Doména B3 - B3 domain

Dostupné proteinové struktury:
Pfam	struktur / ECOD
PDB	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum	shrnutí struktury
PDB	1, 1 rok

B3 DNA vazebná doména
	B3 DNA vazebná doména RAV1
Identifikátory
Symbol	B3_doména
Pfam	PF02362
InterPro	IPR003340
STRÁNKA	PS50863
SCOP2	1 / Rozsah / SUPFAM
CDD	cd10017
Dostupné proteinové struktury:
Pfam	struktur / ECOD
PDB	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum	shrnutí struktury
PDB	1, 1 rok

B3 DNA vazebná doména (DBD) je a vysoce konzervativní doména nalezeno výhradně v transkripční faktory (≥ 40 druhů) (Pfam PF02362 ) v kombinaci s jinými doménami (InterPro: IPR003340 ). Skládá se ze 100-120 zbytků, zahrnuje sedm beta vlákna a dva alfa helixy které tvoří pseudobarrel vázající DNA proteinový záhyb (SCOP 117343 ); interaguje s hlavní drážkou DNA.^[1]

Rodiny B3

v Arabidopsis thaliana, existují tři hlavní rodiny transkripčních faktorů, které obsahují doménu B3:^[2]

ARF (Auxin Rodpověď Fherci)
ABI3 (ABkyselina scisová Jánecitlivý3)
RAV (Rnadšený ABI3 /PROTIP1)

protein	ARF1-B3	ABI3-B3	RAV1-B3
Struktura B3 odvozená z	molekulární model^[1]	molekulární model^[1]	NMR^[1]
B3 sekvence rozpoznávání	TGTCTC^[3]^[4]	CATGCA^[5]^[6]	CACCTG^[7]

PDB: 1WID^[1] a PDB: 1YEL^[8] jsou známy pouze NMR strukturní fázové struktury domény vázající DNA B3.

Související proteiny

The N-terminál doména restrikční endonukleáza EcoRII; the C-terminál doména restrikční endonukleáza BfiI má podobný pseudobarrel vázající DNA proteinový záhyb.^[9]^[10]

Viz také

Restrikční endonukleáza EcoRII
Auxin
Kyselina abscisová

Reference

^ ^A ^b ^C ^d ^E Yamasaki K, Kigawa T, Inoue M, Tateno M, Yamasaki T, Yabuki T, Aoki M, Seki E, Matsuda T, Tomo Y, Hayami N, Terada T, Shirouzu M, Osanai T, Tanaka A, Seki M, Shinozaki K , Yokoyama S (2004). "Struktura řešení domény vázající DNA B3 na Arabidopsis za studena reagující transkripční faktor RAV1". Rostlinná buňka. 16 (12): 3448–59. doi:10.1105 / tpc.104.026112. PMC 535885. PMID 15548737.
^ Riechmann JL, Heard J, Martin G, Reuber L, Jiang C, Keddie J, Adam L, Pineda O, Ratcliffe OJ, Samaha RR, Creelman R, Pilgrim M, Broun P, Zhang JZ, Ghandehari D, Sherman BK, Yu G (2000). „Transkripční faktory Arabidopsis: komparativní analýza mezi eukaryoty v celém genomu“. Věda. 290 (5499): 2105–10. Bibcode:2000Sci ... 290.2105R. doi:10.1126 / science.290.5499.2105. PMID 11118137.
^ Ulmasov T, Hagen G, Guilfoyle TJ (1997). "ARF1, transkripční faktor, který se váže na prvky reakce auxinu". Věda. 276 (5320): 1865–8. doi:10.1126 / science.276.5320.1865. PMID 9188533.
^ Tiwari SB, Hagen G, Guilfoyle TJ (2003). „Role domén faktoru reakce na Auxin v transkripci reagující na Auxin“. Rostlinná buňka. 15 (2): 533–43. doi:10,1105 / tpc.008417. PMC 141219. PMID 12566590.
^ Suzuki M, Kao CY, McCarty DR (1997). „Konzervovaná doména B3 VIVIPAROUS1 má kooperativní aktivitu vázání DNA“. Rostlinná buňka. 9 (5): 799–807. doi:10,1105 / tpc.9.5.799. PMC 156957. PMID 9165754.
^ Ezcurra I, Wycliffe P, Nehlin L, Ellerström M, Rask L (2000). „Transaktivace promotoru napass Brassica napus pomocí ABI3 vyžaduje interakci konzervovaných domén B2 a B3 ABI3 s různými cis-prvky: B2 zprostředkovává aktivaci prostřednictvím ABRE, zatímco B3 interaguje s RY / G-boxem.“ Rostlina J. 24 (1): 57–66. doi:10.1046 / j.1365-313x.2000.00857.x. PMID 11029704.
^ Kagaya Y, Ohmiya K, Hattori T (1999). „RAV1, nový protein vázající DNA, se váže na bipartitní rozpoznávací sekvenci prostřednictvím dvou odlišných domén vázajících DNA jedinečně nalezených ve vyšších rostlinách“. Nucleic Acids Res. 27 (2): 470–8. doi:10.1093 / nar / 27.2.470. PMC 148202. PMID 9862967.
^ Waltner, J. K.; Peterson, F.C .; Lytle, B.L .; Volkman, B.F. (2005). "Struktura domény B3 z proteinu Arabidopsis thaliana At1g16640". Protein Sci. 14 (9): 2478–83. doi:10.1110 / ps.051606305. PMC 2253459. PMID 16081658.
^ Zhou XE, Wang Y, Reuter M, Mücke M, Krüger DH, Meehan EJ, Chen L (2004). „Krystalová struktura restrikční endonukleázy typu IIE EcoRII odhaluje autoinhibiční mechanismus pomocí nové vazby efektoru“. J. Mol. Biol. 335 (1): 307–19. doi:10.1016 / j.jmb.2003.10.030. PMID 14659759.
^ Grazulis S, Manakova E, Roessle M, Bochtler M, Tamulaitiene G, Huber R, Siksnys V (2005). „Struktura restrikčního enzymu BfiI nezávislého na kovu odhaluje fúzi specifické domény vázající DNA s nespecifickou nukleázou“ (PDF). Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 102 (44): 15797–802. Bibcode:2005PNAS..10215797G. doi:10.1073 / pnas.0507949102. PMC 1266039. PMID 16247004.

externí odkazy

Databáze DBD predikovaných transkripčních faktorůKummerfeld SK, Teichmann SA (2006). „DBD: a transcription factor prediction database“. Nucleic Acids Res. 34 (Problém s databází): D74–81. doi:10.1093 / nar / gkj131. PMC 1347493. PMID 16381970. Používá upravenou sadu domén vázajících DNA k předpovědi transkripčních faktorů ve všech kompletně sekvenovaných genomech
Klasifikace v tabulce "Faktory přepisu" podle Transfac databáze.
Databáze transkripčních faktorů Arabidopsis
B3, RAV, a ARF rodina v PlantTFDB: Databáze transkripčních faktorů rostlin

[pmid15548737-1] A ^b ^C ^d ^E Yamasaki K, Kigawa T, Inoue M, Tateno M, Yamasaki T, Yabuki T, Aoki M, Seki E, Matsuda T, Tomo Y, Hayami N, Terada T, Shirouzu M, Osanai T, Tanaka A, Seki M, Shinozaki K , Yokoyama S (2004). "Struktura řešení domény vázající DNA B3 na Arabidopsis za studena reagující transkripční faktor RAV1". Rostlinná buňka. 16 (12): 3448–59. doi:10.1105 / tpc.104.026112. PMC 535885. PMID 15548737.

[pmid11118137-2] Riechmann JL, Heard J, Martin G, Reuber L, Jiang C, Keddie J, Adam L, Pineda O, Ratcliffe OJ, Samaha RR, Creelman R, Pilgrim M, Broun P, Zhang JZ, Ghandehari D, Sherman BK, Yu G (2000). „Transkripční faktory Arabidopsis: komparativní analýza mezi eukaryoty v celém genomu“. Věda. 290 (5499): 2105–10. Bibcode:2000Sci ... 290.2105R. doi:10.1126 / science.290.5499.2105. PMID 11118137.

[pmid9188533-3] Ulmasov T, Hagen G, Guilfoyle TJ (1997). "ARF1, transkripční faktor, který se váže na prvky reakce auxinu". Věda. 276 (5320): 1865–8. doi:10.1126 / science.276.5320.1865. PMID 9188533.

[pmid12566590-4] Tiwari SB, Hagen G, Guilfoyle TJ (2003). „Role domén faktoru reakce na Auxin v transkripci reagující na Auxin“. Rostlinná buňka. 15 (2): 533–43. doi:10,1105 / tpc.008417. PMC 141219. PMID 12566590.

[pmid9165754-5] Suzuki M, Kao CY, McCarty DR (1997). „Konzervovaná doména B3 VIVIPAROUS1 má kooperativní aktivitu vázání DNA“. Rostlinná buňka. 9 (5): 799–807. doi:10,1105 / tpc.9.5.799. PMC 156957. PMID 9165754.

[pmid11029704-6] Ezcurra I, Wycliffe P, Nehlin L, Ellerström M, Rask L (2000). „Transaktivace promotoru napass Brassica napus pomocí ABI3 vyžaduje interakci konzervovaných domén B2 a B3 ABI3 s různými cis-prvky: B2 zprostředkovává aktivaci prostřednictvím ABRE, zatímco B3 interaguje s RY / G-boxem.“ Rostlina J. 24 (1): 57–66. doi:10.1046 / j.1365-313x.2000.00857.x. PMID 11029704.

[pmid9862967-7] Kagaya Y, Ohmiya K, Hattori T (1999). „RAV1, nový protein vázající DNA, se váže na bipartitní rozpoznávací sekvenci prostřednictvím dvou odlišných domén vázajících DNA jedinečně nalezených ve vyšších rostlinách“. Nucleic Acids Res. 27 (2): 470–8. doi:10.1093 / nar / 27.2.470. PMC 148202. PMID 9862967.

[8] Waltner, J. K.; Peterson, F.C .; Lytle, B.L .; Volkman, B.F. (2005). "Struktura domény B3 z proteinu Arabidopsis thaliana At1g16640". Protein Sci. 14 (9): 2478–83. doi:10.1110 / ps.051606305. PMC 2253459. PMID 16081658.

[pmid14659759-9] Zhou XE, Wang Y, Reuter M, Mücke M, Krüger DH, Meehan EJ, Chen L (2004). „Krystalová struktura restrikční endonukleázy typu IIE EcoRII odhaluje autoinhibiční mechanismus pomocí nové vazby efektoru“. J. Mol. Biol. 335 (1): 307–19. doi:10.1016 / j.jmb.2003.10.030. PMID 14659759.

[pmid16247004-10] Grazulis S, Manakova E, Roessle M, Bochtler M, Tamulaitiene G, Huber R, Siksnys V (2005). „Struktura restrikčního enzymu BfiI nezávislého na kovu odhaluje fúzi specifické domény vázající DNA s nespecifickou nukleázou“ (PDF). Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 102 (44): 15797–802. Bibcode:2005PNAS..10215797G. doi:10.1073 / pnas.0507949102. PMC 1266039. PMID 16247004.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]