RAD23B - RAD23B

RAD23B
Protein RAD23B PDB 1dv0.png
Dostupné struktury
PDBHledání ortologu: PDBe RCSB
Identifikátory
AliasyRAD23B, HHR23B, HR23B, P58, RAD23 homolog B, nukleotidový excizní opravný protein
Externí IDOMIM: 600062 MGI: 105128 HomoloGene: 37704 Genové karty: RAD23B
Umístění genu (člověk)
Chromozom 9 (lidský)
Chr.Chromozom 9 (lidský)[1]
Chromozom 9 (lidský)
Genomické umístění pro RAD23B
Genomické umístění pro RAD23B
Kapela9q31.2Start107,283,137 bp[1]
Konec107,332,192 bp[1]
Exprese RNA vzor
PBB GE RAD23B 201222 s na fs.png

PBB GE RAD23B 201223 s na fs.png
Další údaje o referenčních výrazech
Ortology
DruhČlověkMyš
Entrez

5887

19359

Ensembl

ENSG00000119318

ENSMUSG00000028426

UniProt

P54727
Q5W0S4

P54728

RefSeq (mRNA)

NM_002874
NM_001244713
NM_001244724

NM_009011

RefSeq (protein)

NP_001231642
NP_001231653
NP_002865

NP_033037

Místo (UCSC)Chr 9: 107,28 - 107,33 MbChr 4: 55,35 - 55,39 Mb
PubMed Vyhledávání[3][4]
Wikidata
Zobrazit / upravit člověkaZobrazit / upravit myš

UV excizní opravný protein RAD23 homolog B je protein že u lidí je kódován RAD23B gen.[5][6]

Funkce

Protein kódovaný tímto genem je jedním ze dvou lidských homologů Saccharomyces cerevisiae Rad23, proteinu zapojeného do opravy nukleotidové excize (NER). Bylo zjištěno, že tento protein je složkou proteinového komplexu, který specificky doplňuje NER defekt buněčných extraktů xeroderma pigmentosum skupiny C (XP-c) in vitro. Ukázalo se také, že tento protein interaguje s a zvyšuje aktivitu nukleotidové excize 3-methyladenin-DNA glykosylázy (MPG), což naznačuje roli v rozpoznávání poškození DNA při opravě základní excize. Tento protein obsahuje N-koncovou doménu podobnou ubikvitinu, o které se uvádí, že interaguje s 26S proteazomem, a proto může být tento protein zapojen do proteolytické dráhy zprostředkované ubikvitinem v buňkách.[7]

Role v opravě DNA

Komplex XPC-RAD23B je počátečním faktorem rozpoznání poškození oprava excize globálního genomového nukleotidu (GG-NER). XPC-RAD23B rozpoznává širokou škálu lézí, které termodynamicky destabilizují duplexy DNA, včetně UV produktů indukovaných fotoprodukty (dimery cyklopyrimidinu a 6-4 fotoproduktů), adukty tvořené environmentálními mutageny, jako je benzo [a] pyren nebo různé aromatické aminy, určité oxidační endogenní léze, jako jsou cyklopuriny a adukty tvořené chemoterapeutickými léky proti rakovině, jako je cisplatina. Pro sestavení druhého jádra je nutná přítomnost XPC-RAD23B NE faktory a progrese cestou NER in vitro i in vivo.[8] Ačkoli většina studií byla provedena s XPC-RAD23B, je součástí trimerního komplexu s centrin-2, proteinem vázajícím vápník z rodiny kalmodulinů.[8]

Epigenetická represe

Úroveň exprese proteinu RAD23B může být epigeneticky potlačen, buď methylace promotoru genu RAD23B[9][10] nebo kteroukoli ze dvou mikroRNA (miR-744-3p[11] nebo miR-373[12]).

Nedostatek RAD23B při rakovině

Nedostatek v expresi genu pro opravu DNA zvyšuje riziko rakoviny (viz Nedostatečná oprava DNA v karcinogenezi ). Exprese RAD23B je snížena v nádorové tkáni žen s rakovinou prsu.[13] Bylo také pozorováno nízké procento RAD23B pozitivních jader u vysoce kvalitního karcinomu prsu.[14]

RAD23B byl podstatně snížen methylací promotoru v buněčné linii odvozené od mnohočetného myelomu.[9] a snížena metylací promotoru u malého podílu nemalobuněčných nádorů plic (NSCLC).[10]

RAD23B se jeví jako jeden z 26 genů pro opravu DNA, které jsou epigeneticky potlačovány u různých druhů rakoviny (viz Epigenetika rakoviny ).

Interakce

RAD23B bylo prokázáno komunikovat s PSMD4[15] a Ataxin 3.[16]

Reference

  1. ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000119318 - Ensembl, Květen 2017
  2. ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000028426 - Ensembl, Květen 2017
  3. ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
  4. ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
  5. ^ van der Spek PJ, Smit EM, Beverloo HB, Sugasawa K, Masutani C, Hanaoka F, Hoeijmakers JH, Hagemeijer A (říjen 1994). „Chromozomální lokalizace tří opravných genů: gen C xeroderma pigmentosum a dva lidské homology kvasinek RAD23“. Genomika. 23 (3): 651–8. doi:10.1006 / geno.1994.1554. PMID  7851894.
  6. ^ Masutani C, Sugasawa K, Yanagisawa J, Sonoyama T, Ui M, Enomoto T, Takio K, Tanaka K, van der Spek PJ, Bootsma D (duben 1994). „Čištění a klonování opravného komplexu nukleotidové excize zahrnující protein skupiny C xeroderma pigmentosum a lidský homolog kvasinek RAD23“. Časopis EMBO. 13 (8): 1831–43. doi:10.1002 / j.1460-2075.1994.tb06452.x. PMC  395023. PMID  8168482.
  7. ^ „Entrez Gene: RAD23B RAD23 homolog B (S. cerevisiae)“.
  8. ^ A b Schärer OD (říjen 2013). „Oprava nukleotidové excize u eukaryot“. Perspektivy Cold Spring Harbor v biologii. 5 (10): a012609. doi:10.1101 / cshperspect.a012609. PMC  3783044. PMID  24086042.
  9. ^ A b Peng B, Hodge DR, Thomas SB, Cherry JM, Munroe DJ, Pompeia C, Xiao W, Farrar WL (únor 2005). „Epigenetické umlčení lidského genu pro opravu excize lidského nukleotidu, hHR23B, v buňkách KAS-6/1 mnohočetného myelomu reagujících na interleukin-6“. The Journal of Biological Chemistry. 280 (6): 4182–7. doi:10,1074 / jbc.M412566200. PMID  15550378.
  10. ^ A b Do H, Wong NC, Murone C, John T, Solomon B, Mitchell PL, Dobrovic A (2014). „Kritické přehodnocení methylace promotoru genu pro opravu DNA u nemalobuněčného karcinomu plic“. Vědecké zprávy. 4: 4186. Bibcode:2014NatSR ... 4E4186D. doi:10.1038 / srep04186. PMC  3935198. PMID  24569633.
  11. ^ Hatano K, Kumar B, Zhang Y, Coulter JB, Hedayati M, Mears B, Ni X, Kudrolli TA, Chowdhury WH, Rodriguez R, DeWeese TL, Lupold SE (duben 2015). „Funkční obrazovka identifikuje miRNA, které inhibují opravu DNA a senzibilizují buňky rakoviny prostaty na ionizující záření.“. Výzkum nukleových kyselin. 43 (8): 4075–86. doi:10.1093 / nar / gkv273. PMC  4417178. PMID  25845598.
  12. ^ Crosby ME, Kulshreshtha R, Ivan M, Glazer PM (únor 2009). "MicroRNA regulace exprese genu pro opravu DNA v hypoxickém stresu". Výzkum rakoviny. 69 (3): 1221–9. doi:10.1158 / 0008-5472.CAN-08-2516. PMC  2997438. PMID  19141645.
  13. ^ Matta J, Morales L, Dutil J, Bayona M, Alvarez C, Suarez E (únor 2013). „Diferenciální exprese genů pro opravu DNA u hispánských žen s rakovinou prsu“. Biologie molekulární rakoviny. 1 (1): 54. doi:10,9777 / mcb.2013.10006 (neaktivní 12. 10. 2020). PMC  4189824. PMID  25309843.CS1 maint: DOI neaktivní od října 2020 (odkaz)
  14. ^ Linge A, Maurya P, Friedrich K, Baretton GB, Kelly S, Henry M, Clynes M, Larkin A, Meleady P (červenec 2014). "Identifikace a funkční validace RAD23B jako potenciálního proteinu v progresi rakoviny prsu u člověka". Journal of Proteome Research. 13 (7): 3212–22. doi:10.1021 / pr4012156. PMID  24897598.
  15. ^ Hiyama H, Yokoi M, Masutani C, Sugasawa K, Maekawa T, Tanaka K, Hoeijmakers JH, Hanaoka F (září 1999). "Interakce hHR23 s S5a. Ubiquitinová doména hHR23 zprostředkovává interakci s podjednotkou S5a proteasomu 26 S" (PDF). The Journal of Biological Chemistry. 274 (39): 28019–25. doi:10.1074 / jbc.274.39.28019. PMID  10488153. S2CID  1757366.
  16. ^ Wang G, Sawai N, Kotliarova S, Kanazawa I, Nukina N (červenec 2000). „Ataxin-3, produkt genu MJD1, interaguje se dvěma lidskými homology kvasinkového opravného proteinu DNA RAD23, HHR23A a HHR23B“. Lidská molekulární genetika. 9 (12): 1795–803. doi:10,1093 / hmg / 9.12.1795. PMID  10915768.

Další čtení