Oxyanionový otvor - Oxyanion hole

An oxyanionový otvor je kapsa v Aktivní stránky z enzym který se stabilizuje přechodový stav záporný náboj na a deprotonovaný kyslík nebo alkoxid.[1] Kapsa typicky sestává z amidů páteře nebo kladně nabitých zbytků. Stabilizace přechodového stavu snižuje aktivační energie nezbytné pro reakci, a tak podporuje katalýza.[2] Například, proteázy jako chymotrypsin obsahují otvor pro oxyanion pro stabilizaci čtyřboký meziprodukt anion vytvořený během proteolýza a chrání Podklad je záporně nabitý kyslík z voda molekuly.[3] Kromě toho může umožnit vložení nebo umístění substrátu, který by trpěl sterická překážka pokud by nemohlo obsadit díru (např BPG v hemoglobin ). Enzymy, které katalyzují vícestupňové reakce, mohou mít více otvorů pro oxyanionty, které stabilizují různé přechodové stavy v reakci.[4]
Viz také
Reference
- ^ Stryer L, Berg JM, Tymoczko JL (2002). „9 katalytických strategií“. Biochemie (5. vydání). San Francisco: W.H. Freemane. ISBN 978-0-7167-4955-4.
- ^ Simón, Luis; Goodman, Jonathan M. (19. března 2010). „Enzymová katalýza vodíkovými vazbami: Rovnováha mezi vazbou přechodného stavu a vazbou substrátu v dírách oxyaniontu“. The Journal of Organic Chemistry. 75 (6): 1831–1840. doi:10.1021 / jo901503d. ISSN 0022-3263. PMID 20039621.
- ^ Ménard, Robert; Storer, Andrew C. (1992). "Interakce s otvory oxyaniontu v serinových a cysteinových proteázách". Biologická chemie Hoppe-Seyler. 373 (2): 393–400. doi:10.1515 / bchm3.1992.373.2.393. PMID 1387535.
- ^ Kursula, Petri; Ojala, Juha; Lambeir, Anne-Marie; Wierenga, Rik K. (1. prosince 2002). „Katalytický cyklus biosyntetické thiolázy: konformační cesta acetylové skupiny čtyřmi vazebnými režimy a dvěma otvory Oxyanion ‡“. Biochemie. 41 (52): 15543–15556. doi:10.1021 / bi0266232. ISSN 0006-2960. PMID 12501183.
- Albert Lehninger; et al. (2008). Principy biochemie (5. vydání). Macmillana. p. 207. ISBN 9780716771081.