PDBsum - PDBsum

PDBSum
Logo Pdbsum. Gif
Obsah
PopisPřehled struktur obsažených v Protein Data Bank.
Typy dat
zajat		Proteinové struktury
OrganismyVšechno
Kontakt
Výzkumné centrumEvropský bioinformatický institut (EBI)
AutořiRoman Laskowski a kol. (1997)
Primární citacePMID  9433130
Přístup
webová stránkawww.ebi.ac.Spojené království/ pdbsum/
Smíšený
Bookmarkable
subjekty		Ano

PDBsum je databáze, která poskytuje přehled obsahu každého 3D makromolekulární struktura uložená v Proteinová datová banka.[1][2][3][4] Původní verze databáze byla vyvinuta kolem roku 1995 Romanem Laskowskim a spolupracovníky v University College v Londýně.[5] Od roku 2014 je PDBsum udržován Laskowskim a spolupracovníky v laboratoři Janet Thornton na Evropský bioinformatický institut (EBI).

Každá struktura v databázi PDBsum obsahuje obrázek struktury (hlavní pohled, pohled zdola a pohled zprava), molekulární složky obsažené v komplexu (struktura), případně diagram enzymové reakce, Genová ontologie funkční přiřazení, 1D sekvence anotovaná Pfam a InterPro přiřazení domén, popis vázaných molekul a grafické znázornění interakcí mezi proteinem a sekundární strukturou, schematické diagramy interakce protein-protein, analýza rozštěpů obsažených ve struktuře a odkazy na externí databáze.[6] The RasMol a Jmol Software pro molekulární grafiku se používá k poskytnutí 3D pohledu na molekuly a jejich interakce v rámci PDBsum.[5]

Od vydání Projekt 1000 genomů v říjnu 2012 byly všechny jednotlivé varianty aminokyselin identifikované projektem mapovány na odpovídající proteinové sekvence v Protein Data Bank. Tyto varianty se také zobrazují v rámci PDBsum s křížovým odkazem na relevantní UniProt identifikátor.[6] PDBsum obsahuje řadu proteinových struktur, které by mohly být zajímavé strukturovaný design léčiv. Jedna větev PDBsum, známá jako DrugPort, se zaměřuje na tyto modely a je propojena s DrugBank cílová databáze drog.[6][7]

Viz také

Reference

  1. ^ Laskowski RA, Hutchinson EG, Michie AD, Wallace AC, Jones ML, Thornton JM (prosinec 1997). "PDBsum: webová databáze shrnutí a analýz všech struktur PDB". Trendy v biochemických vědách. 22 (12): 488–90. doi:10.1016 / S0968-0004 (97) 01140-7. PMID  9433130.
  2. ^ Laskowski RA (leden 2001). "PDBsum: shrnutí a analýzy struktur PDB". Výzkum nukleových kyselin. 29 (1): 221–2. doi:10.1093 / nar / 29.1.221. PMC  29784. PMID  11125097.
  3. ^ Laskowski RA, Chistyakov VV, Thornton JM (leden 2005). „PDBsum more: new Summarys and Analýzy známých 3D struktur proteinů a nukleových kyselin“. Výzkum nukleových kyselin. 33 (Problém s databází): D266-8. doi:10.1093 / nar / gki001. PMC  539955. PMID  15608193.
  4. ^ Laskowski RA (leden 2009). „PDBsum new things“. Výzkum nukleových kyselin. 37 (Problém s databází): D355-9. doi:10.1093 / nar / gkn860. PMC  2686501. PMID  18996896.
  5. ^ A b "Dokumentace PDBsum: O PDBsum". Evropská laboratoř molekulární biologie - Evropský bioinformatický institut. Citováno 9. září 2014.
  6. ^ A b C de Beer TA, Berka K, Thornton JM, Laskowski RA (leden 2014). "PDBsum dodatky". Výzkum nukleových kyselin. 42 (Problém s databází): D292-6. doi:10.1093 / nar / gkt940. PMC  3965036. PMID  24153109.
  7. ^ Knox C, Law V, Jewison T, Liu P, Ly S, Frolkis A, Pon A, Banco K, Mak C, Neveu V, Djoumbou Y, Eisner R, Guo AC, Wishart DS (leden 2011). „DrugBank 3.0: komplexní zdroj pro„ omics “výzkum drog“. Výzkum nukleových kyselin. 39 (Problém s databází): D1035-41. doi:10.1093 / nar / gkq1126. PMC  3013709. PMID  21059682.

externí odkazy