Specifický jaderný receptor fotoreceptorové buňky - Photoreceptor cell-specific nuclear receptor

NR2E3
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	4LOG
Identifikátory
Aliasy	NR2E3, Nr2e3, A930035N01Rik, PNR, RNR, rd7, ESCS, RP37, podrodina jaderných receptorů 2 skupina E člen 3
Externí ID	OMIM: 604485 MGI: 1346317 HomoloGene: 84397 Genové karty: NR2E3
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 15 (lidský)
Konec	71,818,259 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 9 (myš)
Konec	59,960,659 bp
Exprese RNA vzor
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• Vazba DNA; • GO: 0001131, GO: 0001151, GO: 0001130, GO: 0001204 Aktivita transkripčního faktoru vázajícího DNA; • vazba iontů zinku; • vazba kovových iontů; • aktivita receptoru steroidních hormonů; • GO: 0038050, GO: 0004886, GO: 0038051 aktivita jaderného receptoru; • GO: 0000980 RNA polymeráza II cis-regulační oblast sekvenčně specifická vazba DNA; • GO: 0001077, GO: 0001212, GO: 0001213, GO: 0001211, GO: 0001205 Aktivita aktivátoru transkripce vázající DNA, specifická pro RNA polymerázu II; • sekvenčně specifická vazba DNA;
Buněčná složka	• komplex regulátoru transkripce; • nukleoplazma; • buněčné jádro;
Biologický proces	• fototransdukce; • pozitivní regulace genové exprese rhodopsinu; • regulace transkripce, DNA-šablony; • reakce na podnět; • negativní regulace transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • transkripce, chráněná DNA; • vývoj sítnice v oku kamerového typu; • vývoj očních fotoreceptorových buněk; • iniciace transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • negativní regulace buněčné proliferace; • steroidní hormon zprostředkovaná signální dráha; • signální transdukce; • Vizuální vnímání; • intracelulární receptorová signální dráha; • pozitivní regulace transkripce z promotoru RNA polymerázy II;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	10002
	23958
	ENSG00000278570
	ENSMUSG00000032292
	Q9Y5X4
	Q9QXZ7
	NM_001281446; NM_014249; NM_016346
	NM_013708
	NP_055064; NP_057430
	NP_038736
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

The fotoreceptorový buněčný specifický jaderný receptor (PNR), také známý jako NR2E3 (podrodina jaderného receptoru 2, skupina E, člen 3), je a protein že u lidí je kódován NR2E3 gen.^[5] PNR je členem jaderný receptor super rodina intracelulární transkripční faktory.

Funkce

PNR je výlučně vyjádřen v sítnice. Hlavními cílovými geny PNR jsou rhodopsin a několik opsiny které jsou nezbytné pro zrak.^[6]

Struktura a ligandy

Krystalová struktura domény vázající ligand PNR je známá. Ve výchozím nastavení se automaticky dimerizuje do stavu represoru. Počítačové simulace založené na tomto modelu ukazují, že ligand by se mohl hodit do PNR a přepnout jej na aktivátor transkripce. 13-cis kyselina retinová je známý slabý agonista, který se vejde do takové kapsy, ale není znám žádný fyziologický ligand. Dvě syntetické sloučeniny, 11A a 11B, se zdají být agonisty, ale nejdou do kapsy a místo toho fungují jako alosterické modulátory.^[7] Novější screening identifikuje další sloučeninu zvanou fotoregulin-1 (PR1), která funguje jako reverzní agonista, což je aktivita možná užitečná při léčbě retinitis pigmentosa.^[8]

Klinický význam

Mutace v NR2E3 gen byl spojen s několika dědičnými chorobami sítnice, včetně syndromu zesíleného S-kužele (ESCS),^[9] forma retinitis pigmentosa,^[10] a Goldmann-Favreův syndrom.^[11]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000278570 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000032292 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Kobayashi M, Takezawa S, Hara K, Yu RT, Umesono Y, Agata K a kol. (Duben 1999). „Identifikace jaderného receptoru specifického pro fotoreceptorovou buňku“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 96 (9): 4814–9. Bibcode:1999PNAS ... 96,4814 tis. doi:10.1073 / pnas.96.9.4814. PMC 21774. PMID 10220376.
^ Milam AH, Rose L, Cideciyan AV, Barakat MR, Tang WX, Gupta N a kol. (Leden 2002). „Jaderný receptor NR2E3 hraje roli v diferenciaci a degeneraci fotoreceptorů lidské sítnice“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 99 (1): 473–8. doi:10.1073 / pnas.022533099. PMC 117584. PMID 11773633.
^ Tan MH, Zhou XE, Brzy FF, Li X, Li J, Yong EL a kol. (2013). „Krystalová struktura vazebné domény ligandu NR2E3 / PNR pro osiřelý jaderný receptor odhaluje dimerní auto-potlačenou konformaci“. PLOS ONE. 8 (9): e74359. Bibcode:2013PLoSO ... 874359T. doi:10.1371 / journal.pone.0074359. PMC 3771917. PMID 24069298.
^ Nakamura PA, Tang S, Shimchuk AA, Ding S, Reh TA (listopad 2016). „Potenciál přeprogramování tyčových fotoreceptorů zprostředkovaných malými molekulami na léčbu pigmentové retinitidy“. Investigativní oftalmologie a vizuální věda. 57 (14): 6407–6415. doi:10.1167 / iovs.16-20177. PMC 5134355. PMID 27893103.
^ Haider NB, Jacobson SG, Cideciyan AV, Swiderski R, Streb LM, Searby C a kol. (Únor 2000). „Mutace genu nukleárního receptoru, NR2E3, způsobuje syndrom zesíleného kužele S, poruchu osudu buněk sítnice“. Genetika přírody. 24 (2): 127–31. doi:10.1038/72777. PMID 10655056. S2CID 19508439.
^ Gerber S, Rozet JM, Takezawa SI, dos Santos LC, Lopes L, Gribouval O a kol. (Září 2000). „Gen jaderného receptoru specifický pro fotoreceptorové buňky (PNR) odpovídá za retinitis pigmentosa u krypto-Židů z Portugalska (Marranos), kteří přežili ze španělské inkvizice.“ Genetika člověka. 107 (3): 276–84. doi:10,1007 / s004390000350. hdl:10400.17/1708. PMID 11071390. S2CID 2774255.
^ Chavala SH, Sari A, Lewis H, Pauer GJ, Simpson E, Hagstrom SA, Traboulsi EI (srpen 2005). „Mutace Arg311Gln NR2E3 v rodině s klasickým Goldmann-Favreovým syndromem“. British Journal of Ophthalmology. 89 (8): 1065–6. doi:10.1136 / bjo.2005.068130. PMC 1772771. PMID 16024868.

Další čtení

Chen F, Figueroa DJ, Marmorstein AD, Zhang Q, Petrukhin K, Caskey CT, Austin CP (prosinec 1999). „Jaderný receptor specifický pro sítnici: Potenciální regulátor buněčného proteinu vázajícího retinaldehyd exprimovaný v pigmentovém epitelu sítnice a v gliových buňkách Müllera“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 96 (26): 15149–54. doi:10.1073 / pnas.96.26.15149. PMC 24788. PMID 10611353.
Haider NB, Jacobson SG, Cideciyan AV, Swiderski R, Streb LM, Searby C a kol. (Únor 2000). „Mutace genu nukleárního receptoru, NR2E3, způsobuje syndrom zesíleného kužele S, poruchu osudu buněk sítnice“. Genetika přírody. 24 (2): 127–31. doi:10.1038/72777. PMID 10655056. S2CID 19508439.
Rendtorff ND, Vissing H, Tümer Z, Silahtaroglu A, Tommerup N (2000). "Přiřazení genu NR2E3 k myšímu chromozomu 9 a k lidskému chromozomu 15q22.33 -> q23". Cytogenetika a genetika buněk. 89 (3–4): 279–80. doi:10.1159/000015635. PMID 10965145. S2CID 34825159.
Gerber S, Rozet JM, Takezawa SI, dos Santos LC, Lopes L, Gribouval O a kol. (Září 2000). „Fotoreceptorový gen specifický pro jaderný receptor (PNR) odpovídá za retinitis pigmentosa u krypto-Židů z Portugalska (Marranos), kteří přežili ze španělské inkvizice.“ Genetika člověka. 107 (3): 276–84. doi:10,1007 / s004390000350. hdl:10400.17/1708. PMID 11071390. S2CID 2774255.
Haider NB, Naggert JK, Nishina PM (srpen 2001). „Nadměrná proliferace kuželových buněk v důsledku nedostatku funkčního NR2E3 způsobuje retinální dysplazii a degeneraci u myší rd7 / rd7“. Lidská molekulární genetika. 10 (16): 1619–26. doi:10,1093 / hmg / 10,16,1619. PMID 11487564.
Milam AH, Rose L, Cideciyan AV, Barakat MR, Tang WX, Gupta N a kol. (Leden 2002). „Jaderný receptor NR2E3 hraje roli v diferenciaci a degeneraci fotoreceptorů lidské sítnice“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 99 (1): 473–8. doi:10.1073 / pnas.022533099. PMC 117584. PMID 11773633.
Sharon D, Sandberg MA, Caruso RC, Berson EL, Dryja TP (září 2003). „Sdílené mutace v NR2E3 při syndromu zesíleného S-kužele, Goldmann-Favreho syndromu a mnoha případech shlukové pigmentové degenerace sítnice“. Archiv oftalmologie. 121 (9): 1316–23. doi:10.1001 / archopht.121.9.1316. PMID 12963616.
Cheng H, Khanna H, Oh EC, Hicks D, Mitton KP, Swaroop A (srpen 2004). „Fotoreceptorově specifický jaderný receptor NR2E3 funguje jako transkripční aktivátor v tyčových fotoreceptorech“. Lidská molekulární genetika. 13 (15): 1563–75. doi:10,1093 / hmg / ddh173. PMID 15190009.
Bumsted O'Brien KM, Cheng H, Jiang Y, Schulte D, Swaroop A, Hendrickson AE (srpen 2004). "Exprese fotoreceptorově specifického jaderného receptoru NR2E3 v tyčových fotoreceptorech lidské fetální sítnice". Investigativní oftalmologie a vizuální věda. 45 (8): 2807–12. doi:10.1167 / iovs.03-1317. PMID 15277507.
Wright AF, Reddick AC, Schwartz SB, Ferguson JS, Aleman TS, Kellner U a kol. (Listopad 2004). "Mutační analýza genů NR2E3 a NRL u syndromu Enhanced S Cone". Lidská mutace. 24 (5): 439. doi:10,1002 / humu.9285. PMID 15459973.
Chen J, Rattner A, Nathans J (leden 2005). „Tyčový fotoreceptorový specifický jaderný receptor Nr2e3 potlačuje transkripci více genů specifických pro kužel“. The Journal of Neuroscience. 25 (1): 118–29. doi:10.1523 / JNEUROSCI.3571-04.2005. PMC 6725199. PMID 15634773.
Peng GH, Ahmad O, Ahmad F, Liu J, Chen S (březen 2005). „Jaderný receptor specifický pro fotoreceptory Nr2e3 interaguje s Crx a má protichůdné účinky na transkripci genů rod proti kužele“. Lidská molekulární genetika. 14 (6): 747–64. doi:10,1093 / hmg / ddi070. PMID 15689355.
Hayashi T, Gekka T, Goto-Omoto S, Takeuchi T, Kubo A, Kitahara K (prosinec 2005). „Nové mutace NR2E3 (R104Q, R334G) spojené s mírnou formou syndromu zesíleného S-kužele prokazují heterozygotnost sloučeniny“. Oftalmologie. 112 (12): 21152115.e1–2115.e10. doi:10.1016 / j.ophtha.2005.07.002. PMID 16225923.
Olsen JV, Blagoev B, Gnad F, Macek B, Kumar C, Mortensen P, Mann M (listopad 2006). „Globální, in vivo a místně specifická dynamika fosforylace v signálních sítích“. Buňka. 127 (3): 635–48. doi:10.1016 / j.cell.2006.09.026. PMID 17081983. S2CID 7827573.
Coppieters F, Leroy BP, Beysen D, Hellemans J, De Bosscher K, Haegeman G a kol. (Červenec 2007). „Opakovaná mutace v prvním prstu zinku osiřelého jaderného receptoru NR2E3 způsobuje autozomálně dominantní retinitis pigmentosa“. American Journal of Human Genetics. 81 (1): 147–57. doi:10.1086/518426. PMC 1950922. PMID 17564971.

externí odkazy

NR2E3 + protein, + člověk v americké národní lékařské knihovně Lékařské předměty (Pletivo)
NR2E3 umístění lidského genu v UCSC Genome Browser.
NR2E3 podrobnosti o lidském genu v UCSC Genome Browser.
Přehled všech strukturálních informací dostupných v PDB pro UniProt: Q9Y5X4 (Jaderný receptor specifický pro fotoreceptory) na PDBe-KB.

Tento článek o gen na lidský chromozom 15 je pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000278570 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000032292 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid10220376-5] Kobayashi M, Takezawa S, Hara K, Yu RT, Umesono Y, Agata K a kol. (Duben 1999). „Identifikace jaderného receptoru specifického pro fotoreceptorovou buňku“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 96 (9): 4814–9. Bibcode:1999PNAS ... 96,4814 tis. doi:10.1073 / pnas.96.9.4814. PMC 21774. PMID 10220376.

[pmid11773633-6] Milam AH, Rose L, Cideciyan AV, Barakat MR, Tang WX, Gupta N a kol. (Leden 2002). „Jaderný receptor NR2E3 hraje roli v diferenciaci a degeneraci fotoreceptorů lidské sítnice“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 99 (1): 473–8. doi:10.1073 / pnas.022533099. PMC 117584. PMID 11773633.

[pmid24069298-7] Tan MH, Zhou XE, Brzy FF, Li X, Li J, Yong EL a kol. (2013). „Krystalová struktura vazebné domény ligandu NR2E3 / PNR pro osiřelý jaderný receptor odhaluje dimerní auto-potlačenou konformaci“. PLOS ONE. 8 (9): e74359. Bibcode:2013PLoSO ... 874359T. doi:10.1371 / journal.pone.0074359. PMC 3771917. PMID 24069298.

[pmid27893103-8] Nakamura PA, Tang S, Shimchuk AA, Ding S, Reh TA (listopad 2016). „Potenciál přeprogramování tyčových fotoreceptorů zprostředkovaných malými molekulami na léčbu pigmentové retinitidy“. Investigativní oftalmologie a vizuální věda. 57 (14): 6407–6415. doi:10.1167 / iovs.16-20177. PMC 5134355. PMID 27893103.

[pmid10655056-9] Haider NB, Jacobson SG, Cideciyan AV, Swiderski R, Streb LM, Searby C a kol. (Únor 2000). „Mutace genu nukleárního receptoru, NR2E3, způsobuje syndrom zesíleného kužele S, poruchu osudu buněk sítnice“. Genetika přírody. 24 (2): 127–31. doi:10.1038/72777. PMID 10655056. S2CID 19508439.

[pmid11071390-10] Gerber S, Rozet JM, Takezawa SI, dos Santos LC, Lopes L, Gribouval O a kol. (Září 2000). „Gen jaderného receptoru specifický pro fotoreceptorové buňky (PNR) odpovídá za retinitis pigmentosa u krypto-Židů z Portugalska (Marranos), kteří přežili ze španělské inkvizice.“ Genetika člověka. 107 (3): 276–84. doi:10,1007 / s004390000350. hdl:10400.17/1708. PMID 11071390. S2CID 2774255.

[pmid16024868-11] Chavala SH, Sari A, Lewis H, Pauer GJ, Simpson E, Hagstrom SA, Traboulsi EI (srpen 2005). „Mutace Arg311Gln NR2E3 v rodině s klasickým Goldmann-Favreovým syndromem“. British Journal of Ophthalmology. 89 (8): 1065–6. doi:10.1136 / bjo.2005.068130. PMC 1772771. PMID 16024868.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]