Fylogenetika - Phylogenetics

Část série na
Evoluční biologie
Darwinovy ​​pěnkavy od Gould.jpg
Pole a aplikace

v biologie, fylogenetika /ˌFaɪloʊdʒəˈnɛtɪks,-lə-/[1][2] (řecký: φυλή, φῦλον - phylé, phylon = kmen, klan, rasa + γενετικός - genetikós = původ, zdroj, narození)[3] je součástí systematičnost který řeší závěry evoluční historie a vztahy mezi skupinami organismy (např. druh nebo více taxonů včetně). Tyto vztahy předpokládá fylogenetický závěr metody, které hodnotí pozorované dědičný rysy, jako je DNA sekvence nebo morfologie, často na základě specifikovaného modelu vývoje těchto vlastností. Výsledkem takové analýzy je a fylogeneze (také známý jako fylogenetický strom) - schematická hypotéza vztahů, která odráží evoluční historii skupiny organismů.[4] Špičky fylogenetického stromu mohou být živé taxony nebo fosilie a představují „konec“ nebo současnost v evoluční linii. Fylogenetický diagram může být zakořeněn nebo vykořeněn. Kořenový stromový diagram označuje hypotetického společného předka nebo rodovou linii stromu. Nezakořeněný stromový diagram (síť) nevytváří žádný předpoklad o rodové linii a neukazuje původ nebo „kořen“ dotyčných taxonů ani směr odvozených evolučních transformací.[5] Kromě správného použití k odvození fylogenetických vzorců mezi taxony se fylogenetické analýzy často používají k reprezentaci vztahů mezi genovými kopiemi nebo jednotlivými organismy. Takové použití se stalo ústředním bodem porozumění biologické rozmanitosti, evoluci, ekologii a genomům.

Taxonomie je identifikace, pojmenování a klasifikace organismů. Klasifikace jsou nyní obvykle založeny na fylogenetických datech a mnoho systematiků tvrdí, že pouze monofyletický taxony by měly být uznány jako pojmenované skupiny. Míra, do jaké klasifikace závisí na odvozené evoluční historii, se liší v závislosti na škole taxonomie: fenetika zcela ignoruje fylogenetické spekulace a snaží se místo toho představovat podobnost mezi organismy; kladistika (fylogenetická systematika) se snaží reflektovat fylogenezi ve svých klasifikacích pouze rozpoznáváním skupin na základě sdílených odvozených znaků (synapomorfie ); evoluční taxonomie se snaží vzít v úvahu jak rozvětvený vzorec, tak „stupeň rozdílu“ a najít mezi nimi kompromis.

Závěr fylogenetického stromu

Hlavní článek: Výpočetní fylogenetika

Obvyklé metody fylogenetický závěr zahrnovat výpočetní přístupy provádějící kritéria optimality a metody šetrnost, maximální pravděpodobnost (ML) a MCMC -na základě Bayesovský závěr. To vše závisí na implicitním nebo explicitním matematický model popisující vývoj pozorovaných postav.

Fenetika, populární v polovině 20. století, ale nyní z velké části zastaralý, používaný matice vzdálenosti - metody založené na konstrukci stromů na základě celkové podobnosti v morfologie nebo podobné pozorovatelné znaky (tj. v fenotyp nebo celková podobnost DNA, ne Sekvence DNA ), o kterém se často předpokládalo, že přibližuje fylogenetické vztahy.

Před rokem 1950 byly fylogenetické závěry obecně uváděny jako příběh scénáře. Takové metody jsou často nejednoznačné a postrádají explicitní kritéria pro hodnocení alternativních hypotéz.[6][7][8]

Dějiny

Termín „fylogeneze“ pochází z němčiny Phylogenie, zavedený Haeckelem v roce 1866,[9] a Darwinovský přístup ke klasifikaci se stal známým jako „fyletický“ přístup.[10]

Teorie rekapitulace Ernsta Haeckela

Na konci 19. století Ernst Haeckel je teorie rekapitulace, nebo „biogenetický základní zákon“, byl široce přijímán. Často to bylo vyjádřeno jako „ontogeneze rekapituluje fylogenezi ", tj. vývoj jediného organismu během jeho života, od zárodků po dospělé, postupně odráží dospělá stádia po sobě jdoucích předků druhu, ke kterému patří. Tato teorie však byla dlouho odmítána.[11][12] Namísto, ontogeneze se vyvíjí - fylogenetickou historii druhu nelze číst přímo z jeho ontogeneze, jak si Haeckel myslel, že je to možné, ale znaky z ontogeneze lze použít (a byly) použity jako data pro fylogenetické analýzy; čím více jsou příbuzné dva druhy, tím více apomorfie jejich embrya sdílejí.

Časová osa klíčových bodů

Větvící se stromový diagram z díla Heinricha Georga Bronna (1858)
Fylogenetický strom navržený Haeckelem (1866)
  • 14. století, lex parsimoniae (princip šetrnosti), Vilém z Ockamu, Anglický filozof, teolog a františkánský mnich, ale tato myšlenka se vlastně vrací zpět Aristoteles, předchůdce koncept
  • 1763, Bayesova pravděpodobnost, reverend Thomas Bayes,[13] koncept předchůdce
  • 18. století, Pierre Simon (markýz de Laplace), možná jako první použil ML (maximální věrohodnost), koncept předchůdce
  • 1809, evoluční teorie, Philosophie Zoologique, Jean-Baptiste de Lamarck Koncept předchůdce, který v 17. a 18. století předznamenali Voltaire, Descartes a Leibniz, přičemž Leibniz dokonce navrhuje evoluční změny, aby zohlednil pozorované mezery naznačující, že mnoho druhů vyhynulo, jiné se transformovaly a různé druhy, které sdílejí společné znaky, mohou byli jednou jedinou rasou,[14] také předzvěstí některých raných řeckých filozofů, jako je Anaximander v 6. století před naším letopočtem a atomisté z 5. století před naším letopočtem, kteří navrhli základní teorie evoluce[15]
  • 1837, Darwinovy ​​notebooky ukazují evoluční strom[16]
  • 1843, rozdíl mezi homologie a analogie (druhý se nyní označuje jako homoplazmy ), Richard Owen, koncept předchůdce
  • 1858, paleontolog Heinrich Georg Bronn (1800–1862) publikoval hypotetický strom k ilustraci paleontologického „příchodu“ nových podobných druhů po vyhynutí staršího druhu. Bronn nenavrhl mechanismus odpovědný za takové jevy, koncept předchůdce.[17]
  • 1858, vypracování evoluční teorie, Darwin a Wallace,[18] také v Origin of Species od Darwina následujícího roku, koncept předchůdce
  • 1866, Ernst Haeckel, nejprve publikuje svůj vývojový strom založený na fylogenezi, koncept předchůdce
  • 1893, Dolloův zákon o nevratnosti státu,[19] koncept předchůdce
  • 1912, ML doporučil, analyzoval a popularizoval Ronald Fisher, koncept předchůdce
  • 1921, Tillyard používá výraz „fylogenetický“ a ve svém klasifikačním systému rozlišuje mezi archaickými a specializovanými znaky[20]
  • 1940, termín "clade „vytvořil Lucien Cuénot
  • 1949, Převzorkování kapesního nože, Maurice Quenouille (předzvěstí v roce 46 Mahalanobis a prodloužení v roce 58 Tukey), koncept předchůdce
  • 1950, klasická formalizace Williho Henniga[21]
  • 1952, metoda divergence půdorysu Williama Wagnera[22]
  • 1953, vytvořena „cladogenesis“[23]
  • 1960, „kladistický“ vytvořený Cainem a Harrisonem[24]
  • 1963, první pokus o použití ML (maximální pravděpodobnost) pro fylogenetiku, Edwards a Cavalli-Sforza[25]
  • 1965
    • Camin-Sokalova šetrnost, první kritérium šetrnosti (optimalizace) a první počítačový program / algoritmus pro kladistickou analýzu od Camina i Sokala[26]
    • metoda kompatibility znaků, nazývaná také analýza klik, zavedená nezávisle Caminem a Sokalem (loc. cit.) a E. O. Wilson[27]
  • 1966
    • Anglický překlad Henniga[28]
    • „kladistika“ a „kladogram“ vytvořeny (Webster's, loc. cit.)
  • 1969
    • dynamické a postupné vážení, James Farris[29]
    • Wagnerova šetrnost, Kluge a Farris[30]
    • CI (index konzistence), Kluge a Farris[30]
    • zavedení párové kompatibility pro analýzu klik, Le Quesne[31]
  • 1970, Wagnerova šetrnost zobecněná Farrisem[32]
  • 1971
    • první úspěšná aplikace ML na fylogenetiku (pro proteinové sekvence), Neyman[33]
    • Fitch šetrnost, Fitch[34]
    • NNI (výměna nejbližších sousedů), první vyhledávací strategie pro výměnu poboček, vyvinutá nezávisle Robinsonem[35] a Moore a kol.
    • ME (minimální vývoj), Kidd a Sgaramella-Zonta[36] (není jasné, zda se jedná o metodu párové vzdálenosti nebo souvisí s ML, jak Edwards a Cavalli-Sforza nazývají ML „minimální vývoj“)
  • 1972, Adamsova shoda, Adams[37]
  • 1976, prefixový systém pro hodnosti, Farris[38]
  • 1977, Dollo parsimony, Farris[39]
  • 1979
    • Nelsonův konsenzus, Nelson[40]
    • MAST (podstrom maximální dohody) ((GAS) největší podstrom dohody), metoda konsensu, Gordone[41]
    • bootstrap, Bradley Efron, koncept předchůdce[42]
  • 1980, PHYLIP, první softwarový balíček pro fylogenetickou analýzu, Felsenstein
  • 1981
    • většinový konsenzus, Margush a MacMorris[43]
    • přísný konsenzus, Sokal a Rohlf[44]
    • první výpočetně efektivní algoritmus ML, Felsenstein[45]
  • 1982
    • PHYSIS, Mikevich a Farris
    • rozvětvený a vázaný, Hendy a Penny[46]
  • 1985
    • první kladistická analýza eukaryot na základě kombinovaných fenotypových a genotypových důkazů Diana Lipscomb[47]
    • první vydání Kladistika
    • první fylogenetická aplikace bootstrapu Felsenstein[48]
    • první fylogenetická aplikace kudla, Scott Lanyon[49]
  • 1986, MacClade, Maddison a Maddison
  • 1987, metoda sousedního spojení Saitou a Nei[50]
  • 1988, Hennig86 (verze 1.5), Farris
    • Bremerova podpora (index rozpadu), Bremer[51]
  • 1989
    • RI (retenční index), RCI (změněný index konzistence), Farris[52]
    • HER (poměr přebytku homoplazmy), Archie[53]
  • 1990
    • kombinovatelné složky (polopřísná) shoda, Bremer[54]
    • SPR (prořezávání a přepracování podstromu), TBR (půlení stromu a opětovné připojení), Swofford a Olsen[55]
  • 1991
    • DDI (index datové rozhodnosti), Goloboff[56][57]
    • první kladistická analýza eukaryot založená pouze na fenotypových důkazech, Lipscomb
  • 1993, předpokládané vážení Goloboff[58]
  • 1994, snížená shoda: RCC (snížená kladistická shoda) pro zakořeněné stromy, Wilkinson[59]
  • 1995, snížená shoda RPC (snížená shoda rozdělení) pro nekořeněné stromy, Wilkinson[60]
  • 1996, první pracovní metody pro BI (Bayesian Inference) nezávisle vyvinuté Li,[61] Mau,[62] a Rannala a Yang[63] a všichni využívají MCMC (Markov chain-Monte Carlo)
  • 1998, TNT (Analýza stromů pomocí nové technologie), Goloboff, Farris a Nixon
  • 1999, Winclada, Nixon
  • 2003, symetrické převzorkování, Goloboff[64]
  • 2004,2005, metrika symetrie (s použitím aproximace na Kolmogorovovu složitost) nebo NCD (normalizovaná kompresní vzdálenost), Li et al.,[65] Cilibrasi a Vitanyi.[66]

Viz také

Reference

  1. ^ "fylogenetický". Dictionary.com Nezkrácené. Random House.
  2. ^ "fylogenetický". Slovník Merriam-Webster.
  3. ^ Liddell, Henry George; Scott, Robert; Jones, Henry Stuart (1968). Řecko-anglický lexikon (9 ed.). Oxford: Clarendon Press. p. 1961.
  4. ^ "fylogeneze". Biologie online. Citováno 15. února 2013.
  5. ^ "Fylogenetické stromy". www.cs.tau.ac.il. Citováno 27. dubna 2019.
  6. ^ Richard C. Brusca a Gary J. Brusca (2003). Bezobratlí (2. vyd.). Sunderland, Massachusetts: Sinauer Associates. ISBN  978-0-87893-097-5.
  7. ^ Bock, W. J. (2004). Vysvětlení v systematice. Str. 49–56. V Williams, D. M. a Forey, P. L. (eds) Milestones in Systematics. London: Systematics Association Special Volume Series 67. CRC Press, Boca Raton, Florida.
  8. ^ Auyang, Sunny Y. (1998). Příběhy a teorie v přírodní historii. V: Základy teorií komplexních systémů: v ekonomii, evoluční biologii a statistické fyzice. Cambridge, Velká Británie; New York: Cambridge University Press.[stránka potřebná ]
  9. ^ Harper, Douglas (2010). "Fylogeneze". Online slovník etymologie.
  10. ^ Stuessy 2009.
  11. ^ Blechschmidt, Erich (1977) Počátky lidského života. Springer-Verlag Inc., s. 32: „Tzv. Základní zákon biogenetiky je špatný. Žádný ale ani ifs nemůže tuto skutečnost zmírnit. Není to ani nepatrný kousek správný nebo správný v jiné podobě, takže je platný v určitém procentu. Je to naprosto špatný . “
  12. ^ Ehrlich, Paul; Richard Holm; Dennis Parnell (1963) Proces evoluce. New York: McGraw – Hill, str. 66: „Na jeho nedostatky poukazují moderní autoři téměř všeobecně, ale tato myšlenka má stále významné místo v biologické mytologii. Podobnost raných embryí obratlovců lze snadno vysvětlit, aniž by se uchýlilo k záhadným silám, které každého jednotlivce nutí k lezení po svém fylogenetickém stromu. "
  13. ^ Bayes, pane; Cena, pane (1763). „Esej k řešení problému v nauce o šancích. Pozdní rev. Pan Bayes, F. R. S. sdělen pan Price, v dopise Johnu Cantonovi, A. M. F. R. S.“. Filozofické transakce Královské společnosti v Londýně. 53: 370–418. doi:10.1098 / rstl.1763.0053.
  14. ^ Strickberger, Monroe. 1996. Evoluce, 2.. vyd. Jones & Bartlett.[stránka potřebná ]
  15. ^ Teorie evoluce, kurz Teaching Company, přednáška 1
  16. ^ Darwinův strom života Archivováno 13. března 2014 v Wayback Machine
  17. ^ Archibald, J. David (2008). „Předdarwinovský (1840) Strom života Edwarda Hitchcocka'". Journal of the History of Biology. 42 (3): 561–92. CiteSeerX  10.1.1.688.7842. doi:10.1007 / s10739-008-9163-r. PMID  20027787.
  18. ^ Darwin, Charles; Wallace, Alfred (1858). „O tendenci druhů vytvářet odrůdy a o udržování odrůd a druhů přirozenými způsoby výběru“. Journal of Proceedings of the Linnean Society of London. Zoologie. 3 (9): 45–62. doi:10.1111 / j.1096-3642.1858.tb02500.x.
  19. ^ Dollo, Louis. 1893. Les lois de l'évolution. Býk. Soc. Belge Géol. Paléont. Hydrol. 7: 164–66.
  20. ^ Tillyard, R. J (2012). "Nová klasifikace řádu Perlaria". Kanadský entomolog. 53 (2): 35–43. doi:10.4039 / Ent5335-2.
  21. ^ Hennig, Willi (1950). Grundzüge einer Theorie der Phylogenetischen Systematik [Základní rysy teorie fylogenetické systematiky] (v němčině). Berlin: Deutscher Zentralverlag. OCLC  12126814.[stránka potřebná ]
  22. ^ Wagner, Warren Herbert (1952). "Rod kapradí Diellia: struktura, příbuznosti a taxonomie". University of California Publications in Botany. 26 (1–6): 1–212. OCLC  4228844.
  23. ^ Websterův 9. nový vysokoškolský slovník
  24. ^ Cain, A. J; Harrison, G. A (2009). "Phyletic Weighting". Proceedings of the Zoological Society of London. 135 (1): 1–31. doi:10.1111 / j.1469-7998.1960.tb05828.x.
  25. ^ "Rekonstrukce evoluce" v "Abstrakty příspěvků". Annals of Human Genetics. 27 (1): 103–5. 1963. doi:10.1111 / j.1469-1809.1963.tb00786.x.
  26. ^ Camin, Joseph H; Sokal, Robert R. (1965). "Metoda pro odvození větvících sekvencí ve fylogenezi". Vývoj. 19 (3): 311–26. doi:10.1111 / j.1558-5646.1965.tb01722.x.
  27. ^ Wilson, Edward O (1965). „Test konzistence pro fylogeneze založený na současných druzích“. Systematická zoologie. 14 (3): 214–20. doi:10.2307/2411550. JSTOR  2411550.
  28. ^ Hennig. W. (1966). Fylogenetická systematika. Illinois University Press, Urbana.[stránka potřebná ]
  29. ^ Farris, James S (1969). "Postupný přístup přibližování k vážení znaků". Systematická zoologie. 18 (4): 374–85. doi:10.2307/2412182. JSTOR  2412182.
  30. ^ A b Kluge, A.G; Farris, J. S (1969). „Kvantitativní fyletika a vývoj Anuranů“. Systematická biologie. 18 (1): 1–32. doi:10.1093 / sysbio / 18.1.1.
  31. ^ Quesne, Walter J. Le (1969). "Metoda výběru znaků v numerické taxonomii". Systematická zoologie. 18 (2): 201–205. doi:10.2307/2412604. JSTOR  2412604.
  32. ^ Farris, J. S (1970). "Metody výpočtu Wagnerových stromů". Systematická biologie. 19: 83–92. doi:10.1093 / sysbio / 19.1.83.
  33. ^ Neyman, J. (1971). Molekulární studie: Zdroj nových statistických problémů. In: Gupta S. S., Yackel J. (eds), Statistická teorie rozhodování a související témata, str. 1–27. Academic Press, New York.
  34. ^ Fitch, W. M (1971). „Směrem k definování průběhu evoluce: minimální změna pro konkrétní topologii stromu“. Systematická biologie. 20 (4): 406–16. doi:10.1093 / sysbio / 20.4.406. JSTOR  2412116.
  35. ^ Robinson, D.F (1971). Msgstr "Porovnání označených stromů s valencí tři". Journal of Combinatorial Theory, Series B. 11 (2): 105–19. doi:10.1016/0095-8956(71)90020-7.
  36. ^ Kidd, K. K; Sgaramella-Zonta, L. A (1971). „Fylogenetická analýza: koncepty a metody“. American Journal of Human Genetics. 23 (3): 235–52. PMC  1706731. PMID  5089842.
  37. ^ Adams, E. N (1972). "Techniky konsensu a srovnání taxonomických stromů". Systematická biologie. 21 (4): 390–397. doi:10.1093 / sysbio / 21.4.390.
  38. ^ Farris, James S (1976). "Fylogenetická klasifikace fosílií s nejnovějšími druhy". Systematická zoologie. 25 (3): 271–282. doi:10.2307/2412495. JSTOR  2412495.
  39. ^ Farris, J. S (1977). "Fylogenetická analýza podle zákona Dolla". Systematická biologie. 26: 77–88. doi:10.1093 / sysbio / 26.1.77.
  40. ^ Nelson, G (1979). „Cladistic Analysis and Syntéza: Principles and Definitions, with a Historical Note on Adanson's Familles Des Plantes (1763-1764)“. Systematická biologie. 28: 1–21. doi:10.1093 / sysbio / 28.1.1.
  41. ^ Gordon, A. D (1979). "Opatření dohody mezi žebříčky". Biometrika. 66 (1): 7–15. doi:10.1093 / biomet / 66.1.7. JSTOR  2335236.
  42. ^ Efron B. (1979). Metody bootstrapu: další pohled na kapesní nůž. Ann. Stat. 7: 1–26.
  43. ^ Margush, T; McMorris, F (1981). "Konsenzuální stromy". Bulletin of Mathematical Biology. 43 (2): 239. doi:10.1016 / S0092-8240 (81) 90019-7.
  44. ^ Sokal, Robert R; Rohlf, F. James (1981). „Taxonomická shoda u Leptopodomorpha znovu přezkoumána“. Systematická zoologie. 30 (3): 309. doi:10.2307/2413252. JSTOR  2413252.
  45. ^ Felsenstein, Joseph (1981). "Evoluční stromy ze sekvencí DNA: přístup s maximální pravděpodobností". Journal of Molecular Evolution. 17 (6): 368–76. doi:10.1007 / BF01734359. PMID  7288891.
  46. ^ Hendy, M.D .; Penny, David (1982). "Větvené a vázané algoritmy k určení minimálních evolučních stromů". Matematické biologické vědy. 59 (2): 277. doi:10.1016 / 0025-5564 (82) 90027-X.
  47. ^ Lipscomb, Diana (1985). „Eukaryotická království“. Kladistika. 1: 127–40. doi:10.1111 / j.1096-0031.1985.tb00417.x.
  48. ^ Felsenstein, J (1985). "Meze spolehlivosti fylogenezí: přístup využívající bootstrap". Vývoj. 39: 783–791. doi:10.2307/2408678. PMID  28561359.
  49. ^ Lanyon, S.M (1985). Msgstr "Zjištění interních nekonzistencí v datech vzdálenosti". Systematická biologie. 34 (4): 397–403. CiteSeerX  10.1.1.1000.3956. doi:10.1093 / sysbio / 34.4.397.
  50. ^ Saitou, N .; Nei, M. (1987). „Metoda spojování sousedů: nová metoda rekonstrukce fylogenetických stromů“. Molekulární biologie a evoluce. 4 (4): 406–25. doi:10.1093 / oxfordjournals.molbev.a040454. PMID  3447015.
  51. ^ Bremer, Kåre (1988). „Meze dat sekvence aminokyselin při fylogenetické rekonstrukci angiospermu“. Vývoj. 42 (4): 795–803. doi:10.1111 / j.1558-5646.1988.tb02497.x. PMID  28563878.
  52. ^ Farris, James S (1989). "Retenční index a index konzistence se změněnou stupnicí". Kladistika. 5 (4): 417–419. doi:10.1111 / j.1096-0031.1989.tb00573.x.
  53. ^ Archie, James W (1989). „Homoplasy Excess Ratios: New Indices for Measuring Levels of Homoplasy in Phylogenetic Systematics and a Critique of the Consistency Index“. Systematická zoologie. 38 (3): 253–269. doi:10.2307/2992286. JSTOR  2992286.
  54. ^ Bremer, Kåre (1990). "Shoda kombinovatelných komponent". Kladistika. 6 (4): 369–372. doi:10.1111 / j.1096-0031.1990.tb00551.x.
  55. ^ D. L. Swofford a G. J. Olsen. 1990. Rekonstrukce fylogeneze. In D. M. Hillis and G. Moritz (eds.), Molecular Systematics, strany 411–501. Sinauer Associates, Sunderland, Massachusetts.
  56. ^ Goloboff, Pablo A (1991). "Homoplasy a volba mezi kladogramy". Kladistika. 7 (3): 215–232. doi:10.1111 / j.1096-0031.1991.tb00035.x.
  57. ^ Goloboff, Pablo A (1991). "Náhodná data, homoplazmy a informace". Kladistika. 7 (4): 395–406. doi:10.1111 / j.1096-0031.1991.tb00046.x.
  58. ^ Goloboff, Pablo A (1993). Msgstr "Odhad hmotnosti znaků během hledání stromu". Kladistika. 9: 83–91. doi:10.1111 / j.1096-0031.1993.tb00209.x.
  59. ^ Wilkinson, M (1994). „Společné kladistické informace a jejich konsensuální zastoupení: Snížení Adamse a Snížení kladistických konsenzuálních stromů a profilů“. Systematická biologie. 43 (3): 343–368. doi:10.1093 / sysbio / 43.3.343.
  60. ^ Wilkinson, Mark (1995). „Více o metodách omezeného konsensu“. Systematická biologie. 44 (3): 435–439. doi:10.2307/2413604. JSTOR  2413604.
  61. ^ Li, Shuying; Pearl, Dennis K; Doss, Hani (2000). "Fylogenetická stavba stromu pomocí Markovova řetězce Monte Carlo". Journal of the American Statistical Association. 95 (450): 493. CiteSeerX  10.1.1.40.4461. doi:10.1080/01621459.2000.10474227. JSTOR  2669394.
  62. ^ Mau, Bob; Newton, Michael A; Larget, Bret (1999). "Bayesian Phylogenetic Inference via Markov Chain Monte Carlo Methods". Biometrie. 55 (1): 1–12. CiteSeerX  10.1.1.139.498. doi:10.1111 / j.0006-341X.1999.00001.x. JSTOR  2533889. PMID  11318142.
  63. ^ Rannala, Bruce; Yang, Ziheng (1996). „Distribuce pravděpodobnosti molekulárně evolučních stromů: nová metoda fylogenetické inference“. Journal of Molecular Evolution. 43 (3): 304–11. doi:10.1007 / BF02338839. PMID  8703097.
  64. ^ Goloboff, P (2003). Msgstr "Vylepšení opatření převzorkování skupinové podpory". Kladistika. 19 (4): 324–32. doi:10.1111 / j.1096-0031.2003.tb00376.x.
  65. ^ M. Li, X. Chen, X. Li, B. Ma, P.M.B. Vitanyi, metrika podobnosti, IEEE Trans. Informovat. Th., 50:12 (2004), 3250-3264
  66. ^ R. Cilibrasi, P.M.B. Vitanyi, Clustering by compression, IEEE Trans. Informační teorie, 51: 4 (2005), 1523-1545

Bibliografie

externí odkazy