STRÁNKA - PROSITE

STRÁNKA
Obsah
Popis	PROSITE, databáze proteinových domén pro funkční charakterizaci a anotaci.
Kontakt
Výzkumné centrum	Švýcarský institut pro bioinformatiku
Laboratoř	Oddělení strukturní biologie a bioinformatiky
Primární citace	PMID 19858104
Datum vydání	1988
Přístup
webová stránka	prospěšný.expasy.org

STRÁNKA je proteinová databáze.^[1]^[2] Skládá se z položek popisujících proteinové rodiny, domén a funkční stránky stejně jako aminokyselina vzory a profily v nich. Ty jsou ručně upraveny týmem Švýcarský institut pro bioinformatiku a pevně integrován do Swiss-Prot anotace bílkovin. PROSITE byl vytvořen v roce 1988 uživatelem Amos Bairoch, který skupinu řídil více než 20 let. Od července 2018 je ředitelem PROSITE a Swiss-Prot Alan Bridge.

Použití PROSITE zahrnuje identifikaci možných funkcí nově objevených proteinů a analýzu známých proteinů pro dříve neurčenou aktivitu. Vlastnosti z dobře prostudované geny mohou být propagovány na biologicky příbuzné organismy a pro různé nebo špatně známé geny lze biochemické funkce předpovídat ze podobností. PROSITE nabízí nástroje pro bílkoviny sekvenční analýza a detekce motivů (viz sekvenční motiv, PROSITE vzory ). Je součástí EXPASY proteomika analytické servery.

Databáze ProRule navazuje na popisy domén PROSITE.^[3] Poskytuje další informace o funkčně nebo strukturně důležitých aminokyselinách. Pravidla obsahují informace o biologicky významných zbytcích, jako jsou aktivní stránky, Podklad - nebo kofaktor -závazná místa, posttranslační stránky s úpravami nebo disulfid vazby, aby pomohly určit funkci. Ty mohou automaticky generovat anotace na základě motivů PROSITE.

Statistika

Ke dni 29. června 2016^{[Aktualizace]}, vydání 20.128 obsahuje 1762 položek dokumentace, 1309 vzorů, 1161 profilů a 1175 ProRules.

Viz také

Uniprot - univerzální proteinová databáze, centrální zdroj informací o bílkovinách - PROSITE k nim přidává data.
InterPro - centralizovaná databáze, seskupující data z databází proteinových rodin, domén a funkčních míst - část dat pochází z PROSITE.
Predikce lokalizace proteinů subcelulární - další příklad použití PROSITE.

Reference

^ De Castro E, Sigrist CJA, Gattiker A, Bulliard V, Langendijk-Genevaux PS, Gasteiger E, Bairoch A, Hulo N (2006). „ScanProsite: detekce shod podpisů PROSITE a funkčních a strukturních zbytků v proteinech spojených s ProRule“. Nucleic Acids Res. 34 (Problém s webovým serverem): W362–365. doi:10.1093 / nar / gkl124. PMC 1538847. PMID 16845026.
^ Hulo N, Bairoch A, Bulliard V, Cerutti L, Cuche B, De Castro E, Lachaize C, Langendijk-Genevaux PS, Sigrist CJA (2007). „20 let PROSITE“. Nucleic Acids Res. 36 (Problém s databází): D245–9. doi:10,1093 / nar / gkm977. PMC 2238851. PMID 18003654.
^ Sigrist CJ, De Castro E, Langendijk-Genevaux PS, Le Saux V, Bairoch A, Hulo N (2005). „ProRule: nová databáze obsahující funkční a strukturální informace o profilech PROSITE“. Bioinformatika. 21 (21): 4060–4066. doi:10.1093 / bioinformatika / bti614. PMID 16091411.

externí odkazy

Oficiální webové stránky
ProRule - databáze pravidel na základě prediktorů PROSITE

[DeCastro2006-1] De Castro E, Sigrist CJA, Gattiker A, Bulliard V, Langendijk-Genevaux PS, Gasteiger E, Bairoch A, Hulo N (2006). „ScanProsite: detekce shod podpisů PROSITE a funkčních a strukturních zbytků v proteinech spojených s ProRule“. Nucleic Acids Res. 34 (Problém s webovým serverem): W362–365. doi:10.1093 / nar / gkl124. PMC 1538847. PMID 16845026.

[Hulo2007-2] Hulo N, Bairoch A, Bulliard V, Cerutti L, Cuche B, De Castro E, Lachaize C, Langendijk-Genevaux PS, Sigrist CJA (2007). „20 let PROSITE“. Nucleic Acids Res. 36 (Problém s databází): D245–9. doi:10,1093 / nar / gkm977. PMC 2238851. PMID 18003654.

[Sigrist2005-3] Sigrist CJ, De Castro E, Langendijk-Genevaux PS, Le Saux V, Bairoch A, Hulo N (2005). „ProRule: nová databáze obsahující funkční a strukturální informace o profilech PROSITE“. Bioinformatika. 21 (21): 4060–4066. doi:10.1093 / bioinformatika / bti614. PMID 16091411.

[1]

[2]

[3]