Úklidový gen - Housekeeping gene

Tento článek pojednává o obecném tématu úklidových genů. Seznam provozních genů, které by měly být použity jako referenční standard, viz referenční geny.

v molekulární biologie, geny pro úklid jsou typicky konstitutivní geny které jsou vyžadovány pro udržení základních buněčných funkcí a jsou vyjádřený ve všech buňkách organismu za normálních a patofyziologických podmínek.[1][2][3][4] Ačkoli jsou některé geny pro domácnost exprimovány relativně konstantní rychlostí ve většině nepatologických situací, exprese jiných genů pro domácnost se může lišit v závislosti na experimentálních podmínkách.[1][5]

Původ termínu „gen pro úklid“ zůstává nejasný. Literatura z roku 1976 tento termín použila ke specifickému popisu tRNA a rRNA.[6] Pro experimentální účely se exprese jednoho nebo více domácích genů používá jako referenční bod pro analýzu úrovní exprese jiných genů. Klíčovým kritériem pro použití housekeeping genu tímto způsobem je, že zvolený housekeeping gen je rovnoměrně exprimován s nízkou variabilitou za kontrolních i experimentálních podmínek. Ověření provozních genů by mělo být provedeno před jejich použitím v experimentech s genovou expresí, jako je RT-PCR. Nedávno webová databáze člověk a myš geny pro úklid a referenční geny / přepisy, pojmenované Atlas úklidu a přepisu referencí (HRT Atlas), byl vyvinut s cílem nabídnout aktualizovaný seznam úklidových genů a spolehlivých kandidátských referenčních genů / transkriptů pro normalizaci dat RT-qPCR.[1] Tato databáze je přístupná na http://www.housekeeping.unicamp.br.

Regulace genů v domácnosti

Geny pro domácnost tvoří většinu aktivních genů v genomu a jejich exprese je zjevně nezbytná pro přežití. Úrovně genové exprese v domácnosti jsou vyladěny tak, aby splňovaly metabolické požadavky v různých tkáních. Biochemické studie o transkripce zahájení promotorů genu pro úklid bylo obtížné, částečně kvůli méně charakterizovaným promotér motivy a proces iniciace transkripce.

Lidské promotory genů pro správu domácnosti jsou obvykle vyčerpány TATA -box, mají vysoký obsah GC a vysoký výskyt Ostrovy CpG.[7] V Drosophile, kde promotér chybí specifické CpG ostrovy, promotory genu pro úklid obsahují prvky DNA jako DRE, E-box nebo DPE.[8] Startovní místa transkripce domácích genů se mohou rozprostírat přes oblast kolem 100 bp, zatímco počáteční místa transkripce vývojově regulovaných genů jsou obvykle zaměřena na úzkou oblast.[9][10][11] Málo je známo o tom, jak je stanovena dispergovaná iniciace transkripce genu pro úklid. Existují transkripční faktory které jsou specificky obohaceny a regulují promotory genu pro úklid.[12][13] Organizátoři úklidu navíc regulují úklid zesilovače ale ne vývojově regulované enhancery.[14]

Běžné geny pro domácnost u lidí

Následuje částečný seznam „úklidových genů“. Úplnější a aktualizovaný seznam najdete na stránce Databáze HRT Atlas sestavil Bidossessi W. Hounkpe a kol.[1] Databáze byla vytvořena těžbou více než 12 000 lidských a myších RNA-seq datových souborů.[1]

Genový výraz

Transkripční faktory

Sterol regulační prvek vázající protein
  • ATF1 NM_005171
  • ATF2 NM_001880
  • ATF4[2][15] Aktivace transkripčního faktoru 4 NM_001675
  • ATF6 NM_007348
  • ATF7 NM_001206682
  • ATF7IP NM_018179
  • BTF3[2][15] NM_001207 Homo sapiens základní transkripční faktor 3
  • E2F4[2] Homo sapiens E2F transkripční faktor 4, vazba p107 / p130 (E2F4), mRNA
  • ERH (gen)[2][15] Zesilovač rudimentárního homologu drosophily (což je první enzymatický krok v syntéze pyrimidinu. Regulováno MITF)
  • HMGB1[2][15] Skupinová schránka s vysokou mobilitou váže DNA
  • ILF2[2] Homo sapiens zesilovač interleukinu vazebný faktor 2, 45 kDa (ILF2), mRNA
  • IER2[2] dříve ETR101 okamžitý časný protein?
  • KOLO[2][15] Homo sapiens jun D protoonkogen (JUND), mRNA
  • TCEB2[2][15] Elongin
Represory
  • PUF60[2][15] Homo sapiens fúzně vázající represor interagující s proteinem (SIAHBP1), přepis

Sestřih RNA

Malé nukleové ribonukleoproteiny asociované proteiny B a B '
  • BAT1[15] aka DDX39B
  • HNRPD[2][15] Homo sapiens heterogenní jaderný ribonukleoprotein D (RNA s prvky bohatými na AU
  • HNRPK[2][15] Homo sapiens heterogenní jaderný ribonukleoprotein K (HNRPK), přepis
  • PABPN1[2] poly (A) vazebný protein, jaderný 1
  • SRSF3[15] faktor sestřihu, bohatý na arginin / serin

Překladové faktory

syntéza tRNA
  • AARS NM_001605 alanyl-tRNA syntetáza
  • AARS2 NM_020745 alanyl-tRNA syntetáza 2, mitochondriální
  • AARSD1 NM_001261434 doména alanyl-tRNA syntetázy obsahující 1
  • AUTA NM_001751 cysteinyl-tRNA syntetáza
  • AUTA 2 NM_024537 cysteinyl-tRNA syntetáza 2, mitochondriální (předpokládané)
  • DARS NM_001349 aspartyl-tRNA syntetáza
  • DARS2 NM_018122 aspartyl-tRNA syntetáza 2, mitochondriální
  • Uši2 NM_001083614 glutamyl-tRNA syntetáza 2, mitochondriální
  • FARS2 NM_006567 fenylalanyl-tRNA syntetáza 2, mitochondriální
  • FARSA NM_004461 fenylalanyl-tRNA syntetáza, alfa podjednotka
  • FARSB NM_005687 fenylalanyl-tRNA syntetáza, beta podjednotka
  • GARS (gen) GARS NM_002047 glycyl-tRNA syntetáza
  • HARS NM_002109 histidyl-tRNA syntetáza
  • HARS2 NM_012208 histidyl-tRNA syntetáza 2, mitochondriální
  • IARS NM_002161 isoleucyl-tRNA syntetáza
  • IARS2 NM_018060 isoleucyl-tRNA syntetáza 2, mitochondriální
  • KARS NM_005548 Homo sapiens lysyl-tRNA syntetáza (KARS), mRNA
  • LARS2 NM_015340 isoleucyl-tRNA syntetáza 2, mitochondriální
  • MARS NM_004990 methionyl-tRNA syntetáza
  • MARS2 NM_138395 methionyl-tRNA syntetáza 2, mitochondriální
  • NARS NM_004539 asparaginyl-tRNA syntetáza
  • NARS2 NM_024678 asparaginyl-tRNA syntetáza 2, mitochondriální (domnělá)
  • QARS NM_005051 glutaminyl-tRNA syntetáza
  • RARS NM_002884 arginyl-tRNA syntetáza
  • RARS2 NM_020320 arginyl-tRNA syntetáza 2, mitochondriální
  • SARS NM_006513 Homo sapiens seryl-tRNA syntetáza (SARS), mRNA
  • TARS NM_152295 threonyl-tRNA syntetáza
  • VARS2 NM_020442 valyl-tRNA syntetáza 2, mitochondriální
  • VÁLKY2 NM_015836 tryptofanyl tRNA syntetáza 2, mitochondriální
  • YARS NM_003680 Homo sapiens tyrosyl-tRNA syntetáza (YARS), mRNA
  • YARS2 NM_001040436 Homo sapiens tyrosyl-tRNA syntetáza (YARS), mRNA mitochondriální
Protein vázající RNA

Ribozomální proteiny

RPS19BP1

Mitochondriální ribozomální proteiny

RNA polymeráza

Zpracování bílkovin

  • PPID Peptidyl-prolyl cis-trans izomeráza D
  • PPIE Peptidyl-prolyl cis-trans izomeráza E
  • PPIF Peptidyl-prolyl cis-trans izomeráza F
  • PPIG Peptidyl-prolyl cis-trans izomeráza G
  • PPIH[17] Cyklofilin H
  • CANX[2][15] Calnexin. Složení glykoproteinů v endoplazmatickém retikulu
  • CAPN1 Calpain podjednotka
  • CAPN7
  • CAPNS1[2][15] Calpain proteázová podjednotka
  • NACA[2][15] Vznikající polypeptid asociovaný komplexní alfa polypeptid
  • NACA2
  • PFDN2 Prefoldin 2
  • PFDN4 Prefoldin 4
  • PFDN5 Prefoldin 5
  • PFDN6 Prefoldin 6
  • SNX2 Třídění nexinu 2
  • SNX3[2] Třídění nexinu 3
  • SNX4 Třídění nexinu 4
  • SNX5 Třídění nexinu 5
  • SNX6 Třídění nexinu 6
  • SNX9 Třídění nexinu 9
  • SNX12 Třídění nexinu 12
  • SNX13 Třídění nexinu 13
  • SNX17 [15] Třídění nexinu 17
  • SNX18 Třídění nexinu 18
  • SNX19 Třídění nexinu 19
  • SNX25 Třídění nexinu 25
  • SSR1 Translocon-asociovaný protein TRAPA. Translokace proteinů v ER
  • SSR2[2] Translocon-asociovaný protein TRAPB. Translokace proteinů v ER
  • SSR3 Translocon-asociovaný protein TRAPG. Translokace proteinů v ER
  • SUMO1 Cílení na proteiny
  • SUMO3 Cílení na proteiny

Proteiny tepelného šoku

Histone

Buněčný cyklus

U některých z těchto proteinů dochází k významnému překrývání funkcí. Zejména geny související s Rho jsou důležité v jaderném obchodování (tj. Mitóza), jakož i v mobilitě podél cytoskeletu obecně. Tyto geny se zvláště zajímají o výzkum rakoviny.

  • ARHGAP35
  • ARHGAP5
  • ARHGDIA[2][15]
  • ARHGEF10L Rho guaninový nukleotidový výměnný faktor 10L
  • 11. ARHGEF Faktor výměny guaninového nukleotidu Rho 11
  • ARHGEF40 Rho guaninový nukleotidový výměnný faktor 40
  • ARHGEF7 Faktor výměny guaninového nukleotidu Rho 7
  • RAB10 NM_016131 Malé GTPasy Rab jsou klíčovými regulátory intracelulárního transportu membrán, od tvorby transportních vezikul až po jejich fúzi s membránami
  • RAB11A NM_004663
  • RAB11B NM_004218
  • RAB14 NM_016322
  • RAB18 NM_021252
  • RAB1A NM_004161 Homo sapiens RAB1A, člen onkogenní rodiny RAS (RAB1A), mRNA
  • RAB1B NM_030981
  • RAB21 NM_014999
  • RAB22A NM_020673
  • RAB2A NM_002858
  • RAB2B NM_001163380
  • RAB3GAP1 NM_012233
  • RAB3GAP2 NM_012414
  • RAB40C NM_021168
  • RAB4A NM_004578
  • RAB5A NM_004162
  • RAB5B NM_002865
  • RAB5C NM_004583
  • RAB6A NM_002868
  • RAB7A NM_004637
  • RAB9A NM_004251
  • RABEP1 NM_004703
  • RABEPK NM_005833
  • RABGEF1 NM_014504
  • RABGGTA NM_004581
  • RABGGTB NM_004582
  • CENPB[2] Centromere protein B
  • CTBP1[2][15] Centromere protein T.
  • CCNB1IP1 NM_021178 E3 ubikvitin-protein ligáza. Moduluje hladiny cyklinu B a podílí se na regulaci progrese buněčného cyklu fází G2
  • CCNDBP1 NM_012142 Může negativně regulovat progresi buněčného cyklu
  • CCNG1 NM_004060 Může hrát roli v regulaci růstu
  • CCNH NM_001239 Podílí se na kontrole buněčného cyklu a na transkripci RNA RNA polymerázou II. Jeho exprese a aktivita jsou během celého buněčného cyklu konstantní
  • CCNK NM_001099402 Regulační podjednotka cyklin-dependentních kináz, která zprostředkovává fosforylaci velké podjednotky RNA polymerázy II
  • CCNL1 NM_020307 Regulátor transkripce, který se podílí na regulaci procesu sestřihu pre-mRNA
  • CCNL2 NM_030937 Regulátor transkripce, který se podílí na regulaci procesu sestřihu pre-mRNA. Také moduluje expresi kritického apoptotického faktoru, což vede k apoptóze buněk.
  • CCNY NM_145012 Pozitivní regulační podjednotka cyklin-dependentních kináz CDK14 / PFTK1 a CDK16. Působí jako regulátor buněčného cyklu signální dráhy Wnt během fáze G2 / M
  • PPP1CA NM_002708 Proteinová fosfatáza, která se asociuje s více než 200 regulačními proteiny a vytváří vysoce specifické holoenzymy, které defosforylují stovky biologických cílů
  • PPP1CC NM_002710
  • PPP1R10 NM_002714
  • PPP1R11 NM_021959 Homo sapiens protein fosfatáza 1, regulační (inhibitor) podjednotka 11 (PPP1R11),
  • PPP1R15B NM_032833
  • PPP1R37 NM_019121
  • PPP1R7 NM_002712
  • PPP1R8 NM_002713
  • PPP2CA NM_002715
  • PPP2CB NM_001009552
  • PPP2R1A NM_014225 [15] Negativní regulátor růstu a dělení buněk Homo sapiens protein fosfatáza 2 (dříve 2A), regulační podjednotka A (PR 65),
  • PPP2R2A NM_002717
  • PPP2R2D NM_018461
  • PPP2R3C NM_017917
  • PPP2R4 NM_021131
  • PPP2R5A NM_006243
  • PPP2R5B NM_006244
  • PPP2R5C NM_002719
  • PPP2R5D NM_006245
  • PPP2R5E NM_006246
  • PPP4C NM_002720
  • PPP4R1 NM_005134
  • PPP4R2 NM_174907
  • PPP5C NM_006247
  • PPP6C NM_002721
  • PPP6R2 NM_014678
  • PPP6R3 NM_018312
  • RAD1Homo sapiens ribonukleáza / inhibitor angiogeninu (RNH), mRNA
  • RAD17 NM_002869 Nezbytné pro trvalý růst buněk, udržování stability chromozomů a aktivaci kontrolního bodu závislého na ATR při poškození DNA
  • RAD23B NM_002873
  • RAD50 NM_005732
  • RAD51C NM_002874
  • IST1[2][15] (lokalizuje se k centrální dělicí linii dělících se buněk)

Apoptóza

  • DAD1[2][15] Obránce proti buněčné smrti
  • DAP3[2] Podílí se na zprostředkování buněčné smrti indukované interferonem gama.
  • DAXX[2] Proteiny spojené se smrtí 6

Onkogeny

Oprava / replikace DNA

  • MCM3AP[2] možná primáza
  • XRCC5 NM_021141 Ku80[2]
  • XRCC6 NM_001469 Homo sapiens autoantigen štítné žlázy: jednořetězcová DNA závislá na ATP závislá helikáza. Má roli v translokaci chromozomů.

Metabolismus

  • PRKAG1[2] Cítí hladinu energie a inaktivuje HMGCoA reduktázu a acetyl-CoA karboxylázu
  • PRKAA1 NM_006251 Katalytická podjednotka AMP-aktivované proteinkinázy (AMPK), proteinová kináza energetického senzoru, která hraje klíčovou roli v regulaci buněčného energetického metabolismu
  • PRKAB1 NM_006253 Nekatalytická podjednotka proteinové kinázy aktivované AMP (AMPK), proteinová kináza energetického senzoru, která hraje klíčovou roli v regulaci buněčného energetického metabolismu
  • PRKACA NM_002730 Fosforyluje velké množství substrátů v cytoplazmě a jádru.
  • PRKAG1 NM_002733 Homo sapiens protein kináza, AMP aktivovaná, gama 1 nekatalytická podjednotka (PRKAG1), mRNA
  • PRKAR1A NM_002734 Regulační podjednotka cAMP-dependentních proteinových kináz zapojených do cAMP signalizace v buňkách
  • PRKRIP1 NM_024653 váže dvouvláknovou RNA. Inhibuje aktivitu kinázy EIF2AK2 (podobností).

Metabolismus sacharidů

[15]

Cyklus kyseliny citronové

  • SDHA[2] NM_004168 podjednotka sukcinát dehydrogenázy A
  • SDHAF2 NM_017841
  • SDHB NM_002973 podjednotka proteinu železo-síra (IP) sukcinátdehydrogenázy (SDH), která se podílí na komplexu II mitochondriálního transportního řetězce elektronů a je zodpovědná za přenos elektronů ze sukcinátu na ubichinon (koenzym Q)
  • SDHC NM_003000 Membránová kotevní podjednotka sukcinátdehydrogenázy (SDH), která se podílí na komplexu II mitochondriálního transportního řetězce elektronů a je zodpovědná za přenos elektronů ze sukcinátu na ubichinon (koenzym Q).
  • SDHD NM_003001

Metabolismus lipidů

  • HADHA[2] Trifunkční proteinová podjednotka alfa

Metabolismus aminokyselin

  • COMT[2] Katechol-O-methyltransferáza)

NADH dehydrogenáza

Cytochrom C oxidáza

(Všimněte si, že COX1, COX2 a COX3 jsou mitochondriálně kódovány)

  • COX4I1[2] 001861
  • COX5B[2][15] NM_001862
  • COX6B1[2][15] NM_001863
  • COX6C NM_004374
  • COX7A2 NM_001865 Homo sapiens cytochrom c oxidáza podjednotka VIIa polypeptid 2 (játra) (COX7A2),
  • COX7A2L[2] NM_004718
  • COX7C[2] NM_001867
  • COX8[2]
  • COX8A NM_004074 Homo sapiens cytochrom c oxidáza podjednotka VIII (COX8), nukleární gen kódující
  • COX11 NM_004375
  • COX14 NM_032901
  • COX15 NM_004376
  • COX16 NM_016468
  • COX19 NM_001031617
  • COX20 NM_198076
  • CYC1[2] Homo sapiens cytochrom c-1 (CYC1)
  • UQCC NM_018244 Vyžadováno pro sestavení komplexu ubichinol-cytochrom c reduktáza (komplex mitochondriálního dýchacího řetězce III nebo komplex cytochromu b-c1)
  • UQCR10 NM_013387
  • UQCR11 NM_006830 Homo sapiens podjednotka ubichinol-cytochrom c reduktáza (6,4 kD) (UQCR), mRNA
  • UQCRB NM_006294
  • UQCRC1 NM_003365 Homo sapiens ubichinol-cytochrom c reduktáza jádrový protein I (UQCRC1), mRNA
  • UQCRC2 NM_003366
  • UQCRHL NM_001089591
  • UQCRQ NM_014402 Homo sapiens protein s nízkou molekulovou hmotností vázající ubichinon (9,5 kD) (QP-C), mRNA

ATPáza

  • ATP2C1 NM_014382
  • ATP5A1 NM_004046 Homo sapiens ATP syntáza, transport H +, mitochondriální komplex F1, alfa
  • ATP5B NM_001686
  • ATP5C1 NM_005174
  • ATP5D NM_001687 Homo sapiens ATP syntáza, transport H +, mitochondriální komplex F1, delta
  • ATP5F1 NM_001688
  • ATP5G2 NM_005176
  • ATP5G3 NM_001689 Homo sapiens ATP syntáza, transport H +, mitochondriální komplex F0, podjednotka c
  • ATP5H NM_006356 Homo sapiens ATP syntáza, transport H +, mitochondriální komplex F0, podjednotka d
  • ATP5J NM_001685
  • ATP5J2 NM_004889 Homo sapiens ATP syntáza, transport H +, mitochondriální komplex F0, podjednotka f,
  • ATP5J2-PTCD1 NM_001198879
  • ATP5L NM_006476
  • ATP5O NM_001697 Homo sapiens ATP syntáza, transport H +, mitochondriální komplex F1, podjednotka O
  • ATP5S NM_015684
  • ATP5SL NM_018035
  • ATP6AP1 NM_001183 Homo sapiens ATPáza, transport H +, lysozomálně interagující protein 1 (ATP6IP1),
  • ATP6V0A2 NM_012463
  • ATP6V0B NM_004047 Homo sapiens ATPáza, transport H +, lysozomální 21 kDa, podjednotka V0 c (ATP6V0B),
  • ATP6V0C NM_001694 Homo sapiens ATPáza, transport H +, lysozomální 16 kDa, podjednotka V0 c (ATP6V0C),
  • ATP6V0D1 NM_004691
  • ATP6V0E1 NM_003945
  • ATP6V1C1 NM_001695
  • ATP6V1D NM_015994
  • ATP6V1E1 NM_001696 Homo sapiens ATPáza, transport H +, lysozomální 31 kDa, V1 podjednotka E izoforma 1
  • ATP6V1F NM_004231 Homo sapiens ATPáza, transport H +, lysozomální 14 kDa, podjednotka V1 F (ATP6V1F),
  • ATP6V1G1 NM_004888 Homo sapiens ATPáza, transport H +, lysozomální 13 kDa, izoforma G podjednotky 1
  • ATP6V1H NM_015941
  • ATPAF2 NM_145691
  • ATPIF1 NM_016311

Lysozom

Proteazom

  • PSMA1 NM_002786
  • PSMA2 NM_002787
  • PSMA3 NM_002788
  • PSMA4 NM_002789
  • PSMA5 NM_002790
  • PSMA6 NM_002791
  • PSMA7 NM_002792 Homo sapiens proteazom (prosom, makropain) podjednotka, alfa typ, 7 (PSMA7),
  • PSMB1 NM_002793 Homo sapiens proteazom (prosom, makropain) podjednotka, beta typ, 1 (PSMB1), mRNA
  • PSMB2 NM_002794 Homo sapiens proteazom (prosom, makropain) podjednotka, beta typ, 2 (PSMB2), mRNA
  • PSMB3 NM_002795
  • PSMB4 NM_002796 Homo sapiens proteazom (prosom, makropain) podjednotka, typ beta, 4 (PSMB4), mRNA
  • PSMB5 NM_002797
  • PSMB6 NM_002798
  • PSMB7 NM_002799 Homo sapiens proteazom (prosome, makropain) podjednotka, beta typ, 7 (PSMB7), mRNA
  • PSMC2 NM_002803
  • PSMC3 NM_002804
  • PSMC4 NM_006503
  • PSMC5 NM_002805
  • PSMC6 NM_002806
  • PSMD1 NM_002807
  • PSMD10 NM_002814
  • PSMD11 NM_002815 Homo sapiens proteazom (prosom, makropain) 26S podjednotka, non-ATPáza, 11
  • PSMD12 NM_002816
  • PSMD13 NM_002817
  • PSMD14 NM_005805
  • PSMD2 NM_002808
  • PSMD3 NM_002809
  • PSMD4 NM_002810
  • PSMD5 NM_005047
  • PSMD6 NM_014814
  • PSMD7 NM_002811
  • PSMD8 NM_002812 Homo sapiens proteazom (prosom, makropain) 26S podjednotka, non-ATPáza, 8 (PSMD8),
  • PSMD9 NM_002813
  • PSME2 NM_002818 Homo sapiens proteazom (prosom, makropain) aktivační podjednotka 2 (PA28 beta)
  • PSME3 NM_005789
  • PSMF1 NM_006814
  • PSMG2 NM_020232
  • PSMG3 NM_032302
  • PSMG4 NM_001128591
  • UBA1 NM_003334 Homo sapiens ubikvitin aktivující enzym E1 (teplota A1S9T a BN75
  • UBA2 NM_005499
  • UBA3 NM_003968
  • UBA5 NM_024818
  • UBA52 NM_003333
  • UBAC2 NM_177967
  • UBALD1 NM_145253
  • UBAP1 NM_016525
  • UBAP2L NM_014847
  • UBB NM_018955 Homo sapiens ubikvitin B (UBB), mRNA
  • UBC NM_021009 Homo sapiens ubikvitin C (UBC), mRNA
  • UBE2A NM_003336
  • UBE2B NM_003337
  • UBE2D2 NM_003339 Homo sapiens ubikvitin-konjugující enzym E2D 2 (UBC4 / 5 homolog, kvasnice)
  • UBE2D3 NM_003340
  • UBE2D4 NM_015983
  • UBE2E1 NM_003341
  • UBE2E2 NM_152653
  • UBE2E3 NM_006357
  • UBE2F NM_080678
  • UBE2G2 NM_003343
  • UBE2H NM_003344
  • UBE2I NM_003345 Homo sapiens ubikvitin konjugující enzym E2I (homolog UBC9, kvasnice) (UBE2I),
  • UBE2J1 NM_016021
  • UBE2J2 NM_058167
  • UBE2K NM_005339
  • UBE2L3 NM_003347
  • UBE2M NM_003969 Homo sapiens ubikvitin konjugující enzym E2M (homolog UBC12, kvasnice) (UBE2M),
  • UBE2N NM_003348
  • UBE2NL NM_001012989
  • UBE2Q1 NM_017582
  • UBE2R2 NM_017811
  • UBE2V1 NM_021988
  • UBE2V2 NM_003350
  • UBE2W NM_018299
  • UBE2Z NM_023079
  • UBE3A NM_000462
  • UBE3B NM_130466
  • UBE3C NM_014671
  • UBE4A NM_004788
  • UBE4B NM_006048
  • USP10 NM_005153
  • USP14 NM_005151
  • USP16 NM_006447
  • USP19 NM_006677
  • USP22 NM_015276
  • USP25 NM_013396
  • USP27X NM_001145073
  • USP33 NM_015017
  • USP38 NM_032557
  • USP39 NM_006590
  • USP4 NM_003363
  • USP47 NM_017944
  • USP5 NM_003481
  • USP7 NM_003470
  • USP8 NM_005154
  • USP9X NM_001039590

Ribonukleáza

Thioreduktáza

Strukturální

Cytoskeletální

[2][17][18]

Organelle syntéza

Specializovaná forma buněčné signalizace

Mitochondrie

Povrch

Adheze buněk

Kanály a transportéry

Receptory

Rozpoznávání HLA / imunoglobulin / buňky

Kinázy / signalizace

Faktory růstu

Faktor nekrózy tkáně

Kasein kináza

Smíšený

  • ALAS1 Syntáza kyseliny aminolevulové typu 1 (typ 2 je erytroidní a souvisí s porfyrií)
  • ARHGEF2[2] Faktor výměny guaninového nukleotidu Rho
  • ARMET[2][15] Neurotrofický faktor odvozený z mezencefalického astrocytu
  • AES[2][15] aminoterminální zesilovač rozdělení
  • BECN1[2] podílí se na autofagii a spolupracuje s PI3K
  • BUD31[2] dříve přepis mateřské G10
  • Kreatinkináza[2] CKB (nádrž ATP)
  • Cytidindeamináza[2] pochybné: vůbec se nevyskytuje na velmi vysokých úrovních
  • CPNE1[2]
  • ENSA (gen)[2]
  • FTH1[2] Těžký řetězec feritinu
  • GDI2[2] obchodování s loděmi rab / ras
  • GUK1[2][15] Guanylátkináza přenáší fosfát z ATP na GMP
  • HPRT[2][17][18] Hypoxanthin-guanin fosforibosyltransferáza
  • IFITM1[2] Vyvolává interferon, transmembránový protein
  • JTB (gen)[2][15] Hranice přeskoku translokace
  • MMPL2[2]
  • NME2[2][15] (dříve NM23B) Nukleosiddifosfátkináza
  • NE[2][17]
  • P4HB[2][15]
  • PRDX1[2] peroxiredoxin (snižuje peroxidy)
  • PTMA[2] Prothymosin
  • RPA2[2] Váže DNA během replikace, aby se udržovala narovnaná
  • SULT1A3[2] Sulfátová konjugace (poznámka: SULT1C je v dřívější literatuře citován jako všudypřítomný [15] ale toto může být příklad různých značek používaných k označení společné oblasti 2 blízce příbuzných genů. Pokud je značka příliš krátká, nemusí být dostatečně konkrétní, aby skutečně určila jednoho člena rodiny genů z jiného)
  • SYNGR2[2][15] Synaptogyrin (může se podílet na translokaci cév)
  • Tetratrikopeptid, TTC1[2] malý tetratrikopeptid bohatý na glutamin

Open_read_frame

Spermie / varle

Ačkoli je tato stránka věnována genům, které by měly být všudypřítomně exprimovány, tato část je určena pro geny, jejichž současný název odráží jejich relativní upregulaci ve varlatech

Viz také

Reference

  1. ^ A b C d E Hounkpe, Bidossessi Wilfried; Chenou, Francine; de-Lima, Franciele; De-Paula, Erich Vinicius (2020-07-14). „Databáze HRT Atlas v1.0: předefinování lidských a myších úklidových genů a kandidátních referenčních přepisů těžbou masivních datových sad RNA-seq“. Výzkum nukleových kyselin: gkaa609. doi:10.1093 / nar / gkaa609. ISSN  0305-1048.
  2. ^ A b C d E F G h i j k l m n Ó str q r s t u proti w X y z aa ab ac inzerát ae af ag ah ai aj ak al dopoledne an ao ap vod ar tak jako na au av aw sekera ano az ba bb před naším letopočtem bd být bf bg bh bi bj bk bl bm bn bo bp bq br bs bt bu bv bw bx podle B z ca. cb cc CD ce srov srov ch ci cj ck tř cm cn co str CQ cr cs ct cu životopis cw cx cy cz da db DC dd de df dg dh di dj dk dl dm dn dělat dp dq dr ds dt du dv dw dx dy dz ea např ec vyd ee ef např eh ei ej ek el em en eo ep ekv ehm es et eu ev ew např ey ez fa fb fc fd fe ff fg fh fi fj fk fl fm fn fo fp FAQ fr fs ft fu F v fw Eisenberg E, Levanon EY (červenec 2003). "Lidské geny pro úklid jsou kompaktní". Trendy v genetice. 19 (7): 362–5. arXiv:q-bio / 0309020. doi:10.1016 / S0168-9525 (03) 00140-9. PMID  12850439.
  3. ^ Butte AJ, Dzau VJ, Glueck SB (prosinec 2001). Geny „Další definice úklidu“ nebo „údržba“ Zaměření na „Kompendium genové exprese v normálních lidských tkáních"". Fyziologická genomika. 7 (2): 95–6. doi:10.1152 / physiolgenomics.2001.7.2.95. PMID  11773595.
  4. ^ Zhu J, He F, Hu S, Yu J (říjen 2008). „O povaze lidských úklidových genů“. Trendy v genetice. 24 (10): 481–4. doi:10.1016 / j.tig.2008.08.004. PMID  18786740.
  5. ^ Greer S, Honeywell R, Geletu M, Arulanandam R, Raptis L (duben 2010). "Úklidové geny; úrovně exprese se mohou měnit s hustotou kultivovaných buněk". Journal of Immunological Methods. 355 (1–2): 76–9. doi:10.1016 / j.jim.2010.02.006. PMID  20171969.
  6. ^ Rifkind RA, Marks PA, Bank A, Terada M, Maniatis GM, Reuben R, Fibach E (listopad – prosinec 1976). „Diferenciace erytroidů a buněčný cyklus: některé důsledky z myších fetálních a erytroleukemických buněk“. Annales d'Immunologie. 127 (6): 887–93. PMID  1070288.
  7. ^ Smale ST, Kadonaga JT (2003). "Jádrový promotor RNA polymerázy II". Roční přehled biochemie. 72: 449–79. doi:10,1146 / annurev.biochem.72.121801.161520. PMID  12651739.
  8. ^ Rach EA, Winter DR, Benjamin AM, Corcoran DL, Ni T, Zhu J, Ohler U (leden 2011). „Transkripční iniciační vzorce naznačují odlišné strategie pro genovou regulaci na úrovni chromatinu“. PLoS Genetics. 7 (1): e1001274. doi:10.1371 / journal.pgen.1001274. PMC  3020932. PMID  21249180.
  9. ^ Ni T, Corcoran DL, Rach EA, Song S, Spana EP, Gao Y, Ohler U, Zhu J (červenec 2010). „Strategie párování na konci mapující komplexní prostředí iniciace transkripce“. Přírodní metody. 7 (7): 521–7. doi:10.1038 / nmeth.1464. PMC  3197272. PMID  20495556.
  10. ^ Carninci P, Sandelin A, Lenhard B, Katayama S, Shimokawa K, Ponjavic J a kol. (Červen 2006). „Analýza genomu a vývoje evoluce savčích promotorů v celém genomu“. Genetika přírody. 38 (6): 626–35. doi:10.1038 / ng1789. PMID  16645617.
  11. ^ Hoskins RA, Landolin JM, Brown JB, Sandler JE, Takahashi H, Lassmann T a kol. (Únor 2011). „Celá analýza genomu promotorové architektury v Drosophila melanogaster“. Výzkum genomu. 21 (2): 182–92. doi:10,1101 / gr. 114466610. PMC  3032922. PMID  21177961.
  12. ^ Lam KC, Mühlpfordt F, Vaquerizas JM, Raja SJ, Holz H, Luscombe NM a kol. (2012). „Komplex NSL reguluje úklidové geny v Drosophile“. PLoS Genetics. 8 (6): e1002736. doi:10.1371 / journal.pgen.1002736. PMC  3375229. PMID  22723752.
  13. ^ Lam KC, Chung HR, Semplicio G, Iyer SS, Gaub A, Bhardwaj V, et al. (Únor 2019). „Pro zachování věrnosti transkripce a potlačení transkripčního šumu je nutná krajina nukleosomů zprostředkovaná komplexem NSL“. Geny a vývoj. 33 (7–8): 452–465. doi:10,1101 / gad.321489.118. PMC  6446542. PMID  30819819.
  14. ^ Zabidi MA, Arnold CD, Schernhuber K, Pagani M, Rath M, Frank O, Stark A (únor 2015). „Specifičnost Enhancer-core-promotor odděluje vývojovou a úklidovou genovou regulaci“. Příroda. 518 (7540): 556–9. doi:10.1038 / příroda13994. PMC  6795551. PMID  25517091.
  15. ^ A b C d E F G h i j k l m n Ó str q r s t u proti w X y z aa ab ac inzerát ae af ag ah ai aj ak al dopoledne an ao ap vod ar tak jako na au av aw sekera ano az ba bb před naším letopočtem bd být bf bg bh bi bj bk bl bm bn bo bp bq br bs bt bu bv bw bx podle B z ca. cb cc CD ce srov srov ch ci cj ck tř cm cn co Velculescu VE, Madden SL, Zhang L, Lash AE, Yu J, Rago C, Lal A, Wang CJ, Beaudry GA, Ciriello KM, Cook BP, Dufault MR, Ferguson AT, Gao Y, He TC, Hermeking H, Hiraldo SK , Hwang PM, Lopez MA, Luderer HF, Mathews B, Petroziello JM, Polyak K, Zawel L, Kinzler KW (prosinec 1999). "Analýza lidských transkriptomů". Genetika přírody. 23 (4): 387–8. doi:10.1038/70487. PMID  10581018.
  16. ^ Hsiao LL, Dangond F, Yoshida T, Hong R, Jensen RV, Misra J a kol. (Prosinec 2001). "Kompendium genové exprese v normálních lidských tkáních". Fyziologická genomika. 7 (2): 97–104. CiteSeerX  10.1.1.333.2656. doi:10.1152 / physiolgenomics.00040.2001. PMID  11773596.
  17. ^ A b C d E F Quiagen. "RT2 Profiler PCR Array (96jamkový formát a 384jamkový formát"). Qiagen katalogové číslo 330231 PAHS-00ZA.
  18. ^ A b C Caradec J, Sirab N, Keumeugni C, Moutereau S, Chimingqi M, Matar C, Revaud D, Bah M, Manivet P, Conti M, Loric S (březen 2010). "'Geny zoufalství: dramatický příklad hypoxie “. British Journal of Cancer. 102 (6): 1037–43. doi:10.1038 / sj.bjc.6605573. PMC  2844028. PMID  20179706.

externí odkazy