PBX1 - PBX1

PBX1
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	1B72, 1PUF
Identifikátory
Aliasy	PBX1, PBX homeobox 1, CAKUHED
Externí ID	OMIM: 176310 MGI: 97495 HomoloGene: 20574 Genové karty: PBX1
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 1 (lidský)
Konec	164,899,296 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 1 (myš)
Konec	168,432,270 bp
Exprese RNA vzor
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• sekvenčně specifická vazba DNA; • GO: 0000980 RNA polymeráza II cis-regulační oblast sekvenčně specifická vazba DNA; • aktivita heterodimerizace proteinu; • GO: 0001131, GO: 0001151, GO: 0001130, GO: 0001204 Aktivita transkripčního faktoru vázajícího DNA; • Vazba DNA; • GO: 0001077, GO: 0001212, GO: 0001213, GO: 0001211, GO: 0001205 Aktivita aktivátoru transkripce vázající DNA, specifická pro RNA polymerázu II; • vazba transkripčního faktoru; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • Vazba DNA specifické pro regulační oblast RNA polymerázy II; • GO: 0001200, GO: 0001133, GO: 0001201 Aktivita transkripčního faktoru vázajícího DNA, specifická pro RNA polymerázu II;
Buněčná složka	• cytoplazma; • buněčné jádro; • komplex regulátoru transkripce; • nukleoplazma; • Komplex transkripčních faktorů RNA polymerázy II;
Biologický proces	• specifikace předního / zadního vzoru; • tvorba proximálního / distálního vzoru; • pozitivní regulace G2 / M přechodu mitotického buněčného cyklu; • vývoj embryonálních orgánů; • embryonální hemopoéza; • negativní regulace aktivity sekvenčně specifického transkripčního faktoru vázajícího DNA; • transkripce, chráněná DNA; • sexuální diferenciace; • vývoj mnohobuněčných organismů; • embryonální morfogeneze končetin; • udržování populace somatických kmenových buněk; • regulace buněčné proliferace; • vývoj nadledvin; • vývoj sleziny; • vývoj brzlíku; • pozitivní regulace buněčné proliferace; • vývoj urogenitálního systému; • regulace transkripce, DNA-šablony; • regulace osifikace; • pozitivní regulace transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • negativní regulace neuronové diferenciace; • vývoj embryonálního kostního systému; • větvení účastnící se morfogeneze ureterálních pupenů; • proces biosyntézy steroidů; • diferenciace buněk; • morfogeneze zvířecích orgánů; • pozitivní regulace transkripce cíle receptoru Notch;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	5087
	18514
	ENSG00000185630
	ENSMUSG00000052534
	P40424
	P41778
	NM_001204961; NM_001204963; NM_002585; NM_001353130; NM_001353131
	NM_001291508; NM_001291509; NM_008783; NM_183355
	NP_001191890; NP_001191892; NP_002576; NP_001340059; NP_001340060
	NP_001278437; NP_001278438; NP_032809; NP_899198
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Transkripční faktor leukémie pre-B-buněk 1 je protein že u lidí je kódován PBX1 gen.^[5]

Interakce

PBX1 bylo prokázáno komunikovat s:

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000185630 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000052534 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ "Entrez Gene: PBX1 homeobox leukémie pre-B-buněk 1".
^ Berthelsen J, Zappavigna V, Ferretti E, Mavilio F, Blasi F (březen 1998). „Nový homeoprotein Prep1 moduluje proteinovou kooperativitu Pbx-Hox“. Časopis EMBO. 17 (5): 1434–45. doi:10.1093 / emboj / 17.5.1434. PMC 1170491. PMID 9482740.
^ Piper DE, Batchelor AH, Chang CP, Cleary ML, Wolberger C (únor 1999). „Struktura heterodimeru HoxB1-Pbx1 navázaného na DNA: role hexapeptidu a čtvrté spirály homeodomény při tvorbě komplexu“. Buňka. 96 (4): 587–97. doi:10.1016 / S0092-8674 (00) 80662-5. PMID 10052460. S2CID 16122785.
^ Chang CP, Shen WF, Rozenfeld S, Lawrence HJ, Largman C, Cleary ML (březen 1995). „Proteiny Pbx vykazují kooperativní vazbu DNA závislou na hexapeptidu s podmnožinou proteinů Hox“. Geny a vývoj. 9 (6): 663–74. doi:10,1101 / gad. 9.6.663. PMID 7729685.
^ Shen WF, Rozenfeld S, Kwong A, Köm ves LG, Lawrence HJ, Largman C (duben 1999). „HOXA9 tvoří v myeloidních buňkách trojité komplexy s PBX2 a MEIS1“. Molekulární a buněčná biologie. 19 (4): 3051–61. doi:10.1128 / MCB.19.4.3051. PMC 84099. PMID 10082572.
^ Shanmugam K, Green NC, Rambaldi I, Saragovi HU, Featherstone MS (listopad 1999). „PBX a MEIS jako partneři nevázající DNA v trimerních komplexech s HOX proteiny“. Molekulární a buněčná biologie. 19 (11): 7577–88. doi:10.1128 / MCB.19.11.7577. PMC 84774. PMID 10523646.
^ Jacobs Y, Schnabel CA, Cleary ML (červenec 1999). „Trimerická asociace proteinů homeodomény Hox a TALE zprostředkovává aktivitu zesilovače zadního mozku Hoxb2“. Molekulární a buněčná biologie. 19 (7): 5134–42. doi:10.1128 / MCB.19.7.5134. PMC 84356. PMID 10373562.
^ Zubair M, Ishihara S, Oka S, Okumura K, Morohashi K (červen 2006). „Dvoukroková regulace transkripce genu Ad4BP / SF-1 během vývoje nadledvin plodu: zahájení komplexem Hox-Pbx1-Prep1 a údržba pomocí autoregulace pomocí Ad4BP / SF-1“. Molekulární a buněčná biologie. 26 (11): 4111–21. doi:10.1128 / MCB.00222-06. PMC 1489093. PMID 16705164.

Další čtení

Sanyal M, Tung JW, Karsunky H, Zeng H, Selleri L, Weissman IL, Herzenberg LA, Cleary ML (květen 2007). „Vývoj B-buněk selhává při absenci proto-onkogenu Pbx1“. Krev. 109 (10): 4191–9. doi:10.1182 / krev-2006-10-054213. PMC 1885499. PMID 17244677.
Hui H, Perfetti R (únor 2002). „Homeobox-1 pankreatu duodenum reguluje vývoj pankreatu během embryogeneze a funkce buněk ostrůvků v dospělosti“. Evropský žurnál endokrinologie. 146 (2): 129–41. doi:10.1530 / eje.0.1460129. PMID 11834421.
Hunger SP, Galili N, Carroll AJ, Crist WM, Link MP, Cleary ML (únor 1991). „Výsledek t (1; 19) (q23; p13) vede ke konzistentní fúzi sekvencí kódujících E2A a PBX1 u akutních lymfoblastických leukémií.“. Krev. 77 (4): 687–93. doi:10,1182 / krev. V77.4.687.687. PMID 1671560.
Monica K, Galili N, Nourse J, Saltman D, Cleary ML (prosinec 1991). „PBX2 a PBX3, nové geny homeoboxu s rozsáhlou homologií s lidskými protoonkogenovými PBX1“. Molekulární a buněčná biologie. 11 (12): 6149–57. doi:10,1128 / mcb.11.12.6149. PMC 361792. PMID 1682799.
Nourse J, Mellentin JD, Galili N, Wilkinson J, Stanbridge E, Smith SD, Cleary ML (únor 1990). „Chromozomální translokace t (1; 19) vede k syntéze fúzní mRNA homeoboxu, která kóduje potenciální chimérický transkripční faktor“. Buňka. 60 (4): 535–45. doi:10.1016 / 0092-8674 (90) 90657-Z. PMID 1967982. S2CID 7975269.
Kamps MP, Murre C, Sun XH, Baltimore D (únor 1990). „Nový gen homeoboxu přispívá k vazebné doméně DNA translokačního proteinu t (1; 19) v pre-B ALL.“ Buňka. 60 (4): 547–55. doi:10.1016/0092-8674(90)90658-2. PMID 1967983. S2CID 39661371.
Lu Q, Wright DD, Kamps MP (červen 1994). „Fúze s E2A konvertuje protein homebdomény Pbx1 na konstitutivní transkripční aktivátor v lidských leukémiích nesoucích translokaci t (1; 19)“. Molekulární a buněčná biologie. 14 (6): 3938–48. doi:10,1128 / mcb.14.6.3938. PMC 358760. PMID 7910944.
Van Dijk MA, Voorhoeve PM, Murre C (červenec 1993). „Pbx1 se převádí na transkripční aktivátor po získání N-koncové oblasti E2A u akutní lymfoblastoidní leukémie před B buňkami“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 90 (13): 6061–5. Bibcode:1993PNAS ... 90.6061D. doi:10.1073 / pnas.90.13.6061. PMC 46867. PMID 8327485.
Lu Q, Kamps MP (duben 1996). „Strukturní determinanty v Pbx1, které zprostředkovávají kooperativní vazbu DNA s proteiny Hox obsahující pentapeptid: návrh modelu komplexu Pbx1-Hox-DNA“. Molekulární a buněčná biologie. 16 (4): 1632–40. doi:10.1128 / mcb.16.4.1632. PMC 231149. PMID 8657138.
Berthelsen J, Zappavigna V, Mavilio F, Blasi F (březen 1998). „Prep1, nový funkční partner proteinů Pbx“. Časopis EMBO. 17 (5): 1423–33. doi:10.1093 / emboj / 17.5.1423. PMC 1170490. PMID 9482739.
Berthelsen J, Zappavigna V, Ferretti E, Mavilio F, Blasi F (březen 1998). „Nový homeoprotein Prep1 moduluje proteinovou kooperativitu Pbx-Hox“. Časopis EMBO. 17 (5): 1434–45. doi:10.1093 / emboj / 17.5.1434. PMC 1170491. PMID 9482740.
Piper DE, Batchelor AH, Chang CP, Cleary ML, Wolberger C (únor 1999). „Struktura heterodimeru HoxB1-Pbx1 navázaného na DNA: role hexapeptidu a čtvrté šroubovice homeodomény při tvorbě komplexu“. Buňka. 96 (4): 587–97. doi:10.1016 / S0092-8674 (00) 80662-5. PMID 10052460. S2CID 16122785.
Shen WF, Rozenfeld S, Kwong A, Köm ves LG, Lawrence HJ, Largman C (duben 1999). „HOXA9 tvoří v myeloidních buňkách trojité komplexy s PBX2 a MEIS1“. Molekulární a buněčná biologie. 19 (4): 3051–61. doi:10.1128 / MCB.19.4.3051. PMC 84099. PMID 10082572.
Jacobs Y, Schnabel CA, Cleary ML (červenec 1999). „Trimerická asociace proteinů homeodomény Hox a TALE zprostředkovává aktivitu zesilovače zadního mozku Hoxb2“. Molekulární a buněčná biologie. 19 (7): 5134–42. doi:10.1128 / MCB.19.7.5134. PMC 84356. PMID 10373562.
Knoepfler PS, Bergstrom DA, Uetsuki T, Dac-Korytko I, Sun YH, Wright WE, Tapscott SJ, Kamps MP (září 1999). „Konzervovaný motiv N-terminálně k doménám vázajícím DNA myogenních bHLH transkripčních faktorů zprostředkovává kooperativní vazbu DNA s pbx-Meis1 / Prep1“. Výzkum nukleových kyselin. 27 (18): 3752–61. doi:10.1093 / nar / 27.18.3752. PMC 148632. PMID 10471746.
McWhirter JR, Neuteboom ST, Wancewicz EV, Monia BP, Downing JR, Murre C (září 1999). „Onkogenní transkripční faktor homeodomény E2A-Pbx1 aktivuje nový gen WNT u pre-B akutní lymfoblastoidní leukémie“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 96 (20): 11464–9. Bibcode:1999PNAS ... 9611464M. doi:10.1073 / pnas.96.20.11464. PMC 18056. PMID 10500199.
Shanmugam K, Green NC, Rambaldi I, Saragovi HU, Featherstone MS (listopad 1999). „PBX a MEIS jako partneři nevázající DNA v trimerních komplexech s HOX proteiny“. Molekulární a buněčná biologie. 19 (11): 7577–88. doi:10.1128 / MCB.19.11.7577. PMC 84774. PMID 10523646.
Mikkola I, Bruun JA, Holm T, Johansen T (únor 2001). "Superaktivace Pax6 zprostředkovaná transaktivace ze spárovaných míst vázajících doménu pomocí dna nezávislého náboru různých proteinů homeodomény". The Journal of Biological Chemistry. 276 (6): 4109–18. doi:10,1074 / jbc.M008882200. PMID 11069920.
Thameem F, Wolford JK, Bogardus C, Prochazka M (březen 2001). „Analýza PBX1 jako kandidátského genu pro diabetes mellitus 2. typu u indiánů Pima“. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - genová struktura a exprese. 1518 (1–2): 215–20. doi:10.1016 / S0167-4781 (01) 00189-0. PMID 11267683.
Liu Y, MacDonald RJ, Swift GH (květen 2001). "Vazba DNA a transkripční aktivace pomocí trimeru PDX1.PBX1b.MEIS2b a spolupráce s pankreatickým specifickým komplexem helix-smyčka-helix". The Journal of Biological Chemistry. 276 (21): 17985–93. doi:10,1074 / jbc.M100678200. PMID 11279116.
Mal A, Sturniolo M, Schiltz RL, Ghosh MK, Harter ML (duben 2001). „Role histon-deacetylázy HDAC1 při modulování transkripční aktivity MyoD: inhibice myogenního programu“. Časopis EMBO. 20 (7): 1739–53. doi:10.1093 / emboj / 20.7.1739. PMC 145490. PMID 11285237.

externí odkazy

PBX1 + protein, + člověk v americké národní lékařské knihovně Lékařské předměty (Pletivo)
Přehled všech strukturálních informací dostupných v PDB pro UniProt: P40424 (Transkripční faktor 1 lidské pre-B-leukémie) na PDBe-KB.
Přehled všech strukturálních informací dostupných v PDB pro UniProt: P41778 (Myší pre-B-buněčný leukemický transkripční faktor 1) na PDBe-KB.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000185630 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000052534 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[5] "Entrez Gene: PBX1 homeobox leukémie pre-B-buněk 1".

[pmid9482740-6] Berthelsen J, Zappavigna V, Ferretti E, Mavilio F, Blasi F (březen 1998). „Nový homeoprotein Prep1 moduluje proteinovou kooperativitu Pbx-Hox“. Časopis EMBO. 17 (5): 1434–45. doi:10.1093 / emboj / 17.5.1434. PMC 1170491. PMID 9482740.

[pmid10052460-7] Piper DE, Batchelor AH, Chang CP, Cleary ML, Wolberger C (únor 1999). „Struktura heterodimeru HoxB1-Pbx1 navázaného na DNA: role hexapeptidu a čtvrté spirály homeodomény při tvorbě komplexu“. Buňka. 96 (4): 587–97. doi:10.1016 / S0092-8674 (00) 80662-5. PMID 10052460. S2CID 16122785.

[pmid7729685-8] Chang CP, Shen WF, Rozenfeld S, Lawrence HJ, Largman C, Cleary ML (březen 1995). „Proteiny Pbx vykazují kooperativní vazbu DNA závislou na hexapeptidu s podmnožinou proteinů Hox“. Geny a vývoj. 9 (6): 663–74. doi:10,1101 / gad. 9.6.663. PMID 7729685.

[pmid10082572-9] Shen WF, Rozenfeld S, Kwong A, Köm ves LG, Lawrence HJ, Largman C (duben 1999). „HOXA9 tvoří v myeloidních buňkách trojité komplexy s PBX2 a MEIS1“. Molekulární a buněčná biologie. 19 (4): 3051–61. doi:10.1128 / MCB.19.4.3051. PMC 84099. PMID 10082572.

[pmid10523646-10] Shanmugam K, Green NC, Rambaldi I, Saragovi HU, Featherstone MS (listopad 1999). „PBX a MEIS jako partneři nevázající DNA v trimerních komplexech s HOX proteiny“. Molekulární a buněčná biologie. 19 (11): 7577–88. doi:10.1128 / MCB.19.11.7577. PMC 84774. PMID 10523646.

[pmid10373562-11] Jacobs Y, Schnabel CA, Cleary ML (červenec 1999). „Trimerická asociace proteinů homeodomény Hox a TALE zprostředkovává aktivitu zesilovače zadního mozku Hoxb2“. Molekulární a buněčná biologie. 19 (7): 5134–42. doi:10.1128 / MCB.19.7.5134. PMC 84356. PMID 10373562.

[pmid16705164-12] Zubair M, Ishihara S, Oka S, Okumura K, Morohashi K (červen 2006). „Dvoukroková regulace transkripce genu Ad4BP / SF-1 během vývoje nadledvin plodu: zahájení komplexem Hox-Pbx1-Prep1 a údržba pomocí autoregulace pomocí Ad4BP / SF-1“. Molekulární a buněčná biologie. 26 (11): 4111–21. doi:10.1128 / MCB.00222-06. PMC 1489093. PMID 16705164.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]