Enzymová promiskuita - Enzyme promiscuity - Wikipedia

Enzymová promiskuita je schopnost enzym kromě hlavní reakce katalyzovat náhodnou vedlejší reakci. I když jsou enzymy pozoruhodně specifickými katalyzátory, mohou kromě své hlavní přirozené katalytické aktivity často provádět vedlejší reakce.[1] Tyto promiskuitní aktivity jsou ve srovnání s hlavní aktivitou obvykle pomalé a jsou pod neutrálním výběrem. Navzdory tomu, že jsou obvykle fyziologicky irelevantní, pod novými selektivními tlaky mohou tyto činnosti přinést fitness výhodu, což vede k vývoji dříve promiskuitní činnosti, aby se stala novou hlavní činností.[2] Příkladem toho je atrazin chlorohydroláza (atzA kódováno) z Pseudomonas sp. ADP, které se vyvinuly z melamin deamináza (triA kódovaný), který má velmi malou promiskuitní aktivitu vůči atrazinu, chemické látce.[3]

Úvod

Enzymy se vyvíjejí, aby katalyzovaly konkrétní reakci na konkrétním substrátu s vysokou katalytickou účinností (kkočka/ K.M, srov. Kinetika Michaelis – Menten ). Kromě této hlavní činnosti však mají i další činnosti, které jsou obecně o několik řádů nižší a které nejsou výsledkem evoluční selekce, a proto se nepodílejí na fyziologii organismu.[poznámka 1]Tento jev umožňuje získávání nových funkcí, protože promiskuitní aktivita by mohla přinést fitness výhodu pod novým selektivním tlakem vedoucím k jeho duplikaci a výběru jako nové hlavní aktivity.

Vývoj enzymů

Duplikace a divergence

Několik teoretické modely existují k předpovědi pořadí událostí duplikace a specializace, ale skutečný proces je více propletený a fuzzy (§ Rekonstruované enzymy níže ).[4] Na jedné straně vede amplifikace genu ke zvýšení koncentrace enzymu a potenciálně k osvobození od omezující regulace, a tím ke zvýšení reakční rychlosti (proti) promiskuitní aktivity enzymu, která zvyšuje jeho fyziologické účinky („účinek dávkování genů“).[5] Na druhé straně mohou enzymy vyvinout zvýšenou sekundární aktivitu s malou ztrátou primární aktivity („robustnost“) s malým adaptivním konfliktem (§ Robustnost a plasticita níže ).[6]

Robustnost a plasticita

Studie čtyř odlišných hydrolázy (paraoxonáza z lidského séra (PON1), pseudomonad fosfotriesteráza (PTE), protein tyrosin fosfatáza (PTP) a lidská karboanhydráza II (CAII)) prokázaly, že hlavní aktivita je „robustní“ vůči změně, zatímco promiskuitní aktivity jsou slabé a další “ plastický". Konkrétně výběr aktivity, která není hlavní aktivitou (prostřednictvím řízená evoluce ), zpočátku nesnižuje hlavní aktivitu (tedy její robustnost), ale výrazně ovlivňuje nevybrané aktivity (proto jejich plasticita).[6]

Fosfotriesteráza (PTE) z Pseudomonas diminuta byl vyvinut, aby se stal arylesterázou (P – O až C – O hydroláza) v osmnácti kolech se ziskem 109 posun v specificitě (poměr KM), avšak většina změn nastala v počátečních kolech, kde byla zachována nevybraná zakrnělá aktivita PTE a vzrostla rozvinutá aktivita arylesterázy, zatímco v posledních kolech došlo k malému kompromisu za ztrátu zakrnělé aktivity PTE ve prospěch aktivity arylesterázy.[7]

To znamená za prvé, že specializovaný enzym (monofunkční), když se vyvine, prochází generalistickým stádiem (multifunkční), než se znovu stane specialistou - pravděpodobně po duplikaci genů podle modelu IAD - a za druhé, že promiskuitní aktivity jsou plastickější než hlavní aktivita.

Rekonstruované enzymy

Nejnovějším a nejjasnějším příkladem evoluce enzymů je vzestup bioremediating enzymy za posledních 60 let. Vzhledem k velmi malému počtu změn aminokyselin poskytují tyto vynikající model pro zkoumání vývoje enzymů v přírodě. Avšak použití existujících enzymů k určení toho, jak se rodina enzymů vyvinula, má tu nevýhodu, že nově vyvinutý enzym je srovnáván s paralogy, aniž by znal skutečnou identitu předka, než se tyto dva geny rozcházely. Tuto otázku lze vyřešit díky rekonstrukci předků. Poprvé navrhli v roce 1963 Linus Pauling a Emile Zuckerkandl, rekonstrukce předků je odvození a syntéza genu z rodové formy skupiny genů,[8] který nedávno prošel oživením díky vylepšeným technikám odvozování[9] a nízkonákladová syntetická genová syntéza,[10] což má za následek několik enzymů předků - některými přezdívané „stemzymy“[11]—Být studován.[12]

Důkazy získané z rekonstruovaného enzymu naznačují, že pořadí událostí, kde se nová aktivita zlepšuje a gen je duplikací, není jasné, na rozdíl od toho, co naznačují teoretické modely evoluce genu.

Jedna studie ukázala, že rodový gen rodiny proteáz imunitní obrany u savců měl širší specificitu a vyšší katalytickou účinnost než současná rodina paralogů,[11] zatímco jiná studie ukázala, že rodové steroidní receptor obratlovců byl estrogenový receptor s mírnou nejednoznačností substrátu pro jiné hormony - což naznačuje, že tyto pravděpodobně nebyly syntetizovány v té době.[13]

Tato variabilita v rodové specificitě nebyla pozorována pouze mezi různými geny, ale také v rámci stejné genové rodiny. S ohledem na velký počet paralogních fungálních genů α-glukosidázy s řadou specifických substrátů podobných maltóze (maltóza, turanóza, maltotrióza, maltulóza a sacharóza) a isomaltózám (izomaltóza a palatinóza) provedla studie rekonstrukci všech klíčových předků a zjistili, že poslední společný předchůdce paralogů byl aktivní hlavně na substrátech podobných maltóze s pouze stopovou aktivitou pro cukry podobné isomaltóze, přestože vedl k linii izomaltózových glukosidáz a linii, která se dále dělila na maltózové glukosidázy a izomaltózu glukosidázy. Antiteticky měl předek před posledním štěpením výraznější aktivitu glukosidázy podobnou izomaltóze.[4]

Prvotní metabolismus

Roy Jensen v roce 1976 se domníval, že prvotní enzymy musí být velmi promiskuitní, aby se mohly metabolické sítě sestavovat mozaikovým způsobem (odtud název, patchworkový model). Tato prvotní katalytická všestrannost byla později ztracena ve prospěch vysoce katalytických specializovaných ortologních enzymů.[14] V důsledku toho má mnoho centrálně metabolických enzymů strukturní homology které se rozcházely před poslední univerzální společný předek.[15]

Rozdělení

Promiskuita však není jen prvotní vlastností, ve skutečnosti je to velmi rozšířená vlastnost v moderních genomech. Byla provedena řada experimentů k posouzení distribuce promiskuitních enzymových aktivit v E-coli. v E-coli 21 ze 104 testovaných knockoutů s jedním genem (ze sbírky Keio[16]) lze zachránit nadměrným vyjádřením neznámého E-coli protein (s použitím spojené sady plazmidů ze sbírky ASKA[17]). Mechanismy, kterými by neznámý ORF mohl zachránit knockout, lze rozdělit do osmi kategorií: nadměrná exprese isozymu (homology), nejednoznačnost substrátu, nejednoznačnost transportu (úklid), katalytická promiskuita, udržování metabolického toku (včetně nadměrné exprese velké složky syntázy v absence podjednotky aminotransferázy), přemostění dráhy, regulační účinky a neznámé mechanismy.[5] Podobně je povoleno nadměrné vyjádření kolekce ORF E-coli získat přes řádovou rezistenci v 86 z 237 toxických prostředí.[18]

Homologie

Homologové jsou někdy známí tím, že projevují promiskuitu vůči hlavním reakcím toho druhého.[19]Tato příčná promiskuita byla nejvíce studována u členů alkalická fosfatáza nadčeleď, která katalyzuje hydrolytickou reakci na sulfátovou, fosfonátovou, monofosfátovou, difosfátovou nebo trifosfátovou esterovou vazbu několika sloučenin.[20] Navzdory rozdílům mají homology různou míru vzájemné promiskuity: rozdíly v promiskuitě jsou způsobeny použitými mechanismy, zejména požadovaným meziproduktem.[20]

Stupeň promiskuity

Enzymy jsou obecně ve stavu, který není jen kompromisem mezi stabilitou a katalytickou účinností, ale také specifičností a vývojem, přičemž poslední dva určují, zda je enzym obecný (vysoce vyvíjející se díky velké promiskuitě, ale nízké hlavní aktivitě) nebo specialista (vysoká hlavní činnost, špatně se vyvíjející kvůli nízké promiskuitě).[21] Příkladem jsou enzymy pro primární a sekundární metabolismus v rostlinách (§ Sekundární metabolismus rostlin níže ). Do hry mohou vstoupit další faktory, například glycerofosfodiesteráza (gpdQ) z Enterobacter aerogenes ukazuje různé hodnoty svých promiskuitních aktivit v závislosti na dvou kovových iontech, které váže, což je diktováno dostupností iontů.[22]V některých případech lze promiskuitu zvýšit uvolněním specificity aktivního místa jeho zvětšením o jednu mutaci, jako tomu bylo v případě mutantu D297G E-coli L-Ala-D / L-Glu epimeráza (ycjG) a mutant E323G pseudomonad mukonátu laktonizujícího enzymu II, což jim umožňuje promiskuitně katalyzovat aktivitu O-sukcinylbenzoát syntázy (muži).[23] Naopak, promiskuita může být snížena, jako tomu bylo v případě γ-humulensyntázy (seskviterpenové syntázy) z Abies grandis o kterém je známo, že produkuje 52 různých seskviterpenů z farnesyl difosfátu po několika mutacích.[24]

Studie o enzymech se širokou specificitou - nikoli promiskuitní, ale koncepčně blízké - jako je savčí trypsin a chymotrypsin a bifunkční isopropylmalát isomeráza / homoakonitáza z Pyrococcus horikoshii odhalili, že pohyblivost smyčky aktivního místa významně přispívá k katalytické pružnosti enzymu.[25][26]

Toxicita

Promiskuitní aktivita je nepůvodní aktivita, ke které se enzym nevyvinul, ale vzniká v důsledku akomodační konformace aktivního místa. Hlavní aktivita enzymu je však výsledkem nejen selekce směrem k vysoké katalytické rychlosti směrem ke konkrétnímu substrátu za účelem výroby konkrétního produktu, ale také zabránění produkci toxických nebo zbytečných produktů.[2] Pokud by například syntéza tRNA zavedla nesprávnou aminokyselinu na tRNA, výsledný peptid by měl neočekávaně změněné vlastnosti, a proto by bylo možné zvýšit věrnost několika dalších domén.[27] Podobně v reakci na syntézy tRNA je první podjednotka tyrocidinsyntetázy (tyrA) z Bacillus brevis adenyláty molekuly fenylalaninu za účelem použití adenylové části jako rukojeti k výrobě tyrocidin, cyklický non-ribozomální peptid. Když byla zkoumána specificita enzymu, bylo zjištěno, že je vysoce selektivní proti přírodním aminokyselinám, které nejsou fenylalanin, ale jsou mnohem tolerantnější vůči nepřirozeným aminokyselinám.[28] Přesněji řečeno, většina aminokyselin nebyla katalyzována, zatímco další nejvíce katalyzovanou přirozenou aminokyselinou byl strukturně podobný tyrosin, ale na tisícinu tolik jako fenylalanin, zatímco několik nepřirozené aminokyseliny kde je katalyzován lépe než tyrosin, jmenovitě D-fenylalanin, p-cyklohexyl-L-alanin, 4-amino-L-fenylalanin a L-norleucin.[28]

Jedním zvláštním případem vybrané sekundární aktivity jsou polymerázy a restrikční endonukleázy, kde nesprávná aktivita je ve skutečnosti výsledkem kompromisu mezi věrností a vyvíjitelností. Například pro restrikční endonukleázy nesprávná aktivita (hvězdná aktivita ) je pro organismus často smrtelný, ale malé množství umožňuje vývoj nových funkcí proti novým patogenům.[29]

Sekundární metabolismus rostlin

Antokyany (delfinidin na obrázku) udělují rostlinám, zejména jejich květinám, různé barvy, které přitahují opylovače, a typický příklad sekundárního metabolitu rostlin.

Rostliny produkují velké množství sekundární metabolity díky enzymům, které jsou na rozdíl od těch, které se podílejí na primárním metabolismu, méně katalyticky účinné, ale mají větší mechanickou pružnost (typy reakcí) a širší specificity. Liberální driftová prahová hodnota (způsobená nízkým selektivním tlakem způsobeným malou velikostí populace) umožňuje zvýšení kondice dotované jedním z produktů k udržení dalších aktivit, i když mohou být fyziologicky nepoužitelné.[30]

Biokatalýza

Hlavní článek: biokatalýza

v biokatalýza je hledáno mnoho reakcí, které v přírodě chybí. Za tímto účelem jsou identifikovány a vyvíjeny enzymy s malou promiskuitní aktivitou směrem k požadované reakci řízená evoluce nebo racionální design.[31]

Příkladem běžně vyvinutého enzymu je ω-transamináza který může nahradit keton chirálním aminem[32] a následně jsou komerčně dostupné knihovny různých homologů pro rychlou biominaci (např. Codexis[33]).

Dalším příkladem je možnost využití promiskuitních činností organizace cysteinsyntáza (cysM) k produkci nukleofilů neproteinogenní aminokyseliny.[34]

Podobnost reakce

Podobnost mezi enzymatickými reakcemi (ES ) lze vypočítat pomocí změn vazeb, reakčních center nebo metrik spodní stavby (EC-BLAST ).[35]

Drogy a promiskuita

Zatímco promiskuita je studována hlavně z hlediska standardní kinetiky enzymu, vazba léčiva a následná reakce je promiskuitní aktivita, protože enzym katalyzuje inaktivační reakci směrem k novému substrátu, který se nevyvinul ke katalýze.[6] Může to být z důvodu demonstrace, že v proteinech existuje pouze malý počet odlišných kapes vázajících ligand.

Savčí xenobiotický metabolismus Na druhé straně byl vyvinut tak, aby měl širokou specificitu pro oxidaci, vazbu a eliminaci cizích lipofilních sloučenin, které mohou být toxické, jako jsou rostlinné alkaloidy, takže jejich schopnost detoxikovat antropogenní xenobiotika je jejím rozšířením.[36]

Viz také

Poznámky pod čarou

  1. ^ Většina autorů označuje jako promiskuitní aktivity nevyvinuté aktivity a nikoli sekundární aktivity, které se vyvinuly.[2] Tudíž, glutathion S-transferázy (GST) a cytochrom P450 monooxygenázy (CYP) se nazývají multispecifické nebo široká specifičnost enzymy.[2]Schopnost katalyzovat různé reakce se často nazývá katalytická promiskuita nebo reakční promiskuita, zatímco se nazývá schopnost působit na různé podklady substrátová promiskuita nebo nejednoznačnost substrátu. Termín latentní má různé významy v závislosti na autorovi, a to buď odkaz na promiskuitní aktivitu, která vzniká při mutaci jednoho nebo dvou reziduí, nebo jednoduše jako synonymum pro promiskuitní, aby se zabránilo druhému výrazu.Promiskuita tady znamená muddledom, ne chlípnost —Toto je nedávno získaný význam tohoto slova.[37]

Reference

  1. ^ Srinivasan, Bharath; Marks, Hanna; Mitra, Sreyoshi; Smalley, David M .; Skolnick, Jeffrey (12.7.2016). „Katalytická a substrátová promiskuita: odlišná chemie katalyzovaná fosfatázovou doménou receptorového proteinu tyrosin fosfatázy“. Biochemical Journal. 473 (14): 2165–2177. doi:10.1042 / bcj20160289. ISSN  0264-6021. PMC  5049700. PMID  27208174.
  2. ^ A b C d Khersonsky O, Tawfik DS (2010). „Enzymová promiskuita: mechanistická a evoluční perspektiva“. Roční přehled biochemie. 79: 471–505. doi:10,1146 / annurev-biochem-030409-143718. PMID  20235827.
  3. ^ Scott C, Jackson CJ, Coppin CW, Mourant RG, Hilton ME, Sutherland TD, Russell RJ, Oakeshott JG (duben 2009). "Katalytické zlepšení a vývoj atrazinchlorhydrolázy". Aplikovaná a environmentální mikrobiologie. 75 (7): 2184–91. doi:10.1128 / AEM.02634-08. PMC  2663207. PMID  19201959.
  4. ^ A b Voordeckers K, Brown CA, Vanneste K, van der Zande E, Voet A, Maere S, Verstrepen KJ (2012). Thornton JW (ed.). „Rekonstrukce metabolických enzymů předků odhaluje molekulární mechanismy, které jsou základem evoluční inovace prostřednictvím duplikace genů“. PLOS Biology. 10 (12): e1001446. doi:10.1371 / journal.pbio.1001446. PMC  3519909. PMID  23239941.
  5. ^ A b Patrick WM, Quandt EM, Swartzlander DB, Matsumura I (prosinec 2007). „Potlačování více kopií podporuje metabolickou evolučnost“. Molekulární biologie a evoluce. 24 (12): 2716–22. doi:10,1093 / molbev / msm204. PMC  2678898. PMID  17884825.
  6. ^ A b C Aharoni A, Gaidukov L, Khersonsky O, McQ Gould S, Roodveldt C, Tawfik DS (leden 2005). „„ Vyvinutelnost “promiskuitních funkcí bílkovin“. Genetika přírody. 37 (1): 73–6. doi:10.1038 / ng1482. PMID  15568024. S2CID  8245673.
  7. ^ Tokuriki N, Jackson CJ, Afriat-Jurnou L, Wyganowski KT, Tang R, Tawfik DS (2012). „Snižování výnosů a kompromisů omezuje laboratorní optimalizaci enzymu“. Příroda komunikace. 3: 1257. Bibcode:2012NatCo ... 3.1257T. doi:10.1038 / ncomms2246. PMID  23212386.
  8. ^ Pauling, L. a E. Zuckerkandl, Chemická paleogenetika, studie molekulární obnovy vyhynulých forem života. Acta Chemica Scandinavica, 1963. 17: str. 9- &.
  9. ^ Williams PD, Pollock DD, Blackburne BP, Goldstein RA (červen 2006). „Posouzení přesnosti metod rekonstrukce proteinů předků“. PLOS výpočetní biologie. 2 (6): e69. Bibcode:2006PLSCB ... 2 ... 69 W.. doi:10.1371 / journal.pcbi.0020069. PMC  1480538. PMID  16789817.
  10. ^ Stemmer WP, Crameri A, Ha KD, Brennan TM, Heyneker HL (říjen 1995). "Jednostupňové sestavení genu a celého plazmidu z velkého počtu oligodeoxyribonukleotidů". Gen. 164 (1): 49–53. doi:10.1016/0378-1119(95)00511-4. PMID  7590320.
  11. ^ A b Wouters MA, Liu K, Riek P, Husain A (srpen 2003). „Despecializační krok, který je základem evoluce rodiny serinových proteáz“. Molekulární buňka. 12 (2): 343–54. doi:10.1016 / s1097-2765 (03) 00308-3. PMID  14536074.
  12. ^ Thornton JW (květen 2004). „Vzkříšení starověkých genů: experimentální analýza vyhynulých molekul“ (PDF). Genetika hodnocení přírody. 5 (5): 366–75. doi:10.1038 / nrg1324. PMID  15143319. S2CID  205482979. Archivováno (PDF) z původního dne 2012-03-27.
  13. ^ Thornton JW, Need E, Crews D (září 2003). "Vzkříšení předků steroidního receptoru: starověký původ estrogenové signalizace". Věda. 301 (5640): 1714–7. Bibcode:2003Sci ... 301.1714T. doi:10.1126 / science.1086185. PMID  14500980. S2CID  37628350.
  14. ^ Jensen RA (1976). "Nábor enzymů ve vývoji nových funkcí". Výroční přehled mikrobiologie. 30: 409–25. doi:10.1146 / annurev.mi.30.100176.002205. PMID  791073.
  15. ^ Fondi M, Brilli M, Emiliani G, Paffetti D, Fani R (2007). „Prvotní metabolismus: předkové propojení mezi biosyntézou leucinu, argininu a lysinu“. BMC Evoluční biologie. 7 Suppl 2: S3. doi:10.1186 / 1471-2148-7-S2-S3. PMC  1963480. PMID  17767731.
  16. ^ Baba T, Ara T, Hasegawa M, Takai Y, Okumura Y, Baba M, Datsenko KA, Tomita M, Wanner BL, Mori H (2006). „Konstrukce Escherichia coli K-12 in-frame, single-gen knockout mutantů: kolekce Keio“. Molekulární systémy biologie. 2: 2006.0008. doi:10.1038 / msb4100050. PMC  1681482. PMID  16738554.
  17. ^ Kitagawa M, Ara T, Arifuzzaman M, Ioka-Nakamichi T, Inamoto E, Toyonaga H, Mori H (2006). „Kompletní sada klonů ORF knihovny ASKA Escherichia coli (kompletní sada archivu ORF E. coli K-12): jedinečné zdroje pro biologický výzkum“. Výzkum DNA. 12 (5): 291–9. doi:10.1093 / dnares / dsi012. PMID  16769691.
  18. ^ Soo VW, Hanson-Manful P, Patrick WM (leden 2011). „Umělá amplifikace genu odhaluje hojnost promiskuitních determinantů rezistence u Escherichia coli“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 108 (4): 1484–9. Bibcode:2011PNAS..108.1484S. doi:10.1073 / pnas.1012108108. PMC  3029738. PMID  21173244.
  19. ^ O'Brien PJ, Herschlag D (květen 2001). „Funkční vzájemné vztahy v nadrodině alkalické fosfatázy: aktivita fosfodiesterázy v alkalické fosfatáze Escherichia coli“. Biochemie. 40 (19): 5691–9. CiteSeerX  10.1.1.322.8876. doi:10.1021 / bi0028892. PMID  11341834.
  20. ^ A b Zhao C, Kumada Y, Imanaka H, ​​Imamura K, Nakanishi K (červen 2006). "Klonování, nadměrná exprese, čištění a charakterizace O-acetylserin sulfhydrylázy-B z Escherichia coli". Exprese a čištění proteinů. 47 (2): 607–13. doi:10.1016 / j.pep.2006.01.002. PMID  16546401.
  21. ^ Tokuriki N, Tawfik DS (říjen 2009). "Stabilizační účinky mutací a vývoj proteinu". Aktuální názor na strukturní biologii. 19 (5): 596–604. doi:10.1016 / j.sbi.2009.08.003. PMID  19765975.
  22. ^ Daumann LJ, McCarthy BY, Hadler KS, Murray TP, Gahan LR, Larrabee JA, Ollis DL, Schenk G (leden 2013). „Promiskuita má svou cenu: katalytická všestrannost vs. účinnost v různých derivátech kovových iontů potenciálního bioremediatoru GpdQ“. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - bílkoviny a proteomika. 1834 (1): 425–32. doi:10.1016 / j.bbapap.2012.02.004. PMID  22366468.
  23. ^ Schmidt DM, Mundorff EC, Dojka M, Bermudez E, Ness JE, Govindarajan S, Babbitt PC, Minshull J, Gerlt JA (červenec 2003). "Evoluční potenciál (beta / alfa) 8-barelů: funkční promiskuita produkovaná jednoduchými substitucemi v nadrodině enolázy". Biochemie. 42 (28): 8387–93. doi:10.1021 / bi034769a. PMID  12859183.
  24. ^ Yoshikuni Y, Ferrin TE, Keasling JD (duben 2006). "Navržený divergentní vývoj funkce enzymu". Příroda. 440 (7087): 1078–82. Bibcode:2006 Natur.440.1078Y. doi:10.1038 / nature04607. PMID  16495946. S2CID  4394693.
  25. ^ Ma W, Tang C, Lai L (srpen 2005). „Specifičnost trypsinu a chymotrypsinu: dynamická korelace řízená smyčkovým pohybem jako determinant“. Biofyzikální deník. 89 (2): 1183–93. arXiv:q-bio / 0505037. Bibcode:2005BpJ .... 89,1183 mil. doi:10.1529 / biophysj.104.057158. PMC  1366603. PMID  15923233.
  26. ^ Yasutake Y, Yao M, Sakai N, Kirita T, Tanaka I (listopad 2004). „Krystalová struktura malé podjednotky izopropylmalát-izomerázy Pyrococcus horikoshii poskytuje pohled na duální substrátovou specificitu enzymu.“ Journal of Molecular Biology. 344 (2): 325–33. doi:10.1016 / j.jmb.2004.09.035. PMID  15522288.
  27. ^ Perona JJ, Hadd A (listopad 2012). "Strukturální rozmanitost a proteinové inženýrství aminoacyl-tRNA syntetáz". Biochemie. 51 (44): 8705–29. doi:10.1021 / bi301180x. PMID  23075299.
  28. ^ A b Villiers BR, Hollfelder F (březen 2009). "Mapování limitů substrátové specificity adenylační domény TycA". ChemBioChem. 10 (4): 671–82. doi:10.1002 / cbic.200800553. PMID  19189362. S2CID  21536526.
  29. ^ Vasu K, Nagamalleswari E, Nagaraja V (květen 2012). „Promiskuitní omezení je strategie buněčné obrany, která poskytuje bakteriálním výhodám fitness“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 109 (20): E1287–93. Bibcode:2012PNAS..109E1287V. doi:10.1073 / pnas.1119226109. PMC  3356625. PMID  22509013.
  30. ^ Weng JK, Philippe RN, Noel JP (červen 2012). „Vzestup chemodiverzity v rostlinách“. Věda. 336 (6089): 1667–70. Bibcode:2012Sci ... 336.1667W. doi:10.1126 / science.1217411. PMID  22745420. S2CID  206539148.
  31. ^ Bornscheuer UT, Huisman GW, Kazlauskas RJ, Lutz S, Moore JC, Robins K (květen 2012). "Inženýrství třetí vlny biokatalýzy". Příroda. 485 (7397): 185–94. Bibcode:2012Natur.485..185B. doi:10.1038 / příroda11117. PMID  22575958. S2CID  4379415.
  32. ^ Shin JS, Kim BG (srpen 2001). "Srovnání omega-transamináz z různých mikroorganismů a aplikace na výrobu chirálních aminů". Bioscience, biotechnologie a biochemie. 65 (8): 1782–8. doi:10,1271 / bbb.65,1782. PMID  11577718.
  33. ^ http://www.codexis.com/pdf/Codexis_EnzymePlatforms.pdf[trvalý mrtvý odkaz ]
  34. ^ Maier TH (duben 2003). "Semisyntetická produkce nepřirozených L-alfa-aminokyselin metabolickým inženýrstvím cystein-biosyntetické dráhy". Přírodní biotechnologie. 21 (4): 422–7. doi:10.1038 / nbt807. PMID  12640465. S2CID  22280900.
  35. ^ Rahman SA, Cuesta SM, Furnham N, Holliday GL, Thornton JM (únor 2014). „EC-BLAST: nástroj pro automatické vyhledávání a porovnávání enzymových reakcí“. Přírodní metody. 11 (2): 171–4. doi:10.1038 / nmeth.2803. PMC  4122987. PMID  24412978.
  36. ^ Jakoby WB, Ziegler DM (prosinec 1990). "Enzymy detoxikace". The Journal of Biological Chemistry. 265 (34): 20715–8. PMID  2249981.
  37. ^ "promiskuita". Oxfordský anglický slovník (Online ed.). Oxford University Press. (Předplatné nebo zúčastněné instituce členství Požadované.)