Databáze klasifikace transportérů - Transporter Classification Database

The Databáze klasifikace transportérů (nebo TCDB) je Mezinárodní unie pro biochemii a molekulární biologii (IUBMB) - schválený klasifikační systém pro membránové transportní proteiny, počítaje v to iontové kanály.^[1][2][3]

Klasifikace

Horní úroveň klasifikace a několik příkladů proteinů se známou 3D strukturou:

1. Kanály a póry

1. Kanály typu α

• 1.A.1 Napěťově řízená nadrodina iontových kanálů
• 1.A.2 Vnitřní usměrňovač K.⁺ rodina kanálů
• 1.A.3 Ryanodin-inositol-1,4,5-trisfosfátový receptor Ca²⁺ rodina kanálů
• 1.A.4 Přechodný receptorový potenciál Ca²⁺ rodina kanálů
• 1.A.5 Rodina kanálů kationů polycystinů
• 1.A.6 Epiteliální Na⁺ rodina kanálů
• 1.A.7 Rodina kationtových kanálů P2X receptoru s ATP bránou
• 1.A.8 Hlavní vnitřní nadrodina proteinů
• 1.A.9 Receptor neurotransmiteru, smyčka Cys, rodina iontových kanálů řízených ligandem
• 1.A.10 Rodina iontových kanálů s glutamátem z receptory neurotransmiterů
• 1.A.11 Rodina transportérů amonných kanálů
• 1.A.12 Rodina intracelulárních chloridových kanálů
• 1.A.13 Rodina epitelových chloridových kanálů
• 1.A.14 Rodina genu pro přenos genů se zvýšenými varlaty
• 1.A.15 Rodina neselektivního kationu kanálu-2
• 1.A.16 Rodina transportérů mravenčanů
• 1.A.17 Rodina chloridových kanálů závislých na vápníku
• 1.A.18 Rodina Tic110 tvořící aniontový kanál z obálky chloroplastu
• 1.A.19 Rodina kanálů matrice typu 2 chřipkového viru
• 1.A.20 Rodina proteinů 3 interagujících s BCL2 / Adenovirus E1B
• 1.A.21 Rodina Bcl-2
• 1.A.22 Velkokonduktivní mechanosenzitivní iontový kanál
• 1.A.23 Mechanicky citlivý iontový kanál s malou vodivostí
• 1.A.24 Rodina konexinů tvořících mezeru
• 1.A.25 Rodina innexinů vytvářejících mezery
• 1.A.26 Mg²⁺ rodina transportérů E.
• 1.A.27 Phospholemman rodina
• 1.A.28 Rodina transportérů močoviny
• 1.A.29 Rodina kanálů močovina / amid
• 1.A.30 H⁺- nebo Na⁺-translokační bakteriální MotAB bičíkový motor / nadrodina transportního energizéru vnější membrány ExbBD
• 1.A.31 Annexin rodina
• 1.A.32 Skupina kanálů NB viru chřipky typu B
• 1.A.33 Rodina 70 proteinů tvořících kationtový tepelný šok
• 1.A.34 Bacil složitá rodina vytvářející kanály jako mezera
• 1.A.35 Rodina transportérů kovových iontů CorA
• 1.A.36 Rodina intracelulárních chloridových kanálů
• 1.A.37 CD20 Ca.²⁺ rodina kanálů
• 1.A.38 Rodina regulátorů pH Golgi
• 1.A.39 Skupina kanálů chřipkového viru typu C CM2
• 1.A.40 Rodina kanálů Vpu viru lidské imunodeficience typu I
• 1.A.41 Rodina ptačích reovirů p10 Vvroporin
• 1.A.42 Rodina virového proteinu HIV HIV
• 1.A.43 Kafrová rezistence nebo rodina vývozců fluoridů
• 1.A.44 Pór tvořící ocas Tip pb2 protein rodiny fágů T5
• 1.A.45 Rodina injekčně aplikovaných fágů P22
• 1.A.46 Rodina bestrofinů tvořících anionový kanál
• 1.A.47 Kanál selektivní na anionty citlivý na anionty, rodina ICln
• 1.A.48 Anionový kanál Tweety family
• 1.A.49 Rodina viroporinů lidského koronaviru ns12,9
• 1.A.50 Fosfolamban (Ca²⁺-kanál a Ca²⁺-ATPase regulator) rodina
• 1.A.51 Rodina protonových kanálů (VPC) s napětím
• 1.A.52 Ca²⁺ Uvolnění aktivováno Ca²⁺ Rodina (CRAC) kanálů (CRAC-C)
• 1.A.53 Rodina viru hepatitidy C P7 Viroporin kationově selektivní kanál (HCV-P7)
• 1.A.54 Presenilin ER Ca²⁺ Rodina únikového kanálu (presenilin)
• 1.A.55 Synaptický váček spojený s Ca²⁺ Kanál, květina (květina) Rodina
• 1.A.56 Rodina měděných transportérů (Ctr)
• 1.A.57 Lidský SARS koronavirus Viroporin (SARS-VP)
• 1.A.58 Rodina proteinů chřipkového viru chřipky typu B (BM2-C)
• 1.A.59 Peptid tvořící póry viru bursální choroby, rodina Pep46 (Pep46)
• 1.A.60 Savčí reovirový preformující se peptid, rodina Mu-1 (Mu-1)
• 1.A.61 Rodina hmyzích nodavirových řetězců tvořících řetězec F (gama-peptid)
• 1.A.62 Rodina Homotrimeric Cation Channel (TRIC)
• 1.A.63 Ignicoccus Outer Membrane α-helical Porin (I-OMP Family
• 1.A.64 Rodina Plasmolipin (Plasmolipin)
• 1.A.65 Rodina proteinů koronaviru Viroporin E (Viroporin E)
• 1.A.66 Rodina Pardaxin (Pardaxin)
• 1.A.67 Membrána Mg²⁺ Rodina transportérů (MMgT)
• 1.A.68 Virová malá hydrofobní viroporinová (V-SH) rodina
• 1.A.69 Rodina kanálů heteromerních odorantových receptorů (HORC)
• 1.A.70 Molekula proti rodině mikrobů A (MamA)
• 1.A.71 Rodina proteinových kanálů rozpustných v kyselinách mozku (kanál BASP1)
• 1.A.72 Nadrodina Mer
• 1.A.73 Rodina proteinu lysinové bílkoviny (CLP)
• 1.A.74 Rodina Mitsugumin 23 (MG23)
• 1.A.75 Rodina mechanických nociceptorů, piezo (piezo)
• 1.A.76 Rodina hořčíku Transporter1 (MagT1)
• 1.A.77 The Mg²⁺/ Ca²⁺ Rodina Uniporter (MCU)
• 1.A.78 The K.⁺-selektivní kanál v rodině endosomů a lyzozomů (KEL)
• 1.A.79 Rodina vychytávání cholesterolu (ChUP) nebo rodina dvojitých řetězců vychytávání RNA
• 1.A.80 Rodina NS4a Viroporin (NS4a)
• 1.A.81 Nízká afinita Ca²⁺ Rodina kanálů (LACC)
• 1.A.82 Rodina vlasových buněk mechanotransdukčního kanálu (HCMC)
• 1.A.83 Rodina virů SV40 Viroporin VP2 (SV40 VP2)
• 1.A.84 Modulátor modifikace homeostázy vápníku Ca²⁺ Rodina kanálů (CALHM-C)
• 1.A.85 Rodina polioviru 2B Viroporin (2B Viroporin)
• 1.A.86 Rodina lidského papilomaviru typu 16 (HPV16) L2 Viroporin (L2 Viroporin)
• 1.A.87 Rodina mechanosenzitivních kalciových kanálů (MCA)
• 1.A.88 Rodina fungálních draslíkových kanálů (F-Kch)
• 1.A.89 Rodina lidského koronaviru 229E Viroporin (229E Viroporin)
• 1.A.90 Rodina lidského metapneumoviru (HMPV) Viroporin (HMPV-Viroporin)
• 1.A.91 Asexuální protein vázaný na cytoadherenci 3,2 rodiny Plasmodium falciparum (Clag3)
• 1.A.92 Rodina Reovirus Viroporin VP10 (RVP10)
• 1.A.93 Rodina katarální horečky ovcí, nestrukturální protein 3, viroporin (NS3)
• 1.A.94 Rodina rotavirových nestrukturálních glykoproteinů 4 viroporinů (NSP4)
• 1.A.95 Rodina Ephemerovirus Viroporin (EVVP)
• 1.A.96 Rodina viru lidského polyoma viru Viroporin (PVVP)
• 1.A.97 Rodina lidského papilomaviru typu 16 E5 Viroporin (HPV-E5)
• 1.A.98 Rodina humánního T-lymfotropního viru 1 protein P13 (HTLV1-P13)
• 1.A.99 Rodina obálky viru infekční bronchitidy Malý membránový protein E (IBV-E)
• 1.A.100 Rhabdoviridae Putative Viroporin, U5 (RV-U5) Family
• 1.A.101 Peroxizomální rodina Pex11 (Pex11) tvořící póry
• 1.A.102 Rodina viroporinů chřipky A PB1-F2 (PB1-F2)
• 1.A.103 Rodina Simian Virus 5 (Parainfluenza Virus 5) SH (SV5-SH)
• 1.A.104 Navrhovaná bičíková biosyntéza Na⁺ Kanál, rodina FlaH (FlaH)
• 1.A.105 Rodina smíšených liniových kinázových domén (MLKL)
• 1.A.106 Rodina vápníkových kanálů (CLAC) aktivovaných zátěží vápníkem
• 1.A.107 Rodina globinů (globinů) tvořících póry

1.B. β-barel poriny a další proteiny vnější membrány

• 1.B.1 Obecná rodina bakteriálních porinů
• 1.B.2 Chlamydial rodina porinů (CP)
• 1.B.3 Cukr porin (SP) rodina
• 1.B.4 Brucella-Rhizobium porin (BRP) rodina
• 1.B.5 Pseudomonas Rodina OprP porinů (POP)
• 1.B.6 Rodina OmpA-OmpF porinů (OOP)
• 1.B.7 rodina Rhodobacter PorCa porin (RPP)
• 1.B.8 Rodina mitochondriálních a plastidových porinů (MPP)
• 1.B.9 Rodina proteinů FadL vnější membrány (FadL)
• 1.B.10 Rodina porinů (Tsx) vnější membrány tvořících specifické pro nukleosidy
• 1.B.11 Rodina fimbrických usher porinů (FUP) s vnější membránou
• 1.B.12 Autotransporter-1 (AT-1) rodina
• 1.B.13 Alginátový exportní porin (AEP) rodina
• 1.B.14 Rodina receptorů vnější membrány (OMR)
• 1.B.15 Rodina rafinózových porinů (RafY)
• 1.B.16 Rodina amidů s krátkým řetězcem a močovinového porinu (SAP)
• 1.B.17 Rodina faktorů vnější membrány (OMF)
• 1.B.18 Rodina proteinových pomocných (OMA) membrán
• 1.B.19 Skupina OprB porinů (OprB) selektivních na glukózu
• 1.B.20 Rodina sekrece dvou partnerů (TPS)
• 1.B.21 Rodina OmpG porin (OmpG)
• 1.B.22 Rodina sekretinů (sekretinů) vnější bakteriální membrány
• 1.B.23 Rodina cyanobakteriálních porinů (CBP)
• 1.B.24 Mykobakteriální porin
• 1.B.25 Rodina porinů vnější membrány (Opr)
• 1.B.26 Rodina cyklodextrinového porinu (CDP)
• 1.B.31 Campylobacter jejuni hlavní rodina oorinů vnější membrány (MomP)
• 1.B.32 Fusobakteriální rodina porinů vnější membrány (FomP)
• 1.B.33 Rodina porinu s vložením proteinu na vnější membránu (komplex Bam) (OmpIP)
• 1.B.34 Corynebakteriální poriny
• 1.B.35 Rodina porinů specifických pro oligogalakturonát (KdgM)
• 1.B.39 Bakteriální porin, rodina OmpW (OmpW)
• 1.B.42 Rodina lipopolysacharidů s exportem na vnější membránu (LPS-EP)
• 1.B.43 Rodina Coxiella porin P1 (CPP1)
• 1.B.44 Pravděpodobná rodina translokující rodinu porphyromonas gingivalis porin (PorT)
• 1.B.49 Rodina porinů Anaplasma P44 (A-P44)
• 1.B.48 Curli-like transportéry
• 1.B.54 Intimin / Invasin (Int / Inv) nebo Autotransporter-3 rodina
• 1.B.55 Rodina polyacetyl-D-glukosamin porinů (PgaA)
• 1.B.57 Rodina Legionella major-vnější membránový protein (LM-OMP)
• Rodina 1.B.60 Omp50 porin (Omp50 Porin)
• 1.B.61 Rodina delta-proteobakteriálních porinů (Delta-porin)
• 1.B.62 Rodina domnělého bakteriálního porinu (PBP)
• 1.B.66 Předpokládaná rodina beta-barelů porin-2 (BBP2)
• 1.B.67 Předpokládaná rodina beta barelů porin-4 (BBP4)
• 1.B.68 Předpokládaná nadrodina beta barelu porin-5 (BBP5)
• 1.B.70 Rodina vnějších membránových kanálů (OMC)
• 1.B.71 Rodina proteobakteriálních / verukomikrobiálních porinů (PVP)
• 1.B.72 Rodina protochlamydiových vnějších membránových porinů (PomS / T)
• 1.B.73 Rodina biogeneze / montáže kapslí (CBA)
• 1.B.78 rodina porinů (ETPorin) souvisejících s transportem elektronů DUF3374

1.C Toxiny vytvářející póry (proteiny a peptidy)

• 1.C.3 α-Hemolysin (αHL) rodina
• 1.C.4 Aerolysin rodina
• 1.C.5 ε-toxin rodina
• 1.C.11 RTX-toxinová nadrodina
• 1.C.12 Komplex membránových útoků / nadrodina perforinů
• 1.C.13 Leukocidin rodina
• 1.C.14 Cytohemolysin (CHL) rodina
• 1.C.39 Thiolem aktivovaná rodina cytolysinu závislá na cholesterolu
• 1.C.43 Lysenin rodina
• 1.C.56 Pseudomonas syringae Rodina kationtových kanálů HrpZ
• 1.C.57 Rodina klostridiálních cytotoxinů
• 1.C.74 Hadový cytotoxin (SCT) rodina
• 1.C.97 Rodina tvořící póry pleurotolysinu

1. D Non-ribosomálně syntetizované kanály

• 1.D.1 Gramicidin A Rodina kanálů
• 1.D.2 Tvorba kanálu Syringomycin Rodina
• 1.D.3 Rodina syringopeptinů tvořících kanál
• 1.D.4 Rodina tvořící kanál Tolaasin
• 1.D.5 Alamethicin nebo Peptaibol Antibiotická rodina tvořící kanál
• 1.D.6 Složitý poly 3-hydroxybutyrát Ca²⁺ Rodina kanálů (cPHB-CC)
• 1.D.7 Rodina beticolinů
• 1.D.8 Saponin Rodina
• 1.D.9 Polyglutamin Rodina iontových kanálů (PG-IC)
• 1.D.10 Ceramid -formující se rodina kanálů
• 1.D.11 Surfaktin Rodina
• 1.D.12 Rodina Beauvericinů (Beauvericinů)
• 1.D.13 Dodávání DNA amfipatických peptidových antibiotik (DAPA)
• 1.D.14 Rodina peptidů tvořících syntetický leu / ser amfipatický kanál (l / S-SCP)
• 1.D.15 Rodina daptomycinu (daptomycinu)
• 1.D.16 Rodina syntetických amfipatických heptapeptidů tvořících póry (SAPH)
• 1.D.17 Kombinačně navržená peptidová rodina β-listů vytvářející póry
• 1.D.18 Rodina konjugátu guanosin-žlučová kyselina tvořící póry
• 1.D.19 Ca.²⁺ Droga vytvářející kanál, Digitoxin Rodina
• 1.D.20 Rodina antibiotik / plísňových činidel (PMAA) polyenového makrolidu, které tvoří póry
• 1.D.21 Rodina lipidových nanoporů (LipNP)
• 1.D.22 Proton-translokační karotenoidový pigment, Zeaxanthin Rodina
• 1.D.23 Fenylen Ethynylen Antimikrobiální skupina (PEPA) tvořící póry
• 1.D.24 Rodina mořských hub Polytheonamid B (pTB)
• 1.D.25 Rodina arylaminových skládaček (AAF)
• 1.D.26 Rodina dihydrodehydrodiconiferylalkoholu 9'-O-β-D-glukosidu (DDDC9G)
• 1.D.27 Thiomočovina podporuje rodinu
• 1.D.28 Rodina lipopeptaibolů
• 1.D.29 Makrocyklická rodina oligocholátů
• 1.D.30 Rodina umělých hydrazidových sloupků [5] arene Channels (HAPA-C)
• 1.D.31 Amfotericin B Rodina
• 1.D.32 Tvorba pórů Novicidin Rodina
• 1.D.33 Tvorba kanálu Polytheonamid B Rodina
• 1.D.34 Oligoester Bolaamphiphiles tvořící kanál
• 1.D.35 Cyklická tvorba pórů Lipodepsipeptid Rodina
• 1.D.36 Oligobornen Rodina iontových kanálů
• 1.D.37 Hibicuslide C. Rodina
• 1.D.38 Rodina cyklických peptidových nanotrubic (cPepNT)
• 1.D.39 Světlo řízená rodina amfifilních molekulárních iontových kanálů na bázi azobenzenu (AAM-IC)
• 1.D.40 Rodina lipidových toroidních pórů indukovaná proteiny
• 1.D.41 Rodina ionoforů (spirohexanolid) typu Sprotetonate
• 1.D.42 Rodina Phe-Arg Tripeptid-Pillar [5] Arene Channel (TPPA-C)
• 1.D.43 Rodina guanosinového dinukleosidového kanálu přizpůsobeného triazolu (TT-GDN-C)
• 1.D.44 Syntetický iontový kanál s rodinou redox-aktivního ferocenu (ICRF)
• 1.D.45 Rodina sonoporace a elektroporační membránové póry (SEMP)
• 1.D.46 Rodina DNA Nanopore (DnaNP)
• 1.D.47 Rodina pórů tvořících syntetických cyklických peptidů (PSCP)
• 1.D.48 Tvorba pórů Syringomycin E. Rodina
• 1.D.49 Rodina transmembránových karotenoidových radikálních kanálů (CRC)
• 1.D.50 Rodina amfifilních bis-katechol aniontových transportérů (AC-AT)
• 1.D.51 Rodina proteinových nanoporů (ProNP)
• 1.D.52 Aromatická oligoamidová makrocyklická nanopore (OmnNP)
• 1.D.53 Alfa, gama-peptidová nanotrubice (a, gPepNT)
• 1.D.54 Skupina draselně selektivních hexylbenzoureido-15-korunových-5-etherových kanálů (HBEC)
• 1.D.55 Rodina nanoporů na bázi porfyrinu (PorNP)
• 1.D.56 Alfa-aminoizobutyrát (Aib) rodina oligomerních nanoporů (AibNP)
• 1.D.57 Rodina lipidových elektroporů (LEP)
• 1.D.58 Anion transportující prodigiosen (prodigiosen)
• 1.D.59 Anion transportující rodinu perenosinu (perenosinu)
• 1.D.60 Rodina alfa, gama-cyklických peptidů (AGCP)
• 1.D.61 Rodina anionoforických 2,6-bis (benzimidazol-2-yl) pyridinu (ABBP)
• 1.D.62 Rodina Bis-Triazolyl DiGuanosine Derivative Channel-creating (TDG)
• 1.D.63 Rodina nanoporů na bázi peptidů (PepNP)
• 1.D.64 Rodina uhlíkových nanotrubic (CarNT)
• 1.D.65 Rodina amfidinolu (amfidinolu) tvořícího póry
• 1.D.66 Rodina šroubovicových makromolekulárních nanoporů (HmmNP)
• 1.D.67 Rodina korunového etheru modifikovaného helikálního peptidového iontového kanálu (CEHP)
• 1.D.68 Rodina pórů tvořících pleuronových blokových polymerů (PPBP)
• 1.D.69 Rodina kónických nanoporů (ConNP)
• 1.D.70 Rodina kovových nanoporů (Au / Ag / Pt / grafen) Nanopore (MetNP)
• 1.D.71 Rodina syntetických peptidů TP359 (TP359)
• 1.D.72 Rodina chloridových nosičů na bázi triazinu s trojnožkami (CCTTR)
• 1.D.73 Rodina Mesoporous Silica Nanopore (SilNP)
• 1.D.74 Rodina syntetických tuhých p-oktifenylových stave pórů (SSROP) reagujících na stimul

1.E Holins

1.F Fúze vezikul póry

• 1.F.1 Rodina fúzních pórů synaptosomálních vezikul (SVF-Pore)
• 1.F.2 Rodina Octameric Exocyst (Exocyst)

1.G Virová fúze póry

• 1.G.1 Rodina virových pórů tvořících membránových fúzních proteinů-1 (VMFP1)
• 1.G.2 Rodina virových pórů tvořících membránových fúzních proteinů-2 (VMFP2)
• 1.G.3 Rodina virových pórů vytvářejících membránové fúzní proteiny-3 (VMFP3)
• 1.G.4 Rodina virových pórů vytvářejících membránové fúzní proteiny-4 (VMFP4)
• 1.G.5 Rodina virových pórů vytvářejících membránové fúzní proteiny-5 (VMFP5)
• 1.G.6 Rodina proteinů Hepadnaviral S Fusion Protein (HBV-S Protein)
• 1.G.7 Rodina reovirových FAST fúzních proteinů (R-FAST)
• 1.G.8 Rodina fúzních proteinů arenaviru (AV-FP)
• 1.G.9 Rodina Syncytin (Syncytin)
• 1.G.10 Rodina komplexu virů herpes simplex s membránovou fúzí (HSV-MFC)
• 1.G.11 Rodina proteinových komplexů viru neštovic poxvirů (PEP-C)
• 1.G.12 Rodina fúzních bílkovin viru ptačí leukózy gp95 (ALV-gp95)
• 1.G.13 Rodina malých transmembrán (FAST) spojená s fúzí orthoreoviru
• 1.G.14 Rodina chřipkového viru hemaglutinin / fúzní protein vytvářející póry (chřipka-H / FPP)
• 1.G.15 Rodina Autographa californica Nuclear Polyhedrosis Virus Major Envelope Glykoprotein GP64 (GP64)
• 1.G.16 Rodina viru lidské imunodeficience typu 1 (HIV-1) fúzní peptid (HIV-FP)
• 1.G.17 Rodina bovinní leukemie s obálkami glykoproteinů (BLV-Env)
• 1.G.18 Fúzní peptid SARS-CoV v rodině prekurzorů glykoproteinů Spike (SARS-FP)
• 1.G.19 Rodina rotavirových pórů tvořících membránových fúzních komplexů (Rotavirus MFC)
• 1.G.20 Rodina glykoproteinů s fúzí hantavirových Gc obálek (Gc-EFG)
• 1.G.21 Rodina Epstein Barr Virus (Human Herpes Virus 4) Gp42 (Gp42)
• 1.G.22 Rodina Cytomegalovirus (lidský herpesvirus 5) glykoprotein gO (gO)

1.H Paracelulární kanály

• 1.H.1 Claudine Rodina Tight Junction (Claudin1)
• 1.H.2 Rodina bezobratlých PMP22-Claudin (Claudin2)

1. I. Membránově vázané kanály

• 1.I.1 Komplex jaderných pórů rodina, včetně karyofheriny
• 1.I.2 Rostlina plasmodesmata rodina

2. Transportéry poháněné elektrochemickým potenciálem

2. Nosiči A (uniporters, sympatizanti, antiportery )

• 2.A.1 Nadčeleď hlavních facilitátorů (MFS), viz také Laktózová permeáza, Fosfátová permeáza a Transportér glukózy
• 2.A.2 Glykosid-pentosid-hexuronid (GPH): Rodina kationových symptomů
• 2.A.3 Rodina aminokyselin-polyamin-organokationů (APC)
• 2.A.4 Kationový difuzor (CDF) Rodina
• 2.A.5 Zinek (Zn²⁺) - Železo (Fe²⁺) Propustit Rodina
• 2.A.6 Superrodina dělení odpor-nodulace-buněčné dělení, viz také Membránový protein pro export proteinu SecDF
• 2.A.7 Transportér drog / metabolitů (DMT) Nadčeleď
• 2.A.8 Glukonát: H⁺ Rodina Symporter (GntP)
• 2.A.9 Rodina membránové proteinové inzertázy (YidC / Alb3 / Oxa1)
• 2.A.10 Rodina transportérů 2-keto-3-deoxyglukonátu (KdgT)
• 2.A.11 Citrát-Mg²⁺: H⁺ (CitM) Citrát-Ca²⁺: H⁺ (CitH) Symporter (CitMHS) Family
• 2.A.12 ATP: Rodina antiporterů ADP
• 2.A.13 Rodina absorpce (Dcu) C4-dikarboxylátu
• 2.A.14 Lactate Permease Family
• 2.A.15 Rodina betainu / karnitinu / cholinového transportéru (BCCT)
• 2.A.16 Transportér rezistence vůči teluritu / dikarboxylátový transportér Rodina
• 2.A.17 Rodina transportérů oligopeptidů závislých na protonech
• 2.A.18 Rodina aminokyselin / Auxin permeas (AAAP)
• 2.A.19 Ca.²⁺: Rodina kationových antiporterů (CaCA)
• 2.A.20 Rodina anorganických fosfátových transportérů (PiT)
• 2.A.21 Solute: Sodium Symporter Family
• 2.A.22 Neurotransmiter: Sodium Symporter Rodina
• 2.A.23 Dikarboxylát / aminokyselina: kation (Na⁺ nebo H⁺) Rodina Symporter (DAACS)
• 2.A.24 Rodina transportéru 2-hydroxykarboxylátu (2-HCT)
• 2.A.25 Alanine nebo Glycine: Cation Symporter (AGCS) Rodina
• 2.A.26 Rodina aminokyselin s rozvětveným řetězcem: Cation Symporter (LIVCS)
• 2.A.27 Glutamát: Na⁺ Rodina Symporter (ESS)
• 2.A.28 Kyselina žlučová: Na⁺ Symporter Rodina
• 2.A.29 Mitochondriální nosič Rodina
• 2.A.30 Cation-Chloride Cotransporter (CCC) Rodina
• 2.A.31 Rodina měničů aniontů
• 2.A.32 Rodina křemíkových transportérů (Sit)
• 2.A.33 NhaA Na⁺: H⁺ Antiporter (NhaA) Rodina
• 2.A.34 NhaB Na⁺: H⁺ Rodina Antiporter (NhaB)
• 2.A.35 NhaC Na⁺: H⁺ Rodina antiporterů (NhaC)
• 2.A.36 Monovalentní kation: Proton Antiporter-1 (CPA1) Rodina
• 2.A.37 Monovalentní kation: Proton Antiporter-2 (CPA2) Rodina
• 2.A.38 K.⁺ Transportér (Trk) Rodina
• 2.A.39 Nucleobase: Cation Symporter-1 (NCS1) Rodina
• 2.A.40 Nucleobase: Cation Symporter-2 (NCS2) Rodina
• 2.A.41 Rodina koncentračních transportérů nukleosidů (CNT)
• 2.A.42 Rodina hydroxy / aromatických aminokyselin (HAAAP)
• 2.A.43 Rodina lyzozomálních cystinových transportérů (LCT)
• 2.A.45 Arluxit-antimonitová efluxní rodina
• 2.A.46 Benzoát: H⁺ Rodina Symporter (BenE)
• 2.A.47 Divalentní anion: Na⁺ Symporter (DASS) Rodina
• 2.A.48 Rodina redukovaných folátových nosičů (RFC)
• 2.A.49 Chloridový nosič / kanál (ClC) Rodina
• 2.A.50 Rodina Glycerol Uptake (GUP)
• 2.A.51 Rodina chromátových iontových transportérů (CHR)
• 2.A.52 Ni²⁺-Co²⁺ Rodina transportérů (NiCoT)
• 2.A.53 Síranová permeáza (SulP) Rodina
• 2.A.54 Rodina mitochondriálních nosičů trikarboxylátu (MTC)
• 2.A.55 The Metal Ion (Mn²⁺- železo) Transportér (Nramp) Rodina
• 2.A.56 Rodina tripartitních periplazmatických transportérů (TRAP-T) nezávislých na ATP
• 2.A.57 Rodina ekvilibrativních transportérů nukleosidů (ENT)
• 2.A.58 Fosfát: Na⁺ Rodina Symporter (PNaS)
• 2.A.59 Rodina Arsenical Resistance-3 (ACR3)
• 2.A.60 Organo Anion Transporter (OAT) Rodina
• 2.A.61 Rodina C4-dikarboxylátového absorpčního C (DcuC)
• 2.A.62 NhaD Na⁺: H⁺ Rodina Antiporter (NhaD)
• 2.A.63 Monovalentní kation (K.⁺ nebo Na⁺): Rodina Proton Antiporter-3 (CPA3)
• 2.A.64 Rodina zaměřená na dvojí arginin (Tat)
• 2.A.65 Rodina transportérů bilirubinu (BRT)
• 2.A.66 Superrodina multidrogových / oligosacharidyl-lipidových / polysacharidových (MOP) flippázových
• 2.A.67 Rodina transportérů oligopeptidů (OPT)
• 2.A.68 Rodina transportéru p-aminobenzoyl-glutamátu (AbgT)
• 2.A.69 Rodina nosičů Auxin Efflux Carrier (AEC)
• 2.A.70 Malonát: Na⁺ Rodina Symporter (MSS)
• 2.A.71 Rodina transportérů folátu a biopterinů (FBT)
• 2.A.72 The K.⁺ Rodina absorpce permeací (KUP)
• 2.A.73 Rodina absorpce mastných kyselin s krátkým řetězcem (AtoE)
• 2.A.74 Rodina TMS Multidrug Endosomal Transporter (MET)
• 2.A.75 Rodina vývozců L-lysinu (LysE)
• 2.A.76 Rodina rezistence na homoserin / threonin (RhtB)
• 2.A.77 Rodina odolnosti proti kadmiu (CadD)
• 2.A.78 Rodina vývozců aminokyselin s rozvětveným řetězcem (LIV-E)
• 2.A.79 Rodina vývozců threoninů / serinů (ThrE)
• 2.A.80 Rodina trikarboxylátového transportéru (TTT)
• 2.A.81 Rodina Aspartate: Alanine Exchanger (AAEx)
• 2.A.82 Rodina transportérů organických látek (OST)
• 2.A.83 Na⁺-dependent Bicarbonate Transporter (SBT) Family
• 2.A.84 Rodina vývozců chloroplastových maltóz (MEX)
• 2.A.85 Rodina vývozců aromatických kyselin (ArAE)
• 2.A.86 Rodina Autoinducer-2 Exportér (AI-2E) (dříve PerM Family, TC # 9.B.22)
• 2.A.87 Rodina prokaryotického transportéru riboflavinu (P-RFT)
• 2.A.88 Rodina transportéru absorpce vitamínů (VUT nebo ECF)
• 2.A.89 Rodina vakuového transportéru železa (VIT)
• 2.A.90 Receptor / transportér vitaminu A. (STRA6) Rodina
• 2.A.91 Mitochondriální importní komplex tRNA (M-RIC) (dříve 9.C.8)
• 2.A.92 Rodina podobná cholinovému transportéru (CTL)
• 2.A.94 Rodina fosforečnanové permeázy (Pho1)
• 2.A.95 Rodina 6TMS neutrálních transportérů aminokyselin (NAAT)
• 2.A.96 Rodina transportéru absorpce acetátu (AceTr)
• 2.A.97 Mitochondriální vnitřní membrána K.⁺/ H⁺ a Ca²⁺/ H⁺ Rodina výměníků (LetM1)
• 2.A.98 Rodina domnělého vývozce síranu (PSE)
• 2.A.99 6TMS Ni²⁺ rodina absorpčního transportéru (HupE-UreJ)
• 2.A.100 Rodina ferroportinů (FPN)
• 2.A.101 Rodina Malonate Uptake (MatC) (dříve UIT1)
• 2.A.102 Rodina 4-toluensulfonátové absorpce permeázy (TSUP)
• 2.A.103 Rodina vývozců prekurzorů bakteriálních mureinů (MPE)
• 2.A.104 Rodina vývozců L-alaninů (AlaE)
• 2.A.105 Rodina mitochondriálních nosičů pyruvátů (MPC)
• 2.A.106 The Ca²⁺: H⁺ Rodina Antiporter-2 (CaCA2)
• 2.A.107 MntP Mn²⁺ Rodina vývozců (MntP)
• 2.A.108 Rodina železných / olovnatých transportérů (ILT)
• 2.A.109 Rodina Tellurium Ion Resistance (TerC)
• 2.A.110 Heme Transporter, rodina hemových responzivních genových proteinů (HRG)
• 2.A.111 Na⁺/ H⁺ Rodina Antiporter-E (NhaE)
• 2.A.112 Rodina antigenu krevní skupiny KX (KXA)
• 2.A.113 Rodina nikl / kobaltových transportérů (NicO)
• 2.A.114 Rodina putativního peptidového transportéru uhlíkového hladovění CstA (CstA)
• 2.A.115 Rodina vývozců novobiocinu (NbcE)
• 2.A.116 Rodina proteinů adresujících peptidoglykolipidy (GAP)
• 2.A.117 Rodina vývozců chlorhexadinu (CHX)
• 2.A.118 Rodina základních aminokyselinových antiporterů (ArcD)
• 2.A.119 Rodina organo-arsenických vývozců (ArsP)
• 2.A.120 Rodina domnělé domnělé aminokyseliny (PAAP)
• 2.A.121 Rodina transportérů síranů (CysZ)
• 2.A.122 Rodina pomocných proteinů podobných holinům LrgB / CidB (LrgB / CidB)
• 2.A.123 Sladký; PQ smyčka; Sliny; Rodina MtN3 (sladká)
• 2.A.124 Rodina vývozců lysinu (LysO)
• 2.A.125 Rodina eukaryotických transportérů riboflavinu (E-RFT)
• 2.A.126 Rodina vývozců mastných kyselin (FAX)
• 2.A.127 Rodina enterobakteriálních kardiolipinových transportérů (CLT)

2.B Nonribosomálně syntetizovaní nosiči

• 2.B.1 Valinomycin Rodina přepravce
• 2.B.2 Monensin Rodina
• 2.B.3 Nigericin Rodina
• 2.B.4 Makrotetrolid Antibiotická (MA) rodina
• 2.B.5 Rodina makrocyklických polyetherů (MP)
• 2.B.6 Ionomycin Rodina
• 2.B.7 Rodina transmembránové translokace α-helikálního peptidu fosfolipidu (TMP-PLT)
• 2.B.8 Bafilomycin Rodina A1 (bafilomycin)
• 2.B.9 Peptid prostupující buňky (CPP) Funkční rodina
• 2.B.10 Syntetický CPP, Transportan Rodina
• 2.B.11 Kalcimycin nebo A23187 Ionophore Family nosného typu
• 2.B.12 Salinomycin Rodina
• 2.B.13 Rodina tetrapyrrolických makrocyklických aniontových antiporterů (TPMC-AA)
• 2.B.14 Rodina Lasalocid A nebo X-537A Ionophore (Lasalocid)
• 2.B.15 Rodina chloridových nosičů na bázi tris-thiomočoviny (TTT-CC)
• 2.B.16 Rodina sloučenin obsahující aniontové nosiče (HCAC) obsahující halogenové vazby
• 2.B.17 Derivát Isophthalaminde H⁺: Cl⁻ Rodina spolutransportérů (IDC)
• 2.B.18 Pyridin-2,6-dikarboxaminový derivát (PDCA) H +: Cl⁻ Rodina spolutransportérů
• 2.B.19 Rodina derivátů pyrrolů Calix (4) (C4P)
• 2.B.20 Rodina chloridů / bikarbonátů Prodigiosin (Prodigiosin)
• 2.B.21 Rodina ortho-fenylendiamin-bis-močoviny odvozeného aniontového transportéru (oPDA-U)
• 2.B.22 Rodina aniontových transportérů (IAT) s funkčním imidazoliem
• 2.B.23 Homotetramerická transmembrána Zn²⁺/ Co²⁺: Proton Synthetic Antiporter, Rocker (Rocker) Family
• 2.B.24 Rodina 2,6-bis (benzimidazol-2-yl) pyridinových aniontových nosičů (BBP-AC)
• 2.B.25 Peptidem zprostředkovaná rodina lipidů Flip-Flop (PLFF)
• 2.B.26 Rodina bis (imidazolyl) -funkcionalizovaného bis (choloyl) konjugátu (BIBCC)
• 2.B.27 Rodina transportérů aniontů tris-močoviny
• 2.B.29 Anionoforický mořský alkaloid Tambjamin Rodina

2. C Energetizéry poháněné iontovým gradientem

• 2.C.1 Rodina pomocných proteinů TonB-ExbB-ExbD / TolA-TolQ-TolR (TonB) pro aktivaci aktivního transportu zprostředkovaného vnějším membránovým receptorem (OMR)

3. Primární aktivní transportéry

3.A. Transportéry poháněné hydrolýzou vazby PP

• 3.A.1 Přepravníky ABC včetně BtuCD, transportéru absorpce molybdenanu, Regulátor transmembránové vodivosti cystické fibrózy a další
• 3.A.2 H⁺- nebo Na⁺- přemístění ATPáza typu F., ATPáza typu V. a nadrodina ATPázy typu A
• 3.A.3 ATPáza typu P. Nadčeleď
• 3.A.4 Výtok Arsenit-Antimonit rodina
• 3.A.5 Obecná sekreční cesta (Sec) translocon (preproteinová translokáza SecY)
• 3.A.6 Rodina sekrečních cest typu III (související s virulencí) (IIISP)
• 3.A.7 Rodina sekreční cesty typu IV (Conjugal DNA-Protein Transfer nebo VirB)
• 3.A.8 Rodina mitochondriálních proteinových translokáz (MPT)
• 3.A.9 Rodina translokáz s proteiny obálky chloroplastů (CEPT nebo Tic-Toc)
• 3.A.10 H⁺, Na⁺- translokační pyrofosfatáza rodina
• 3.A.11 Rodina bakteriálních kompetencí souvisejících s transformací DNA (DNA-T)
• 3.A.12 Rodina Septal DNA Translocator (S-DNA-T)
• 3.A.13 Rodina vývozců filamentózních fágů (FPhE)
• 3.A.14 Rodina vývozců fimbrilinů / proteinů (FPE)
• 3.A.15 Rodina vnějších membránových proteinů sekretujících hlavní terminální větev (MTB)
• 3.A.16 Rodina endoplazmatického retikulárního retrotranslokonu (ER-RT)
• 3.A.17 Rodina Phage T7 Injectisome (T7 Injectisome)
• 3.A.18 Rodina jaderných vývozců mRNA (mRNA-E)
• 3.A.19 Rodina komplexu rozpoznávání / vkládání TMS (TRC)
• 3.A.20 Rodina dovozců peroxizomálních proteinů (PPI)
• 3.A.21 Rodina komplexu biogeneze / inzerce na bázi C-terminálního membránového proteinu s biochemickým rozborem (TAMP-B)
• 3.A.22 Rodina transkripčně vázaných exportních komplexů nukleární mRNA (TREX)
• 3.A.23 Rodina VIIS Symbiosis / Virulence Secretory Pathway (VISP)
• 3.A.24 Rodina systémů sekrece proteinů (T7SS) typu VII nebo ESX
• 3.A.25 Skupina Symbiont specifická pro stroje typu ERAD (SELMA)
• 3.A.26 Rodina Plasmodium Translocon exportovaných proteinů (PTEX)

3.B Transportéry poháněné dekarboxylací

• 3.B.1 Na⁺- rodina transportující dekarboxylázu karboxylových kyselin (NaT-DC)

3.C Transportéry poháněné methyltransferem

• 3.C.1 Na⁺ Přeprava methyltetrahydromethanopterinu: rodina koenzymu M methyltransferázy (NaT-MMM)

3.D. Transportéry poháněné oxidoredukcí

Zahrnují řadu transmembrán cytochrom b podobné proteiny včetně koenzym Q - cytochrom c reduktáza (cytochrom bc1); komplex cytochromu b6f; mravenčan dehydrogenáza, respirační nitrátreduktáza; sukcinát - koenzym Q reduktáza (fumarátreduktáza); a sukcinát dehydrogenáza. Vidět elektronový transportní řetězec.

• 3.D.1 H⁺ nebo Na⁺- přemístění NADH dehydrogenázy („komplexní já“) rodina
• 3.D.2 Rodina transhydrogenázy translokace protonů (PTH)
• 3.D.3 Proton-translokační chinol: reduktáza cytochromu c ) Nadčeleď
• 3.D.4 Cytochromoxidáza přenášející protony (COX) Nadčeleď
• 3.D.5 Na⁺- translokační NADH: rodina chinondehydrogenázy (Na-NDH nebo NQR)
• 3.D.6 Předpokládaný ion (H⁺ nebo Na⁺) -translokační NADH: rodina ferredoxin oxidoreduktázy (NFO nebo RNF)
• 3.D.7 H₂: Rodina heterodisulfid oxidoreduktázy (HHO)
• 3.D.8 Na⁺- nebo H⁺- Rodina čerpání formylmethanofuran dehydrogenázy (FMF-DH)
• 3.D.9 H⁺-translokační rodina F420H2 dehydrogenázy (F420H2DH)
• 3.D.10 Rodina prokaryotické sukcinátdehydrogenázy (SDH)

3.E. Transportéry poháněné absorpcí světla

• Bakteriorhodopsin podobné proteiny včetně rhodopsin (viz také opsin )
• Bakteriální fotosyntetická reakční centra a fotosystémy I a II
• Komplexy pro sklizeň světla z bakterie a chloroplasty

4. Skupinové překladače

4. Skupinové translokátory poháněné fosfotransfery

• 4.A.1 Rodina PTS Glukóza-Glukosid (Glc)
• 4.A.2 Rodina PTS Fruktóza-Mannitol (Fru)
• 4.A.3 Rodina PTS laktóza-N, N'-diacetylchitobiosa-p-glukosid (Lac)
• 4.A.4 Rodina PTS Glucitol (Gut)
• 4.A.5 Rodina PTS Galactitol (Gat)
• 4.A.6 Rodina PTS Mannose-Fructose-Sorbose (Man)
• 4.A.7 Rodina PTS L-askorbát (L-Asc)

4. B Transportéry pro absorpci nikotinamidu ribonukleosidu

• 4.B.1 Rodina nikotinamid ribonukleosidů (NR) pro absorpci permeázy (PnuC)

4. C transportéry spojené s Acyl CoA ligázou

• 4.C.1 Navrhovaná rodina transportérů mastných kyselin (FAT)
• 4.C.2 Rodina karnitin-O-acyltransferázy (CrAT)
• 4.C.3 Rodina Acyl-CoA thioesterázy (AcoT)

4. Polysacharid syntáza / vývozci

• 4.D.1 Rodina domnělé vektorové polymerace glykosylu (VGP)
• 4.D.2 Rodina glykosyltransferázy 2 (GT2)
• 4.D.3 Rodina glykan-glukosyltransferázy (OpgH)

4.E. Vakuové polyfosfátové polymerázy katalyzované skupinové translokátory

• 4.E.1 Rodina vakuových (Acidocalcisome) polyfosfát-polymeráz (V-PPP)

5. Transportní elektronové nosiče

5. Transmembránové nosiče přenosu 2 elektronů

• 5.A.1 Rodina disulfidové vazby oxidoreduktázy D (DsbD)
• 5.A.2 Rodina disulfidové vazby oxidoreduktázy B (DsbB)
• 5.A.3 Rodina oxidaryktázy (PMO) obsahující prokaryotický molybdopterin

5.B Transmembránové nosiče přenosu 1 elektronu

• 5.B.1 Rodina fagocytů (gp91phox) NADPH oxidázy
• 5.B.2 Rodina eukaryotických cytochromů b561 (Cytb561)
• 5.B.3 Rodina převodů elektronů Geobacter Nanowire (G-NET)
• 5.B.4 Rodina rostlinného fotosystému I Supercomplex (PSI)
• 5.B.5 Rodina extracelulární oxido-reduktázy kovů (EMOR)
• 5.B.6 Rodina transmembránového epiteliálního antigenu proteinu-3 železité reduktázy (STEAP)
• 5.B.7 Rodina YedZ (YedZ)
• 5.B.8 Rodina trans-vnější membránový elektronový přenosový komplex porin / cytochrom (ET-PCC)
• 5.B.9 Rodina Porin-Cytochrom c (Cyc2)

8. Faktory doplňkové dopravy

8.A Pomocné transportní proteiny

8. B Ribosomálně syntetizované proteinové / peptidové toxiny, které cílí na kanály a nosiče

8.C Non-ribosomálně syntetizované toxiny, které cílí na kanály a nosiče

9. Neúplně charakterizované dopravní systémy

9.A Uznávané transportéry neznámého biochemického mechanismu

9.B Předpokládané transportní proteiny

9.C Funkčně charakterizované transportéry postrádající identifikované sekvence

Reference

externí odkazy

• Databáze klasifikace transportérů
• Seznam na qmul.ac.uk
• Saier MH, Tran CV, Barabote RD (leden 2006). „TCDB: Databáze klasifikace transportérů pro analýzy a informace membránových transportních proteinů“. Nucleic Acids Res. 34 (Problém s databází): D181–6. doi:10.1093 / nar / gkj001. PMC  1334385. PMID  16381841.
• Busch W, Saier MH (2002). "Systém klasifikace transportérů (TC), 2002". Krit. Biochem. Mol. Biol. 37 (5): 287–337. doi:10.1080/10409230290771528. PMID  12449427. S2CID  10558982.
• Klasifikace lidských transportérů ve farmakologii