SATB2 - SATB2

SATB2
PDB 1wi3 EBI.jpg
Dostupné struktury
PDBHledání ortologu: PDBe RCSB
Identifikátory
AliasySATB2, Homebox GLSS, SATB 2
Externí IDOMIM: 608148 MGI: 2679336 HomoloGene: 32249 Genové karty: SATB2
Umístění genu (člověk)
Chromozom 2 (lidský)
Chr.Chromozom 2 (lidský)[1]
Chromozom 2 (lidský)
Genomické umístění pro SATB2
Genomické umístění pro SATB2
Kapela2q33.1Start199,269,500 bp[1]
Konec199,471,266 bp[1]
Ortology
DruhČlověkMyš
Entrez

23314

212712

Ensembl

ENSG00000119042

ENSMUSG00000038331

UniProt

Q9UPW6

Q8VI24

RefSeq (mRNA)

NM_001172509
NM_001172517
NM_015265

NM_139146
NM_001358580
NM_001358581

RefSeq (protein)

NP_001165980
NP_001165988
NP_056080

NP_631885
NP_001345509
NP_001345510

Místo (UCSC)Chr 2: 199,27 - 199,47 MbChr 1: 56,79 - 56,98 Mb
PubMed Vyhledávání[3][4]
Wikidata
Zobrazit / upravit člověkaZobrazit / upravit myš

Speciální protein vázající sekvenci bohatý na AT 2 (SATB2) také známý jako Protein vázající DNA SATB2 je protein že u lidí je kódován SATB2 gen.[5] SATB2 je Protein vázající DNA který konkrétně váže jaderná matice regiony a je zapojen do transkripční regulace a remodelace chromatinu.[6] SATB2 zobrazuje omezený režim vyjádření [1] a je exprimován v určitých buněčných jádrech [2]. Protein SATB2 je exprimován hlavně v epitelových buňkách tlustého střeva a konečníku, následovaných jádry neuronů v mozku.[7]

Funkce

S průměrnou celosvětovou prevalencí 1/800 živě narozených dětí jsou orální rozštěpy jednou z nejčastějších vrozených vad.[8] Ačkoli více než 300 malformačních syndromů může zahrnovat rozštěp ústní dutiny, nesyndromatické formy představují asi 70% případů rozštěp rtu s nebo bez rozštěp patra (CL / P) a zhruba 50% případů pouze s rozštěpem patra (CP). Nesyndromatické orální rozštěpy jsou považovány za „složité“ nebo „multifaktoriální“ v tom, že k etiologii přispívají jak geny, tak faktory prostředí. Současný výzkum naznačuje, že je pravděpodobné, že několik genů bude řídit riziko, stejně jako faktory prostředí, jako je mateřské kouření.[9]

Studie opakovaného sekvenování za účelem identifikace specifických mutací naznačují, že několik různých genů může kontrolovat riziko orálních rozštěpů a bylo nalezeno mnoho odlišných variant nebo mutací ve zjevně kauzálních genech, které odrážejí vysoký stupeň alelické heterogenity. Ačkoli většina z těchto mutací je extrémně vzácná a často vykazuje neúplnou penetraci (tj. Mutaci může nést i neovlivněný rodič nebo jiný příbuzný), v kombinaci s nimi může představovat až 5% nesyndromatického rozštěpu úst.[9]

Bylo zjištěno, že mutace v genu SATB2 způsobují izolované rozštěpy patra.[10] SATB2 také pravděpodobně ovlivňuje vývoj mozku. To je v souladu se studiemi na myších, které ukazují, že SATB2 je nezbytný pro správné navázání kortikálních neuronových spojení napříč corpus callosum, navzdory zjevně normálnímu corpus callosum u heterozygotů knockout myši.[11]

Struktura

SATB2 je 733 aminokyselina homeodomain - obsahující lidský protein s molekulovou hmotností 82,5 kDa kódovaný pomocí SATB2 gen na 2q33. Protein obsahuje dvě degenerované oblasti homeodomény známé jako CUT domény (aminokyselina 352–437 a 482–560) a klasika homeodomain (aminokyselina 614–677). Existuje mimořádně vysoký stupeň zachování sekvence, pouze tři předpokládané substituce aminokyselin v proteinu zbytku 733 s I481V, A590T a I730T jsou rozdíly v aminokyselinách mezi lidským a myším proteinem.

Klinický význam

SATB2 je považován za původce rozštěpu nebo vysokého patra jednotlivců se syndromem mikrodelece 2q32q33.[11]

SATB2 bylo zjištěno, že byla narušena ve dvou nesouvisejících případech s de novo zjevně vyvážený translokace chromozomů spojený s rozštěp patra a Sekvence Pierra Robina.[12]

Role SATB2 ve vývoji zubů a čelistí je podporována identifikací a de novo Mutace SATB2 u muže s hlubokým mentálním postižením a abnormalitami čelistí a zubů a translokací přerušující SATB2 u jedince s Robinovou sekvencí. Myší modely navíc prokázaly haploinsuffficit SATB2 za následek kraniofaciální defekty, které fenoskopují ty, které jsou způsobeny delecí 2q32q33 u lidí; navíc úplná funkční ztráta SATB2 tyto vady zesiluje.[11]

Exprese SATB2 je vysoce specifická pro rakovinu dolních končetin GI-trakt a byl zapleten jako biomarker rakoviny pro kolorektální karcinom.[13][14]

Reference

  1. ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000119042 - Ensembl, Květen 2017
  2. ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000038331 - Ensembl, Květen 2017
  3. ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
  4. ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
  5. ^ Kikuno R, Nagase T, Ishikawa K, Hirosawa M, Miyajima N, Tanaka A, Kotani H, Nomura N, Ohara O (červen 1999). „Predikce kódujících sekvencí neidentifikovaných lidských genů. XIV. Kompletní sekvence 100 nových cDNA klonů z mozku, které kódují velké proteiny in vitro“. Výzkum DNA. 6 (3): 197–205. doi:10.1093 / dnares / 6.3.197. PMID  10470851.
  6. ^ „Entrez Gene: SATB homeobox 2“.
  7. ^ Uhlén, Mathias; Fagerberg, Linn; Hallström, Björn M .; Lindskog, Cecilia; Oksvold, Per; Mardinoglu, Adil; Sivertsson, Ása; Kampf, Caroline; Sjöstedt, Evelina (2015-01-23). "Tkáňová mapa lidského proteomu". Věda. 347 (6220): 1260419. doi:10.1126 / science.1260419. ISSN  0036-8075. PMID  25613900. S2CID  802377.
  8. ^ Jugessur A, Shi M, Gjessing HK, Lie RT, Wilcox AJ, Weinberg CR, Christensen K, Boyles AL, Daack-Hirsch S, Nguyen TT, Christiansen L, Lidral AC, Murray JC (2010). „Mateřské geny a rozštěpy obličeje u potomků: komplexní hledání genetických asociací ve dvou populačních rozštěpových studiích ze Skandinávie“. PLOS ONE. 5 (7): e11493. Bibcode:2010PLoSO ... 511493J. doi:10.1371 / journal.pone.0011493. PMC  2901336. PMID  20634891. otevřený přístup
  9. ^ A b Beaty TH, Hetmanski JB, Fallin MD, Park JW, Sull JW, McIntosh I, Liang KY, Vanderkolk CA, Redett RJ, Boyadjiev SA, Jabs EW, Chong SS, Cheah FS, Wu-Chou YH, Chen PK, Chiu YF, Yeow V, Ng IS, Cheng J, Huang S, Ye X, Wang H, Ingersoll R, Scott AF (listopad 2006). "Analýza kandidátských genů na chromozomu 2 v orálních rozštěpových trojicích mezi rodiči ze tří populací". Genetika člověka. 120 (4): 501–18. doi:10.1007 / s00439-006-0235-9. PMID  16953426. S2CID  7836461.
  10. ^ Dixon MJ, Marazita ML, Beaty TH, Murray JC (březen 2011). „Rozštěp rtu a patra: porozumění genetickým a environmentálním vlivům“. Recenze přírody. Genetika. 12 (3): 167–78. doi:10.1038 / nrg2933. PMC  3086810. PMID  21331089.
  11. ^ A b C Rosenfeld JA, Ballif BC, Lucas A, Spence EJ, Powell C, Aylsworth AS, Torchia BA, Shaffer LG (2009). „Malé delece SATB2 způsobují některé klinické příznaky syndromu mikrodelece 2q33.1“. PLOS ONE. 4 (8): e6568. Bibcode:2009PLoSO ... 4.6568R. doi:10,1371 / journal.pone.0006568. PMC  2719055. PMID  19668335. otevřený přístup
  12. ^ FitzPatrick DR, Carr IM, McLaren L, Leek JP, Wightman P, Williamson K, Gautier P, McGill N, Hayward C, Firth H, Markham AF, Fantes JA, Bonthron DT (říjen 2003). „Identifikace SATB2 jako rozštěpeného genu patra na 2q32-q33“. Lidská molekulární genetika. 12 (19): 2491–501. doi:10,1093 / hmg / ddg248. PMID  12915443.
  13. ^ Magnusson, Kristina; Wit, Meike de; Brennan, Donal J .; Johnson, Louis B .; McGee, Sharon F .; Lundberg, Emma; Naicker, Kirsha; Klinger, Rut; Kampf, Caroline (2011). „SATB2 v kombinaci s cytokeratinem 20 identifikuje více než 95% všech kolorektálních karcinomů“. American Journal of Surgical Pathology. 35 (7): 937–948. doi:10.1097 / pas.0b013e31821c3dae. PMID  21677534. S2CID  33883685.
  14. ^ Dragomir, Anca; de Wit, Meike; Johansson, Christine; Uhlen, Mathias; Pontén, Fredrik (01.05.2014). „Role SATB2 jako diagnostického markeru pro nádory kolorektálního původuVýsledky klinické prospektivní studie založené na patologii“. American Journal of Clinical Pathology. 141 (5): 630–638. doi:10.1309 / ajcpww2urz9jkqju. ISSN  0002-9173. PMID  24713733.

Další čtení

externí odkazy

Registr případů SATB2 http://satb2gene.com

Tento článek včlení text z United States National Library of Medicine, který je v veřejná doména.