Číslo enzymové komise - Enzyme Commission number

Nesmí být zaměňována s Číslo Evropského společenství.

The Číslo enzymové komise (EC číslo) je číselná klasifikace schéma pro enzymy, založeno na chemické reakce ony katalyzovat.[1] Jako systém enzymová nomenklatura, každé číslo EC je spojeno s doporučeným názvem příslušného enzymu.

Přísně vzato, čísla EC neurčují enzymy, ale enzymem katalyzované reakce. Pokud různé enzymy (například z různých organismů) katalyzují stejnou reakci, obdrží stejné číslo EC.[2] Dále skrz konvergentní evoluce, úplně jiný záhyby bílkovin může katalyzovat identickou reakci, a proto by mu bylo přiděleno identické číslo ES (ty se nazývají nehomologní isofunkční enzymy nebo NISE).[3] Naproti tomu UniProt identifikátory jednoznačně specifikují protein podle jeho aminokyselinové sekvence.[4]

Formát čísla

Každý kód enzymu se skládá z písmen „EC“ následovaných čtyřmi čísly oddělenými tečkami. Tato čísla představují postupně jemnější klasifikaci enzymu. Existují předběžná čísla EC, která mají jako čtvrtou (sériovou) číslici znak „n“ (např. EC 3.5.1.n3).[2]

Například tripeptidaminopeptidázy mít kód „EC 3.4.11.4“, jehož složky označují následující skupiny enzymů:

  • EC 3 enzymy jsou hydrolázy (enzymy, které používají voda rozbít nějakou jinou molekulu)
  • EC 3.4 jsou hydrolázy, na které působí peptidové vazby
  • ES 3.4.11 jsou hydrolázy, které se odštěpují od aminoterminálu aminokyselina od a polypeptid
  • ES 3.4.11.4 jsou ty, které odštěpují amino-terminální konec od a tripeptid

Kódy nejvyšší úrovně

Čísla EC nejvyšší úrovně[5]
TřídaReakce katalyzovánaTypická reakcePříklady enzymů s triviálním názvem
EC 1
Oxidoreduktázy		Katalyzovat oxidace / redukční reakce; přenos atomů H a O nebo elektrony z jedné látky na druhouAH + B → A + BH (snížena)
A + O → AO (oxidovaný)		Dehydrogenáza, oxidáza
EC 2
Transferázy		Převod a funkční skupina z jedné látky na druhou. Skupinou může být methyl-, acyl-, amino- nebo fosfátová skupinaAB + C → A + BCTransamináza, kináza
EC 3
Hydrolázy		Tvorba dvou produktů ze substrátu pomocí hydrolýzaAB + H2O → AOH + BHLipáza, amyláza, peptidáza, fosfatáza
EC 4
Lyázy		Nehydrolytické přidání nebo odstranění skupin ze substrátů. Vazby C-C, C-N, C-O nebo C-S mohou být štěpenyRCOCOOH → RCOH + CO2 nebo [X-A + B-Y] → [A = B + X-Y]Dekarboxyláza
EC 5
Izomerázy		Intramolekulární přesmyk, tj. izomerizace změny v rámci jedné molekulyABC → BCAIzomeráza, mutáza
EC 6
Ligázy		Spojte dohromady dvě molekuly syntézou nových C-O, C-S, C-N nebo C-C vazby se současným rozpadem ATPX + Y + ATP → XY + ADP + PiSyntetáza
EC 7
Translocases		Katalyzujte pohyb iontů nebo molekul přes membrány nebo jejich separaci v membránáchPřepravce

Podobnost reakce

Podobnost mezi enzymatickými reakcemi (ES ) lze vypočítat pomocí změn vazeb, reakčních center nebo metrik spodní stavby (EC-BLAST ).[6]

Dějiny

Schéma názvosloví enzymů bylo vyvinuto od roku 1955, kdy se konal Mezinárodní kongres biochemie v Liberci Brusel zřídit enzymovou komisi. První verze byla vydána v roce 1961. Aktuální šesté vydání vydané nakladatelstvím Mezinárodní unie pro biochemii a molekulární biologii v roce 1992 obsahuje 3196 různých enzymů. Dodatky 1-4 byly publikovány 1993-1999. Následné doplňky byly zveřejněny elektronicky na webových stránkách Výboru pro nomenklaturu Mezinárodní unie pro biochemii a molekulární biologii.[5] V srpnu 2018 enzymatická komise reorganizovala nomenklaturu přidáním kategorie EC 7 nejvyšší úrovně popisující translocasy.[7]

Viz také

Reference

  1. ^ Webb, E. C. (1992). Nomenklatura enzymů 1992: doporučení Výboru pro nomenklaturu Mezinárodní unie pro biochemii a molekulární biologii k nomenklatuře a klasifikaci enzymů. Akademický tisk. ISBN  978-0-12-227164-9.
  2. ^ A b „ENZYME (databáze názvosloví enzymů)“. EXPASY. Archivováno z původního dne 21. března 2019. Citováno 24. dubna 2019.
  3. ^ Omelchenko MV, Galperin MY, Wolf YI, Koonin EV (2010). „Nehomologní isofunkční enzymy: systematická analýza alternativních řešení v evoluci enzymů“. Biology Direct. 5 (1): 31. doi:10.1186/1745-6150-5-31. PMC  2876114. PMID  20433725.
  4. ^ Apweiler R, Bairoch A, Wu CH, Barker WC, Boeckmann B, Ferro S, Gasteiger E, Huang H, Lopez R, Magrane M, Martin MJ, Natale DA, O'Donovan C, Redaschi N, Yeh LS (leden 2004) . „UniProt: Univerzální znalostní databáze proteinů“. Výzkum nukleových kyselin. 32 (Problém s databází): D115–9. doi:10.1093 / nar / gkh131. PMC  308865. PMID  14681372.
  5. ^ A b Moss GP. „Doporučení Výboru pro nomenklaturu“. Mezinárodní unie pro biochemii a molekulární biologii o nomenklatuře a klasifikaci enzymů podle reakcí, které katalyzují. Archivovány od originál dne 10. 9. 2018. Citováno 2006-03-14.
  6. ^ Rahman SA, Cuesta SM, Furnham N, Holliday GL, Thornton JM (únor 2014). „EC-BLAST: nástroj pro automatické vyhledávání a porovnávání enzymových reakcí“. Přírodní metody. 11 (2): 171–174. doi:10.1038 / nmeth.2803. PMC  4122987. PMID  24412978.
  7. ^ Tipton, Keith (srpen 2018). „Zprávy o názvosloví enzymů: Translocases (EC 7): Nová třída EC“. ExplorEnz: primární zdroj seznamu enzymů IUBMB. Archivováno z původního dne 10. září 2018. Citováno 3. listopadu 2018.

externí odkazy