Protein C7 - C7 protein

Protein C7 je inženýrství protein zinkového prstu na základě myšího ZFP, Zif268 a objevil Wu et al. v roce 1994 (publikováno v roce 1995). Sdílí to stejné zinkový prst 2 a zinkový prst 3 Zif268, ale liší se v sekvenci prstu 1. Sdílí také stejný cíl DNA, 5'-GCGTGGGCG-3 '.

Sdílené sekvence v jednopísmenné kódy aminokyselin prstů 2 a 3 jsou RSD-H-LTT a RAD-E-RKR (pozice -1 až 6 v alfa šroubovici).

Zinkový prst 1 má sekvenci KSA-D-LKR, která poskytuje 13násobné zvýšení afinity k cílové sekvenci celého ZFP oproti Zif268.

Používá se při vyšetřování zinkovým prstem, při kterém se mění aminokyselinová sekvence prstu 2, aby se určila vhodná sekvence pro zacílení na dané cílové místo se třemi nukleotidy. Varianta C7, C7. GAT je preferován, protože mu chybí kyselina asparagová zbytky přítomné v prstu 3 C7 a je známo, že způsobují jev nazývaný „překrytí cílového místa“. V tomto případě je překrytí cílového místa výsledkem zbytku kyseliny asparagové, který vytváří vodíkovou vazbu s N4 cytosinu (v opačném řetězci), spárovaného s guaninem v podřízeném místě prstu 2. Může také tvořit stejnou vodíkovou vazbu s adeninovou bází spárovanou s thyminem. Toto překrytí cílového místa by diktovalo, že buď cytosinový nebo adeninový zbytek bude přítomen jako 3 'nukleotid v podřízené stránce prstu 2, což je nepřijatelné, pokud se podíváme na cílové sekvence obsahující jiný nukleotid v této poloze.

Reference

• Wu H, Yang WP, Barbas CF (leden 1995). „Budování zinkových prstů výběrem: směrem k terapeutické aplikaci“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 92 (2): 344–8. doi:10.1073 / pnas.92.2.344. PMC  42736. PMID  7831288.