EGR1 - EGR1
EGR-1 (Protein rané reakce na růst 1) také známý jako ZNF268 (protein zinkového prstu 268) nebo NGFI-A (protein A indukovaný nervovým růstovým faktorem) je a protein že u lidí je kódován EGR1 gen.
EGR-1 je savec transkripční faktor. To bylo také jmenováno Krox-24, TIS8, a ZENK. To bylo původně objeveno v myši.
Funkce
Protein kódovaný tímto genem patří do Rodina EGR Cys2Jeho2-typ zinkový prst bílkoviny. Je to jaderný protein a funguje jako transkripční regulátor. Produkty cílových genů, které aktivuje, jsou vyžadovány pro diferenciaci a mitogeneze. Studie naznačují, že se jedná o gen potlačující nádor.[4]
Má zřetelný vzor exprese v mozku a bylo prokázáno, že jeho indukce je spojena s neuronální aktivitou. Několik studií naznačuje, že má svoji roli v neuronální plasticita.[5]
EGR-1 je důležitý transkripční faktor v Paměť formace. Má zásadní roli v mozek neuron epigenetický přeprogramování. EGR-1 rekrutuje TET1 protein, který iniciuje cestu Demetylace DNA.[6] Odstranění metylačních značek DNA umožňuje aktivaci následných genů. EGR-1 se společně s TET1 používá při programování distribuce methylačních míst na DNA mozku během vývoje mozku, v učení se a dlouhodobě neuronální plasticita. Bylo také zjištěno, že EGR-1 reguluje expresi VAMP2 (protein důležitý pro synaptický exocytóza ).[7]
Kromě jeho funkce v nervovém systému existují významné důkazy o tom, že EGR-1 spolu s paralogem EGR-2 je indukován u fibrotických onemocnění, má klíčové funkce ve fibrinogenezi a je nezbytný pro experimentálně indukovanou fibrózu u myší.[8]
Struktura
Doména vázající DNA EGR-1 se skládá ze tří zinkový prst domény Cys2Jeho2 Aminokyselinová struktura domény zinkových prstů EGR-1 je uvedena v této tabulce pomocí jednopísmenného aminokyselinového kódu. Prsty 1 až 3 jsou označeny f1 - f3. Čísla jsou vztažena na zbytky (aminokyseliny) z alfa šroubovice (není tam žádná nula). Zbytky označené „x“ nejsou součástí zinkových prstů, ale slouží spíše k jejich vzájemnému propojení.
-1 | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | X | X | X | X | X | |||||||||||||||||||||||
f1 | M | A | E | E | R | P | Y | A | C | P | PROTI | E | S | C | D | R | R | F | S | R | S | D | E | L | T | R | H | Já | R | Já | H | T | G | Q | K. | P | |
f2 | F | Q | C | A | Já | - | - | C | M | R | N | F | S | R | S | D | H | L | T | T | H | Já | A | T | H | T | G | E | K. | P | |||||||
f3 | F | A | C | D | Já | - | - | C | G | R | K. | F | A | R | S | D | E | R | K. | R | H | T | K. | Já | H | L | R | Q | K. | D |
Klíč aminokyselin: Alanin (Ala, A), Arginin (Arg, R), Asparagin (Asn, N), Kyselina asparagová (Asp, D), Cystein (Cys, C), Kyselina glutamová (Glu, E), Glutamin (Gln, Q), Glycin (Gly, G), Histidin (Jeho, H), Isoleucin (Ile, I), Leucin (Leu, L), Lysin (Lys, K), Methionin (Met, M), Fenylalanin (Phe, F), Prolin (Pro, P), Serine (Ser, S), Threonin (Thr, T), Tryptofan (Trp, W), Tyrosin (Tyr, Y), Valine (Val, V)
The Krystalická struktura z DNA Vazba doménou EGR-1 se zinkovým prstem byla vyřešena v roce 1991, což výrazně pomohlo časnému výzkumu domén vázajících DNA na zinkový prst.[9]
Lidský protein EGR-1 obsahuje (v nezpracované formě) 543 aminokyselin s molekulovou hmotností 57,5 kDa a gen se nachází na chromozom 5.
Specifičnost vazby DNA
EGR-1 váže DNA sekvenci 5'-GCG TGG GCG-3 '(a podobné jako 5'-GCG GGG GCG-3').[10][11]Pozice f1 6 váže 5 'G (první počet bází zleva); poloha f1 3 k druhé základně (C); pozice f1 se váže na třetí pozici (G); pozice f2 6 ke čtvrté základně (T); a tak dále.
Interakce
Bylo prokázáno, že EGR-1 komunikovat s:
Viz také
Reference
- ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000120738 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Entrez Gene: EGR1 časná reakce na růst 1“.
- ^ Knapska E, Kaczmarek L (2004). „Gen pro neuronální plasticitu v mozku savců: Zif286 / Egr1 / NGFI-A / Krox-24 / TIS-8 / ZENK?“. Pokrok v neurobiologii. 74 (4): 183–211. doi:10.1016 / j.pneurobio.2004.05.007. PMID 15556287. S2CID 39251786.
- ^ Sun Z, Xu X, He J, Murray A, Sun MA, Wei X, Wang X, McCoig E, Xie E, Jiang X, Li L, Zhu J, Chen J, Morozov A, Pickrell AM, Theus MH, Xie H EGR1 rekrutuje TET1 za účelem formování methylomu mozku během vývoje a při neuronální aktivitě. Nat Commun. 2019 29. srpna; 10 (1): 3892. doi: 10,1038 / s41467-019-11905-3. PMID: 31467272
- ^ Petersohn D, Thiel G (1996). „Role proteinů se zinkovým prstem Sp1 a zif268 / egr-1 v transkripční regulaci lidského genu synaptobrevin II“. European Journal of Biochemistry. 239 (3): 827–34. doi:10.1111 / j.1432-1033.1996.0827u.x. PMID 8774732.
- ^ Bhattacharyya S, Wu M, Fang F, Tourtellotte W, Feghali-Bostwick C, Varga J (květen 2011). „Časné transkripční faktory reakce na růst: klíčové mediátory fibrózy a nové cíle pro antifibrotickou terapii“. Matrix Biology. 30 (4): 235–42. doi:10.1016 / j.matbio.2011.03.005. PMC 3135176. PMID 21511034.
- ^ Pavletich NP, Pabo CO (květen 1991). „Rozpoznání zinkového prstu-DNA: krystalová struktura komplexu Zif268-DNA při 2,1 A“. Věda. 252 (5007): 809–17. doi:10.1126 / science.2028256. PMID 2028256. S2CID 38000717.
- ^ Christy B, Nathans D (listopad 1989). "DNA vazebné místo proteinu Zif268 indukovatelného růstovým faktorem". Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 86 (22): 8737–41. doi:10.1073 / pnas.86.22.8737. PMC 298363. PMID 2510170.
- ^ Swirnoff AH, Milbrandt J (duben 1995). „DNA-vazebná specificita NGFI-A a souvisejících transkripčních faktorů se zinkovým prstem“. Molekulární a buněčná biologie. 15 (4): 2275–87. doi:10,1128 / mcb.15.4.2275. PMC 230455. PMID 7891721.
- ^ Zhang F, Lin M, Abidi P, Thiel G, Liu J (listopad 2003). „Specifická interakce Egr1 a c / EBPbeta vede k transkripční aktivaci lidského genu pro lipoproteinový receptor s nízkou hustotou“. The Journal of Biological Chemistry. 278 (45): 44246–54. doi:10,1074 / jbc.M305564200. PMID 12947119.
- ^ A b Silverman ES, Du J, Williams AJ, Wadgaonkar R, Drazen JM, Collins T (listopad 1998). „protein cAMP-response-element-binding-protein-binding protein (CBP) a p300 jsou transkripční koaktivátory faktoru 1 pro včasnou růstovou reakci (Egr-1)“. The Biochemical Journal. 336 (1): 183–9. doi:10.1042 / bj3360183. PMC 1219856. PMID 9806899.
- ^ Russo MW, Sevetson BR, Milbrandt J (červenec 1995). „Identifikace NAB1, represoru transkripce zprostředkované NGFI-A- a Krox20“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 92 (15): 6873–7. doi:10.1073 / pnas.92.15.6873. PMC 41432. PMID 7624335.
- ^ Liu J, Grogan L, Nau MM, Allegra CJ, Chu E, Wright JJ (duben 2001). "Fyzická interakce mezi p53 a genem primární odezvy Egr-1". International Journal of Oncology. 18 (4): 863–70. doi:10,3892 / ijo.18.4.863. PMID 11251186.
- ^ Bae MH, Jeong CH, Kim SH, Bae MK, Jeong JW, Ahn MY, Bae SK, Kim ND, Kim CW, Kim KR, Kim KW (říjen 2002). „Regulace Egr-1 asociací s proteazomovou složkou C8“. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - výzkum molekulárních buněk. 1592 (2): 163–7. doi:10.1016 / s0167-4889 (02) 00310-5. PMID 12379479.
Další čtení
- Heath RG (březen 1975). "Funkce a chování mozku. I. Emoce a smyslové jevy u psychotických pacientů a experimentálních zvířat". The Journal of Nervous and Mental Disease. 160 (3): 159–75. doi:10.1097/00005053-197503000-00002. PMID 1090709. S2CID 23024944.
- Silverman ES, Collins T (březen 1999). "Cesty transkripce genu zprostředkované Egr-1 ve vaskulární biologii". American Journal of Pathology. 154 (3): 665–70. doi:10.1016 / S0002-9440 (10) 65312-6. PMC 1866415. PMID 10079243.
- Adamson ED, Mercola D (2002). "Egr1 transkripční faktor: více rolí v růstu a přežití nádorových buněk prostaty". Biologie nádorů. 23 (2): 93–102. doi:10.1159/000059711. PMID 12065847. S2CID 46795197.
- Blaschke F, Bruemmer D, Law RE (srpen 2004). „Egr-1 je hlavním vaskulárním patogenním transkripčním faktorem při ateroskleróze a restenóze“. Recenze v sekci Endokrinní a metabolické poruchy. 5 (3): 249–54. doi:10.1023 / B: REMD.0000032413.88756.ee. PMID 15211096. S2CID 11968305.
- Abdulkadir SA (listopad 2005). "Mechanismy tumorogeneze prostaty: role transkripčních faktorů Nkx3.1 a Egr1". Annals of the New York Academy of Sciences. 1059: 33–40. doi:10.1196 / annals.1339.018. PMID 16382041. S2CID 6774788.
- Khachigian LM (únor 2006). „Časná růstová reakce-1 v kardiovaskulární patobiologii“. Výzkum oběhu. 98 (2): 186–91. doi:10.1161 / 01.RES.0000200177.53882.c3. PMID 16456111.
externí odkazy
- Zif + 268 + protein, + člověk v americké národní lékařské knihovně Lékařské předměty (Pletivo)
- FactorBook Egr-1
- Přehled všech strukturálních informací dostupných v PDB pro UniProt: P18146 (Protein 1 pro včasnou reakci lidského růstu) na PDBe-KB.
- Přehled všech strukturálních informací dostupných v PDB pro UniProt: P08046 (Protein pro včasnou reakci myši 1) na PDBe-KB.