Homeobox - Homeobox

Homeodomain
Homeodomain-dna-1ahd.png
The Antennapedia homeodoménový protein z Drosophila melanogaster vázán na fragment DNA.[1] Rozpoznávací šroubovice a nestrukturovaný N-konec jsou spojeny v hlavní, respektive vedlejší drážce.
Identifikátory
SymbolHomeodomain
PfamPF00046
Pfam klanCL0123
InterProIPR001356
CHYTRÝSM00389
STRÁNKAPDOC00027
SCOP21ahd / Rozsah / SUPFAM

A homeobox je Sekvence DNA kolem 180 základní páry dlouhý, nalezený uvnitř geny které se podílejí na regulaci vzorců anatomického vývoje (morfogeneze ) v zvířata, houby, rostliny a četné jednobuněčné eukaryoty.[2] Geny homeoboxu kódují homeodomain protein produkty, které jsou transkripční faktory sdílení charakteristiky proteinový záhyb struktura, která se váže DNA regulovat expresi cílových genů.[3][4][2] Homeodoménové proteiny regulují genovou expresi a diferenciaci buněk během raného embryonálního vývoje, takže mutace v genech homeoboxu mohou způsobit vývojové poruchy.[5]

Homeóza je termín vytvořený William Bateson popsat přímé nahrazení diskrétní části těla jinou částí těla, např. anténa —Nastavení antény na hlavě ovocné mušky s nohama.[6] Z toho pramení předpona „homeo-“ ve slovech „homeobox“ a „homeodomain“ mutační fenotyp, což je pozorováno, když jsou některé z těchto genů mutovány zvířata. Doména homeoboxu byla poprvé identifikována v řadě Drosophila homeotický a segmentační proteiny, ale nyní je známo, že je dobře konzervován u mnoha dalších zvířat, včetně obratlovců.[3][7][8]

Objev

Drosophila s anténa mutantní fenotyp vykazuje homeotickou transformaci antén do struktur podobných nohám na hlavě.

Existence genů homeoboxu byla poprvé objevena v roce Drosophila izolací genu odpovědného za homeotickou transformaci, kde nohy rostou z hlavy místo očekávaných antén. Walter Gehring identifikoval gen nazvaný anténa který způsobil tento homeotický fenotyp.[9] Analýza anténa odhalil, že tento gen obsahoval sekvenci 180 párů bází, která kódovala doménu vázající DNA, kterou William McGinnis nazval „homeoboxem“.[10] Existence dalších Drosophila geny obsahující anténa sekvenci homeoboxu nezávisle nahlásil Ernst Hafen, Michael Levine, William McGinnis, a Walter Jakob Gehring z University of Basel v Švýcarsko a Matthew P. Scott a Amy Weiner z Indiana University v Bloomington v roce 1984.[11][12] Izolace homologních genů metodou Edward de Robertis a William McGinnis odhalili, že homeobox obsahuje mnoho genů z různých druhů.[13][14] Následující fylogenetické studie popisující evoluční vztah mezi geny obsahujícími homeobox ukázaly, že tyto geny jsou přítomny ve všech bilaterální zvířata.

Struktura homeodomény

Charakteristická homeodoména proteinový záhyb skládá se z 60-aminokyselina dlouhá doména složená ze tří alfa šroubovic. Následující ukazuje shoda homeodoména (~ 60 aminokyselinových řetězců):[15]

            Helix 1 Helix 2 Helix 3/4 ______________ __________ _________________ RRRKRTAYTRYQLLELEKEFHFNRYLTRRRRIELAHSLNLTERHIKIWFQNRRMKWKKEN .... | .... | .... | .... | .... | .... | .... | .... | .... | .... | .... | 10 20 30 40 50 60
Komplex homeodomény-DNA vnd / NK-2. Spirála 3 homeodomény se váže v hlavní drážce DNA a N-koncové rameno se váže v malé drážce, analogicky s jinými komplexy homeodomény-DNA.

Spirála 2 a spirála 3 tvoří tzv helix-turn-helix (HTH) struktura, kde dva alfa helixy jsou spojeny oblastí krátké smyčky. The N-terminál dvě šroubovice homeodomény jsou antiparalelní a čím déle C-terminál spirála je zhruba kolmá k osám vytvořeným prvními dvěma. Právě tato třetí spirála interaguje přímo s DNA prostřednictvím řady vodíkových vazeb a hydrofobních interakcí, jakož i nepřímých interakcí prostřednictvím molekul vody, ke kterým dochází mezi specifickými boční řetězy a vystaveni základny v rámci hlavní drážka DNA.[7]

Homeodoménové proteiny se nacházejí v eukaryoty.[2] Prostřednictvím motivu HTH sdílejí omezenou sekvenční podobnost a strukturní podobnost s prokaryotickými transkripčními faktory,[16] jako lambda fág proteiny, které mění expresi genů v prokaryoty. Motiv HTH vykazuje určitou sekvenční podobnost, ale podobnou strukturu v širokém rozsahu proteinů vázajících DNA (např. cro a represorové proteiny, proteiny homeodomény atd.). Jeden ze základních rozdílů mezi HTH motivy v těchto různých proteinech vyplývá ze stereochemického požadavku na glycin v pořadí, kterému je třeba se vyhnout sterický interference interference beta-uhlíku s hlavním řetězcem: pro cro a represorové proteiny se glycin jeví jako povinný, zatímco pro mnoho homeotických a jiných proteinů vázajících DNA je požadavek uvolněný.

Specifičnost sekvence

Homeodomény se mohou vázat jak specificky, tak nespecificky B-DNA s C-koncovou rozpoznávací šroubovicí zarovnanou v hlavní drážce DNA a nestrukturovaným peptidovým "ocasem" na N-konci zarovnaném v vedlejší drážce. Rozpoznávací šroubovice a smyčky mezi šroubovicemi jsou bohaté na arginin a lysin zbytky, které se tvoří Vodíkové vazby k páteři DNA. Konzervované hydrofobní zbytky ve středu rozpoznávací šroubovice pomáhají stabilizovat obal šroubovice. Homeodoménové proteiny vykazují preferenci pro DNA sekvenci 5'-TAAT-3 '; na sekvenci nezávislé vazbě dochází s výrazně nižší afinitou. Specifičnost jediného proteinu homeodomény obvykle nestačí k rozpoznání promotorů specifického cílového genu, takže vazba kofaktoru je důležitým mechanismem pro řízení specificity vazebné sekvence a exprese cílového genu. K dosažení vyšší cílové specificity tvoří proteiny homeodomény komplexy s dalšími transkripčními faktory, které rozpoznávají promotor region specifického cílového genu.

Biologická funkce

Homeodoménové proteiny fungují jako transkripční faktory kvůli vazebným vlastnostem DNA konzervovaného HTH motivu. Homeodoménové proteiny jsou považovány za hlavní kontrolní geny, což znamená, že jediný protein může regulovat expresi mnoha cílových genů. Homeodoménové proteiny řídí tvorbu tělesných os a tělesných struktur během časný embryonální vývoj.[17] Mnoho proteinů homeodomény indukuje buněčná diferenciace iniciováním kaskád koregulovaných genů potřebných k produkci jedince papírové kapesníky a orgány. Jiné proteiny v rodině, jako např NANOG podílejí se na údržbě pluripotence a prevenci buněčné diferenciace.

Nařízení

Geny Hox a jejich přidružené mikroRNA jsou vysoce konzervativní vývojové hlavní regulátory s těsnou tkáňově specifickou, časoprostorovou kontrolou. O těchto genech je známo, že jsou dysregulované u několika druhů rakoviny a jsou často kontrolovány methylací DNA.[18][19] Regulace genů Hox je velmi složitá a zahrnuje vzájemné interakce, většinou inhibiční. Drosophila je známo, že používá polycomb a trithorax komplexy k udržení exprese genů Hox po down-regulaci genů párového pravidla a mezery, ke kterým dochází během vývoje larev. Proteiny skupiny polycomb může umlčet geny HOX modulací chromatin struktura.[20]

Mutace

Mutace genů homeoboxu mohou produkovat snadno viditelné fenotypový změny identity segmentu těla, jako jsou mutantní fenotypy Antennapedia a Bithorax v roce 2006 Drosophila. Duplikace genů homeoboxu může produkovat nové segmenty těla a takové duplikace pravděpodobně byly důležité v vývoj segmentovaných zvířat.

Vývoj

Samotný homeobox se mohl vyvinout z transmembránové domény nevázající DNA na C-konci enzymu MraY. To je založeno na metagenomických datech získaných z přechodného archeona, Lokiarchaeum, který je považován za prokaryot nejblíže k předchůdci všech eukaryot.[21][nespolehlivý zdroj? ]

Fylogenetická analýza sekvencí genů homeoboxu a proteinových struktur homeodomény naznačuje, že poslední společný předek rostlin, hub a zvířat měl alespoň dva geny homeoboxu.[22] Molekulární důkazy ukazují, že v USA existoval omezený počet genů Hox Cnidaria protože před první pravdou Bilatera, což činí tyto geny pre-Paleozoikum.[23] Je akceptováno, že tři hlavní zvířecí klastry třídy ANTP, Hox, ParaHox a NK (MetaHox), jsou výsledkem segmentové duplikace. První duplikace vytvořila MetaHox a ProtoHox, druhá z nich se později duplikovala do Hox a ParaHox. Samotné klastry byly vytvořeny tandemovou duplikací jednoho genu homeoboxu třídy ANTP.[24] Genová duplikace následovaná neofunkcionalizace je zodpovědný za mnoho homeoboxových genů nalezených v eukaryotech.[25][26] Porovnání genů homeoboxu a genových shluků bylo použito k pochopení vývoje struktury genomu a morfologie těla v metazoanech.[27]

Druhy genů homeoboxu

Hox geny

Exprese genu Hox v Drosophila melanogaster.
Hlavní článek: Hox gen

Geny Hox jsou nejčastěji známou podskupinou genů homeoboxu. Jsou zásadní metazoan geny, které určují identitu embryonálních oblastí podél předozadní osy.[28] První gen Hox obratlovců byl izolován v roce Xenopus podle Edward De Robertis a kolegové v roce 1984.[29] Hlavní zájem o tuto sadu genů pramení z jejich jedinečného chování a uspořádání v genomu. Geny Hox se obvykle nacházejí v organizovaném klastru. Lineární pořadí genů Hox v klastru přímo souvisí s pořadím, které jsou během vývoje vyjádřeny v čase i prostoru. Tento jev se nazývá kolinearita.

Mutace v těchto homeotické geny způsobit posunutí tělesných segmentů během embryonálního vývoje. Tomu se říká ektopie. Například když dojde ke ztrátě jednoho genu, segment se vyvine do anteriornějšího, zatímco mutace, která vede k získání funkce, způsobí, že se segment vyvine v zadní. Slavné příklady jsou Antennapedia a bithorax v Drosophila, což může způsobit vývoj nohou místo antén a vývoj duplikovaného hrudníku.[30]

U obratlovců čtyři paralog klastry mají částečně redundantní funkci, ale také získaly několik odvozených funkcí. Například HoxA a HoxD specifikují identitu segmentu podél končetina osa.[31][32] Specifičtí členové rodiny Hoxů se podílejí na vaskulární remodelaci, angiogeneze a onemocnění organizováním změn v degradaci matrice, integrinů a složek ECM.[33] HoxA5 je zapojen do aterosklerózy.[34][35] HoxD3 a HoxB3 jsou proinvazivní, angiogenní geny, které upregulují integriny b3 a a5 a Efna1 v EC.[36][37][38][39] HoxA3 indukuje endoteliální migrace buněk (EC) zvýšením regulace MMP14 a uPAR. Naopak HoxD10 a HoxA5 mají opačný účinek na potlačení migrace EC a angiogeneze a stabilizaci adherenních spojů upregulací TIMP1 / downregulací uPAR a MMP14 a upregulací Tsp2 / downregulací VEGFR2, Efna1, Hif1alpha a COX-2.[40][41] HoxA5 také nadměrně reguluje tumor supresor p53 a Akt1 downregulací PTEN.[42] Ukázalo se, že potlačení HoxA5 tlumí hemangiom růst.[43] HoxA5 má dalekosáhlé účinky na genovou expresi a způsobuje indukci ~ 300 genů po indukci v buněčných liniích rakoviny prsu.[43] Nadměrná exprese domény proteinu HoxA5 brání zánětu, který je prokázán inhibicí vazby monocytů indukovaných TNFalfa na HUVEC.[44][45]

LIM geny

Hlavní článek: LIM doména

Geny LIM (pojmenované podle počátečních písmen názvů tří proteinů, kde byla nejprve identifikována charakteristická doména) kódují dvě 60 aminokyselinové cysteinové a na histidiny bohaté LIM domény a homeodoménu. Domény LIM fungují v interakcích protein-protein a mohou vázat molekuly zinku. Proteiny domény LIM se nacházejí jak v cytosolu, tak v jádře. Fungují při cytoskeletální remodelaci, v ohniskových adhezních místech, jako lešení pro proteinové komplexy a jako transkripční faktory.[46]

Geny Pax

Hlavní článek: Geny Pax

Většina genů Pax obsahuje homeobox a spárovanou doménu, která také váže DNA, aby zvýšila vazebnou specificitu, ačkoli některé geny Pax ztratily celou nebo část sekvence homeoboxu.[47] Geny Pax fungují v embryu segmentace, nervový systém vývoj, generace pole čelního oka, kosterní vývoj a formování struktur obličeje. Pax 6 je hlavním regulátorem vývoje oka, takže gen je nezbytný pro vývoj optického váčku a následných struktur očí.[48]

Geny POU

Hlavní článek: Rodina POU

Proteiny obsahující oblast POU se skládají z homeodomény a samostatné, strukturně homologní POU doména, která obsahuje dvě helix-turn-helix motivy a také váže DNA. Tyto dvě domény jsou spojeny pružnou smyčkou, která je dostatečně dlouhá na to, aby se táhla kolem šroubovice DNA, což umožňuje, aby se tyto dvě domény vázaly na opačných stranách cílové DNA a společně pokrývaly segment o osmi bázích konsensuální sekvence 5'-ATGCAAAT-3 '. Jednotlivé domény proteinů POU vážou DNA jen slabě, ale mají silnou sekvenčně specifickou afinitu, když jsou spojeny. Samotná POU doména má významnou strukturální podobnost s represory vyjádřenými v bakteriofágy, zejména lambda fág.

Vysaďte geny homeoboxu

Stejně jako u zvířat, rostlinné homeoboxové geny kódují typickou 60 aminokyselinovou doménu vázající se na DNA nebo v případě TALE (prodloužení smyčky se třemi aminokyselinami) geny homeoboxu pro „atypickou“ homeodoménu skládající se ze 63 aminokyselin. Podle jejich konzervované struktury intron – exon a podle jedinečných architektur codomainu byly seskupeny do 14 odlišných tříd: HD-ZIP I až IV, BEL, KNOX, PLINC, WOX, PHD, DDT, NDX, LD, SAWADEE a PINTOX.[25] Zachování domén naznačuje společný eukaryotický původ pro TALE[49] a proteiny homeodomény jiné než TALE.[50]

Lidské homeoboxové geny

Geny Hox u lidí jsou organizovány do čtyř chromozomálních shluků:

názevchromozómgen
HOXA (nebo někdy HOX1) - HOXA @chromozom 7HOXA1, HOXA2, HOXA3, HOXA4, HOXA5, HOXA6, HOXA7, HOXA9, HOXA10, HOXA11, HOXA13
HOXB - HOXB @chromozom 17HOXB1, HOXB2, HOXB3, HOXB4, HOXB5, HOXB6, HOXB7, HOXB8, HOXB9, HOXB13
HOXC - HOXC @chromozom 12HOXC4, HOXC5, HOXC6, HOXC8, HOXC9, HOXC10, HOXC11, HOXC12, HOXC13
HOXD - HOXD @chromozom 2HOXD1, HOXD3, HOXD4, HOXD8, HOXD9, HOXD10, HOXD11, HOXD12, HOXD13

ParaHox geny se analogicky nacházejí ve čtyřech oblastech. Obsahují CDX1, CDX2, CDX4; GSX1, GSX2; a PDX1. Mezi další geny považované za podobné Hox patří EVX1, EVX2; GBX1, GBX2; MEOX1, MEOX2; a MNX1. Geny podobné NK (NKL), z nichž některé jsou považovány za „MetaHox“, jsou seskupeny s Hox podobnými geny do velké skupiny podobné ANTP.[51][52]

Lidé mají rodina „distálně méně homeoboxů“: DLX1, DLX2, DLX3, DLX4, DLX5, a DLX6. Geny Dlx se podílejí na vývoji nervového systému a končetin.[53] Jsou považovány za podmnožinu genů podobných NK.[51]

Humánní homeoboxové geny pro „atypickou“ homeodoménu (TRE Amino Acid Loop Extension) se skládají spíše z 63 než 60 aminokyselin:IRX1, IRX2, IRX3, IRX4, IRX5, IRX6; MEIS1, MEIS2, MEIS3; MKX; PBX1, PBX2, PBX3, PBX4; PKNOX1, PKNOX2; TGIF1, TGIF2, TGIF2LX, TGIF2LY.[51]

Lidé mají navíc následující geny a proteiny homeoboxu:[51]

  1. ^ Seskupeno jako Lmx 1/5, 2/9, 3/4 a 6/8.
  2. ^ Seskupeno jako šest 1/2, 3/6 a 4/5.
  3. ^ Diskutabilní, za [51]
  4. ^ The Geny Pax. Seskupeny jako Pax2 / 5/8, Pax3 / 7 a Pax4 / 6.
  5. ^ Nk4.
  6. ^ Nk5.

Viz také

Reference

  1. ^ PDB: 1AHD​; Billeter M, Qian YQ, Otting G, Müller M, Gehring W, Wüthrich K (prosinec 1993). „Stanovení struktury řešení nukleární magnetické rezonance komplexu homeodomény-DNA Antennapedia“. Journal of Molecular Biology. 234 (4): 1084–93. doi:10.1006 / jmbi.1993.1661. PMID  7903398.
  2. ^ A b C Bürglin TR, Affolter M (červen 2016). „Homeodoménové proteiny: aktualizace“. Chromozom. 125 (3): 497–521. doi:10.1007 / s00412-015-0543-8. PMC  4901127. PMID  26464018.
  3. ^ A b Gehring WJ (srpen 1992). "Homeobox v perspektivě". Trendy v biochemických vědách. 17 (8): 277–80. doi:10.1016 / 0968-0004 (92) 90434-B. PMID  1357790.
  4. ^ Gehring WJ (prosinec 1993). "Zkoumání homeoboxu". Gen. 135 (1–2): 215–21. doi:10.1016 / 0378-1119 (93) 90068-E. PMID  7903947.
  5. ^ Reference, Genetics Home. „Homeoboxy“. Genetická domácí reference.
  6. ^ Materiály pro studium variací, se zvláštním zřetelem na diskontinuitu v původu druhu William Bateson 1861–1926. Londýn: Macmillan 1894 xv, 598 s
  7. ^ A b Schofield PN (1987). "Vzory, hádanky a paradigmata - hádanka homeoboxu". Trendy Neurosci. 10: 3–6. doi:10.1016/0166-2236(87)90113-5. S2CID  53188259.
  8. ^ Scott MP, Tamkun JW, Hartzell GW (červenec 1989). "Struktura a funkce homeodomény". Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Recenze na rakovinu. 989 (1): 25–48. doi:10.1016 / 0304-419x (89) 90033-4. PMID  2568852.
  9. ^ Garber RL, Kuroiwa A, Gehring WJ (1983). "Genomické a cDNA klony homeotického lokusu Antennapedia v Drosophile". Časopis EMBO. 2 (11): 2027–36. doi:10.1002 / j.1460-2075.1983.tb01696.x. PMC  555405. PMID  6416827.
  10. ^ „Walter Jakob Gehring (1939–2014) | Encyklopedie projektu Embryo“. embryo.asu.edu. Citováno 2019-12-09.
  11. ^ McGinnis W, Levine MS, Hafen E, Kuroiwa A, Gehring WJ (1984). "Konzervovaná sekvence DNA v homoeotických genech komplexů Drosophila Antennapedia a bithorax". Příroda. 308 (5958): 428–33. Bibcode:1984Natur.308..428M. doi:10.1038 / 308428a0. PMID  6323992. S2CID  4235713.
  12. ^ Scott MP, Weiner AJ (červenec 1984). „Strukturální vztahy mezi geny, které řídí vývoj: sekvenční homologie mezi Antennapedia, Ultrabithorax a fushi tarazu loci Drosophily“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 81 (13): 4115–9. Bibcode:1984PNAS ... 81.4115S. doi:10.1073 / pnas.81.13.4115. PMC  345379. PMID  6330741.
  13. ^ Carrasco, Andrés E .; McGinnis, William; Gehring, Walter J .; De Robertis, Eddy M. (1984). "Klonování genu X. laevis exprimovaného během časné embryogeneze kódující peptidovou oblast homologní s homeotickými geny Drosophila". Buňka. 37 (2): 409–414. doi:10.1016/0092-8674(84)90371-4. PMID  6327066. S2CID  30114443.
  14. ^ McGinnis W, Garber RL, Wirz J, Kuroiwa A, Gehring WJ (červen 1984). „Homologní sekvence kódující protein v homeotických genech Drosophila a její konzervace v jiných metazoanech“. Buňka. 37 (2): 403–8. doi:10.1016/0092-8674(84)90370-2. PMID  6327065. S2CID  40456645.
  15. ^ Bürglin TR. „Stránka homeoboxu“ (gif). Karolinksa Institute.
  16. ^ „CATH Superfamily 1.10.10.60“. www.cathdb.info. Citováno 27. března 2018.
  17. ^ Corsetti MT, Briata P, Sanseverino L, Daga A, Airoldi I, Simeone A a kol. (Září 1992). „Diferenciální DNA vazebné vlastnosti tří lidských homeodoménových proteinů“. Výzkum nukleových kyselin. 20 (17): 4465–72. doi:10.1093 / nar / 20.17.4465. PMC  334173. PMID  1357628.
  18. ^ Dunn J, Thabet S, Jo H (červenec 2015). „Methylace epigenetické DNA závislá na průtoku při expresi endoteliálních genů a ateroskleróze“. Arterioskleróza, trombóza a vaskulární biologie. 35 (7): 1562–9. doi:10.1161 / ATVBAHA.115.305042. PMC  4754957. PMID  25953647.
  19. ^ Bhatlekar S, Fields JZ, Boman BM (srpen 2014). "HOX geny a jejich role ve vývoji lidských rakovin". Journal of Molecular Medicine. 92 (8): 811–23. doi:10.1007 / s00109-014-1181-r. PMID  24996520. S2CID  17159381.
  20. ^ Portoso M, Cavalli G (2008). „Role RNAi a nekódujících RNA v Polycombu zprostředkovaném řízení genové exprese a genomového programování“. RNA a regulace genové exprese: skrytá vrstva složitosti. Caister Academic Press. ISBN  978-1-904455-25-7.
  21. ^ Bozorgmehr JH (2018). „Původ Homeoboxu na C-konci MraY v Lokiarchaei“. doi:10,13140 / RG.2.2.35941.65760 - přes ResearchGate. Citovat deník vyžaduje | deník = (Pomoc)
  22. ^ Bharathan G, Janssen BJ, Kellogg EA, Sinha N (prosinec 1997). „Zdvojnásobily se proteiny homeodomény před vznikem krytosemenných rostlin, hub a metazoí?“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 94 (25): 13749–53. Bibcode:1997PNAS ... 9413749B. doi:10.1073 / pnas.94.25.13749. JSTOR  43805. PMC  28378. PMID  9391098.
  23. ^ Ryan JF, Mazza ME, Pang K, Matus DQ, Baxevanis AD, Martindale MQ, Finnerty JR (leden 2007). „Pre-bilaterian origins of the Hox cluster and the Hox code: evidence from the sea anemone, Nematostella vectensis“. PLOS ONE. 2 (1): e153. Bibcode:2007PLoSO ... 2..153R. doi:10.1371 / journal.pone.0000153. PMC  1779807. PMID  17252055.
  24. ^ Garcia-Fernàndez J (prosinec 2005). „Geneze a evoluce klastrů homeoboxových genů“. Genetika hodnocení přírody. 6 (12): 881–92. doi:10.1038 / nrg1723. PMID  16341069. S2CID  42823485.
  25. ^ A b Mukherjee K, Brocchieri L, Bürglin TR (prosinec 2009). „Komplexní klasifikace a evoluční analýza genů homeoboxu rostlin“. Molekulární biologie a evoluce. 26 (12): 2775–94. doi:10,1093 / molbev / msp201. PMC  2775110. PMID  19734295.
  26. ^ Holland PW (2013). "Vývoj genů homeoboxu". Wiley Interdisciplinary Reviews: Developmental Biology. 2 (1): 31–45. doi:10,1002 / wdev.78. PMID  23799629. S2CID  44396110.
  27. ^ Ferrier, David E. K. (2016). „Vývoj klastrů homeoboxových genů u zvířat: Giga-klastr a primární vs. sekundární klastrování“. Hranice v ekologii a evoluci. 4. doi:10.3389 / fevo.2016.00036. ISSN  2296-701X.
  28. ^ Alonso ČR (listopad 2002). "Hox proteiny: tvarování částí těla aktivací lokalizované buněčné smrti". Aktuální biologie. 12 (22): R776-8. doi:10.1016 / S0960-9822 (02) 01291-5. PMID  12445403. S2CID  17558233.
  29. ^ Carrasco AE, McGinnis W, Gehring WJ, De Robertis EM (červen 1984). "Klonování genu X. laevis exprimovaného během časné embryogeneze kódující peptidovou oblast homologní s homeotickými geny Drosophila". Buňka. 37 (2): 409–14. doi:10.1016/0092-8674(84)90371-4. PMID  6327066. S2CID  30114443.
  30. ^ Schneuwly S, Klemenz R, Gehring WJ (1987). „Přepracování tělesného plánu Drosophily ektopickou expresí homoeotického genu Antennapedia“. Příroda. 325 (6107): 816–8. Bibcode:1987 Natur.325..816S. doi:10.1038 / 325816a0. PMID  3821869. S2CID  4320668.
  31. ^ Fromental-Ramain C, Warot X, Messadecq N, LeMeur M, Dollé P, Chambon P (říjen 1996). „Hoxa-13 a Hoxd-13 hrají zásadní roli při vytváření vzorců končetinového autopodu“. Rozvoj. 122 (10): 2997–3011. PMID  8898214.
  32. ^ Zákány J, Duboule D (duben 1999). "Hox geny ve vývoji a vývoji číslic". Výzkum buněk a tkání. 296 (1): 19–25. doi:10,1007 / s004410051262. PMID  10199961. S2CID  3192774.
  33. ^ Gorski DH, Walsh K (listopad 2000). „Úloha genů homeoboxu při vaskulární remodelaci a angiogenezi“. Výzkum oběhu. 87 (10): 865–72. doi:10.1161 / 01.res.87.10.865. PMID  11073881.
  34. ^ Dunn J, Thabet S, Jo H (červenec 2015). „Methylace epigenetické DNA závislá na průtoku při expresi endoteliálních genů a ateroskleróze“. Arterioskleróza, trombóza a vaskulární biologie. 35 (7): 1562–9. doi:10.1161 / ATVBAHA.115.305042. PMC  4754957. PMID  25953647.
  35. ^ Dunn J, Simmons R, Thabet S, Jo H (říjen 2015). „Role epigenetiky ve smykové stresové reakci endoteliálních buněk a ateroskleróze“. International Journal of Biochemistry & Cell Biology. 67: 167–76. doi:10.1016 / j.biocel.2015.05.001. PMC  4592147. PMID  25979369.
  36. ^ Boudreau N, Andrews C, Srebrow A, Ravanpay A, Cheresh DA (říjen 1997). "Indukce angiogenního fenotypu Hox D3". The Journal of Cell Biology. 139 (1): 257–64. doi:10.1083 / jcb.139.1.257. PMC  2139816. PMID  9314544.
  37. ^ Boudreau NJ, Varner JA (únor 2004). „Homeoboxový transkripční faktor Hox D3 podporuje expresi a funkci integrinu alfa5beta1 během angiogeneze“. The Journal of Biological Chemistry. 279 (6): 4862–8. doi:10,1074 / jbc.M305190200. PMID  14610084.
  38. ^ Myers C, Charboneau A, Boudreau N (leden 2000). „Homeobox B3 podporuje kapilární morfogenezi a angiogenezi“. The Journal of Cell Biology. 148 (2): 343–51. doi:10.1083 / jcb.148.2.343. PMC  2174277. PMID  10648567.
  39. ^ Chen Y, Xu B, Arderiu G, Hashimoto T, Young WL, Boudreau N, Yang GY (listopad 2004). „Retrovirové dodání genu homeoboxu D3 indukuje cerebrální angiogenezi u myší“. Journal of Cerebral Blood Flow and Metabolism. 24 (11): 1280–7. doi:10.1097 / 01.WCB.0000141770.09022.AB. PMID  15545924.
  40. ^ Myers C, Charboneau A, Cheung I, Hanks D, Boudreau N (prosinec 2002). "Trvalá exprese homeoboxu D10 inhibuje angiogenezi". American Journal of Pathology. 161 (6): 2099–109. doi:10.1016 / S0002-9440 (10) 64488-4. PMC  1850921. PMID  12466126.
  41. ^ Mace KA, Hansen SL, Myers C, Young DM, Boudreau N (červen 2005). „HOXA3 indukuje migraci buněk v endotelových a epiteliálních buňkách a podporuje angiogenezi a hojení ran“. Journal of Cell Science. 118 (Pt 12): 2567–77. doi:10.1242 / jcs.02399. PMID  15914537.
  42. ^ Rhoads K, Arderiu G, Charboneau A, Hansen SL, Hoffman W, Boudreau N (2005). "Role pro Hox A5 v regulaci angiogeneze a vaskulárního vzorce". Lymfatický výzkum a biologie. 3 (4): 240–52. doi:10.1089 / lrb.2005.3.240. PMID  16379594.
  43. ^ A b Arderiu G, Cuevas I, Chen A, Carrio M, East L, Boudreau NJ (2007). „HoxA5 stabilizuje adherenční křižovatky zvýšením Akt1“. Buněčná adheze a migrace. 1 (4): 185–95. doi:10,4161 / vačka. 1.4.5448. PMC  2634105. PMID  19262140.
  44. ^ Zhu Y, Cuevas IC, Gabriel RA, Su H, Nishimura S, Gao P a kol. (Červen 2009). „Obnova transkripčního faktoru HoxA5 exprese inhibuje růst experimentálních hemangiomů v mozku“. Journal of Neuropathology and Experimental Neurology. 68 (6): 626–32. doi:10.1097 / NEN.0b013e3181a491ce. PMC  2728585. PMID  19458547.
  45. ^ Chen H, Rubin E, Zhang H, Chung S, Jie CC, Garrett E a kol. (Květen 2005). „Identifikace transkripčních cílů HOXA5“. The Journal of Biological Chemistry. 280 (19): 19373–80. doi:10,1074 / jbc.M413528200. PMID  15757903.
  46. ^ Kadrmas JL, Beckerle MC (listopad 2004). "Doména LIM: od cytoskeletu po jádro". Nature Reviews Molecular Cell Biology. 5 (11): 920–31. doi:10.1038 / nrm1499. PMID  15520811. S2CID  6030950.
  47. ^ Gruss P, Walther C (květen 1992). "Pax ve vývoji". Buňka. 69 (5): 719–22. doi:10.1016 / 0092-8674 (92) 90281-G. PMID  1591773. S2CID  44613005.
  48. ^ Walther C, Gruss P (prosinec 1991). „Pax-6, myší spárovaný gen boxu, je exprimován ve vyvíjejícím se CNS“. Rozvoj. 113 (4): 1435–49. PMID  1687460.
  49. ^ Bürglin TR (listopad 1997). „Analýza genů homeoboxů TALE superclass (MEIS, PBC, KNOX, Iroquois, TGIF) odhalila novou doménu konzervovanou mezi rostlinami a zvířaty“. Výzkum nukleových kyselin. 25 (21): 4173–80. doi:10.1093 / nar / 25.21.4173. PMC  147054. PMID  9336443.
  50. ^ Derelle R, Lopez P, Le Guyader H, Manuel M (2007). „Homeodoménové proteiny patří do souboru předků molekulárních nástrojů eukaryot“. Evoluce a vývoj. 9 (3): 212–9. doi:10.1111 / j.1525-142X.2007.00153.x. PMID  17501745. S2CID  9530210.
  51. ^ A b C d E Holland PW, Booth HA, Bruford EA (říjen 2007). "Klasifikace a nomenklatura všech lidských homeoboxových genů". Biologie BMC. 5 (1): 47. doi:10.1186/1741-7007-5-47. PMC  2211742. PMID  17963489.
  52. ^ Coulier, François; Popovici, Cornel; Villet, Régis; Birnbaum, Daniel (15. prosince 2000). "MetaHox genové shluky". Journal of Experimental Zoology. 288 (4): 345–351. doi:10.1002 / 1097-010X (20001215) 288: 4 <345 :: AID-JEZ7> 3.0.CO; 2-Y. PMID  11144283.
  53. ^ Kraus P, Lufkin T (červenec 2006). "Dlx homeoboxová genová kontrola savčích končetin a kraniofaciální vývoj". American Journal of Medical Genetics. Část A. 140 (13): 1366–74. doi:10,1002 / ajmg.a.31252. PMID  16688724. S2CID  32619323.

Další čtení

externí odkazy

Tento článek včlení text od public domain Pfam a InterPro: IPR001356