Sekvence rozpoznávání - Recognition sequence
A sekvence rozpoznávání je Sekvence DNA ke kterému a strukturální motiv a Doména vázající DNA vykazuje vazebnou specificitu. Sekvence rozpoznávání jsou palindromy.[1]
Transkripční faktor Sp1 například váže sekvence 5 '- (G / T) GGGCGG (G / A) (G / A) (C / T) -3', kde (G / T) naznačuje, že doména bude vázat guanin nebo thymin v této poloze.
The restrikční endonukleáza PstI rozpoznává, váže a štěpí sekvenci 5'-CTGCAG-3 '.
A sekvence rozpoznávání se liší od a web pro rozpoznávání. Daná rozpoznávací sekvence se může na konkrétním fragmentu DNA objevit jednou nebo vícekrát, nebo vůbec. A web pro rozpoznávání je určen polohou webu. Například v následujícím fragmentu sekvence DNA jsou dvě rozpoznávací místa PstI, počínaje bází 9, respektive 31. Sekvence rozpoznávání je specifická sekvence, obvykle velmi krátká (méně než 10 bází). V závislosti na stupni specificity proteinu se protein vázající DNA může vázat na více než jednu specifickou sekvenci. Pro PstI, který má jedinou sekvenční specificitu, je to 5'-CTGCAG-3 '. Je to vždy stejné, ať už na prvním rozpoznávacím místě nebo na druhém v následující ukázkové sekvenci. Pro Sp1, který má více (16) sekvenční specificitu, jak je uvedeno výše, jsou dvě rozpoznávací místa v následujícím příkladu fragmentu sekvence na 18 a 32 a jejich příslušné rozpoznávací sekvence jsou 5'-GGGGCGGAGC-3 'a 5'-TGGGCGGAAC- 3 '.
5'-AACGTTAGCTGCAGTCGGGGCGGAGCTAGGCTGCAGGAATTGGGCGGAACCT-3 '
Viz také
- Doména vázající DNA
- Přepisový faktor # Třídy, pro další příklady
Reference
- ^ Gowers, DM; Bellamy, SR; Halford, SE (2004). „Jedna rozpoznávací sekvence, sedm restrikčních enzymů, pět reakčních mechanismů“. Nucleic Acids Res. 32: 3469–79. doi:10.1093 / nar / gkh685. PMC 443551. PMID 15226412.
 | Tento genetika článek je a pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to. |