SATB1 - SATB1

SATB1
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	1YSE, 2L1P, 2O49, 2O4A, 3 NZL, 3TUO, 2MW8
Identifikátory
Aliasy	SATB1, SATB homeobox 1
Externí ID	OMIM: 602075 MGI: 105084 HomoloGene: 2232 Genové karty: SATB1
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 3 (lidský)
Konec	18,445,588 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 17 (myš)
Konec	51,833,290 bp
Exprese RNA vzor
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• Vazba DNA; • Vazba DNA specifické pro regulační oblast RNA polymerázy II; • GO: 0001131, GO: 0001151, GO: 0001130, GO: 0001204 Aktivita transkripčního faktoru vázajícího DNA; • vazba chromatinu; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • GO: 0001078, GO: 0001214, GO: 0001206 Aktivita transkripčního represoru vázajícího DNA, specifická pro RNA polymerázu II; • dvouřetězcová vazba DNA; • GO: 0001200, GO: 0001133, GO: 0001201 Aktivita transkripčního faktoru vázajícího DNA, specifická pro RNA polymerázu II; • sekvenčně specifická vazba DNA;
Buněčná složka	• Tělo PML; • jaderná matice; • nukleoplazma; • nukleární heterochromatin; • chromatin; • buněčné jádro; • jaderné těleso;
Biologický proces	• reflex; • CD4-pozitivní diferenciace T-buněk alfa-beta; • CD8-pozitivní diferenciace T-buněk alfa-beta; • remodelace chromatinu; • aktivovaná proliferace T buněk; • regulace transkripce, DNA-šablony; • negativní regulace transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • organizace chromatinu; • transkripce, chráněná DNA; • vývoj epidermis; • methylace histonu; • GO: virový proces 0022415; • Aktivace T buněk;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	6304
	20230
	ENSG00000182568
	ENSMUSG00000023927
	Q01826
	Q60611
NM_001131010; NM_001195470; NM_002971; NM_001322871; NM_001322872;
	NM_001322873; NM_001322874; NM_001322875; NM_001322876
NM_001163630; NM_001163631; NM_001163632; NM_009122; NM_001357636;
	NM_001357637; NM_001357638; NM_001357640
NP_001124482; NP_001182399; NP_001309800; NP_001309801; NP_001309802;
	NP_001309803; NP_001309804; NP_001309805; NP_002962
NP_001157102; NP_001157103; NP_001157104; NP_033148; NP_001344565;
	NP_001344566; NP_001344567; NP_001344569
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

SATB1 (speciální AT-bohatý protein vázající sekvenci 1) je protein který je u lidí kódován SATB1 gen.^[5]

Funkce

SATB1, globální chromatin organizátor a transkripční faktor, se ukázal jako klíčový faktor integrující architekturu chromatinu vyššího řádu s regulací genů.^[6] Nedávné studie odhalily roli SATB1 v organizaci chromatinové smyčky a její dynamickou povahu v reakci na fyziologické podněty.^[7] Na úrovni celého genomu se zdá, že SATB1 hraje roli v organizaci transkripčně připraveného chromatinu. SATB1 organizuje lokus MHC třídy I do odlišných chromatinových smyček přivázáním MAR k jaderné matrici na pevné vzdálenosti. Ztlumení SATB1 napodobuje účinky IFN-y léčba na architektuře chromatinové smyčky MHC třída I lokus a změněná exprese genů v lokusu. Bylo také prokázáno, že SATB1 indukuje růst a metastázování rakoviny prsu prostřednictvím změněné exprese velkého počtu genů.

Interakce

SATB1 bylo prokázáno komunikovat s:

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000182568 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000023927 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Entrez Gene: SATB1 SATB homeobox 1“.
^ Pavan Kumar P, Purbey PK, Sinha CK, Notani D, Limaye A, Jayani RS, Galande S (duben 2006). „Fosforylace SATB1, globálního regulátoru genů, působí jako molekulární přepínač regulující jeho transkripční aktivitu in vivo.“ Molekulární buňka. 22 (2): 231–43. doi:10.1016 / j.molcel.2006.03.010. PMID 16630892.
^ Galande S, Purbey PK, Notani D, Kumar PP (říjen 2007). Msgstr "Třetí dimenze genové regulace: organizace dynamické chromatinové smyčky pomocí SATB1". Aktuální názor na genetiku a vývoj. 17 (5): 408–14. doi:10.1016 / j.gde.2007.08.003. PMID 17913490.
^ ^A ^b ^C ^d ^E Yasui D, Miyano M, Cai S, Varga-Weisz P, Kohwi-Shigematsu T (říjen 2002). „SATB1 cílí na remodelaci chromatinu, aby reguloval geny na velké vzdálenosti“. Příroda. 419 (6907): 641–5. doi:10.1038 / nature01084. PMID 12374985. S2CID 25822700.
^ Liu J, Barnett A, Neufeld EJ, Dudley JP (červenec 1999). „Homeoproteiny CDP a SATB1 interagují: potenciál pro tkáňově specifickou regulaci“. Molekulární a buněčná biologie. 19 (7): 4918–26. doi:10,1128 / mcb.19.7.4918. PMC 84297. PMID 10373541.
^ Durrin LK, Krontiris TG (červen 2002). „Tymocytově specifický vazebný protein MAR, SATB1, interaguje in vitro s novou variantou podjednotky 11 RNA polymerázy II zaměřené na DNA.“ Genomika. 79 (6): 809–17. doi:10.1006 / geno.2002.6772. PMID 12036295.

Další čtení

Dickinson LA, Joh T, Kohwi Y, Kohwi-Shigematsu T (srpen 1992). "Tkáňově specifický protein vázající se na DNA MAR / SAR s neobvyklým rozpoznáváním vazebného místa". Buňka. 70 (4): 631–45. doi:10.1016 / 0092-8674 (92) 90432-C. PMID 1505028. S2CID 41115832.
Robertson NG, Khetarpal U, Gutiérrez-Espeleta GA, Bieber FR, Morton CC (září 1994). „Izolace nových a známých genů z knihovny lidského kochleárního cDNA pomocí subtraktivní hybridizace a diferenciálního screeningu“. Genomika. 23 (1): 42–50. doi:10.1006 / geno.1994.1457. PMID 7829101.
Nakagomi K, Kohwi Y, Dickinson LA, Kohwi-Shigematsu T (březen 1994). „Nový motiv vázající DNA v proteinu SATB1 vázajícího nukleovou matrici DNA vázající protein“. Molekulární a buněčná biologie. 14 (3): 1852–60. doi:10.1128 / MCB.14.3.1852. PMC 358543. PMID 8114718.
Xu L, Deng HX, Xia JH, Yang Y, Fan CH, Hung WY, Siddque T (1997). "Přiřazení SATB1 k lidskému chromozomovému pásmu 3p23 hybridizací in situ". Cytogenetika a genetika buněk. 77 (3–4): 205–6. doi:10.1159/000134577. PMID 9284917.
Reddy PH, Stockburger E, Gillevet P, Tagle DA (prosinec 1997). "Mapování a charakterizace nových (CAG) n opakovaných cDNA z mozku dospělého člověka odvozených metodou oligo zachycení". Genomika. 46 (2): 174–82. doi:10.1006 / geno.1997.5044. PMID 9417904.
Escalier D, Allenet B, Badrichani A, Garchon HJ (leden 1999). "Vysoká úroveň exprese jaderného proteinu Xlr v nezralých thymocytech a kolokalizace s matricovým regionem vázajícím proteinem SATB1". Journal of Immunology. 162 (1): 292–8. PMID 9886398.
Liu J, Barnett A, Neufeld EJ, Dudley JP (červenec 1999). „Homeoproteiny CDP a SATB1 interagují: potenciál pro tkáňově specifickou regulaci“. Molekulární a buněčná biologie. 19 (7): 4918–26. doi:10,1128 / mcb.19.7.4918. PMC 84297. PMID 10373541.
Galande S, Dickinson LA, Mian IS, Sikorska M, Kohwi-Shigematsu T (srpen 2001). „Štěpení SATB1 kaspázou 6 narušuje dimerizaci zprostředkovanou doménou PDZ a způsobuje oddělení od chromatinu na počátku apoptózy T-buněk“. Molekulární a buněčná biologie. 21 (16): 5591–604. doi:10.1128 / MCB.21.16.5591-5604.2001. PMC 87280. PMID 11463840.
Kieffer LJ, Greally JM, Landres I, Nag S, Nakajima Y, Kohwi-Shigematsu T, Kavathas PB (duben 2002). „Identifikace kandidátské regulační oblasti v komplexu lidského genu CD8 kolokalizací hypersenzitivních míst DNasy I a oblastí pro připojení matrice, které se vážou na SATB1 a GATA-3“. Journal of Immunology. 168 (8): 3915–22. doi:10,4049 / jimmunol.168.8.3915. PMID 11937547.
Durrin LK, Krontiris TG (červen 2002). „Tymocytově specifický vazebný protein MAR, SATB1, interaguje in vitro s novou variantou podjednotky 11 RNA polymerázy II zaměřené na DNA.“ Genomika. 79 (6): 809–17. doi:10.1006 / geno.2002.6772. PMID 12036295.
Yasui D, Miyano M, Cai S, Varga-Weisz P, Kohwi-Shigematsu T (říjen 2002). „SATB1 cílí na remodelaci chromatinu, aby reguloval geny na velké vzdálenosti“. Příroda. 419 (6907): 641–5. doi:10.1038 / nature01084. PMID 12374985. S2CID 25822700.
Cai S, Han HJ, Kohwi-Shigematsu T (květen 2003). „Tkáňově specifická jaderná architektura a genová exprese regulovaná SATB1“. Genetika přírody. 34 (1): 42–51. doi:10.1038 / ng1146. PMID 12692553. S2CID 974648.
Fujii Y, Kumatori A, Nakamura M (2004). "SATB1 vytváří komplex s p300 a potlačuje aktivitu promotoru gp91 (phox)". Mikrobiologie a imunologie. 47 (10): 803–11. doi:10.1111 / j.1348-0421.2003.tb03438.x. PMID 14605447. S2CID 6138288.
Gocke CB, Yu H, Kang J (únor 2005). "Systematická identifikace a analýza savčích malých substrátů podobných modifikátoru ubikvitinu". The Journal of Biological Chemistry. 280 (6): 5004–12. doi:10,1074 / jbc.M411718200. PMID 15561718.
Wen J, Huang S, Rogers H, Dickinson LA, Kohwi-Shigematsu T, Noguchi CT (duben 2005). „Protein rodiny SATB1 exprimovaný během časné diferenciace erytroidů modifikuje expresi genu globinu“. Krev. 105 (8): 3330–9. doi:10.1182 / krev-2004-08-2988. PMID 15618465.
Seo J, Lozano MM, Dudley JP (červenec 2005). „Vazba jaderné matice reguluje transkripční represi zprostředkovanou SATB1“. The Journal of Biological Chemistry. 280 (26): 24600–9. doi:10,1074 / jbc.M414076200. PMID 15851481.
Nakayama Y, Mian IS, Kohwi-Shigematsu T, Ogawa T (srpen 2005). „Determinant jaderného cílení pro SATB1, organizátor genomu v linii T buněk“. Buněčný cyklus. 4 (8): 1099–106. doi:10,4161 / cc.4.8.1862. PMID 15970696.
Rual JF, Venkatesan K, Hao T, Hirozane-Kishikawa T, Dricot A, Li N, Berriz GF, Gibbons FD, Dreze M, Ayivi-Guedehoussou N, Klitgord N, Simon C, Boxem M, Milstein S, Rosenberg J, Goldberg DS, Zhang LV, Wong SL, Franklin G, Li S, Albala JS, Lim J, Fraughton C, Llamosas E, Cevik S, Bex C, Lamesch P, Sikorski RS, Vandenhaute J, Zoghbi HY, Smolyar A, Bosak S, Sequerra R, Doucette-Stamm L, Cusick ME, Hill DE, Roth FP, Vidal M (říjen 2005). „Směrem k mapě lidské interakční sítě protein-protein v měřítku proteomu“. Příroda. 437 (7062): 1173–8. doi:10.1038 / nature04209. PMID 16189514. S2CID 4427026.

Tento článek o gen na lidský chromozom 3 je pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000182568 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000023927 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[entrez-5] „Entrez Gene: SATB1 SATB homeobox 1“.

[pmid16630892-6] Pavan Kumar P, Purbey PK, Sinha CK, Notani D, Limaye A, Jayani RS, Galande S (duben 2006). „Fosforylace SATB1, globálního regulátoru genů, působí jako molekulární přepínač regulující jeho transkripční aktivitu in vivo.“ Molekulární buňka. 22 (2): 231–43. doi:10.1016 / j.molcel.2006.03.010. PMID 16630892.

[pmid17913490-7] Galande S, Purbey PK, Notani D, Kumar PP (říjen 2007). Msgstr "Třetí dimenze genové regulace: organizace dynamické chromatinové smyčky pomocí SATB1". Aktuální názor na genetiku a vývoj. 17 (5): 408–14. doi:10.1016 / j.gde.2007.08.003. PMID 17913490.

[pmid12374985-8] A ^b ^C ^d ^E Yasui D, Miyano M, Cai S, Varga-Weisz P, Kohwi-Shigematsu T (říjen 2002). „SATB1 cílí na remodelaci chromatinu, aby reguloval geny na velké vzdálenosti“. Příroda. 419 (6907): 641–5. doi:10.1038 / nature01084. PMID 12374985. S2CID 25822700.

[pmid10373541-9] Liu J, Barnett A, Neufeld EJ, Dudley JP (červenec 1999). „Homeoproteiny CDP a SATB1 interagují: potenciál pro tkáňově specifickou regulaci“. Molekulární a buněčná biologie. 19 (7): 4918–26. doi:10,1128 / mcb.19.7.4918. PMC 84297. PMID 10373541.

[pmid12036295-10] Durrin LK, Krontiris TG (červen 2002). „Tymocytově specifický vazebný protein MAR, SATB1, interaguje in vitro s novou variantou podjednotky 11 RNA polymerázy II zaměřené na DNA.“ Genomika. 79 (6): 809–17. doi:10.1006 / geno.2002.6772. PMID 12036295.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]