky lze označit jako trimethyllysindioxygenáza, který je členem alfa-ketoglutarát-dependentní hydroxyláza nadčeleď (ES 1.14.11.8 ).
Interakce
JARID1A bylo prokázáno komunikovat s Estrogenový receptor alfa,[8] LMO2[9] a Protein retinoblastomu.[8][10]
JARID1A je hlavní součástí cirkadiánních hodin, jejichž upregulace na konci spánkové fáze blokuje aktivitu HDAC1. Blokování aktivity HDAC1 vede k upregulaci CLOCK a BMAL1 a následné upregulaci proteinů PER. PSF (spojovací faktor spojený s proteinem vázajícím se na polypyrimidinový protein) v komplexu PER rekrutuje SIN3A, kostru pro sestavení transkripčních inhibičních komplexů a rytmicky dodává histonové deacetylázy promotoru Per1, který potlačuje transkripci Per1.[11][12]
Vyřazení přípravku JARID1A podporovalo osteogenní diferenciaci lidských stromálních buněk derivovaných z tukového tuku in vitro a in vivo a vedlo k výraznému zvýšení exprese mRNA genů spojených s osteogenezí, jako je alkalická fosfatáza (ALP), osteokalcin (OC) a osterix (OSX). Ukázalo se, že RBP2 zaujímá promotéry OSX a OC, aby udržel úroveň H3K4me3 označte chromatinovými imunoprecipitačními testy. RBP2 byl také fyzicky a funkčně spojen s RUNX2, základním transkripčním faktorem, který řídil osteoblastickou diferenciaci. RUNX2 knockdown narušil represivní aktivitu RBP2 při osteogenní diferenciaci lidských stromálních buněk odvozených z tukové tkáně.[13]
Reference
- ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000073614 - Ensembl, Květen 2017
- ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000030180 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ Defeo-Jones D, Huang PS, Jones RE, Haskell KM, Vuocolo GA, Hanobik MG, Huber HE, Oliff A (červenec 1991). "Klonování cDNA pro buněčné proteiny, které se vážou na produkt genu retinoblastomu". Příroda. 352 (6332): 251–4. Bibcode:1991 Natur.352..251D. doi:10.1038 / 352251a0. PMID 1857421. S2CID 4357523.
- ^ A b „Entrez Gene: JARID1A jumonji, AT bohatá interaktivní doména 1A“.
- ^ Secombe J, Li L, Carlos L, Eisenman RN (březen 2007). „Víko skupiny proteinů Trithorax je trimethylhiston H3K4 demethyláza potřebná pro buněčný růst indukovaný dMyc“. Geny a vývoj. 21 (5): 537–51. doi:10.1101 / gad.1523007. PMC 1820896. PMID 17311883.
- ^ A b Chan SW, Hong W (červenec 2001). „Protein vázající retinoblastom 2 (Rbp2) potencuje transkripci zprostředkovanou nukleárními receptory“. The Journal of Biological Chemistry. 276 (30): 28402–12. doi:10,1074 / jbc.M100313200. PMID 11358960.
- ^ Mao S, Neale GA, Goorha RM (duben 1997). „T-buněčný onkogen rhombotin-2 interaguje s proteinem vázajícím retinoblastom 2“. Onkogen. 14 (13): 1531–9. doi:10.1038 / sj.onc.1200988. PMID 9129143.
- ^ Kim YW, Otterson GA, Kratzke RA, Coxon AB, Kaye FJ (listopad 1994). „Diferenciální specificita pro vazbu proteinu vázajícího retinoblastom 2 na RB, p107 a protein vázající TATA“. Molekulární a buněčná biologie. 14 (11): 7256–64. doi:10,1128 / mcb.14.11.7256. PMC 359260. PMID 7935440.
- ^ DiTacchio L, Le HD, Vollmers C, Hatori M, Witcher M, Secombe J, Panda S (2011). „Histon-lysin-demetyláza JARID1a aktivuje CLOCK-BMAL1 a ovlivňuje cirkadiánní hodiny“. Věda. 333 (6051): 1881–5. Bibcode:2011Sci ... 333.1881D. doi:10.1126 / science.1206022. PMC 3204309. PMID 21960634.
- ^ Duong HA, Robles MS, Knutti D, Weitz CJ (2011). „Molekulární mechanismus pro negativní zpětnou vazbu cirkadiánních hodin“. Věda. 332 (6036): 1436–9. Bibcode:2011Sci ... 332.1436D. doi:10.1126 / science.1196766. PMC 3859310. PMID 21680841.
- ^ Ge W, Shi L, Zhou Y, Liu Y, Ma GE, Jiang Y, Xu Y, Zhang X, Feng H (2011). „Inhibice osteogenní diferenciace lidských stromálních buněk derivovaných z tukové tkáně retinoblastomovým vazebným proteinem 2 represí transkripce aktivované RUNX2“. Kmenové buňky. 29 (7): 1112–25. doi:10,1002 / stopka 663. PMID 21604327. S2CID 41977627.
Další čtení
- Kim YW, Otterson GA, Kratzke RA, Coxon AB, Kaye FJ (listopad 1994). „Diferenciální specificita pro vazbu proteinu vázajícího retinoblastom 2 na RB, p107 a protein vázající TATA“. Molekulární a buněčná biologie. 14 (11): 7256–64. doi:10,1128 / mcb.14.11.7256. PMC 359260. PMID 7935440.
- Maruyama K, Sugano S (leden 1994). „Oligo-capping: jednoduchá metoda k nahrazení struktury cap eukaryotických mRNA oligoribonukleotidy“. Gen. 138 (1–2): 171–4. doi:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID 8125298.
- Fattaey AR, Helin K, Dembski MS, Dyson N, Harlow E, Vuocolo GA, Hanobik MG, Haskell KM, Oliff A, Defeo-Jones D (listopad 1993). "Charakterizace proteinů vázajících retinoblastom RBP1 a RBP2". Onkogen. 8 (11): 3149–56. PMID 8414517.
- Baens M, Aerssens J, van Zand K, Van den Berghe H, Marynen P (září 1995). "Izolace a regionální přiřazení 12p cDNA lidského chromozomu". Genomika. 29 (1): 44–52. doi:10.1006 / geno.1995.1213. PMID 8530100.
- Andersson B, Wentland MA, Ricafrente JY, Liu W, Gibbs RA (duben 1996). „Metoda„ dvojitého adaptéru “pro vylepšenou konstrukci knihovny brokovnic“. Analytická biochemie. 236 (1): 107–13. doi:10.1006 / abio.1996.0138. PMID 8619474.
- Hillier LD, Lennon G, Becker M, Bonaldo MF, Chiapelli B, Chissoe S, Dietrich N, DuBuque T, Favello A, Gish W, Hawkins M, Hultman M, Kucaba T, Lacy M, Le M, Le N, Mardis E Moore B, Morris M, Parsons J, Prange C, Rifkin L, Rohlfing T, Schellenberg K, Bento Soares M, Tan F, Thierry-Meg J, Trevaskis E, Underwood K, Wohldman P, Waterston R, Wilson R, Marra M (září 1996). „Generování a analýza 280 000 lidských sekvenčních značek“. Výzkum genomu. 6 (9): 807–28. doi:10,1101 / gr. 6.807. PMID 8889549.
- Yu W, Andersson B, Worley KC, Muzny DM, Ding Y, Liu W, Ricafrente JY, Wentland MA, Lennon G, Gibbs RA (duben 1997). "Sekvenování cDNA ve velkém měřítku". Výzkum genomu. 7 (4): 353–8. doi:10,1101 / gr. 7.4.353. PMC 139146. PMID 9110174.
- Mao S, Neale GA, Goorha RM (duben 1997). „T-buněčný onkogen rhombotin-2 interaguje s proteinem vázajícím retinoblastom 2“. Onkogen. 14 (13): 1531–9. doi:10.1038 / sj.onc.1200988. PMID 9129143.
- Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K, Suyama A, Sugano S (říjen 1997). "Konstrukce a charakterizace knihovny cDNA obohacené o celou délku a 5'-end". Gen. 200 (1–2): 149–56. doi:10.1016 / S0378-1119 (97) 00411-3. PMID 9373149.
- Chan SW, Hong W (červenec 2001). „Protein vázající retinoblastom 2 (Rbp2) potencuje transkripci zprostředkovanou nukleárními receptory“. The Journal of Biological Chemistry. 276 (30): 28402–12. doi:10,1074 / jbc.M100313200. PMID 11358960.
- Sandrock B, Egly JM (září 2001). „Kvasinkový čtyřhybridní systém identifikuje kinázu aktivující Cdk jako regulátor XPD helikázy, podjednotky transkripčního faktoru IIH“. The Journal of Biological Chemistry. 276 (38): 35328–33. doi:10,1074 / jbc.M105570200. PMID 11445587.
- Beausoleil SA, Jedrychowski M, Schwartz D, Elias JE, Villén J, Li J, Cohn MA, Cantley LC, Gygi SP (srpen 2004). „Rozsáhlá charakterizace jaderných fosfoproteinů z buněk HeLa“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 101 (33): 12130–5. Bibcode:2004PNAS..10112130B. doi:10.1073 / pnas.0404720101. PMC 514446. PMID 15302935.
- Benevolenskaya EV, Murray HL, Branton P, Young RA, Kaelin WG (červen 2005). „Vazba pRB na protein PHD RBP2 podporuje buněčnou diferenciaci“. Molekulární buňka. 18 (6): 623–35. doi:10.1016 / j.molcel.2005.05.012. PMID 15949438.
- Kimura K, Wakamatsu A, Suzuki Y, Ota T, Nishikawa T, Yamashita R, Yamamoto J, Sekine M, Tsuritani K, Wakaguri H, Ishii S, Sugiyama T, Saito K, Isono Y, Irie R, Kushida N, Yoneyama T , Otsuka R, Kanda K, Yokoi T, Kondo H, Wagatsuma M, Murakawa K, Ishida S, Ishibashi T, Takahashi-Fujii A, Tanase T, Nagai K, Kikuchi H, Nakai K, Isogai T, Sugano S (leden 2006 ). „Diverzifikace transkripční modulace: rozsáhlá identifikace a charakterizace domnělých alternativních promotorů lidských genů“. Výzkum genomu. 16 (1): 55–65. doi:10,1101 / gr. 4039406. PMC 1356129. PMID 16344560.
- Tzschach A, Lenzner S, Moser B, Reinhardt R, Chelly J, Fryns JP, Kleefstra T, Raynaud M, Turner G, Ropers HH, Kuss A, Jensen LR (duben 2006). „Nové mutace JARID1C / SMCX u pacientů s mentální retardací vázanou na X“. Lidská mutace. 27 (4): 389. doi:10,1002 / humu.9420. PMID 16541399. S2CID 25318561.
- Roesch A, Becker B, Schneider-Brachert W, Hagen I, Landthaler M, Vogt T (srpen 2006). „Re-exprese proteinu vázajícího na retinoblastom 2-homolog 1 odhaluje funkce potlačující nádory ve vysoce metastatických melanomových buňkách“. The Journal of Investigative Dermatology. 126 (8): 1850–9. doi:10.1038 / sj.jid.5700324. PMID 16645588.
- Olsen JV, Blagoev B, Gnad F, Macek B, Kumar C, Mortensen P, Mann M (listopad 2006). „Globální, in vivo a místně specifická dynamika fosforylace v signálních sítích“. Buňka. 127 (3): 635–48. doi:10.1016 / j.cell.2006.09.026. PMID 17081983. S2CID 7827573.
externí odkazy
- JARID1A + protein, + člověk v americké národní lékařské knihovně Lékařské předměty (Pletivo)
Tento článek včlení text z United States National Library of Medicine, který je v veřejná doména.
