COPA (gen) - COPA (gene)

COPA
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	5A1U, 5A1V, 5A1W, 5A1X, 5A1Y
Identifikátory
Aliasy	COPA, HEP-COP, AILJK, koatomerová proteinová podjednotka alfa, alfa-COP, COPI plášťová podjednotka alfa
Externí ID	OMIM: 601924 MGI: 1334462 HomoloGene: 3218 Genové karty: COPA
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 1 (lidský)
Konec	160,343,273 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 1 (myš)
Konec	172,122,330 bp
Exprese RNA vzor
	; ;
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• hormonální aktivita; • aktivita strukturních molekul;
Buněčná složka	• cytoplazma; • cytosol; • Golgiho aparát; • membrána; • Golgiho membrána; • Membrána vezikul pokrytá COPI; • transportní váček; • extracelulární oblast; • membránový plášť; • Kabát vezikuly COPI; • extracelulární exosom; • cytoplazmatický váček; • membrána endoplazmatického retikula; • extracelulární;
Biologický proces	• retrográdní transport zprostředkovaný vezikuly, Golgi do ER; • sekrece pankreatické šťávy; • ER na transport zprostředkovaný vezikuly Golgi; • transport bílkovin; • transport intracelulárních proteinů; • transport zprostředkovaný vezikuly uvnitř Golgi; • transport zprostředkovaný vezikuly; • doprava; • regulace aktivity receptoru; • signální transdukce;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	1314
	12847
	ENSG00000122218
	ENSMUSG00000026553
	P53621
	Q8CIE6
	NM_004371; NM_001098398
	NM_009938
	NP_001091868; NP_004362
	NP_034068
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Coatomer podjednotka alfa je protein že u lidí je kódován COPA gen.^[5]^[6]

Funkce

V eukaryotických buňkách je transport bílkovin mezi endoplazmatickým retikulem a Golgiho oddíly částečně zprostředkován vezikulárními obalovými proteiny (COP) nepokrytými klatrinem. Bylo identifikováno sedm plášťových proteinů a představují podjednotky komplexu známého jako coatomer. Podjednotky jsou označeny alfa-COP, beta-COP, beta-prime-COP, gamma-COP, delta-COP, epsilon-COP, a zeta-COP. Alfa-COP, kódovaný COPA, sdílí vysokou sekvenční podobnost s RET1, homologní alfa podjednotkou komplexu koatomeru v kvasinkách.^[7] N-koncových 25 aminokyselin alfa-COP také kóduje bioaktivní peptid, xenin, který stimuluje exokrinní sekreci pankreatu a může působit jako gastrointestinální hormon. Alternativní sestřih vede k několika formám spojování kódujícím odlišné izoformy.^[6]

Interakce

Ukázalo se, že COPA (gen) komunikovat s ZVLÁDNOUT^[8]^[9]^[10] a COPB1.^[11]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000122218 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000026553 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Chow VT, Quek HH (červenec 1996). „HEP-COP, nový lidský gen, jehož produkt je vysoce homologní s alfa-podjednotkou komplexu proteinu kvasinkového koatomeru“. Gen. 169 (2): 223–7. doi:10.1016/0378-1119(95)00738-5. PMID 8647451.
^ ^A ^b "Entrez Gene: COPA coatomer protein komplex, podjednotka alfa".
^ Gerich B, Orci L, Tschochner H, Lottspeich F, Ravazzola M, Amherdt M, Wieland F, Harter C (duben 1995). „Non-clathrin-coat protein alfa je konzervovaná podjednotka coatomeru a v Saccharomyces cerevisiae je nezbytná pro růst“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 92 (8): 3229–33. Bibcode:1995PNAS ... 92.3229G. doi:10.1073 / pnas.92.8.3229. PMC 42139. PMID 7724544.
^ Stelzl U, Worm U, Lalowski M, Haenig C, Brembeck FH, Goehler H, Stroedicke M, Zenkner M, Schoenherr A, Koeppen S, Timm J, Mintzlaff S, Abraham C, Bock N, Kietzmann S, Goedde A, Toksöz E , Droege A, Krobitsch S, Korn B, Birchmeier W, Lehrach H, Wanker EE (září 2005). „Síť interakce lidský protein-protein: zdroj pro anotování proteomu“. Buňka. 122 (6): 957–68. doi:10.1016 / j.cell.2005.08.029. hdl:11858 / 00-001M-0000-0010-8592-0. PMID 16169070.
^ Eugster A, Frigerio G, Dale M, Duden R (srpen 2000). „Domény COP I potřebné pro integritu coatomeru a nové interakce s ARF a ARF-GAP“. EMBO J.. 19 (15): 3905–17. doi:10.1093 / emboj / 19.15.3905. PMC 306616. PMID 10921873.
^ Faulstich D, Auerbach S, Orci L, Ravazzola M, Wegchingel S, Lottspeich F, Stenbeck G, Harter C, Wieland FT, Tschochner H (říjen 1996). „Architektura coatomeru: molekulární charakterizace interakcí delta-COP a proteinů v komplexu“. J. Cell Biol. 135 (1): 53–61. doi:10.1083 / jcb.135.1.53. PMC 2121028. PMID 8858162.
^ Lowe M, Kreis TE (listopad 1996). „In vivo sestavení coatomeru, prekurzor pláště COP-I“. J. Biol. Chem. 271 (48): 30725–30. doi:10.1074 / jbc.271.48.30725. PMID 8940050.

externí odkazy

Člověk COPA umístění genomu a COPA stránka s podrobnostmi o genu v UCSC Genome Browser.

Další čtení

Feurle GE (1998). "Xenin - recenze". Peptidy. 19 (3): 609–15. doi:10.1016 / S0196-9781 (97) 00378-1. PMID 9533652.
Feurle GE, Hamscher G, Kusiek R a kol. (1992). „Identifikace xeninu, peptidu příbuzného xenopsinu, v lidské žaludeční sliznici a jeho vliv na exokrinní sekreci pankreatu“. J. Biol. Chem. 267 (31): 22305–9. PMID 1429581.
Orcl L, Palmer DJ, Amherdt M, Rothman JE (1993). „Potažené seskupení vezikul v Golgi vyžaduje pouze coatomer a ARF proteiny z cytosolu“. Příroda. 364 (6439): 732–4. Bibcode:1993 Natur.364..732O. doi:10.1038 / 364732a0. PMID 8355790.
Lowe M, Kreis TE (1996). „In vitro montáž a demontáž coatomeru“. J. Biol. Chem. 270 (52): 31364–71. doi:10.1074 / jbc.270.52.31364. PMID 8537409.
Fiedler K, Veit M, Stamnes MA, Rothman JE (1996). "Bimodální interakce coatomeru s rodinou p24 domnělých receptorů nákladu". Věda. 273 (5280): 1396–9. Bibcode:1996Sci ... 273.1396F. doi:10.1126 / science.273.5280.1396. PMID 8703076.
Faulstich D, Auerbach S, Orci L a kol. (1996). „Architektura coatomeru: molekulární charakterizace interakcí delta-COP a proteinů v komplexu“. J. Cell Biol. 135 (1): 53–61. doi:10.1083 / jcb.135.1.53. PMC 2121028. PMID 8858162.
Lowe M, Kreis TE (1997). „In vivo sestavení coatomeru, prekurzor pláště COP-I“. J. Biol. Chem. 271 (48): 30725–30. doi:10.1074 / jbc.271.48.30725. PMID 8940050.
Quek HH, Chow VT (1997). „Molekulární a buněčné studie humánního homologu 160-kD alfa-podjednotky komplexu proteinů coatomer“. DNA Cell Biol. 16 (3): 275–80. doi:10.1089 / dna.1997.16.275. PMID 9115636.
Quek HH, Chow VT (1997). "Genomická organizace a mapování lidského genu HEP-COP (COPA) na 1q". Cytogenet. Cell Genet. 76 (3–4): 139–43. doi:10.1159/000134532. PMID 9186507.
Hansen K, Rönnstrand L, Rorsman C a kol. (1997). „Sdružení proteinů coatomer s beta-receptorem pro růstový faktor odvozený z krevních destiček“. Biochem. Biophys. Res. Commun. 235 (3): 455–60. doi:10.1006 / bbrc.1997.6821. PMID 9207175.
Chow VT, Quek HH (1997). „Alpha coat protein COPA (HEP-COP): přítomnost Alu repetice v cDNA a identita amino konce s xeninem“. Ann. Hučení. Genet. 61 (Pt 4): 369–73. doi:10.1046 / j.1469-1809.1997.6140369.x. PMID 9365789.
Pavel J, Harter C, Wieland FT (1998). „Reverzibilní disociace coatomeru: Funkční charakterizace subkomplexu proteinu β / δ-kabát“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 95 (5): 2140–5. Bibcode:1998PNAS ... 95.2140P. doi:10.1073 / pnas.95.5.2140. PMC 19276. PMID 9482852.
Harter C, Wieland FT (1998). "Jediné vazebné místo pro motivy získávání dilysinu a p23 v y podjednotce coatomeru". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 95 (20): 11649–54. Bibcode:1998PNAS ... 9511649H. doi:10.1073 / pnas.95.20.11649. PMC 21695. PMID 9751720.
Zhang T, Hong W (2001). „Ykt6 tvoří komplex SNARE se syntaxinem 5, GS28 a Bet1 a účastní se pozdního stadia transportu endoplazmatického retikula-Golgiho“. J. Biol. Chem. 276 (29): 27480–7. doi:10,1074 / jbc.M102786200. PMID 11323436.
Yang JS, Lee SY, Gao M a kol. (2002). „ARFGAP1 podporuje tvorbu vezikul COPI, což naznačuje funkci jako součásti pláště“. J. Cell Biol. 159 (1): 69–78. doi:10.1083 / jcb.200206015. PMC 2173491. PMID 12379802.
Xu Y, Martin S, James DE, Hong W (2003). „GS15 tvoří komplex SNARE se syntaxinem 5, GS28 a Ykt6 a je zapojen do provozu v raných cisternách přístroje Golgi“ (PDF). Mol. Biol. Buňka. 13 (10): 3493–507. doi:10,1091 / mbc.E02-01-0004. PMC 129961. PMID 12388752.
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH a kol. (2003). „Generování a počáteční analýza více než 15 000 lidských a myších cDNA sekvencí plné délky“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99 (26): 16899–903. Bibcode:2002PNAS ... 9916899M. doi:10.1073 / pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
Wong N, Chan A, Lee SW a kol. (2003). „Poziční mapování pro amplifikované sekvence DNA na 1q21-q22 v hepatocelulárním karcinomu naznačuje nadměrnou expresi kandidátských genů“. J. Hepatol. 38 (3): 298–306. doi:10.1016 / S0168-8278 (02) 00412-9. PMID 12586295.

Tento článek o gen na lidský chromozom 1 je pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000122218 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000026553 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid8647451-5] Chow VT, Quek HH (červenec 1996). „HEP-COP, nový lidský gen, jehož produkt je vysoce homologní s alfa-podjednotkou komplexu proteinu kvasinkového koatomeru“. Gen. 169 (2): 223–7. doi:10.1016/0378-1119(95)00738-5. PMID 8647451.

[entrez-6] A ^b "Entrez Gene: COPA coatomer protein komplex, podjednotka alfa".

[pmid7724544-7] Gerich B, Orci L, Tschochner H, Lottspeich F, Ravazzola M, Amherdt M, Wieland F, Harter C (duben 1995). „Non-clathrin-coat protein alfa je konzervovaná podjednotka coatomeru a v Saccharomyces cerevisiae je nezbytná pro růst“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 92 (8): 3229–33. Bibcode:1995PNAS ... 92.3229G. doi:10.1073 / pnas.92.8.3229. PMC 42139. PMID 7724544.

[pmid16169070-8] Stelzl U, Worm U, Lalowski M, Haenig C, Brembeck FH, Goehler H, Stroedicke M, Zenkner M, Schoenherr A, Koeppen S, Timm J, Mintzlaff S, Abraham C, Bock N, Kietzmann S, Goedde A, Toksöz E , Droege A, Krobitsch S, Korn B, Birchmeier W, Lehrach H, Wanker EE (září 2005). „Síť interakce lidský protein-protein: zdroj pro anotování proteomu“. Buňka. 122 (6): 957–68. doi:10.1016 / j.cell.2005.08.029. hdl:11858 / 00-001M-0000-0010-8592-0. PMID 16169070.

[pmid10921873-9] Eugster A, Frigerio G, Dale M, Duden R (srpen 2000). „Domény COP I potřebné pro integritu coatomeru a nové interakce s ARF a ARF-GAP“. EMBO J.. 19 (15): 3905–17. doi:10.1093 / emboj / 19.15.3905. PMC 306616. PMID 10921873.

[pmid8858162-10] Faulstich D, Auerbach S, Orci L, Ravazzola M, Wegchingel S, Lottspeich F, Stenbeck G, Harter C, Wieland FT, Tschochner H (říjen 1996). „Architektura coatomeru: molekulární charakterizace interakcí delta-COP a proteinů v komplexu“. J. Cell Biol. 135 (1): 53–61. doi:10.1083 / jcb.135.1.53. PMC 2121028. PMID 8858162.

[pmid8940050-11] Lowe M, Kreis TE (listopad 1996). „In vivo sestavení coatomeru, prekurzor pláště COP-I“. J. Biol. Chem. 271 (48): 30725–30. doi:10.1074 / jbc.271.48.30725. PMID 8940050.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]