PRDM2 - PRDM2

PRDM2
Dostupné struktury
PDB	Lidské vyhledávání UniProt: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	2JV0, 2QPW
Identifikátory
Aliasy	PRDM2, HUMHOXY1, KMT8, MTB-ZF, RIZ, RIZ1, RIZ2, PR doména 2, PR / SET doména 2, KMT8A
Externí ID	OMIM: 601196 MGI: 107628 HomoloGene: 40822 Genové karty: PRDM2
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 1 (lidský)
Konec	13,825,079 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 4 (myš)
Konec	143,212,995 bp
Exprese RNA vzor
	; ; ; ;
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• GO: 0001131, GO: 0001151, GO: 0001130, GO: 0001204 Aktivita transkripčního faktoru vázajícího DNA; • aktivita methyltransferázy; • aktivita transferázy; • Vazba DNA; • vazba iontů zinku; • aktivita histon-lysin N-methyltransferázy; • vazba kovových iontů; • vazba nukleové kyseliny; • Vazba DNA specifické pro regulační oblast RNA polymerázy II; • GO: 0001077, GO: 0001212, GO: 0001213, GO: 0001211, GO: 0001205 Aktivita aktivátoru transkripce vázající DNA, specifická pro RNA polymerázu II; • GO: 0001200, GO: 0001133, GO: 0001201 Aktivita transkripčního faktoru vázajícího DNA, specifická pro RNA polymerázu II; • vazba chromatinové DNA; • sekvenčně specifická vazba DNA;
Buněčná složka	• buněčné jádro; • Golgiho aparát;
Biologický proces	• methylace histon-lysin; • methylace; • regulace transkripce, DNA-šablony; • stanovení délky života dospělých; • transkripce, chráněná DNA; • transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • pozitivní regulace transkripce z promotoru RNA polymerázy II;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	7799
	110593
	ENSG00000116731
	ENSMUSG00000057637
	Q13029
	n / a
	NM_001007257; NM_001135610; NM_012231; NM_015866
	NM_001081355; NM_001256380
	NP_001007258; NP_001129082; NP_036363; NP_056950
	n / a
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

PR doména se zinkovým prstem 2 je protein že u lidí je kódován PRDM2 gen.^[5]^[6]

Funkce

Tento gen potlačující nádor je členem nadrodiny nukleární histon / protein methyltransferáza. Kóduje protein se zinkovým prstem, který se může vázat na protein retinoblastomu, estrogenový receptor a TPA-responzivní prvek (MTE) genu heme-oxygenázy-1. Ačkoli funkce tohoto proteinu nebyly plně charakterizovány, může (1) hrát roli v regulaci transkripce během neuronové diferenciace a patogeneze retinoblastomu, (2) působit jako transkripční aktivátor genu heme-oxygenázy-1 a ( 3) být specifickým efektorem působení estrogenu. Pro tento gen byly nalezeny tři varianty transkriptu kódující různé izoformy.^[6]

Interakce

PRDM2 bylo prokázáno komunikovat s Estrogenový receptor alfa^[7] a Protein retinoblastomu.^[5]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000116731 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000057637 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ ^A ^b Buyse IM, Shao G, Huang S (květen 1995). „Protein retinoblastomu se váže na RIZ, protein se zinkovým prstem, který sdílí epitop s proteinem adenoviru E1A.“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 92 (10): 4467–71. doi:10.1073 / pnas.92.10.4467. PMC 41965. PMID 7538672.
^ ^A ^b „Entrez Gene: PRDM2 PR doména obsahující 2, s doménou ZNF“.
^ Abbondanza C, Medici N, Nigro V, Rossi V, Gallo L, Piluso G, Belsito A, Roscigno A, Bontempo P, Puca AA, Molinari AM, Moncharmont B, Puca GA (březen 2000). „Protein RIZ interagující s retinoblastomem RIZ je následným efektorem působení estrogenu“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 97 (7): 3130–5. doi:10.1073 / pnas.050015697. PMC 16204. PMID 10706618.

Další čtení

Shapiro VS, Lee P, Winoto A (říjen 1995). "Identifikace a klonování G3B cDNA kódující 3 'segment proteinu vázajícího se na GATA-3". Gen. 163 (2): 329–30. doi:10.1016 / 0378-1119 (95) 00420-B. PMID 7590293.
Muraosa Y, Takahashi K, Yoshizawa M, Shibahara S (únor 1996). „cDNA klonování nového proteinu obsahujícího dvě domény se zinkovým prstem, které mohou fungovat jako transkripční faktor pro lidský gen pro hemovou oxygenázu-1“. European Journal of Biochemistry / FEBS. 235 (3): 471–9. doi:10.1111 / j.1432-1033.1996.00471.x. PMID 8654390.
Buyse IM, Takahashi EI, Huang S (květen 1996). "Fyzické mapování retinoblastomu interagujícího genu se zinkovým prstem RIZ na D1S228 na chromozomu 1p36". Genomika. 34 (1): 119–21. doi:10.1006 / geno.1996.0249. PMID 8661032.
Liu L, Shao G, Steele-Perkins G, Huang S (leden 1997). „Retinoblastom interagující gen se zinkovým prstem RIZ produkuje produkt postrádající doménu PR prostřednictvím interního promotoru“. The Journal of Biological Chemistry. 272 (5): 2984–91. doi:10.1074 / jbc.272.5.2984. PMID 9006946.
Xie M, Shao G, Buyse IM, Huang S (říjen 1997). „Transkripční represe zprostředkovaná genem PRIZ zinkových prstů RIZ“. The Journal of Biological Chemistry. 272 (42): 26360–6. doi:10.1074 / jbc.272.42.26360. PMID 9334209.
He L, Yu JX, Liu L, Buyse IM, Wang MS, Yang QC, Nakagawara A, Brodeur GM, Shi YE, Huang S (říjen 1998). „RIZ1, ale nikoli alternativní produkt RIZ2 stejného genu, je u rakoviny prsu nedostatečně exprimován a vynucená exprese RIZ1 způsobuje zastavení buněčného cyklu G2-M a / nebo apoptózu.“ Výzkum rakoviny. 58 (19): 4238–44. PMID 9766644.
Abbondanza C, Medici N, Nigro V, Rossi V, Gallo L, Piluso G, Belsito A, Roscigno A, Bontempo P, Puca AA, Molinari AM, Moncharmont B, Puca GA (březen 2000). „Protein RIZ interagující s retinoblastomem RIZ je následným efektorem působení estrogenu“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 97 (7): 3130–5. doi:10.1073 / pnas.050015697. PMC 16204. PMID 10706618.
Dias Neto E, Correa RG, Verjovski-Almeida S, Briones MR, Nagai MA, da Silva W, Zago MA, Bordin S, Costa FF, Goldman GH, Carvalho AF, Matsukuma A, Baia GS, Simpson DH, Brunstein A, de Oliveira PS, Bucher P, Jongeneel CV, O'Hare MJ, Soares F, Brentani RR, Reis LF, de Souza SJ, Simpson AJ (březen 2000). "Brokovnicové sekvenování lidského transkriptomu se značkami sekvencí exprimovanými ORF". Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 97 (7): 3491–6. doi:10.1073 / pnas.97.7.3491. PMC 16267. PMID 10737800.
Du Y, Carling T, Fang W, Piao Z, Sheu JC, Huang S (listopad 2001). „Hypermethylace u lidských rakovin supresorového genu RIZ1, člena nadrodiny histon / protein methyltransferáza“. Výzkum rakoviny. 61 (22): 8094–9. PMID 11719434.
Sasaki O, Meguro K, Tohmiya Y, Funato T, Shibahara S, Sasaki T (březen 2002). „Nukleotidová alterace genu pro zinkový prst, interagující s proteinem retinoblastomu, RIZ, u lidské leukémie“. Tohoku Journal of Experimental Medicine. 196 (3): 193–201. doi:10.1620 / tjem.196.193. PMID 12002276.
Poetsch M, Dittberner T, Woenckhaus C (květen 2002). „Mutace posunu snímků RIZ, ale žádné bodové mutace v exonech RIZ1 u maligních melanomů s delecemi v 1p36“. Onkogen. 21 (19): 3038–42. doi:10.1038 / sj.onc.1205457. PMID 12082534.
Sasaki O, Meguro K, Tohmiya Y, Funato T, Shibahara S, Sasaki T (prosinec 2002). "Změněná exprese genu pro zinkový prst, interagující s proteinem retinoblastomu, RIZ, v lidské leukémii". British Journal of Hematology. 119 (4): 940–8. doi:10.1046 / j.1365-2141.2002.03972.x. PMID 12472571. S2CID 21560813.
Tokumaru Y, Nomoto S, Jerónimo C, Henrique R, Harden S, Trink B, Sidransky D (říjen 2003). "Bialelická inaktivace genu RIZ1 u lidské rakoviny žaludku". Onkogen. 22 (44): 6954–8. doi:10.1038 / sj.onc.1206403. PMID 14534544.
Kim KC, Geng L, Huang S (listopad 2003). "Inaktivace histonmethyltransferázy mutacemi v lidských rakovinách". Výzkum rakoviny. 63 (22): 7619–23. PMID 14633678.
Beausoleil SA, Jedrychowski M, Schwartz D, Elias JE, Villén J, Li J, Cohn MA, Cantley LC, Gygi SP (srpen 2004). „Rozsáhlá charakterizace jaderných fosfoproteinů z buněk HeLa“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 101 (33): 12130–5. doi:10.1073 / pnas.0404720101. PMC 514446. PMID 15302935.
Pan KF, Lu YY, Liu WG, Zhang L, You WC (září 2004). "Detekce mutací RIZ posunu snímků u rakoviny žaludku s nestabilitou mikrosatelitu". World Journal of Gastroenterology. 10 (18): 2719–22. doi:10,3748 / wjg.v10.i18.2719. PMC 4572200. PMID 15309726.
Rossi M, Abbondanza C, D'Arcangelo A, Gazzerro P, Medici N, Moncharmont B, Puca GA (listopad 2004). „Zn-finger doména proteinu RIZ podporuje proliferaci buněk MCF-7“. Dopisy o rakovině. 215 (2): 229–37. doi:10.1016 / j.canlet.2004.05.014. PMID 15488642.
Grundberg E, Carling T, Brändström H, Huang S, Ribom EL, Ljunggren O, Mallmin H, Kindmark A (prosinec 2004). „Deleční polymorfismus v genu RIZ, koaktivátor receptoru ženského pohlavního steroidního hormonu, vykazuje sníženou odpověď na estrogen in vitro a souvisí s nízkou hustotou minerálů v kostech u mladých švédských žen“. The Journal of Clinical Endocrinology and Metabolism. 89 (12): 6173–8. doi:10.1210 / jc.2004-0403. PMID 15579774.

externí odkazy

PRDM2 + protein, + člověk v americké národní lékařské knihovně Lékařské předměty (Pletivo)

Tento článek včlení text z United States National Library of Medicine, který je v veřejná doména.

Tento článek o gen na lidský chromozom 1 je pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000116731 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000057637 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid7538672-5] A ^b Buyse IM, Shao G, Huang S (květen 1995). „Protein retinoblastomu se váže na RIZ, protein se zinkovým prstem, který sdílí epitop s proteinem adenoviru E1A.“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 92 (10): 4467–71. doi:10.1073 / pnas.92.10.4467. PMC 41965. PMID 7538672.

[entrez-6] A ^b „Entrez Gene: PRDM2 PR doména obsahující 2, s doménou ZNF“.

[pmid10706618-7] Abbondanza C, Medici N, Nigro V, Rossi V, Gallo L, Piluso G, Belsito A, Roscigno A, Bontempo P, Puca AA, Molinari AM, Moncharmont B, Puca GA (březen 2000). „Protein RIZ interagující s retinoblastomem RIZ je následným efektorem působení estrogenu“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 97 (7): 3130–5. doi:10.1073 / pnas.050015697. PMC 16204. PMID 10706618.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]