CTBP2 - CTBP2

CTBP2
Protein CTBP2 PDB 2ome.png
Dostupné struktury
PDBHledání ortologu: PDBe RCSB
Identifikátory
AliasyCTBP2, C-terminální vazebný protein 2
Externí IDOMIM: 602619 MGI: 1201686 HomoloGene: 75187 Genové karty: CTBP2
Umístění genu (člověk)
Chromozom 10 (lidský)
Chr.Chromozom 10 (lidský)[1]
Chromozom 10 (lidský)
Genomická poloha pro CTBP2
Genomická poloha pro CTBP2
Kapela10q26.13Start124,984,317 bp[1]
Konec125,161,170 bp[1]
Ortology
DruhČlověkMyš
Entrez

1488

13017

Ensembl

ENSG00000175029

ENSMUSG00000030970

UniProt

P56545

P56546

RefSeq (mRNA)

NM_001170744
NM_009980
NM_001347623

RefSeq (protein)

NP_001164215
NP_001334552
NP_034110

Místo (UCSC)Chr 10: 124,98 - 125,16 MbChr 7: 132,99 - 133,12 Mb
PubMed Vyhledávání[3][4]
Wikidata
Zobrazit / upravit člověkaZobrazit / upravit myš

C-terminální vazebný protein 2 také známý jako CtBP2 je protein že u lidí je kódován CTBP2 gen.[5][6][7]

Funkce

CtBPs - CtBP1 a CtBP2 u savců - patří mezi nejlépe charakterizované transkripce korepresory.[8] Obvykle vypínají své cílové geny. Dělají to vazbou na sekvenčně specifické proteiny vázající DNA, které nesou krátký motiv obecné formy prolin-isoleucin-aspartát-leucin-serin (motiv PIDLS). Poté získají enzymy modifikující histon, histonové deacetylázy, histon methylázy a histon demetylázy. Předpokládá se, že tyto enzymy spolupracují při odstraňování aktivačních a přidávání represivních histonových značek. Například histon deacetyláza 1 (HDAC1 ) a HDAC2 může odstranit aktivační značku histon 3 acetyl lysin 9 (H3K9Ac), poté histon methylázu G9a může přidávat methylové skupiny, zatímco histon demethyláza lysin specifická demethyláza 1 (LSD1 ) může odstranit aktivační značku H3K4me.[9]

CtBP se váží na mnoho různých proteinů vázajících DNA a také se váží na ko-represory, které jsou samy vázány na proteiny vázající DNA, jako je Friend of GATA (Mlha ).[10] CtBP mohou také dimerizovat a multimerizovat k přemostění větších transkripčních komplexů. Vypadají to, že jsou primárně proteiny lešení, které umožňují sestavení komplexů genové represi.

Jedním zajímavým aspektem CtBP je jejich schopnost vázat se NADH a v menší míře NAD+. Bylo navrženo, že jim to umožní vnímat metabolický stav buňky a regulovat geny v reakci na změny v NADH / NAD+ poměr. V souladu s tím bylo zjištěno, že CtBP jsou důležité v biologii tuků a váží se na klíčové proteiny, jako jsou PRDM16, NRIP, a FOG2.[11]

Plně funkční role proteinů CtBP u savců bylo obtížné vyhodnotit kvůli částečné redundanci mezi CtBP1 a CtBP2.[12] Podobně časná letalita CtBP2 knockoutu a myší s dvojitým knockoutem vyloučila podrobnou analýzu buněčných účinků delece těchto proteinů. Důležité výsledky se dostavily u modelových organismů, kde existuje pouze jeden gen CtBP. v Drosophila CtBP se podílí na vývoji a na cirkadiánní rytmy.[13] V červi C. elegans CtBP je zapojen do života.[14] Cirkadiánní rytmy i délka života se zdají být spojeny s metabolismem podporujícím roli CtBP v metabolickém snímání.

Savčí gen CtBP2 produkuje alternativní transkripty kódující dva odlišné proteiny. Kromě transkripčního represoru (corepressor ) diskutovaný výše, existuje delší izoforma, která je hlavní složkou specializovaných synapsí známých jako synaptické pásky. Oba proteiny obsahují NAD+ vazebná doména podobná NAD+-závislé 2-hydroxykyseliny dehydrogenázy. Část 3'-nepřekládaná oblast byl použit k mapování tohoto genu na chromozom 21q21.3; bylo však poznamenáno, že podobné lokusy jinde v genomu jsou pravděpodobné. Blastová analýza ukazuje, že tento gen je přítomen na chromozomu 10.[7]

Interakce

Bylo prokázáno, že CTBP2 komunikovat s:

Reference

  1. ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000175029 - Ensembl, Květen 2017
  2. ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000030970 - Ensembl, Květen 2017
  3. ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
  4. ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
  5. ^ A b Turner J, Crossley M (září 1998). „Klonování a charakterizace mCtBP2, corepresoru, který se asociuje se základním faktorem podobným Krüppel a dalšími regulačními transkripčními systémy savců“. EMBO J.. 17 (17): 5129–40. doi:10.1093 / emboj / 17.17.5129. PMC  1170841. PMID  9724649.
  6. ^ Chinnadurai G (únor 2002). "CtBP, nekonvenční transkripční corepressor ve vývoji a onkogenezi". Mol. Buňka. 9 (2): 213–24. doi:10.1016 / S1097-2765 (02) 00443-4. PMID  11864595.
  7. ^ A b „Entrez Gene: CTBP2 C-terminální vazebný protein 2“.
  8. ^ Turner J, Crossley M (srpen 2001). "Rodina CtBP: enigmatické a enzymatické transkripční korepresory". BioEssays. 23 (8): 683–90. doi:10,1002 / bies.1097. PMID  11494316. S2CID  22273095.
  9. ^ Shi Y, Lan F, Matson C, Mulligan P, Whetstine JR, Cole PA, Casero RA, Shi Y (prosinec 2004). „Demetylace histonu zprostředkovaná homologem nukleové aminooxidázy LSD1“. Buňka. 119 (7): 941–53. doi:10.1016 / j.cell.2004.12.012. PMID  15620353. S2CID  10847230.
  10. ^ Fox AH, Liew C, Holmes M, Kowalski K, Mackay J, Crossley M (květen 1999). „Transkripční kofaktory rodiny FOG interagují s proteiny GATA pomocí několika zinkových prstů“. EMBO J.. 18 (10): 2812–22. doi:10.1093 / emboj / 18.10.2812. PMC  1171362. PMID  10329627.
  11. ^ Jack BH, Pearson RC, Crossley M (květen 2011). "C-terminální vazebný protein: metabolický senzor zapojený do regulace adipogeneze". Int. J. Biochem. Cell Biol. 43 (5): 693–6. doi:10.1016 / j.biocel.2011.01.017. PMID  21281737.
  12. ^ Hildebrand JD, Soriano P (srpen 2002). „Překrývající se a jedinečné role pro C-terminální vazebný protein 1 (CtBP1) a CtBP2 během vývoje myši“. Mol. Buňka. Biol. 22 (15): 5296–307. doi:10.1128 / mcb.22.15.5296-5307.2002. PMC  133942. PMID  12101226.
  13. ^ Itoh TQ, Matsumoto A, Tanimura T (2013). „C-terminální vazebný protein (CtBP) aktivuje expresi hodinových genů E-boxu pomocí CLOCK / CYCLE v Drosophile“. PLOS ONE. 8 (4): e63113. doi:10.1371 / journal.pone.0063113. PMC  3640014. PMID  23646183.
  14. ^ Chen S, Whetstine JR, Ghosh S, Hanover JA, Gali RR, Grosu P, Shi Y (únor 2009). „Konzervovaný NAD (H) závislý korpresor CTBP-1 reguluje délku života Caenorhabditis elegans“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 106 (5): 1496–501. doi:10.1073 / pnas.0802674106. PMC  2635826. PMID  19164523.
  15. ^ A b Turner J, Nicholas H, Bishop D, Matthews JM, Crossley M (2003). „LIM protein FHL3 váže základní faktor podobný Krüppel / faktor podobný Krüppel 3 a jeho kopresor C-terminálně vázající protein 2“. J. Biol. Chem. 278 (15): 12786–95. doi:10,1074 / jbc.M300587200. PMID  12556451.
  16. ^ van Vliet J, Turner J, Crossley M (2000). „Faktor 8 podobný lidskému Krüppel: protein vázající CACCC-box, který se asociuje s CtBP a potlačuje transkripci“. Nucleic Acids Res. 28 (9): 1955–62. doi:10.1093 / nar / 28.9.1955. PMC  103308. PMID  10756197.
  17. ^ Mirnezami AH, Campbell SJ, Darley M, Primrose JN, Johnson PW, Blaydes JP (2003). „Hdm2 získává hypoxický citlivý corepressor pro negativní regulaci transkripce závislé na p53“ (PDF). Curr. Biol. 13 (14): 1234–9. doi:10.1016 / S0960-9822 (03) 00454-8. PMID  12867035. S2CID  2451241.
  18. ^ Rual JF, Venkatesan K, Hao T, Hirozane-Kishikawa T, Dricot A, Li N, Berriz GF, Gibbons FD, Dreze M, Ayivi-Guedehoussou N, Klitgord N, Simon C, Boxem M, Milstein S, Rosenberg J, Goldberg DS, Zhang LV, Wong SL, Franklin G, Li S, Albala JS, Lim J, Fraughton C, Llamosas E, Cevik S, Bex C, Lamesch P, Sikorski RS, Vandenhaute J, Zoghbi HY, Smolyar A, Bosak S, Sequerra R, Doucette-Stamm L, Cusick ME, Hill DE, Roth FP, Vidal M (2005). „Směrem k mapě lidské interakční sítě protein-protein v měřítku proteomu“. Příroda. 437 (7062): 1173–8. doi:10.1038 / nature04209. PMID  16189514. S2CID  4427026.
  19. ^ Castet A, Boulahtouf A, Versini G, Bonnet S, Augereau P, Vignon F, Khochbin S, Jalaguier S, Cavaillès V (2004). „Více domén proteinu 140 interagujícího s receptory přispívá k inhibici transkripce“. Nucleic Acids Res. 32 (6): 1957–66. doi:10.1093 / nar / gkh524. PMC  390375. PMID  15060175.
  20. ^ Murakami A, Ishida S, Thurlow J, Revest JM, Dickson C (2001). „SOX6 váže CtBP2 k potlačování transkripce z promotoru Fgf-3“. Nucleic Acids Res. 29 (16): 3347–55. doi:10.1093 / nar / 29.16.3347. PMC  55854. PMID  11504872.
  21. ^ Holmes M, Turner J, Fox A, Chisholm O, Crossley M, Chong B (1999). „hFOG-2, nový protein se zinkovým prstem, váže ko-represor mCtBP2 a moduluje aktivaci zprostředkovanou GATA“. J. Biol. Chem. 274 (33): 23491–8. doi:10.1074 / jbc.274.33.23491. PMID  10438528.

Další čtení

externí odkazy