Faktor ribosylace ADP - ADP ribosylation factor

Tento článek je o malém proteinu vázajícím GTP. Pro gen p14ARF potlačující nádor viz p14arf.
1ksg opm.png
Membránově vázaný protein podobný ADP ribosylačnímu faktoru 2 (ARL2 myš, červená), komplex s fosfodiesteráza delta (žlutá) (1ksg) Modré tečky ukazují hranici uhlovodíků lipidová dvojvrstva
Identifikátory
SymbolArf
PfamPF00025
InterProIPR006689
CHYTRÝARF
STRÁNKAPDOC01020
SCOP21 h / Rozsah / SUPFAM
OPM nadčeleď124
OPM protein1ksg
CDDcd00878
Membranome1103
Distribuce ARF v životě makrofág, zvýraznění Golgiho aparát.

Faktory ribosylace ADP (ARF) jsou členy rodiny ARF GTP-vazebné proteiny z Ras nadčeleď. Proteiny rodiny ARF jsou všudypřítomné eukaryotický V buňkách savců bylo identifikováno šest vysoce konzervovaných členů rodiny. Ačkoli jsou ARF rozpustné, obvykle se spojují s membránami kvůli N-konec myristoylace. Fungují jako regulátory vezikulární provoz a aktin předělávání.

Malé proteiny vázající GTP na ADP ribosylační faktor (Arf) jsou hlavními regulátory biogeneze vezikul v intracelulárním přenosu.[1] Jsou zakládajícími členy rostoucí rodiny, která zahrnuje Arl (podobné Arf), Arp (proteiny související s Arf) a vzdáleně související proteiny Sar (související se sekrecí a související s Ras). Arf proteiny cyklují mezi neaktivními formami vázanými na GDP a aktivními formami vázanými na GTP, které se selektivně vážou na efektory. Klasický strukturální přepínač GDP / GTP je charakterizován konformačními změnami v takzvaných oblastech přepínače 1 a přepínače 2, které se pevně váží na gama-fosfát GTP, ale špatně nebo vůbec ne na nukleotid GDP. Strukturální studie Arf1 a Arf6 odhalily, že i když tyto proteiny mají konformační změny přepínače 1 a 2, odchylují se od jiných malých proteinů vázajících GTP v tom, že používají další jedinečný přepínač k šíření strukturní informace z jedné strany proteinu na jiný.

Strukturní cykly GDP / GTP lidského Arf1 a Arf6 mají jedinečnou konformační změnu, která ovlivňuje řetězce beta2beta3 spojující spínač 1 a přepínač 2 (interswitch) a také amfipatický šroubovicový N-konec. V Arf1 a Arf6 vázaných na GDP je interswitch zatažen a tvoří kapsu, na kterou se váže N-koncová šroubovice, která slouží jako molekulární hasp k udržení neaktivní konformace. Ve formě těchto proteinů vázané na GTP interswitch podstoupí posun registru dvou zbytků, který vytáhne přepínač 1 a přepínač 2 nahoru, čímž obnoví aktivní konformaci, která může vázat GTP. V této konformaci interswitch vyčnívá z proteinu a vytlačuje N-terminální hasp uzavřením své vazebné kapsy.

Regulační proteiny

ARF se pravidelně spojují se dvěma typy proteinů, těmi, které se podílejí na katalyzování výměny GTP / GDP, a těmi, které slouží jiným funkcím. ARF fungují jako regulační podjednotka, která řídí sestavu pláště v plášťovém proteinu I (COPI) a váčcích potažených klatrinem.

GTP / GDP výměnné proteiny

ARF se váže na dvě formy guanosinového nukleotidu, guanosin trifosfát (GTP) a guanosin difosfát (HDP). Tvar molekuly ARF závisí na formě, na kterou je vázán, což jí umožňuje sloužit v regulační kapacitě. ARF vyžaduje pomoc od jiných proteinů, aby bylo možné přepnout mezi vazbou na GTP a GDP. Proteiny aktivující GTPázu (GAP) vynutí ARF na hydrolyzovat vázané GTP na HDP a Faktory výměny guaninových nukleotidů přinutit ARF, aby přijal novou molekulu GTP místo vázaného GDP.

Jiné bílkoviny

Jiné proteiny interagují s ARF v závislosti na tom, zda je či není vázán na GTP nebo GDP. Aktivní forma, ARF * GTP, se váže na vezikulární obalové proteiny a adaptéry, včetně obalového proteinu I (COPI ) a různé fosfolipidy. O neaktivní formě je známo, že se váže pouze na třídu transmembránových proteinů. Různé typy ARF se vážou konkrétně na různé druhy efektorových proteinů.

Fylogeneze

V současné době existuje 6 známých savčích proteinů ARF, které jsou rozděleny do tří tříd ARF:

Struktura

ARF jsou malé bílkoviny o přibližně 20 kD ve velikosti. Obsahují dvě přepínací oblasti, které mění relativní polohy mezi cykly vazby GDP / GTP. ARF jsou často myristoylovaný v jejich N-koncové oblasti, což přispívá k jejich membránové asociaci.

Příklady

Lidské geny kódující proteiny obsahující tuto doménu zahrnují:

Viz také

Reference

  1. ^ Pasqualato S, Renault L, Cherfils J (2002). „Proteiny Arf, Arl, Arp a Sar: Rodina proteinů vázajících GTP se strukturním zařízením pro komunikaci„ zepředu dozadu ““. Zprávy EMBO. 3 (11): 1035–1041. doi:10.1093 / embo-reports / kvf221. PMC  1307594. PMID  12429613.

Další čtení

externí odkazy

Tento článek včlení text od public domain Pfam a InterPro: IPR006689