Jednoduchý nástroj pro výzkum modulární architektury - Simple Modular Architecture Research Tool - Wikipedia

CHYTRÝ
Obsah
PopisIdentifikační schéma pro proteinové domény.
Typy dat
zajat		Proteinové domény
OrganismyVšechno
Kontakt
Výzkumné centrumEvropská laboratoř molekulární biologie
Primární citacePMID  18978020
Přístup
webová stránkahttp://smart.embl-heidelberg.de
Smíšený
LicenceZdarma pro akademické pracovníky, ale ne pro komerční uživatele
Verze7
Kurátorská politikaAno

Jednoduchý nástroj pro výzkum modulární architektury (CHYTRÝ) je biologická databáze který se používá při identifikaci a analýze proteinové domény uvnitř proteinových sekvencí.[1][2] SMART používá profilově skryté modely Markov postaven z vícenásobné zarovnání sekvence k detekci proteinových domén v proteinových sekvencích. Nejnovější vydání SMART obsahuje 1204 doménových modelů.[3] Data od společnosti SMART byla použita při vytváření Databáze chráněných domén sbírka a je také distribuována jako součást InterPro databáze.[4] Hostitelem databáze je Evropská laboratoř molekulární biologie v Heidelbergu.

Reference

  1. ^ Schultz J, Milpetz F, Bork P, Ponting CP (květen 1998). „SMART, jednoduchý nástroj pro výzkum modulární architektury: identifikace signálních domén“ (PDF). Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 95 (11): 5857–64. Bibcode:1998PNAS ... 95.5857S. doi:10.1073 / pnas.95.11.5857. PMC  34487. PMID  9600884.
  2. ^ Letunic I, Doerks T, Bork P (leden 2009). „SMART 6: nedávné aktualizace a nový vývoj“. Nucleic Acids Res. 37 (Problém s databází): D229–32. doi:10.1093 / nar / gkn808. PMC  2686533. PMID  18978020.
  3. ^ Letunic, Ivica; Doerks, Tobias; Bork, Peer (leden 2015). „SMART: nedávné aktualizace, nový vývoj a stav v roce 2015“. Výzkum nukleových kyselin. 43 (Problém s databází): D257–260. doi:10.1093 / nar / gku949. ISSN  1362-4962. PMC  4384020. PMID  25300481.
  4. ^ Mulder NJ, Apweiler R, Attwood TK a kol. (Září 2002). „InterPro: zdroj integrované dokumentace pro rodiny proteinů, domény a funkční weby“. Stručný. Bioinformatika. 3 (3): 225–35. doi:10.1093 / bib / 3.3.225. PMID  12230031.

externí odkazy