Myší genomová informatika - Mouse Genome Informatics

Myší genomová informatika (MGI) je bezplatná online databáze a zdroj bioinformatiky hostovaný webem Jacksonova laboratoř, s financováním Národní institut pro výzkum lidského genomu (NHGRI) Národní onkologický institut (NCI) a Eunice Kennedy Shriver Národní institut pro zdraví dětí a lidský rozvoj (NICHD).[1] MGI poskytuje přístup k údajům o genetice, genomice a biologii laboratorní myši s cílem usnadnit studium lidského zdraví a nemocí.[2][3] Databáze integruje více projektů, přičemž dva největší příspěvky pocházejí z databáze genů myší a databáze genů myší exprese (GXD).[4] Od roku 2018MGI obsahuje data z více než 230 000 publikací.[5]

Zdroj MGI byl poprvé publikován online v roce 1994[5] a je souborem dat, nástrojů a analýz vytvořených a přizpůsobených pro použití v laboratorní myš, široce používaný modelový organismus. Jedná se o „autoritativní zdroj oficiálních jmen pro myší geny, alely a kmeny“, který se řídí pokyny stanovenými Mezinárodním výborem pro standardizovanou genetickou nomenklaturu pro myši.[6] Historie a zaměření výzkumných a výrobních zařízení v Jackson Laboratory generuje ohromné ​​znalosti a hloubku, kterou mohou vědci těžit, aby mohli pokročit ve svém výzkumu. Specializovaná komunita výzkumníků myší celosvětově zvyšuje a přispívá také ke znalostem. Jedná se o nepostradatelný nástroj pro každého vědce, který používá myš jako modelový organismus pro svůj výzkum, a pro vědce, kteří se zajímají o geny, které sdílejí homologii s myšími geny. Na stránce MGI jsou také k dispozici různé zdroje podpory výzkumu myší, včetně sbírek zvířat a softwaru pro správu kolonií zdarma.[7]

Databáze myší genomu

Databáze myšího genomu
Database.png
Obsah
Popiszdroj pro savčí genomiku a genetiku.
Kontakt
Výzkumné centrumJacksonova laboratoř
Primární citaceJudith Blake & al. (2011)[8]
Přístup
webová stránkahttp://www.informatics.jax.org
Stáhnout URLftp://ftp.informatics.jax.org/

The Databáze myší genomu shromažďuje a upravuje komplexní fenotyp a funkční poznámky pro myš geny a alely.[8] Tohle je NHGRI financovaný projekt, který přispívá do databáze Informatiky myší genomu.

Databáze genové exprese myší

Databáze výrazů myšího genu
Database.png
Obsah
PopisDatabáze výrazů myšího genu
OrganismyMus musculus
Kontakt
Výzkumné centrumJacksonova laboratoř
Primární citaceFinger a spol. (2011)[9]
Datum vydání1996
Přístup
webová stránkahttp://www.informatics.jax.org/expression.shtml

The Databáze genových výrazů je komunitní zdroj informací o vývoji myšího výrazu.[9]

Viz také

Reference

  1. ^ „Současná podpora financování MGI-MGI“. jax.org. Citováno 2. června 2015.
  2. ^ Shaw D (květen 2004). „Hledání zdrojů informatiky myší genomu (MGI) pro získání informací o biologii myší od genotypu po fenotyp“. Současné protokoly v bioinformatice. Kapitola 1: Jednotka 1.7. doi:10.1002 / 0471250953.bi0107s05. ISBN  0471250953. PMC  5147750. PMID  18428715.
  3. ^ Qi D, Blake JA „Kadin JA, Richardson JE, Ringwald M, Eppig JT, Bult CJ (8. – 11. Srpna 2005). Integrace dat v databázi myší genomové informatiky (MGI). Konference o bioinformatice o výpočetních systémech, 2005. Workshopy a abstrakty plakátů. IEEE. 37–8. doi:10.1109 / CSBW.2005.48. ISBN  0-7695-2442-7.
  4. ^ „MGI - O databázovém prostředku Mouse Genome Informatics“. jax.org. Citováno 2. června 2015.
  5. ^ A b Law, M; Shaw, DR (2018). Myší genomová informatika (MGI) je mezinárodním zdrojem informací o laboratorních myších. Metody v molekulární biologii. 1757. str. 141–161. doi:10.1007/978-1-4939-7737-6_7. ISBN  978-1-4939-7736-9. PMID  29761459.
  6. ^ Domovská stránka nomenklatury myší, vyvoláno 28. srpna 2016
  7. ^ Ivica Letunic. „OpenHelix: Mouse Genome Informatics (MGI)“. openhelix.com. Archivovány od originál dne 26. prosince 2017. Citováno 2. června 2015.
  8. ^ A b Blake, Judith A.; Bult, Carol J .; Kadin, James A .; Richardson, Joel E .; Eppig, Janan T .; Skupina databáze genomu myší (leden 2011). „Databáze myší genomu (MGD): zdroj špičkových modelových organismů pro genomiku a genetiku savců“. Nucleic Acids Res. Anglie. 39 (Problém s databází): D842-8. doi:10.1093 / nar / gkq1008. PMC  3013640. PMID  21051359.
  9. ^ A b Finger, Jacqueline H; Smith Constance M; Hayamizu Terry F; McCright Ingeborg J; Eppig Janan T; Kadin James A; Richardson Joel E; Ringwald Martin (leden 2011). „Myší databáze genových výrazů (GXD): aktualizace 2011“. Nucleic Acids Res. Anglie. 39 (Problém s databází): D835-41. doi:10.1093 / nar / gkq1132. PMC  3013713. PMID  21062809.

externí odkazy