HMGA1 - HMGA1

HMGA1
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	2EZD, 2EZE, 2EZF, 2EZG
Identifikátory
Aliasy	HMGA1, HMG-R, HMGA1A, HMGIY, vysoce mobilní skupina AT-hook 1
Externí ID	OMIM: 600701 MGI: 96160 HomoloGene: 128226 Genové karty: HMGA1
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 6 (lidský)
Konec	34,246,231 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 17 (myš)
Konec	27,563,674 bp
Exprese RNA vzor
	; ;
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• vazba na retinoid X receptor; • vazba na receptor retinové kyseliny; • vazba enzymu; • vazba na receptor aktivovaná proliferátorem peroxisomu; • Vazba DNA; • GO: 0001077, GO: 0001212, GO: 0001213, GO: 0001211, GO: 0001205 Aktivita aktivátoru transkripce vázající DNA, specifická pro RNA polymerázu II; • aktivita koaktivátoru transkripce nukleárního receptoru závislá na ligandu; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • vazba chromatinu; • GO: 0001131, GO: 0001151, GO: 0001130, GO: 0001204 Aktivita transkripčního faktoru vázajícího DNA; • Aktivita 5'-deoxyribóza-5-fosfát lyázy; • vazba transkripčního faktoru; • Aktivita lyázy DNA (apurinické nebo apyrimidinové místo); • GO: 0001158 promotor jádra promotoru vázaný na sekvenci proximální oblasti DNA; • AT DNA vazba; • GO: 0001200, GO: 0001133, GO: 0001201 Aktivita transkripčního faktoru vázajícího DNA, specifická pro RNA polymerázu II; • GO: Aktivita transkripčního koaktivátoru 0001105; • strukturní složka chromatinu;
Buněčná složka	• buněčné jádro; • nukleoplazma; • cytosol; • heterochromatinové zaměření spojené se stárnutím; • chromozóm; • ohnisková adheze; • komplex regulátoru transkripce; • chromatin; • Komplex transkripčních faktorů RNA polymerázy II;
Biologický proces	• negativní regulace buněčné proliferace; • stárnutí buněk indukované onkogenem; • zavedení integrované provirální latence; • demontáž nukleosomu; • regulace transkripce, DNA-šablony; • pozitivní regulace transkripce, chráněná DNA; • pozitivní regulace transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • pozitivní regulace buněčné senescence; • sestava zaostření heterochromatinu spojená se stárnutím; • negativní regulace transkripce, chráněná DNA; • reakce na virus; • negativní regulace umlčování chromatinu; • Odvíjení DNA zapojené do replikace DNA; • transkripce, chráněná DNA; • transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • jaderná doprava; • GO: virový proces 0022415; • oprava základní excize; • sestava makromolekulárního komplexu;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	3159
	15361
	ENSG00000137309
	ENSMUSG00000046711
	P17096
	P17095
NM_002131; NM_145899; NM_145901; NM_145902; NM_145903;
	NM_145904; NM_145905; NM_001319077; NM_001319078; NM_001319079; NM_001319080; NM_001319081; NM_001319082
NM_001025427; NM_001039356; NM_001166535; NM_001166536; NM_001166537;
	NM_001166539; NM_001166540; NM_001166541; NM_001166542; NM_001166543; NM_001166544; NM_001166545; NM_001166546; NM_016660
NP_001306006; NP_001306007; NP_001306008; NP_001306009; NP_001306010;
	NP_001306011; NP_002122; NP_665906; NP_665908; NP_665909; NP_665910; NP_665912
NP_001020598; NP_001034445; NP_001160007; NP_001160008; NP_001160009;
	NP_001160011; NP_001160012; NP_001160013; NP_001160014; NP_001160015; NP_001160016; NP_001160017; NP_001160018; NP_057869; NP_001159948; NP_001159949
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Skupinová bílkovina s vysokou mobilitou HMG-I / HMG-Y je protein že u lidí je kódován HMGA1 gen.^[5]^[6]

Funkce

Tento gen kóduje protein bez histonového chromatinu zapojený do mnoha buněčných procesů, včetně regulace indukovatelné transkripce genu, replikace DNA, heterochromatin organizace, integrace retrovirů do chromozomů a metastatická progrese rakovinných buněk.

HMGA1 proteiny jsou poměrně malé (~ 10-12 kDa) a základní molekuly a skládají se ze tří AT-háčky s jádrem RGRP (Arg-Gly-Arg-Pro) motiv, novela síťování doména umístěná mezi druhým a třetím AT-hookem a C-terminál kyselý ocas charakteristický pro HMG rodina obsahující proteiny HMGA, HMGB a HMGN.

Fúzní proteiny HMGA1-GFP jsou vysoce dynamické in vivo (stanoveno pomocí FRAP analýza), ale naopak také ukazují nanomolární afinitu k DNA bohaté na AT in vitro (stanoveno biochemicky), což lze vysvětlit díky rozsáhlému post-transkripční úpravy in vivo. HMGA1 se přednostně váže na vedlejší drážku oblastí bohatých na AT ve dvouvláknové DNA pomocí svých AT-háčků. Má malou sekundární strukturu v roztoku, ale předpokládá odlišné konformace, když se váže na substráty, jako je DNA nebo jiné proteiny. HMGA1 proteiny mají vysoké množství různorodých posttranslační úpravy a jsou umístěny hlavně v jádře, zejména v heterochromatinu, ale také v mitochondriích a cytoplazmě.

Nedávno bylo prokázáno, že proteiny HMGA1, HMGA1a a HMGA1b, mohou zesíťovat vlákna DNA in vitro a může vyvolat shlukování chromatinu in vivo což naznačuje strukturální roli proteinů HMGA1 v organizaci heterochromatinu.^[7]

Pro tento gen bylo nalezeno nejméně sedm variant transkriptu kódujících dvě různé izoformy (HMGA1a, HMGA1b).^[8] Varianta sestřihu HMGA1c s pouze dvěma AT háčky a bez kyselého ocasu je diskutována jako skutečný člen rodiny HMGA.

Myši postrádající jejich variantu HMGA1, tj., Hmga1 - / - myši diabetik, vykazují srdeční hypertrofii a vyjadřují nízké hladiny inzulinový receptor.^[9]

Interakce

HMGA1 bylo prokázáno komunikovat s CEBPB^[10] a Transkripční faktor Sp1.^[10]

Viz také

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000137309 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000046711 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Friedmann M, Holth LT, Zoghbi HY, Reeves R (září 1993). „Organizace, indukovatelná exprese a lokalizace chromozomu lidského genu pro nehistonový protein HMG-I (Y)“. Výzkum nukleových kyselin. 21 (18): 4259–67. doi:10.1093 / nar / 21.18.4259. PMC 310059. PMID 8414980.
^ Reeves R, Beckerbauer L (květen 2001). "HMGI / Y proteiny: flexibilní regulátory transkripce a chromatinové struktury". Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - genová struktura a exprese. 1519 (1–2): 13–29. doi:10.1016 / S0167-4781 (01) 00215-9. PMID 11406267.
^ Vogel B, Löschberger A, Sauer M, Hock R (září 2011). „Zesíťování DNA prostřednictvím HMGA1 naznačuje DNA lešení“. Výzkum nukleových kyselin. 39 (16): 7124–33. doi:10.1093 / nar / gkr396. PMC 3167630. PMID 21596776.
^ "Entrez Gene: HMGA1 skupina s vysokou mobilitou AT-hook 1".
^ Semple RK (2009). „Od ohýbání DNA k cukrovce: zvědavý případ HMGA1“. Journal of Biology. 8 (7): 64. doi:10,1186 / jbiol164. PMC 2736670. PMID 19664187.
^ ^A ^b Foti D, Iuliano R, Chiefari E, Brunetti A (duben 2003). „Nukleoproteinový komplex obsahující Sp1, C / EBP beta a HMGI-Y řídí transkripci genu pro lidský inzulinový receptor“. Molekulární a buněčná biologie. 23 (8): 2720–32. doi:10.1128 / MCB.23.8.2720-2732.2003. PMC 152545. PMID 12665574.

Další čtení

Hui H, Perfetti R (únor 2002). „Homeobox-1 pankreatu duodenum reguluje vývoj pankreatu během embryogeneze a funkce buněk ostrůvků v dospělosti“. Evropský žurnál endokrinologie. 146 (2): 129–41. doi:10.1530 / eje.0.1460129. PMID 11834421.
Van Maele B, Debyser Z (2005). „Integrace HIV-1: souhra mezi HIV-1 integrázou, buněčnými a virovými proteiny“. Recenze AIDS. 7 (1): 26–43. PMID 15875659.
Van Maele B, Busschots K, Vandekerckhove L, Christ F, Debyser Z (únor 2006). "Buněčné kofaktory integrace HIV-1". Trendy v biochemických vědách. 31 (2): 98–105. doi:10.1016 / j.tibs.2005.12.002. PMID 16403635.
Reeves R, Nissen MS (květen 1990). „Doména vázající A.T-DNA savčích chromosomálních proteinů skupiny I s vysokou mobilitou. Nový peptidový motiv pro rozpoznávání struktury DNA“. The Journal of Biological Chemistry. 265 (15): 8573–82. PMID 1692833.
Nissen MS, Langan TA, Reeves R (říjen 1991). „Fosforylace kinázou cdc2 moduluje DNA vazebnou aktivitu vysocehistaminového proteinu chromatinu skupiny I s vysokou mobilitou“. The Journal of Biological Chemistry. 266 (30): 19945–52. PMID 1939057.
Eckner R, Birnstiel ML (srpen 1989). „Klonování cDNA kódujících lidské proteiny HMG I a HMG Y: oba jsou schopné vázat se na motiv oktamerové sekvence“. Výzkum nukleových kyselin. 17 (15): 5947–59. doi:10.1093 / nar / 17.15.5947. PMC 318252. PMID 2505228.
Johnson KR, Lehn DA, Reeves R (květen 1989). „Alternativní zpracování mRNA kódujících savčí chromozomální proteiny skupiny s vysokou mobilitou HMG-I a HMG-Y“. Molekulární a buněčná biologie. 9 (5): 2114–23. doi:10,1128 / mcb. 9.5.2114. PMC 363005. PMID 2701943.
Palvimo J, Linnala-Kankkunen A (říjen 1989). "Identifikace míst na chromozomálním proteinu HMG-I fosforylovaném kasein kinázou II". FEBS Dopisy. 257 (1): 101–4. doi:10.1016 / 0014-5793 (89) 81796-X. PMID 2806554. S2CID 7960951.
Karlson JR, Mørk E, Holtlund J, Laland SG, Lund T (únor 1989). „Aminokyselinová sekvence chromozomálního proteinu HMG-Y, její vztah k HMG-I a možné domény pro preferenční vazbu proteinů na úseky párů bází A-T“. Sdělení o biochemickém a biofyzikálním výzkumu. 158 (3): 646–51. doi:10.1016 / 0006-291X (89) 92770-8. PMID 2920035.
Lund T, Dahl KH, Mørk E, Holtlund J, Laland SG (červenec 1987). „Lidský chromozomální protein HMG I obsahuje dvě identické aminokyselinové sekvence palindromu“. Sdělení o biochemickém a biofyzikálním výzkumu. 146 (2): 725–30. doi:10.1016 / 0006-291X (87) 90589-4. PMID 3619901.
Leger H, Sock E, Renner K, Grummt F, Wegner M (červenec 1995). „Funkční interakce mezi proteinem POU domény Tst-1 / Oct-6 a proteinem s vysokou mobilitou HMG-I / Y“. Molekulární a buněčná biologie. 15 (7): 3738–47. doi:10,1128 / mcb.15.7.3738. PMC 230612. PMID 7791781.
John S, Reeves RB, Lin JX, Child R, Leiden JM, Thompson CB, Leonard WJ (březen 1995). „Regulace exprese genu alfa-řetězce receptoru interleukinu-2 specifického pro buněčný typ: potenciální role fyzických interakcí mezi proteiny rodiny Elf-1, HMG-I (Y) a NF-kappa B“. Molekulární a buněčná biologie. 15 (3): 1786–96. doi:10.1128 / mcb.15.3.1786. PMC 230403. PMID 7862168.
Farnet CM, Bushman FD (únor 1997). „Integrace HIV-1 cDNA: požadavek proteinu HMG I (Y) na funkci preintegračních komplexů in vitro“. Buňka. 88 (4): 483–92. doi:10.1016 / S0092-8674 (00) 81888-7. PMID 9038339. S2CID 14476092.
Miller MD, Farnet CM, Bushman FD (červenec 1997). „Preintegrační komplexy viru lidské imunodeficience typu 1: studie organizace a složení“. Journal of Virology. 71 (7): 5382–90. doi:10.1128 / JVI.71.7.5382-5390.1997. PMC 191777. PMID 9188609.
Huth JR, Bewley CA, Nissen MS, Evans JN, Reeves R, Gronenborn AM, Clore GM (srpen 1997). „Struktura řešení komplexu HMG-I (Y) -DNA definuje nový architektonický motiv vazby menší drážky“. Přírodní strukturní biologie. 4 (8): 657–65. doi:10.1038 / nsb0897-657. PMID 9253416. S2CID 2183841.
Currie RA (prosinec 1997). „Funkční interakce mezi trimerizační doménou podjednotky vázající DNA NF-Y a proteinem skupiny s vysokou mobilitou HMG-I (Y)“. The Journal of Biological Chemistry. 272 (49): 30880–8. doi:10.1074 / jbc.272.49.30880. PMID 9388234.
Chin MT, Pellacani A, Wang H, Lin SS, Jain MK, Perrella MA, Lee ME (duben 1998). „Zlepšení transkripce závislé na séru a vazbě DNA architektonickým transkripčním faktorem HMG-I (Y)“. The Journal of Biological Chemistry. 273 (16): 9755–60. doi:10.1074 / jbc.273.16.9755. PMID 9545312.
Chiappetta G, Tallini G, De Biasio MC, Manfioletti G, Martinez-Tello FJ, Pentimalli F, de Nigris F, Mastro A, Botti G, Fedele M, Berger N, Santoro M, Giancotti V, Fusco A (září 1998). „Detekce proteinu HMGI (Y) s vysokou mobilitou v diagnostice nádorů štítné žlázy: Exprese HMGI (Y) představuje potenciální diagnostický indikátor karcinomu“. Výzkum rakoviny. 58 (18): 4193–8. PMID 9751634.
Vogel B, Löschberger A, Sauer M, Hock R (září 2011). „Zesíťování DNA prostřednictvím HMGA1 naznačuje DNA lešení“. Výzkum nukleových kyselin. 39 (16): 7124–33. doi:10.1093 / nar / gkr396. PMC 3167630. PMID 21596776.

externí odkazy

HMGA1 + protein, + člověk v americké národní lékařské knihovně Lékařské předměty (Pletivo)
Přehled všech strukturálních informací dostupných v PDB pro UniProt: P17096 (Skupina s vysokou mobilitou proteinů HMG-I / HMG-Y) na PDBe-KB.

Tento článek včlení text z United States National Library of Medicine, který je v veřejná doména.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000137309 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000046711 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid8414980-5] Friedmann M, Holth LT, Zoghbi HY, Reeves R (září 1993). „Organizace, indukovatelná exprese a lokalizace chromozomu lidského genu pro nehistonový protein HMG-I (Y)“. Výzkum nukleových kyselin. 21 (18): 4259–67. doi:10.1093 / nar / 21.18.4259. PMC 310059. PMID 8414980.

[pmid11406267-6] Reeves R, Beckerbauer L (květen 2001). "HMGI / Y proteiny: flexibilní regulátory transkripce a chromatinové struktury". Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - genová struktura a exprese. 1519 (1–2): 13–29. doi:10.1016 / S0167-4781 (01) 00215-9. PMID 11406267.

[7] Vogel B, Löschberger A, Sauer M, Hock R (září 2011). „Zesíťování DNA prostřednictvím HMGA1 naznačuje DNA lešení“. Výzkum nukleových kyselin. 39 (16): 7124–33. doi:10.1093 / nar / gkr396. PMC 3167630. PMID 21596776.

[entrez-8] "Entrez Gene: HMGA1 skupina s vysokou mobilitou AT-hook 1".

[9] Semple RK (2009). „Od ohýbání DNA k cukrovce: zvědavý případ HMGA1“. Journal of Biology. 8 (7): 64. doi:10,1186 / jbiol164. PMC 2736670. PMID 19664187.

[pmid12665574-10] A ^b Foti D, Iuliano R, Chiefari E, Brunetti A (duben 2003). „Nukleoproteinový komplex obsahující Sp1, C / EBP beta a HMGI-Y řídí transkripci genu pro lidský inzulinový receptor“. Molekulární a buněčná biologie. 23 (8): 2720–32. doi:10.1128 / MCB.23.8.2720-2732.2003. PMC 152545. PMID 12665574.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]