HMGB2 - HMGB2

HMGB2
Identifikátory
Aliasy	HMGB2, HMG2, skupina s vysokou mobilitou 2
Externí ID	OMIM: 163906 MGI: 96157 HomoloGene: 37582 Genové karty: HMGB2
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 4 (lidský)
Konec	173,334,432 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 8 (myš)
Konec	57,515,999 bp
Exprese RNA vzor
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• Vazba DNA; • specifické vazby na proteinovou doménu; • GO: 0001131, GO: 0001151, GO: 0001130, GO: 0001204 Aktivita transkripčního faktoru vázajícího DNA; • vazba transkripčního faktoru; • nesekvenčně specifická vazba DNA, ohýbání; • jednořetězcová vazba DNA; • poškozená vazba DNA; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • vazba čtyřcestného spojení DNA; • GO: 0001158 jádrový promotor vázání sekvenčně specifické DNA pro sekvenci proximální oblasti; • Vazba na RAGE receptor; • chemoatraktivní aktivita; • dvouřetězcová vazba DNA; • Vazba DNA, ohýbání; • nadšroubovicová vazba DNA; • vazba na léky; • Vazba RNA; • GO: Aktivita transkripčního koaktivátoru 0001105;
Buněčná složka	• cytoplazma; • nukleoplazma; • chromozóm; • extracelulární oblast; • jádro; • perinukleární oblast cytoplazmy; • nukleární chromatin; • kondenzovaný chromozom; • buněčné jádro; • extracelulární; • makromolekulární komplex;
Biologický proces	• Geometrická změna DNA; • pozitivní regulace produkce interferonu-beta; • shromáždění nukleosomů; • DNA rekombinace; • apoptotická fragmentace DNA; • vývoj mužských pohlavních žláz; • regulace transkripce, DNA-šablony; • pozitivní regulace proliferace endoteliálních buněk; • pozitivní regulace diferenciace erytrocytů; • zánětlivá reakce na antigenní stimul; • proces imunitního systému; • regulace transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • reakce na steroidní hormon; • organizace chromatinu; • negativní regulace genové exprese; • transkripce, chráněná DNA; • pozitivní regulace transkripce, chráněná DNA; • chemotaxe; • reakce na lipopolysacharid; • pozitivní regulace genové exprese; • pozitivní regulace aktivity nukleáz; • obranná reakce na gramnegativní bakterii; • negativní regulace vnější apoptotické signální dráhy prostřednictvím receptorů domény smrti; • V (D) J rekombinace; • spermatogeneze; • pozitivní regulace vrozené imunitní odpovědi; • buněčná chemotaxe; • Ligace DNA zapojená do opravy DNA; • diferenciace spermatidových jader; • pozitivní regulace vazby DNA; • vrozený imunitní systém; • negativní regulace transkripce, chráněná DNA; • buněčná odpověď na lipopolysacharid; • zánětlivá reakce; • pozitivní regulace diferenciace megakaryocytů; • regulace neurogeneze; • regulace množení kmenových buněk; • Topologická změna DNA; • pozitivní regulace transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • obranná odpověď na grampozitivní bakterii; • pozitivní chemotaxe; • reakce na drogu; • remodelace chromatinu;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	3148
	97165
	ENSG00000164104
	ENSMUSG00000054717
	P26583
	P30681
	NM_002129; NM_001130688; NM_001130689
	NM_008252; NM_001363443; NM_001363444; NM_001363445
	NP_001124160; NP_001124161; NP_002120
	NP_032278; NP_001350372; NP_001350373; NP_001350374
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Vysoce mobilní skupinový protein B2 také známý jako protein skupiny s vysokou mobilitou 2 (HMG-2) je a protein že u lidí je kódován HMGB2 gen.^[5]^[6]

Funkce

Tento gen kóduje člena non-histon chromozomální skupina s vysokou mobilitou rodina bílkovin.^[7] Proteiny této rodiny jsou asociované s chromatinem a jsou všudypřítomně distribuovány v jádru vyšších eukaryotických buněk. Studie in vitro prokázaly, že tento protein je schopen účinně ohýbat DNA a vytvářet kruhy DNA. Tyto studie naznačují roli při usnadňování kooperativních interakcí mezi cis působícími proteiny podporou flexibility DNA. Bylo také uvedeno, že tento protein byl zapojen do finále ligace krok v koncových DNA procesech spojování Oprava dvouřetězcových zlomů DNA a V (D) J rekombinace.^[6]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000164104 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000054717 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Majumdar A, Brown D, Kerby S, Rudzinski I, Polte T, Randhawa Z, Seidman MM (prosinec 1991). "Posloupnost lidské HMG2 cDNA". Výzkum nukleových kyselin. 19 (23): 6643. doi:10.1093 / nar / 19.23.6643. PMC 329240. PMID 1754403.
^ ^A ^b „Entrez Gene: HMGB2 high-mobility group box 2“.
^ Murugesapillai D, McCauley MJ, Maher LJ, Williams MC (15. listopadu 2016). „Jednomolekulární studie architektonických proteinů ohýbajících DNA skupiny B s vysokou mobilitou“. Biofyzikální recenze. 9 (1): 17–40. doi:10.1007 / s12551-016-0236-4. PMC 5331113. PMID 28303166.

Další čtení

Alexandre S, Li WW, Lee AS (prosinec 1992). "Lidská HMG2 cDNA s novou 3'-nepřekládanou oblastí". Výzkum nukleových kyselin. 20 (23): 6413. doi:10.1093 / nar / 20.23.6413. PMC 334538. PMID 1475204.
Shirakawa H, Yoshida M (duben 1992). "Struktura genu kódujícího lidský protein HMG2". The Journal of Biological Chemistry. 267 (10): 6641–5. PMID 1551873.
Bernués J, Espel E, Querol E (květen 1986). "Identifikace domén vázajících jádro-histon HMG1 a HMG2". Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - genová struktura a exprese. 866 (4): 242–51. doi:10.1016/0167-4781(86)90049-7. PMID 3697355.
Zwilling S, König H, Wirth T (březen 1995). „Skupina s vysokou mobilitou skupiny 2 funkčně interaguje s doménami POU transkripčních faktorů oktameru“. Časopis EMBO. 14 (6): 1198–208. doi:10.1002 / j.1460-2075.1995.tb07103.x. PMC 398197. PMID 7720710.
Shykind BM, Kim J, Sharp PA (červen 1995). "Aktivace komplexu TFIID-TFIIA s HMG-2". Geny a vývoj. 9 (11): 1354–65. doi:10,1101 / gad. 9.11.1354. PMID 7797075.
Paull TT, Haykinson MJ, Johnson RC (srpen 1993). „Nespecifické proteiny vázající a ohýbající se na DNA HMG1 a HMG2 podporují shromažďování složitých nukleoproteinových struktur“. Geny a vývoj. 7 (8): 1521–34. doi:10,1101 / gad.7.8.1521. PMID 8339930.
Wanschura S, Schoenmakers EF, Huysmans C, Bartnitzke S, Van de Ven WJ, Bullrdiek J (leden 1996). "Mapování lidského genu HMG2 na 4q31". Genomika. 31 (2): 264–5. doi:10.1006 / geno.1996.0046. PMID 8824816.
Nagaki S, Yamamoto M, Yumoto Y, Shirakawa H, Yoshida M, Teraoka H (květen 1998). „Nehistonové chromozomální proteiny HMG1 a 2 zvyšují ligační reakci dvouřetězcových zlomů DNA“. Sdělení o biochemickém a biofyzikálním výzkumu. 246 (1): 137–41. doi:10.1006 / bbrc.1998.8589. PMID 9600082.
Boonyaratanakornkit V, Melvin V, Prendergast P, Altmann M, Ronfani L, Bianchi ME, Taraseviciene L, Nordeen SK, Allegretto EA, Edwards DP (srpen 1998). "Skupiny chromatinu s vysokou mobilitou skupiny 1 a 2 funkčně interagují s receptory steroidních hormonů, aby zvýšily jejich vazbu na DNA in vitro a transkripční aktivitu v savčích buňkách". Molekulární a buněčná biologie. 18 (8): 4471–87. doi:10,1128 / mcb.18.8.4471. PMC 109033. PMID 9671457.
Yumoto Y, Shirakawa H, Yoshida M, Suwa A, Watanabe F, Teraoka H (září 1998). „Skupiny proteinů s vysokou mobilitou 1 a 2 mohou fungovat jako regulační komponenty vázající DNA pro DNA-dependentní protein kinázu in vitro.“ Journal of Biochemistry. 124 (3): 519–27. doi:10.1093 / oxfordjournals.jbchem.a022143. PMID 9722660.
Aidinis V, Bonaldi T, Beltrame M, Santagata S, Bianchi ME, Spanopoulou E (říjen 1999). „Homeodoména RAG1 rekrutuje HMG1 a HMG2 k usnadnění vazby signální sekvence rekombinace a ke zvýšení vlastní aktivity ohýbání DNA RAG1-RAG2.“. Molekulární a buněčná biologie. 19 (10): 6532–42. doi:10,1128 / mcb.19.10.6532. PMC 84623. PMID 10490593.
Butteroni C, De Felici M, Schöler HR, Pesce M (prosinec 2000). „Screening na fágovém displeji odhaluje asociaci mezi zárodečným specifickým transkripčním faktorem Oct-4 a více buněčnými proteiny“. Journal of Molecular Biology. 304 (4): 529–40. doi:10.1006 / jmbi.2000.4238. PMID 11099378.
Stros M, Ozaki T, Bacikova A, Kageyama H, Nakagawara A (březen 2002). „Buňky HMGB1 a HMGB2 specificky down-regulují na p53 a p73 závislou sekvenčně specifickou transaktivaci z lidského promotoru genu Bax“. The Journal of Biological Chemistry. 277 (9): 7157–64. doi:10,1074 / jbc.M110233200. PMID 11748232.
Fan Z, Beresford PJ, Zhang D, Lieberman J (duben 2002). „HMG2 interaguje s proteinem SET nukleosomu a je cílem cytotoxické T-lymfocytární proteázy granzymu A“. Molekulární a buněčná biologie. 22 (8): 2810–20. doi:10.1128 / MCB.22.8.2810-2820.2002. PMC 133744. PMID 11909973.
Dubois T, Howell S, Zemličková E, Aitken A (duben 2002). "Identifikace proteinových partnerů interagujících s kasein kinázou Ialpha". FEBS Dopisy. 517 (1–3): 167–71. doi:10.1016 / S0014-5793 (02) 02614-5. PMID 12062430. S2CID 84792445.
Fan Z, Beresford PJ, Zhang D, Xu Z, CD Novina, Yoshida A, Pommier Y, Lieberman J (únor 2003). „Štěpení oxidačního opravného proteinu Ape1 zvyšuje buněčnou smrt zprostředkovanou granzymem A“. Přírodní imunologie. 4 (2): 145–53. doi:10.1038 / ni885. PMID 12524539. S2CID 29433133.
Lv X, Xu DD, Liu DP, Li L, Hao DL, Liang CC (2003). „Skupina 2 s vysokou mobilitou může být zapojena do regulace oblasti kontroly lokusu v klastru genu beta-globinu“. Biochemie a buněčná biologie. 80 (6): 765–70. doi:10.1139 / o02-164. PMID 12555809.
Pallier C, Scaffidi P, Chopineau-Proust S, Agresti A, Nordmann P, Bianchi ME, Marechal V (srpen 2003). „Sdružení skupinových boxů s vysokou mobilitou chromatinu (HMGB) 1 a HMGB2 s mitotickými chromozomy“. Molekulární biologie buňky. 14 (8): 3414–26. doi:10,1091 / mbc.E02-09-0581. PMC 181577. PMID 12925773.
Aird KM, Iwasaki O, Kossenkov AV, Tanizawa H, Fatkhutdinov N, Bitler BG, Le L, Alicea G, Yang TL, Johnson FB, Noma K, Zhang R (říjen 2016). „HMGB2 orchestruje chromatinovou krajinu lokusů sekrečního fenotypu genů spojených se stárnutím“ (PDF). The Journal of Cell Biology. 215 (3): 325–334. doi:10.1083 / jcb.201608026. PMC 5100296. PMID 27799366. Ztráta HMGB2 (skupina 2 s vysokou mobilitou bílkovin) během stárnutí otupuje SASP (sekreční fenotyp spojený se stárnutím) gen výraz tím, že umožňuje šíření represivního heterochromatin do lokusů genu SASP. To koreluje se začleněním lokusů genu SASP do SAHF (heterochromatinová ložiska spojená se stárnutím), což zase potlačuje expresi genu SASP