Databáze chráněných domén - Conserved Domain Database

CDD
Logo US-NLM-NCBI.svg
Obsah
PopisDatabáze konzervovaných domén pro funkční anotaci proteinů.
Kontakt
Výzkumné centrumNárodní centrum pro biotechnologické informace
AutořiAron Marchler-Bauer
Primární citaceMarchler-Bauer & al. (2013)[1]
Datum vydání2003
Přístup
webová stránkahttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cdd.shtml

The Databáze chráněných domén (CDD) je databáze dobře anotovaných vícenásobné zarovnání sekvence modely a odvozené modely vyhledávání v databázi pro staré domén a proteiny plné délky.[1]

Filozofie

Domény lze považovat za odlišné funkční a / nebo strukturní jednotky proteinu. Tyto dvě klasifikace se ve skutečnosti shodují poměrně často a to, co se nachází jako samostatně skládací jednotka polypeptidového řetězce, nese také specifickou funkci. Domény jsou často identifikovány jako opakující se (sekvence nebo struktura) jednotky, které mohou existovat v různých kontextech. V molekulární evoluci mohly být tyto domény použity jako stavební bloky a mohly být rekombinovány v různých uspořádáních k modulaci funkce proteinu. CDD definuje konzervované domény jako opakující se jednotky v molekulární evoluci, jejichž rozsah lze určit sekvenční a strukturní analýzou.

Cílem projektu ošetřování konzervovaných domén NCBI je poskytnout uživatelům databáze přehled o tom, jak vzorce zachování a divergence zbytků v rodině souvisejí s funkčními vlastnostmi, a poskytnout užitečné odkazy na podrobnější informace, které mohou pomoci porozumět těmto sekvencím / struktuře / funkční vztahy. K tomu kurátoři CDD zahrnují následující typy informací, aby doplnili a obohatili tradiční vícenásobné sekvenční zarovnání, které tvoří základ doménových modelů: trojrozměrné struktury a konzervované základní motivy, konzervované funkce / stránky, fylogenetická organizace, odkazy na zdroje elektronické literatury.

Obsah

Obsah CDD zahrnuje NCBI ručně spravované doménové modely a doménové modely importované z řady externích zdrojových databází (Pfam, SMART, COG, PRK, TIGRFAM ). U domén spravovaných NCBI je jedinečné to, že používají informace o 3D struktuře k výslovnému definování hranic domén, zarovnání bloků, změně detailů zarovnání a poskytnutí přehledu vztahů sekvence / struktury / funkce. Ručně upravené modely jsou uspořádány hierarchicky, pokud popisují rodiny domén, které jasně souvisejí se společným sestupem. Aby CDD poskytlo neredundantní pohled na data, seskupuje podobné doménové modely z různých zdrojů do superrodin.

Hledání v databázi

Sbírka je také součástí NCBI Entrez dotazovací a vyhledávací systém, propojený s řadou dalších zdrojů. CDD poskytuje anotaci stop domén a konzervovaných funkčních míst na proteinových sekvencích. Předpočítanou anotaci domény lze získat pro proteinové sekvence sledované v systému NCBI Entrez a kolekci modelů CDD lze dotazovat pomocí nových proteinových sekvencí pomocí * „služba CD-Search“. Spojené státy americké Národní středisko pro biotechnologické informace., nebo v * "Dávkové hledání CD". Spojené státy americké Národní středisko pro biotechnologické informace., který umožňuje výpočet a stahování anotací pro velké sady dotazů na bílkoviny.

Reference

  1. ^ A b Marchler-Bauer, A .; Zheng, C .; Chitsaz, F .; Derbyshire, M. K .; Geer, L. Y .; Geer, R. C .; Gonzales, N. R .; Gwadz, M .; Hurwitz, D. I .; Lanczycki, C. J .; Lu, F .; Lu, S .; Marchler, G. H .; Song, J. S .; Thanki, N .; Yamashita, R. A .; Zhang, D .; Bryant, S.H. (2012). „CDD: Conserved domains and protein trojrozměrná struktura“. Výzkum nukleových kyselin. 41 (Problém s databází): D348 – D352. doi:10.1093 / nar / gks1243. PMC  3531192. PMID  23197659.

externí odkazy