SLC46A3 - SLC46A3

SLC46A3
Identifikátory
AliasySLC46A3, FKSG16, SLC46A3 (gen), rodina nosičů solutů 46 členů 3
Externí IDOMIM: 616764 MGI: 1918956 HomoloGene: 41733 Genové karty: SLC46A3
Umístění genu (člověk)
Chromozom 13 (lidský)
Chr.Chromozom 13 (lidský)[1]
Chromozom 13 (lidský)
Genomické umístění pro SLC46A3
Genomické umístění pro SLC46A3
Kapela13q12.3Start28,700,064 bp[1]
Konec28,718,970 bp[1]
Ortology
DruhČlověkMyš
Entrez

283537

71706

Ensembl

ENSG00000139508

ENSMUSG00000029650

UniProt

Q7Z3Q1

Q9DC26

RefSeq (mRNA)

NM_001135919
NM_181785
NM_001347960

NM_027872
NM_001357002

RefSeq (protein)

NP_001129391
NP_861450
NP_001334889

NP_082148
NP_001343931

Místo (UCSC)Chr 13: 28,7 - 28,72 MbChr 5: 147,88 - 147,89 Mb
PubMed Vyhledávání[3][4]
Wikidata
Zobrazit / upravit člověkaZobrazit / upravit myš

Rodina členů nosiče Solute 46 členů 3 (SLC46A3) je a protein že u lidí je kódován SLC46A3 gen.[5] Také označovaný jako FKSG16, protein patří do hlavní pomocná rodina (MFS) a řada SLC46A.[6] Nejčastěji se nachází v plazmatická membrána a endoplazmatické retikulum (ER), SLC46A3 je víceprůchodový membránový protein s 11 α-šroubovice transmembránové domény.[7][8] Podílí se hlavně na transportu malých molekul přes membránu přes póry translokace substrátu, které jsou součástí MFS doména.[9][10] Protein je spojen s prsa a rakovina prostaty, hepatocelulární karcinom (HCC), papilom, gliom, obezita, a SARS-CoV.[11][12][13][14][15][16] Na základě diferenciální exprese SLC46A3 v konjugát protilátka-lék (ADC) rezistentní buňky a některé rakovinné buňky, současný výzkum se zaměřuje na potenciál SLC46A3 jako prognostického biomarker a terapeutický cíl pro rakovinu.[17] Zatímco nadbytek bílkovin je u lidí relativně nízký, vysoká exprese byla zjištěna zejména v játra, tenké střevo, a ledviny.[18][19]

Gen

Gen SLC46A3, známý také pod svými aliasy nosná rodina 46 členů 3 a FKSG16, se nachází na 13q12.3 na opačném řetězci u lidí.[5] Gen pokrývá 18 950 bází od 28 700 064 do 28 719 013 (GRCh38 / hg38), ohraničený OKÁZALOST upstream a CYP51A1P2 downstream.[6][20] SLC46A3 obsahuje 6 exony a 5 introny.[5] Existují dva paralogy pro tento gen, SLC46A1 a SLC46A2 a ortology tak vzdálený jako houby.[21] Zatím více než 4580 jednonukleotidové polymorfismy (SNP) pro tento gen byly identifikovány.[22] SLC46A3 je exprimován na relativně nízkých úrovních, přibližně 0,5násobku průměrného genu.[23] Genová exprese je mimořádně vysoká v játrech, tenkém střevě a ledvinách.[18][19]

Přepis

Varianty přepisu

SLC46A3 má několik variant přepisu vytvořených různými promotér regiony a alternativní sestřih.[5][24] Celkem 4 varianty přepisu se nacházejí v RefSeq databáze.[25] Varianta 1 je nejhojnější.[26]

Varianty přepisu SLC46A3
Varianta přepisuPřístupové čísloDélka (bp)Popis
1[26]NM_181785.43302MANE vybrat. Varianta 1 kóduje izoforma A.
2[27]NM_001135919.22758Varianta 2 kóduje izoformu b. Chybí mu segment v 3 'kódující oblasti a výsledný shifthift způsobí, že izoforma b má delší C-konec než izoforma a.
3[28]NM_001347960.13099Varianta 3 také kóduje isofrom z. Varianty 1 a 3 se liší 5 'nepřekládané oblasti (UTR).
X1[29]XM_005266361.21845Varianta X1 kóduje izoformu X1.

* Zobrazené délky nezahrnují introny.

Protein

Izoformy

U SLC46A3 byly hlášeny 3 izoformy.[5] Isoform a je MANE select a nejhojnější.[30] Všechny izoformy obsahují domény MFS a MFS_1 a také 11 transmembránových oblastí.[8][31][32]

Izoformy proteinu SLC46A3
IsoformPřístupové čísloDélka (aa)Přepis
A[30][8]NP_861450.1

NP_001334889.1

4611,3
b[31]NP_001129391.14632
X1[32]XP_005266418.1463X1

* Zobrazené délky jsou pro prekurzorové proteiny.

Vlastnosti

SLC46A3 je integrální membránový protein 461 aminokyseliny (aa) délky s a molekulární váha (MW) 51,5 kDa.[33] Bazální izoelektrický bod (pi) pro tento protein je 5,56.[34] Protein obsahuje kromě domén MFS a MFS_1 11 transmembránových domén.[30] Domény MFS a MFS_1 se do značné míry překrývají a obsahují 42 domnělých translokačních pórů substrátu, u nichž se předpokládá, že se váží substráty pro transmembránovou dopravu.[10] Translokační póry substrátu mají přístup na obě strany membrány střídavě prostřednictvím a konformační změna. SLC46A3 postrádá nabité a polární aminokyseliny, přičemž obsahuje zejména přebytek nepolárních aminokyselin fenylalanin (Phe).[33] Výsledný hydrofobicita je převážně koncentrován v transmembránových oblastech pro interakce s mastné kyseliny řetězy v lipidová dvojvrstva.[35] Transmembránové domény mají také nedostatek prolin (Pro), šroubovák.[33]

Analýza sekvence proteinů SLC46A3. Modré pruhy obklopují doménu MFS a červené závorky transmembránové oblasti. i = LVIF.

Proteinová sekvence obsahuje smíšené, pozitivní a negativní shluky nábojů, z nichž každý má vysoký obsah glutamin (Glu).[33] Klastry jsou umístěny mimo transmembránové oblasti, a tedy jsou vystaveno rozpouštědlům. Jsou také přítomny dva běhy 0, které procházejí několika transmembránovými doménami a navíc běh + / * mezi dvěma transmembránovými doménami. Protein obsahuje C- (X)2-C motiv (CLLC), který je většinou přítomen v proteiny vázající kov a oxidoreduktázy.[36] A třídicí signál sekvenční motiv, YXXphi, se také nachází na Tyr246 - Phe249 (YMLF) a Tyr446 - Leu449 (YELL).[37][38] Tento třídicí signál založený na Y směruje obchodování v endosomálních a sekrečních drahách integrálních membránových proteinů interakcí s mu podjednotkami komplexu adaptorového proteinu (AP).[39] The protein adaptéru převádějícího signál 1 (STAP1) Src homologie 2 (SH2) doména motiv vazby na Tyr446 - Ile450 (YELLI) je a fosfotyrosin (pTyr) kapsa, která slouží jako dokovací místo pro doménu SH2, která je ústředním bodem tyrosinkináza signalizace.[37][40] Několik periodicit typických pro α-šroubovice (periody 3.6 zbytky v hydrofobicitě) zahrnují transmembránové domény.[41] 3 tandemové opakování s délkou jádrového bloku 3 aa (GNYT, VSTF, STFI) jsou sledovány v celé sekvenci.[33]

Sekundární struktura

Šnekové kolo transmembránové domény 3.

Na základě výsledků Ali2D, sekundární struktura SLC46A3 je bohatý na α-šroubovice s náhodné cívky mezi.[42] Přesněji se předpokládá, že se protein skládá ze 62,9% α-šroubovice, 33,8% náhodné cívky a 3,3% prodloužené vlákno. Oblasti α-šroubovic pokrývají většinu transmembránových domén. The signální peptid se také předpokládá, že vytvoří α-šroubovici, nejpravděpodobněji v h-region.[43] The amfipatický α-šroubovice mají zvláštní orientaci s nabitými / polárními a nepolárními zbytky na opačných stranách šroubovice hlavně kvůli hydrofobní účinek.[44]

Membránová topologie SLC46A3.

Membránová topologie SLC46A3 ukazuje 11 a-helikálních transmembránových domén zabudovaných v membráně s N-konec orientovaný na extracelulární oblast (nebo lumen ER) a C-konec rozšířen na cytoplazmatická oblast.[45][46]

Terciární struktura

Terciární struktura SLC46A3.
Stránky vázající ligand SLC46A3. A: 78M, B: Y01, C: 37X.

Model pro terciární struktura SLC46A3 byla postavena I-TASSER na základě homologní krystalové struktury člověka transportér organických aniontů MFSD10 (Tetran) s a TM-skóre 0,853.[47][48][49] Struktura obsahuje shluk 17 α-šroubovic, které překlenují membránu, a náhodné cívky, které spojují tyto α-šroubovice. Násobek ligand vazebná místa se také předpokládají ve struktuře, včetně vazebných míst pro (2S) -2,3-dihydroxypropyl (7Z) -pentadec-7-enoát (78 M), hemisukcinát cholesterolu (Y01) a oktyl glukóza neopentyl glykol (37 X) .[50][51]

Ligandová vazebná místa SLC46A3[49]
LigandC-skóreVelikost shlukuZbytky vazebného místa pro ligandy
78 mil0.053112, 116, 197, 198, 201, 204, 208
Y010.05389, 241, 265, 269, 273, 391, 394, 399
37X0.03286, 89, 90, 94, 109, 136

Regulace genové exprese

Regulace úrovně genu

Promotér

SLC46A3 nese 4 promotorové oblasti, které vedou k různým variantám transkriptu, jak je identifikoval ElDorado v Genomatix.[24] Pořadatel A podporuje přepis varianty 1 (GXT_2836199).

Pořadatelé SLC46A3[24]
PromotérnázevStartKonecDélka (bp)Přepis
AGXP_19067828718802287200921291GXT_2775378, GXT_29165870, GXT_23385588, GXT_2836199, GXT_26222267, GXT_22739111, GXT_23500299
BGXP_19067628714934287159731040GXT_2785139
CGXP_19067928713272287143111040GXT_2781051
DGXP_1967728704518287055571040GXT_2781071

* Souřadnice jsou pro GRCh38.

Faktory přepisu

Transkripční faktory (TF) se vážou na promotorovou oblast SLC46A3 a modulují transkripci genu.[52] Níže uvedená tabulka ukazuje sestavený seznam predikovaných TF. MYC protoonkogen (c-Myc), nejsilnější zásah na Genomatix s a podobnost matice 0,994, dimerizuje s faktor X spojený s myc (MAX) ovlivnit genovou expresi způsobem, který zvyšuje buněčnou proliferaci a buněčný metabolismus.[53][54] Jeho exprese je vysoce amplifikována u většiny lidských rakovin, včetně Burkittova lymfomu. The heterodimer může potlačit genovou expresi vazbou na myc-interagující protein se zinkovým prstem 1 (MIZ1), který se také váže na promotor SLC46A3. CCAAT-vytěsňovací protein (CDP) a nukleární transkripční faktor Y (NF-Y) mají více vazebných míst v promotorové sekvenci (3 místa pro CDP a 2 místa pro NF-Y).[53] CDP, také známý jako Cux1, je transkripční represor.[55] NF-Y je heterotrimerikum komplex ze tří různých podjednotky (NF-YA, NF-YB, NF-YC ), který reguluje genovou expresi, pozitivně i negativně, vazbou na CCAAT box.[56]

SLC46A3 transkripční faktory[53]
Faktor transkripcePopisMaticová podobnost
HIFhypoxií indukovatelný faktor0.989
c-Mycmykocytomatóza onkogen (protoonkogen c-Myc)0.994
GATA1Faktor vázání GATA 10.983
PXR /RXRheterodimer receptoru pregnanu X / retinoidu X.0.833
RREB1Protein vázající se na prvek Ras 10.815
TFCP2L1transkripční faktor podobný CP2 1 (LBP-9)0.897
ZNF34protein se zinkovým prstem 34 (KOX32)0.852
MIZ1myc-interagující protein se zinkovým prstem 1 (ZBTB17)0.962
RFX5regulační faktor X50.758
CEBPBCCAAT / protein vázající zesilovač beta0.959
KLF2Kruppelův faktor 2 (LKLF)0.986
CSRNP1jaderný protein 1 bohatý na cysteiny / seriny (AXUD1)1.000
CDPCCAAT-vytěsňovací protein (CDP / Cux)0.983

0.949

0.955

NF-Ynukleární transkripční faktor Y0.944

0.934

ZNF692protein zinkového prstu 6920.855
KAISOtranskripční faktor Kaiso (ZBTB33)0.991
SP4transkripční faktor Sp40.908
ZBTB24zinkový prst a doména BTB obsahující 240.864
E2F4E2F transkripční faktor 40.982

Výrazový vzor

Profil založený na genovém výrazovém poli pro SLC46A3.

RNAseq data ukazují, že SLC46A3 se nejvíce exprimuje v játrech, tenkém střevě a ledvinách a relativně nízká exprese v DNA mozek, kosterní sval, slinná žláza, placenta, a žaludek.[18][19][57] U plodů 10 - 20 týdnů se nadledvina a střevo hlásit vysoký výraz, zatímco srdce, ledvina, plíce a žaludek ukazují opak.[58] Microarray data z NCBI GEO vykazují vysokou expresi v pankreatické ostrůvky, hypofýza, lymfatické uzliny, periferní krev a játra s percentilové řady 75 nebo vyšší.[59] Naopak tkáně patří mezi nejvíce nízko exprimované hladiny SLC46A3 bronchiální epitelové buňky, kádové jádro, vynikající cervikální ganglion, hladký sval, a kolorektální adenokarcinom, všechny s percentilem pod 15. Imunohistochemie podporuje expresi genu v játrech a ledvinách i v kůže tkáně, zatímco imunoblotování (Western blot) poskytuje důkazy o množství bílkovin v játrech a mandle, kromě v papilom a gliom buňky.[14]

Hybridizace in situ na páteři myši a krční páteři. (a) - (c) páteř juvenilní myši (P4) a (d) krční páteř dospělé myši (P56).

Hybridizace in situ data ukazují všudypřítomnou expresi genu v myších embryích ve stadiu E14.5 a mozek dospělé myši v postnatálních dnech 56 (P56).[60][61] V páteř juvenilní myši (P4) je SLC46A3 relativně vysoce exprimován v kloubní fazeta, nervový oblouk, a přední a zadní tuberkulózy.[62] The hřbetní roh vykazuje značný výraz v krční páteř dospělé myši (P56).[63]

Nařízení na úrovni přepisu

Proteiny vázající RNA

Proteiny vázající RNA (RBP), které se vážou na 5 'nebo 3 'UTR regulovat mRNA tím, že se zapojíte do Zpracování a modifikace RNA, jaderný export, lokalizace a překlad.[64] Seznam některých z nejpředvídanějších RBP v konzervované regiony 5 'a 3' UTR jsou uvedeny níže.

Proteiny vázající RNA v 5 'UTR[65]
ProteinPopisMotivP-hodnota
MBNL1 (regulátor spojování svalů jako slepý 1)moduluje alternativní sestřih pre-mRNA; váže se specificky na expandovanou dsCUG RNA s opakováním CUG neobvyklé velikosti; přispívá k myotonická dystrofieygcuky8.38×10−3

2.52×10−3

ZC3H10 (typ CCCH se zinkovým prstem obsahující 10)funguje jako a supresor nádoru inhibicí růstu nádorových buněk nezávislého na ukotvení; mitochondriální regulátorssagcgm6.33×10−3
FXR2 (FMR1 autosomální homolog 2)spojené s 60S velká ribozomální podjednotka z polyribozomy; může přispět k syndrom křehkého kognitivního postižení Xdgacrrr7.01×10−3
SRSF7 (sestřihový faktor bohatý na serin / ariginin 7)rozhodující pro mRNA sestřih jako součást spliceosome; podílí se na jaderném exportu a překladu mRNAacgacg6.44×10−3
FMR1 (FMRP translační regulátor 1)spojené s polyribozomy; podílí se na obchodování s mRNA; negativní regulátor překladukgacarg7.53×10−3
HNRNPM (heterogenní nukleární ribonukleoprotein M)ovlivňuje zpracování pre-mRNA, metabolismus mRNA a transport mRNAgguugguu5.07×10−3
YBX2 (Y-box binding protein 2)reguluje stabilitu a překlad zárodečná buňka mRNAaacawcd1.68×10−3
RBM24 (RNA vázající motivový protein 24)regulátor tkáňově specifického sestřihu; podílí se na stabilitě mRNAwgwgugd5.83×10−4
PABPC4 (poly (A) vazebný protein cytoplazmatický 4)reguluje stabilitu labilních druhů mRNA v aktivovaném stavu T buňky; podílí se na překladu v krevní destičky a megakaryocytyaaaaaar5.61×10−3
HuR (lidský antigen R)stabilizuje mRNA vazbou AU bohaté prvky (JSOU)uukruuu4.61×10−3
Proteiny vázající RNA ve 3 'UTR[65]
ProteinPopisMotivP-hodnota
ENOX1 (ekto-NOX disulfid-thiolový výměník 1)podílející se na drahách přenosu plazmových elektronů (PMET) se střídáním hydrochinon (NADH ) oxidáza a bílkoviny výměna disulfid-thiol činnostihrkacag5.17×10−4
CNOT4 (CCR4-NOT transkripční komplexní podjednotka 4)podjednotka Komplex CCR4-NOT; E3 ubikvitinová ligáza aktivita; komunikuje s CNOT1gacaga5.14×10−4
SRSF3 (spojovací faktor 3 bohatý na serin / arginin)rozhodující pro mRNA sestřih jako součást spliceosomu; podílí se na jaderném exportu a překladu mRNAwcwwc4.00×10−4
KHDRBS2 (obsahující vazebnou doménu KH RNA, asociovaná se signální transdukcí 2)ovlivňuje výběr místa sestřihu mRNA a inkluzi exonuRauaaam5.90×10−3
HuR (lidský antigen R)stabilizuje mRNA vazbou AREuukruuu7.12×10−3
RBMS3 (Motiv vázající RNA, jednovláknový interagující protein 3)(mohou být) zapojeni do kontroly metabolismu RNAhauaua1.89×10−3
KHDRBS1 (KH RNA vazebná doména obsahující, signální transdukce spojená 1)podílí se na alternativním sestřihu, buněčný cyklus regulace, tvorba 3'-konce RNA, tumorigeneze a regulace virus lidské imunodeficience (HIV) genová expreseauaaaav2.66×10−4
PABPN1 (poly (A) vázající protein jaderný 1)váže se na rodící se poly (A) ocasy a řídí polymerizace poly (A) ocasů na 3 'koncích eukaryotický přepisyaraaga9.11×10−3
RBM42 (RNA vázající motivový protein 42)podílí se na udržování buněk ATP hladiny pod stresem ochranou cílových mRNAaacuamg4.44×10−4

miRNA

Několik miRNA mají vazebná místa v konzervovaných oblastech 3 'UTR SLC46A3. Následující miRNA mohou negativně regulovat expresi mRNA prostřednictvím Umlčení RNA.[66] Mezi umlčovací mechanismy patří mRNA štěpení a translační represe založené na úrovni doplňkovost mezi cílovou sekvencí miRNA a mRNA.

miRNA[67][68]
názevSekvence závazných stránekCílové skóre
hsa-miR-494-3pATGTTTCA97
hsa-miR-106b-5pGCACTTT - GCACTTT - GCACTTTA94
hsa-miR-7159-5pTTGTTGA - TTGTTGAA94
hsa-miR-5680ATTTCTA - CATTTCT91
hsa-miR-4477bTCCTTAAA - TCCTTAAA91
hsa-miR-660-5pAATGGGT - AATGGGTA89
hsa-miR-4319CTCAGGGA89
hsa-miR-7162-3pACCTCAG89
hsa-miR-137-3pAGCAATAA88
hsa-miR-6071CAGCAGAA88
hsa-miR-597-3pGAGAACCA86
hsa-miR-510-3pTTTCAAA - GTTTCAAA86

Sekundární struktura

Sekundární struktura 3 'UTR.

The sekundární struktura RNA má jak strukturální, tak funkční význam.[69] Mezi různými motivy sekundární struktury je kmenová smyčka Struktura (vlásenková smyčka) je u různých druhů často konzervována díky své roli při skládání RNA, ochraně strukturní stability a poskytování rozpoznávacích míst pro RBP.[70] 5 'UTR oblast SLC46A3 má 7 identifikovaných struktur kmenových smyček a 3' UTR oblast celkem 10.[71] Většina vazebných míst RBP a miRNA uvedených výše je umístěna ve struktuře kmenové smyčky, což platí také pro poly (A) signál na 3 'konci.

Regulace hladiny bílkovin

Subcelulární lokalizace

The k-Nejbližší soused (k-NN) predikce PSORTII předpovídá, že SLC46A3 bude lokalizován hlavně na plazmatické membráně (78,3%) a ER (17,4%), ale také pravděpodobně v mitochondrii (4,3%).[72] Imunofluorescenční barvení SLC46A3 vykazuje pozitivitu v plazmatické membráně, cytoplazmě a aktinová vlákna, ačkoli pozitivita v posledních dvou je s největší pravděpodobností způsobena procesem proteinu, který je transportován myosin z ER do plazmatické membrány; myosin transportuje membránu obsahující náklad vezikuly podél aktinových vláken.[14][73]

Posttranslační úprava

Koncepční překlad SLC46A3.

Protein SLC46A3 obsahuje signální peptid, který usnadňuje co-translační translokace a je štěpen mezi Thr20 a Gly21.[74][75] Výsledný zralý protein o délce 441 aminokyselin je dále podroben posttranslační úpravy (PTM). Sekvence má 3 N-glykosylace místa (Asn38, Asn46, Asn53), která jsou všechna umístěna v necytoplazmatické oblasti ohraničené signálním peptidem a první transmembránovou doménou.[76] Ridigity N-koncové oblasti v blízkosti membrány se zvyšuje o O-GalNAc v Thr25.[77][78] O-GlcNAc v lokalitách Ser227, Thr231, Ser445 a Ser459 jsou zapojeny do regulace signální dráhy.[79][80] Ve skutečnosti podléhají také Ser445 a Ser459 fosforylace, kde jsou spojeny oba weby kasein kináza II (CKII), což navrhuje síť přeslechů, která reguluje aktivitu bílkovin.[81][82][83] Další vysoce konzervovaná fosforylační místa zahrnují Thr166, Ser233, Ser253 a Ser454, na která jsou s největší pravděpodobností namířeny kinázy protein kináza C. (PKC), CKII, PKC a CKI / II. Konzervované glykace místa na epsilon aminoskupinách o lysiny jsou předpovídány na Lys101, Lys239 a Lys374 s možnými rušivými účinky na molekulární konformace a funkce proteinu.[84][85] S-palmitoylace, které pomáhají proteinu pevněji se vázat na membránu tím, že přispívají k hydrofobicitě proteinu a asociaci s membránou, se předpokládá na Cys261 a Cys438.[86][87][88][89] S-palmitoylace může také modulovat interakce SLC46A3 mezi proteiny změnou afinity proteinu k lipidové rafty.

Homologie a evoluce

Paralogy

SLC46A1: Také známý jako transportér folátu spojený s protony, transportuje SLC46A3 folát a antifolát substráty přes buněčné membrány v a pH -závislým způsobem.[90]

SLC46A2: Aliasy zahrnují thymic stromal cotransporter homolog, TSCOT a Ly110. SLC46A2 je zapojen do symporter aktivita.[91]

SLC46A3 Paralogy[21][92]
ParalogOdhadované datum odchylky (MYA)Přístupové čísloSekvenční délka (aa)Identita sekvence (%)Sekvenční podobnost (%)
SLC46A1724NP_542400.24593149
SLC46A2810NP_149040.34752744

Ortology

SLC46A3 je vysoce konzervovaný protein s ortology tak vzdálenými jako houby.[21][92] Úzce související ortology byly nalezeny v savci se sekvenčními podobnostmi nad 75%, zatímco mírně příbuzné ortology pocházejí z druhů ptactvo, plazi, obojživelníci, a Ryba se sekvenčními podobnostmi 50-70%. Vzdálenější ortology mají podobnost sekvencí pod 50% a jsou bezobratlých, placozoa a houby. MFS, MFS_1 a transmembránové domény většinou zůstávají zachovány u všech druhů. Vybraný seznam ortologů získaných prostřednictvím NCBI VÝBUCH je uveden v tabulce níže.

SLC46A3 Ortology[21][92][93]
Rod a druhBěžné jménoTaxonomická skupinaDatum odchylky (MYA)Přístupové čísloSekvenční délka (aa)Identita sekvence (%)Sekvenční podobnost (%)
Homo sapiensČlověkMammalia0NP_861450.1461100100
Macaca mulattaOpice RhesusMammalia29XP_014976295.24609596
Mus musculusHouse MouseMammalia90NP_001343931.14607586
Ornithorhynchus anatinusPtakopyskMammalia177XP_028904425.14626881
Gallus gallusKuřeAves312NP_001025999.14645169
Pseudonaja textilisVýchodní hnědý hadReptilia312XP_026564717.14614463
Xenopus tropicalisTropická drápová žábaObojživelníci352XP_002934077.14734262
Danio rerioZebrafishActinopterygii435XP_021329877.14634262
Rhincodon typusŽralok velrybíChondrichthyes473XP_020383213.14563956
Anneissia japonicaFeather StarCrinoidea684XP_033118008.14662947
Pecten maximusSkvělá hřebenatkaBivalvia797XP_033735180.15172440
Drosophila navojoaOvocný letInsecta797XP_030245348.15951934
Nematostella vectensisStarlet Sea AnemoneAnthozoa824XP_001640625.15092846
Schmidtea mediterraneaPlochý červRhabditophora824AKN21695.14832338
Trichoplax adhaerensTrichoplaxTricoplacia948XP_002114167.14741936
Chytriomyces conferencevaeC. konferenceChytridiomycetes1105TPX75507.14982340
Hlíza magnatumBílý lanýžPezizomycety1105PWW79074.15572134
Cladophialophora bantianaC. bantianaEurotiomycetes1105XP_016623985.15872132
Exophiala mesophilaČerný kvasEurotiomycetes1105RVX69813.15931932
Aspergillus terreusPlíseňEurotiomycetes1105GES65939.16041931

Evoluční historie

Rychlost vývoje SLC46A3.

Gen SLC46A3 se poprvé objevil u hub přibližně před 1105 miliony let (MYA).[21] Vyvíjí se relativně mírnou rychlostí. Změna 1% v proteinové sekvenci vyžaduje přibližně 6,2 milionu let. Gen SLC46A3 se vyvíjí asi 4krát rychleji než cytochrom c a 2,5krát pomalejší než fibrinogenový alfa řetězec.

Funkce

Jako protein MFS je SLC46A3 membránový transportér, hlavně zapojený do pohybu substrátů přes lipidovou dvojvrstvu.[9] Protein funguje prostřednictvím sekundární aktivní transport, kde je energie pro dopravu poskytována prostřednictvím elektrochemický gradient.[94]

Navrhovanou funkcí SLC46A3 s rostoucím významem je přímý transport maytansin - katabolity na bázi lysozom k cytoplazmě navázáním makrolid struktura maytansinu.[95] Mezi různými typy konjugáty protilátka-léčivo (ADC), neštěpitelné linkerové ADC katabolity na bázi maytansinu, jako je lysin-MCC-DM1, reagují zvláště na aktivitu SLC46A3.[17] Protein funguje nezávisle na cíli buněčného povrchu nebo buněčné linii, takže s největší pravděpodobností rozpozná maytansin nebo a skupina transmembránovou transportní aktivitou reguluje protein koncentraci katabolitu v lysozomu. Exprese SLC46A3 byla navíc identifikována jako mechanismus rezistence na ADC s neštěpitelnou maytansinoid a pyrrolobenzodiazepin hlavice.[96] Ačkoli předpovědi subcelulární lokalizace selhaly při identifikaci lysozomu jako konečného cíle proteinu, ukázalo se, že motiv YXXphi identifikovaný v proteinové sekvenci řídí přímé lysozomální třídění.[39]

SLC46A3 může být zapojen do transportu elektronů v plazmové membráně (PMET), analog plazmatické membrány mitochondriální elektronový transportní řetězec (ETC) oxiduje intracelulární NADH a podporuje produkci aerobní energie glykolytický Výroba ATP.[97] 3 'UTR oblast SLC46A3 zahrnuje vazebné místo pro ENOX1, protein vysoce zapojený do PMET.[65][98] C- (X)2-C motiv v proteinové sekvenci také naznačuje možnou aktivitu oxidoreduktázy.[36]

Interagující proteiny

Bylo zjištěno, že SLC46A3 obecně interaguje s proteiny zapojenými do membránového transportu, imunitní odpověď, katalytická aktivita nebo oxidace substrátů.[99] Mezi nejdůležitější a klinicky důležité interakce patří následující proteiny.

Varianty

SNP jsou velmi častým typem genetické variace a většinou mlčí.[107] Avšak určité SNP v konzervovaných nebo funkčně důležitých oblastech genu mohou mít nepříznivé účinky na genovou expresi a funkci. Některé z SNP s potenciálně škodlivými účinky identifikovanými v kódovací sekvenci SLC46A3 jsou uvedeny v tabulce níže.

SNP SLC46A3[108]
SNPPozice mRNAPozice aminokyselinZákladní změnaZměna aminokyselinFunkcePopis
rs14560674445541[T / G][PAN]missensespustit kodon
rs74950187767946[A / G][N / S]missenseMísto N-glykosylace
rs776889950897119[T / G][C / G]missenseC- (X)2-C motiv
rs1403613207967142[G / A][G / D]missensekonzervovaný substrátový translokační pór
rs7641984261322261[CT / -][C / F]shifthiftMísto S-palmitoylace
rs13737357931878446[T / C][Y / H]missenseMotiv YXXphi a motiv vazby domény STAP1 SH2
rs13423276151906455[G / A][S / N]missensefosforylace a místo O-GlcNAc
rs757225275

rs751982648

1917459[T / G]

[T / -]

[S / A]

[S / Q]

missense

shifthift

fosforylace a místo O-GlcNAc

f * Souřadnice / pozice jsou pro GRCh38.p7.

Klinický význam

Rakovina / nádor

Klinický význam SLC46A3 obklopuje aktivitu proteinu jako transportéru ADC katabolitů na bázi maytansinu.[95] shRNA obrazovky využívající dvě knihovny identifikovaly SLC46A3 jako jediný zásah jako mediátora neštěpitelných látek závislých na maytansinu závislých na ADC cytotoxicita, s hodnoty q 1,18 × 10−9 a 9,01 × 10−3.[17] Studie ukazují buď ztracenou, nebo významně sníženou expresi SLC46A3 (-2,79násobné snížení pomocí mikročipu s hodnotou p 5,80 × 10−8) v T-DM1 (DM1 užitečné zatížení připojeno k protilátka trastuzumab ) rezistentní buňky rakoviny prsu (KPL-4 TR).[11] Navíc, siRNA knockdown v buněčné linii lidských nádorů prsu BT-474M1 také vede k rezistenci na T-DM1. Taková souvislost mezi ztrátou exprese SLC46A3 a rezistencí vůči ADC platí také pro pyrrolobenzodiazepinové hlavice, což znamená důležitou roli SLC46A3 v léčbě rakoviny.[96]

CDP, jeden z transkripčních faktorů SLC46A3, funguje jako tumor supresor, kde se aktivuje nedostatek CDP fosfoinositid 3-kináza (PI3K) signalizace, která vede k růstu nádoru.[109] Ztráta heterozygotnost a mutace CDP jsou také spojeny s různými druhy rakoviny.[110]

Rakovina prostaty

Microarray analýza SLC46A3 ve dvou různých buněčných liniích rakoviny prostaty, LNCaP (androgen -závislý) a DU145 (nezávislý na androgenech), ukazují, že exprese SLC46A3 v DU145 je asi 5krát vyšší než v LNCaP pro řady percentilů a 1,5krát vyšší pro transformované počty, což dokazuje souvislost mezi SLC46A3 a zrychleným růstem buněk rakoviny prostaty.[12] SLC46A3 možná přispívá k androgenně nezávislému způsobu vývoje rakoviny.

Hepatocelulární karcinom (HCC)

Bylo zjištěno, že SLC46A3 down-regulovaný u 83,2% lidských tkání HCC na základě skóre Western blot a qRT-PCR výsledky exprese mRNA (p <0,0001).[13] Nadměrná exprese genu také snížila rezistenci na sorafenib léčby a zlepšila celkovou míru přežití (p = 0,00085).

Papilom a gliom

Analýza Western blot podporuje v podstatě silnou expresi SLC46A3 v buňkách papilomu a gliomu ve srovnání s expresí v játrech, jednom z orgánů, kde je gen vysoce exprimován.[14]

Obezita

A genomová asociační studie na obezitě identifikováno 10 variant v sousední 5'UTR oblasti SLC46A3, které byly vysoce spojeny s dietním tukem (% energie) (p = 1,36 × 10−6 - 9.57×10−6).[15] v obezita vyvolaná dietou (DIO) myši, SLC46A3 vykazuje následující sníženou genovou expresi c-Jun N-terminální kináza 1 (JNK1) vyčerpání, což naznačuje možné role v rezistence na inzulín stejně jako glukóza /triglycerid homeostatóza.[111]

SARS-CoV a SARS-CoV-2

Pochopení interakce mezi SLC46A3 a NSP2 kromě funkcí každého proteinu je zásadní pro získání vhledu do patogeneze z koronaviry, jmenovitě SARS-CoV a SARS-CoV-2. NSP2 proteinová doména spočívá v oblasti koronaviru replika to není zvláště konzervováno napříč koronaviry, a tak měnící se proteinová sekvence vede k významným změnám ve struktuře proteinu, což vede ke strukturální a funkční variabilitě.[105]

Viz také

Reference

  1. ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000139508 - Ensembl, Květen 2017
  2. ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000029650 - Ensembl, Květen 2017
  3. ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
  4. ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
  5. ^ A b C d E "SLC46A3". NCBI (National Center for Biotechnology Information) Gene.
  6. ^ A b "SLC46A3 Gene". GeneCards Databáze lidských genů.
  7. ^ Nakai K, Horton P (2007). "Výpočetní predikce subcelulární lokalizace". Protokoly zaměřené na proteiny. Metody v molekulární biologii ™. 390. Totowa, NJ: Humana Press. 429–466. doi:10.1007/1-59745-466-4_29. ISBN  978-1-58829-702-0.
  8. ^ A b C „rodina nosičů rozpuštěných látek, 46 členů, 3 izoformuje předchůdce [Homo sapiens]“. Protein NCBI (National Center for Biotechnology Information).
  9. ^ A b "SLC46A3". OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man).
  10. ^ A b „MFS“. NCBI (National Center for Biotechnology Information) CDD (Conserved Domain Database).
  11. ^ A b Li G, Guo J, Shen BQ, Yadav DB, Sliwkowski MX, Crocker LM a kol. (Červenec 2018). „Mechanismy získané rezistence na trastuzumab emtansin v buňkách rakoviny prsu“. Molecular Cancer Therapeutics. 17 (7): 1441–1453. doi:10.1158 / 1535-7163.mct-17-0296. PMID  29695635.
  12. ^ A b Kanaoka R, Kushiyama A, Seno Y, Nakatsu Y, Matsunaga Y, Fukushima T a kol. (06.06.2015). „Inhibitor Pin1 Juglone má protinádorové účinky na buňky LNCaP a DU145 navzdory vzorům regulace genů pomocí Pin1 lišících se mezi těmito buněčnými liniemi“. PLOS ONE. 10 (6): e0127467. Bibcode:2015PLoSO..1027467K. doi:10.1371 / journal.pone.0127467. PMC  4454534. PMID  26039047.
  13. ^ A b Zhao Q, Zheng B, Meng S, Xu Y, Guo J, Chen LJ a kol. (Červen 2019). „Zvýšená exprese SLC46A3 proti progresi hepatocelulárního karcinomu a jeho účinku na terapii sorafenibem“. Biomedicína a farmakoterapie. 114: 108864. doi:10.1016 / j.biopha.2019.108864. PMID  30981107.
  14. ^ A b C d „Polyklonální protilátka SLC46A3“. ThermoFisher Scientific.
  15. ^ A b Comuzzie AG, Cole SA, Laston SL, Voruganti VS, Haack K, Gibbs RA, Butte NF (2012-12-14). "Nové genetické lokusy identifikované pro patofyziologii dětské obezity v hispánské populaci". PLOS ONE. 7 (12): e51954. Bibcode:2012PLoSO ... 751954C. doi:10.1371 / journal.pone.0051954. PMC  3522587. PMID  23251661.
  16. ^ A b Pfefferle S, Schöpf J, Kögl M, Friedel CC, Müller MA, Carbajo-Lozoya J a kol. (Říjen 2011). „Interaktom SARS-koronavirus-hostitel: identifikace cyklofilinů jako cíle pro inhibitory pan-koronaviru“. PLOS patogeny. 7 (10): e1002331. doi:10.1371 / journal.ppat.1002331. PMC  3203193. PMID  22046132.
  17. ^ A b C Hamblett KJ, Jacob AP, Gurgel JL, Tometsko ME, Rock BM, Patel SK a kol. (Prosinec 2015). „SLC46A3 je vyžadován pro transport katabolitů neštěpitelných protilátek maytansinových konjugátů z lyzozomu do cytoplazmy“. Výzkum rakoviny. 75 (24): 5329–40. doi:10.1158 / 0008-5472.can-15-1610. PMID  26631267.
  18. ^ A b C Fagerberg L, Hallström BM, Oksvold P, Kampf C, Djureinovic D, Odeberg J a kol. (Únor 2014). „Analýza exprese specifické pro lidskou tkáň pomocí genomové integrace transkriptomik a proteomiky založené na protilátkách“. Molekulární a buněčná proteomika. 13 (2): 397–406. doi:10,1074 / mcp.m113,035600. PMC  3916642. PMID  24309898.
  19. ^ A b C Duff MO, Olson S, Wei X, Garrett SC, Osman A, Bolisetty M, Plocik A, Celniker SE, Graveley BR (květen 2015). „Identifikace rekurzivního sestřihu nulového nukleotidu v Drosophile v celém genomu“. Příroda. 521 (7552): 376–9. Bibcode:2015Natur.521..376D. doi:10.1038 / příroda14475. PMC  4529404. PMID  25970244.
  20. ^ "SLC46A3". AceView.
  21. ^ A b C d E „BLAST: Základní vyhledávací nástroj pro místní zarovnání“. NCBI (National Center for Biotechnology Information).
  22. ^ „Prohlížeč variant (GRCh38)“. NCBI (National Center for Biotechnology Information).
  23. ^ "SLC46A3". PAXdb.
  24. ^ A b C "SLC46A3". Genomatix: ElDorado.
  25. ^ Pruitt K, Brown G, Tatusova T, Maglott D (06.04.2012). Databáze referenční sekvence (RefSeq). Národní centrum pro biotechnologické informace (USA).
  26. ^ A b „Homo sapiens solute carrier family 46 member 3 (SLC46A3), transkript varianta 1, mRNA“. NCBI (National Center for Biotechnology Information) Nucleotide.
  27. ^ „Homo sapiens solute carrier family 46 member 3 (SLC46A3), transkript varianta 2, mRNA“. NCBI (National Center for Biotechnology Information) Nucleotide.
  28. ^ „Homo sapiens solute carrier family 46 member 3 (SLC46A3), transkript varianta 3, mRNA“. NCBI (National Center for Biotechnology Information) Nucleotide.
  29. ^ "PŘEDPOKLÁDÁNO: Homo sapiens solute carrier family 46 member 3 (SLC46A3), transkript varianta X1, mRNA". NCBI (National Center for Biotechnology Information) Nucleotide.
  30. ^ A b C „rodina nosičů rozpuštěných látek, 46 členů, 3 izoformuje předchůdce [Homo sapiens]“. Protein NCBI (National Center for Biotechnology Information).
  31. ^ A b "rodina nosičů rozpuštěných látek, 46 členů, 3 předchůdci izoformy b [Homo sapiens]". Protein NCBI (National Center for Biotechnology Information).
  32. ^ A b „rodina nosičů rozpuštěných látek, 46 členů, 3 izoforma X1 [Homo sapiens]“. Protein NCBI (National Center for Biotechnology Information).
  33. ^ A b C d E Brendel V, Bucher P, Nourbakhsh IR, Blaisdell BE, Karlin S (březen 1992). "Metody a algoritmy pro statistickou analýzu proteinových sekvencí". Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 89 (6): 2002–6. Bibcode:1992PNAS ... 89.2002B. doi:10.1073 / pnas.89.6.2002. PMC  48584. PMID  1549558.
  34. ^ Gasteiger E, Hoogland C, Gattiker A, Duvaud S, Wilkins MR, Appel RD, Bairoch A (2005), „Protein Identification and Analysis Tools on the ExPASy Server“, Příručka Proteomics Protocols Handbook, Totowa, NJ: Humana Press, str. 571–607, doi:10.1385/1-59259-890-0:571, ISBN  978-1-58829-343-5
  35. ^ Alberts B, Johnson A, Lewis J, Raff M, Roberts K, Walter P (2002). "Membránové proteiny". Molekulární biologie buňky (4. vydání).
  36. ^ A b Miseta A, Csutora P (srpen 2000). „Vztah mezi výskytem cysteinu v bílkovinách a složitostí organismů“. Molekulární biologie a evoluce. 17 (8): 1232–9. doi:10.1093 / oxfordjournals.molbev.a026406. PMID  10908643.
  37. ^ A b Kumar M, Gouw M, Michael S, Sámano-Sánchez H, Pancsa R, Glavina J a kol. (Leden 2020). „ELM - zdroj eukaryotických lineárních motivů v roce 2020“. Výzkum nukleových kyselin. 48 (D1): D296 – D306. doi:10.1093 / nar / gkz1030. PMC  7145657. PMID  31680160.
  38. ^ „TRG_ENDOCYTIC_2“. ELM (zdroj eukaryotických lineárních motivů pro funkční stránky v proteinech).
  39. ^ A b Pandey KN (říjen 2010). "Malá peptidová rozpoznávací sekvence pro intracelulární třídění". Aktuální názor na biotechnologie. 21 (5): 611–20. doi:10.1016 / j.copbio.2010.08.007. PMC  2997389. PMID  20817434.
  40. ^ „LIG_SH2_STAP1“. ELM (zdroj eukaryotických lineárních motivů pro funkční stránky v proteinech).
  41. ^ Eisenberg D, Weiss RM, Terwilliger TC (leden 1984). „Hydrofobní moment detekuje periodicitu v hydrofobicitě proteinu“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 81 (1): 140–4. Bibcode:1984PNAS ... 81..140E. doi:10.1073 / pnas.81.1.140. PMC  344626. PMID  6582470.
  42. ^ Zimmermann L, Stephens A, Nam SZ, Rau D, Kübler J, Lozajic M a kol. (Červenec 2018). „Zcela reimplementovaný soubor MPI pro bioinformatiku s jádrem nového serveru HHpred“. Journal of Molecular Biology. 430 (15): 2237–2243. doi:10.1016 / j.jmb.2017.12.007. PMID  29258817.
  43. ^ Reithmeier RA (1996). "Sestavení proteinů do membrán". Biochemie lipidů, lipoproteinů a membrán. Nová komplexní biochemie. 31. Elsevier. str. 425–471. doi:10.1016 / s0167-7306 (08) 60523-2. ISBN  978-0-444-82359-5.
  44. ^ Biggin PC, Sansom MS (únor 1999). „Interakce alfa-šroubovic s lipidovými dvojvrstvy: přehled simulačních studií“. Biofyzikální chemie. 76 (3): 161–83. doi:10.1016 / s0301-4622 (98) 00233-6. PMID  10074693.
  45. ^ Omasits U, Ahrens CH, Müller S, Wollscheid B (březen 2014). „Protter: interaktivní vizualizace proteinových funkcí a integrace s experimentálními proteomickými daty“. Bioinformatika. 30 (6): 884–6. doi:10.1093 / bioinformatika / btt607. PMID  24162465.
  46. ^ „Q7Z3Q1 (S46A3_HUMAN)“. UniProt.
  47. ^ Yang J, Zhang Y (červenec 2015). „Server I-TASSER: nový vývoj pro predikci struktury a funkce proteinů“. Výzkum nukleových kyselin. 43 (W1): W174-81. doi:10.1093 / nar / gkv342. PMC  4489253. PMID  25883148.
  48. ^ Zhang Y, Skolnick J (11.04.2005). „TM-align: algoritmus uspořádání proteinové struktury založený na TM-skóre“. Výzkum nukleových kyselin. 33 (7): 2302–9. doi:10.1093 / nar / gki524. PMC  1084323. PMID  15849316.
  49. ^ A b "Výsledky I-TASSER". Zhang Lab.
  50. ^ Zhang C, Freddolino PL, Zhang Y (červenec 2017). „KOFAKTOR: vylepšená predikce funkce proteinu kombinací struktury, sekvence a informací o interakci protein-protein“. Výzkum nukleových kyselin. 45 (W1): W291 – W299. doi:10.1093 / nar / gkx366. PMC  5793808. PMID  28472402.
  51. ^ Yang J, Roy A, Zhang Y (říjen 2013). „Rozpoznávání vazebného místa protein-ligand pomocí komplementárního vazebně specifického srovnání substruktury a zarovnání sekvenčního profilu“. Bioinformatika. 29 (20): 2588–95. doi:10.1093 / bioinformatika / btt447. PMC  3789548. PMID  23975762.
  52. ^ Latchman DS (2004). "Metody studia transkripčních faktorů". Eukaryotické transkripční faktory. The Biochemical Journal. 270. Elsevier. 23–53. doi:10.1016 / b978-012437178-1 / 50008-4. ISBN  978-0-12-437178-1. PMC  1131717. PMID  2119171.
  53. ^ A b C „Stránky vázající transkripční faktory SLC46A3“. Genomatix: MatInspector.
  54. ^ Miller DM, Thomas SD, Islam A, Muench D, Sedoris K (říjen 2012). "c-Myc a metabolismus rakoviny". Klinický výzkum rakoviny. 18 (20): 5546–53. doi:10.1158 / 1078-0432.CCR-12-0977. PMC  3505847. PMID  23071356.
  55. ^ Ellis T, Gambardella L, Horcher M, Tschanz S, Capol J, Bertram P a kol. (Září 2001). „Transkripční represor CDP (Cutl1) je nezbytný pro diferenciaci epiteliálních buněk plic a vlasových folikulů“. Geny a vývoj. 15 (17): 2307–19. doi:10.1101 / gad.200101. PMC  312776. PMID  11544187.
  56. ^ Wang GZ, Zhang W, Fang ZT, Zhang W, Yang MJ, Yang GW a kol. (Červenec 2014). „Oxid arsenitý: výrazné potlačení potenciálu metastáz v nádoru inhibicí transkripčního faktoru Twist in vivo a in vitro“. Journal of Cancer Research and Clinical Oncology. 140 (7): 1125–36. doi:10.1007 / s00432-014-1659-6. PMID  24756364. S2CID  6332740.
  57. ^ „Transkriptom Illumina bodyMap2“. NCBI (National Center for Biotechnology Information) BioProject.
  58. ^ Szabo L, Morey R, Palpant NJ, Wang PL, Afari N, Jiang C a kol. (Prosinec 2016). „Erratum to: Statisticky založená detekce sestřihu odhaluje nervové obohacení a tkáňově specifickou indukci kruhové RNA během vývoje lidského plodu“. Genome Biology. 17 (1): 263. doi:10.1186 / s13059-016-1123-9. PMC  5165717. PMID  27993159.
  59. ^ Su AI, Wiltshire T, Batalov S, Lapp H, Ching KA, Block D a kol. (Duben 2004). „Genový atlas transkriptomů kódujících myš a lidský protein“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 101 (16): 6062–7. Bibcode:2004PNAS..101,6062S. doi:10.1073 / pnas.0400782101. PMC  395923. PMID  15075390.
  60. ^ "SLC46A3". GenePaint.
  61. ^ „SLC46A3 (mozek myši)“. Atlas mozku Allen.
  62. ^ "Slc46a3 ISH: Mus musculus, samec, P4, variabilní". Atlas mozku Allen.
  63. ^ "Slc46a3 ISH: Mus musculus, samec, P56, variabilní". Atlas mozku Allen.
  64. ^ Brinegar AE, Cooper TA (září 2016). „Role pro proteiny vázající RNA ve vývoji a nemoci“. Výzkum mozku. 1647: 1–8. doi:10.1016 / j.brainres.2016.02.050. PMC  5003702. PMID  26972534.
  65. ^ A b C Paz I, Kosti I, Ares M, Cline M, Mandel-Gutfreund Y (červenec 2014). „RBPmap: webový server pro mapování vazebných míst proteinů vázajících RNA“. Výzkum nukleových kyselin. 42 (Problém s webovým serverem): W361-7. doi:10.1093 / nar / gku406. PMC  4086114. PMID  24829458.
  66. ^ Macfarlane LA, Murphy PR (listopad 2010). "MicroRNA: biogeneze, funkce a role v rakovině". Současná genomika. 11 (7): 537–61. doi:10.2174/138920210793175895. PMC  3048316. PMID  21532838.
  67. ^ Chen Y, Wang X (leden 2020). „miRDB: online databáze pro predikci funkčních cílů mikroRNA“. Výzkum nukleových kyselin. 48 (D1): D127 – D131. doi:10.1093 / nar / gkz757. PMC  6943051. PMID  31504780.
  68. ^ "SLC46A3". miRDB.
  69. ^ Vandivier LE, Anderson SJ, Foley SW, Gregory BD (duben 2016). „Zachování a funkce sekundární struktury RNA v rostlinách“. Roční přehled biologie rostlin. 67 (1): 463–88. doi:10.1146 / annurev-arplant-043015-111754. PMC  5125251. PMID  26865341.
  70. ^ Kontrola stability Messenger Messenger. 1993. doi:10.1016 / c2009-0-03269-3. ISBN  9780120847822.
  71. ^ Zuker M (červenec 2003). „Mfold webový server pro skládání nukleových kyselin a predikci hybridizace“. Výzkum nukleových kyselin. 31 (13): 3406–15. doi:10,1093 / nar / gkg595. PMC  169194. PMID  12824337.
  72. ^ Nakai K, Horton P (2007). "Výpočetní predikce subcelulární lokalizace". Protokoly zaměřené na proteiny. Metody v molekulární biologii ™. 390. Totowa, NJ: Humana Press. 429–466. doi:10.1007/1-59745-466-4_29. ISBN  978-1-58829-702-0.
  73. ^ „Buňka: Molekulární přístup. Šesté vydání. Geoffrey M. Cooper a Robert E. Hausman. Sunderland (Massachusetts): Sinauer Associates. 142,95 $. Xxv + 832 s .; Ill .; index. [Společný web je k dispozici. ] 2013 “. Čtvrtletní přehled biologie. 89 (4): 399. 2014. doi:10.1086/678645. ISBN  978-0-87893-964-0. ISSN  0033-5770.
  74. ^ Almagro Armenteros JJ, Tsirigos KD, Sønderby CK, Petersen TN, Winther O, Brunak S a kol. (Duben 2019). „SignalP 5.0 zlepšuje předpovědi signálních peptidů pomocí hlubokých neuronových sítí“ (PDF). Přírodní biotechnologie. 37 (4): 420–423. doi:10.1038 / s41587-019-0036-z. PMID  30778233. S2CID  216678118.
  75. ^ Käll L, Krogh A, Sonnhammer EL (květen 2004). "Kombinovaná transmembránová topologie a metoda predikce signálního peptidu". Journal of Molecular Biology. 338 (5): 1027–36. doi:10.1016 / j.jmb.2004.03.016. PMID  15111065.
  76. ^ Julenius K, Johansen MB, Zhang Y, Brunak S, Gupta R (2009). "Predikce glykosylačních stránek v proteinech". Bioinformatika pro glykobiologii a glykomiku. Chichester, Velká Británie: John Wiley & Sons, Ltd. str. 163–192. doi:10.1002 / 9780470029619.ch9. ISBN  978-0-470-02961-9.
  77. ^ Steentoft C, Vakhrushev SY, Joshi HJ, Kong Y, Vester-Christensen MB, Schjoldager KT a kol. (Květen 2013). „Přesné mapování lidského glykoproteomu O-GalNAc pomocí technologie SimpleCell“. Časopis EMBO. 32 (10): 1478–88. doi:10.1038 / emboj.2013.79. PMC  3655468. PMID  23584533.
  78. ^ Základy glykobiologie. Varki, Ajit (třetí vydání). Cold Spring Harbor, New York. 2017. ISBN  978-1-62182-132-8. OCLC  960166742.CS1 maint: ostatní (odkaz)
  79. ^ Gupta R, Brunak S (2001). „Predikce glykosylace v lidském proteomu a korelace s funkcí proteinu“. Tichomořské symposium o biopočítačích. Tichomořské symposium o biopočítačích. SVĚT VĚDECKÝ: 310–22. doi:10.1142/9789812799623_0029. ISBN  978-981-02-4777-5. PMID  11928486.
  80. ^ Fisi V, Miseta A, Nagy T (2017). „Role modifikace proteinu O-GlcNAc vyvolaného stresem v regulaci transportu membrán“. Oxidační medicína a buněčná dlouhověkost. 2017: 1308692. doi:10.1155/2017/1308692. PMC  5804373. PMID  29456783.
  81. ^ Wang C, Xu H, Lin S, Deng W, Zhou J, Zhang Y a kol. (Únor 2020). „GPS 5.0: Aktualizace predikce fosforylačních míst specifických pro kinázu v proteinech“. Genomika, proteomika a bioinformatika. 18 (1): 72–80. doi:10.1016 / j.gpb.2020.01.001. PMC  7393560. PMID  32200042.
  82. ^ Blom N, Gammeltoft S, Brunak S (prosinec 1999). "Posloupnost a struktura založená na predikci míst fosforylace eukaryotických proteinů". Journal of Molecular Biology. 294 (5): 1351–62. doi:10.1006 / jmbi.1999.3310. PMID  10600390.
  83. ^ Blom N, Sicheritz-Pontén T, Gupta R, Gammeltoft S, Brunak S (červen 2004). „Predikce posttranslační glykosylace a fosforylace proteinů z aminokyselinové sekvence“. Proteomika. 4 (6): 1633–49. doi:10.1002 / pmic.200300771. PMID  15174133. S2CID  18810164.
  84. ^ Johansen MB, Kiemer L, Brunak S (září 2006). "Analýza a predikce glykace proteinů savců". Glykobiologie. 16 (9): 844–53. doi:10.1093 / glycob / cwl009. PMID  16762979.
  85. ^ Chen JH, Lin X, Bu C, Zhang X (10.10.2018). „Role konečných produktů pokročilé glykace v mobilitě a úvahy o možných dietních a nutričních intervenčních strategiích“. Výživa a metabolismus. 15 (1): 72. doi:10.1186 / s12986-018-0306-7. PMC  6180645. PMID  30337945.
  86. ^ Xie Y, Zheng Y, Li H, Luo X, He Z, Cao S a kol. (Červen 2016). „GPS-lipid: robustní nástroj pro predikci více stránek pro úpravu lipidů“. Vědecké zprávy. 6 (1): 28249. Bibcode:2016NatSR ... 628249X. doi:10.1038 / srep28249. PMC  4910163. PMID  27306108.
  87. ^ Aicart-Ramos C, Valero RA, Rodriguez-Crespo I (prosinec 2011). "Palmitoylace bílkovin a subcelulární obchodování". Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Biomembrány. 1808 (12): 2981–94. doi:10.1016 / j.bbamem.2011.07.009. PMID  21819967.
  88. ^ Ren J, Wen L, Gao X, Jin C, Xue Y, Yao X (listopad 2008). „CSS-Palm 2.0: aktualizovaný software pro predikci stránek s palmitoylací“. Proteinové inženýrství, design a výběr. 21 (11): 639–44. doi:10,1093 / protein / gzn039. PMC  2569006. PMID  18753194.
  89. ^ Guan X, Fierke CA (prosinec 2011). „Porozumění proteinové palmitoylaci: biologický význam a enzymologie“. Věda Čína. Chemie. 54 (12): 1888–1897. doi:10.1007 / s11426-011-4428-2. PMC  4240533. PMID  25419213.
  90. ^ "SLC46A1". NCBI (National Center for Biotechnology Information) Gene.
  91. ^ "SLC46A2". NCIB (National Center for Biotechnology Information) Gene.
  92. ^ A b C Needleman SB, Wunsch CD (březen 1970). "Obecná metoda použitelná pro hledání podobností v aminokyselinové sekvenci dvou proteinů". Journal of Molecular Biology. 48 (3): 443–53. doi:10.1016/0022-2836(70)90057-4. PMID  5420325.
  93. ^ Kumar S, Stecher G, Suleski M, Hedges SB (červenec 2017). „TimeTree: A Resource for Timelines, Timetrees, and Divergence Times“. Molekulární biologie a evoluce. 34 (7): 1812–1819. doi:10.1093 / molbev / msx116. PMID  28387841.
  94. ^ Pao SS, Paulsen IT, Saier MH (březen 1998). „Hlavní nadřízená rodina zprostředkovatele“. Recenze mikrobiologie a molekulární biologie. 62 (1): 1–34. doi:10.1128 / mmbr.62.1.1-34.1998. PMC  98904. PMID  9529885.
  95. ^ A b Bissa B, Beedle AM, Govindarajan R (listopad 2016). „Transportéry nosičů lysozomálních látek získávají na síle ve výzkumu“. Klinická farmakologie a terapeutika. 100 (5): 431–436. doi:10,1002 / cpt.450. PMC  5056150. PMID  27530302.
  96. ^ A b Kinneer K, Meekin J, Tiberghien AC, Tai YT, Phipps S, Kiefer CM a kol. (Prosinec 2018). „SLC46A3 jako potenciální prediktivní biomarker pro konjugáty protilátek a léčiv nesoucích neštěpitelné spojené maytansinoidové a pyrrolobenzodiazepinové hlavice“. Klinický výzkum rakoviny. 24 (24): 6570–6582. doi:10.1158 / 1078-0432.ccr-18-1300. PMID  30131388.
  97. ^ Herst PM, Berridge MV (prosinec 2006). „Transport elektronů plazmatickou membránou: nový cíl vývoje léků proti rakovině“. Současná molekulární medicína. 6 (8): 895–904. doi:10.2174/156652406779010777. PMID  17168740. Citováno 2020-08-01.
  98. ^ „ENOX1 ekto-NOX disulfid-thiolový výměník 1 [Homo sapiens (člověk)]“ “. NCBI (National Center for Biotechnology Information) Gene.
  99. ^ "Obrázek S6: Předpovězená sekundární struktura CoV-RMEN pomocí CFSSP: Predikční server sekundární struktury Chou a Fasman". doi:10,7717 / peerj.9572 / supp-13. Citovat deník vyžaduje | deník = (Pomoc)
  100. ^ Luck K, Kim DK, Lambourne L, Spirohn K, Begg BE, Bian W a kol. (Duben 2020). „Referenční mapa interaktomu lidského binárního proteinu“. Příroda. 580 (7803): 402–408. Bibcode:2020Natur.580..402L. doi:10.1038 / s41586-020-2188-x. PMC  7169983. PMID  32296183.
  101. ^ "Molekula CD79A CD79a [Homo sapiens (člověk)]" ". NCBI (National Center for Biotechnology Information) Gene.
  102. ^ „P11912 (CD79A_HUMAN)“. UniProt.
  103. ^ Huttlin EL, Ting L, Bruckner RJ, Gebreab F, Gygi MP, Szpyt J a kol. (Červenec 2015). „Síť BioPlex: Systematický průzkum lidského interaktomu“. Buňka. 162 (2): 425–440. doi:10.1016 / j.cell.2015.06.043. PMC  4617211. PMID  26186194.
  104. ^ „LGALS3 galectin 3 [Homo sapiens (člověk)]“. NCBI (National Center for Biotechnology Information) Gene.
  105. ^ A b Graham RL, Sims AC, Baric RS, Denison MR (2006). „Proteiny nsp2 viru myší hepatitidy a koronaviru SARS jsou postačující pro virovou replikaci“. Pokroky v experimentální medicíně a biologii. Boston, MA: Springer USA. 581: 67–72. doi:10.1007/978-0-387-33012-9_10. ISBN  978-0-387-26202-4. PMC  7123188. PMID  17037506.
  106. ^ „Review for“ Terapeutické nejistoty u lidí s kardiometabolickými chorobami a těžkým akutním respiračním syndromem koronavirus 2 ( SARS ‐ CoV ‐2 nebo COVID ‐19)"". 2020-04-07. doi:10.1111 / dom.14062 / v1 / recenze3. Citovat deník vyžaduje | deník = (Pomoc)
  107. ^ Shen LX, Basilion JP, Stanton VP (červenec 1999). „Jednonukleotidové polymorfismy mohou způsobit různé strukturní záhyby mRNA“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 96 (14): 7871–6. Bibcode:1999PNAS ... 96.7871S. doi:10.1073 / pnas.96.14.7871. PMC  22154. PMID  10393914.
  108. ^ „SNP linked to Gene (genID: 283537) Via Contig Annotation“. NCBI (National Center for Biotechnology Information) dbSNP Krátké genetické variace.
  109. ^ Wong CC, Martincorena I, Rust AG, Rashid M, Alifrangis C, Alexandrov LB a kol. (Leden 2014). „Inaktivace mutací CUX1 podporuje tumorigenezi“. Genetika přírody. 46 (1): 33–8. doi:10,1038 / ng.2846. PMC  3874239. PMID  24316979.
  110. ^ Liu N, Sun Q, Wan L, Wang X, Feng Y, Luo J, Wu H (2020-05-29). „CUX1, kontroverzní hráč ve vývoji nádorů“. Hranice v onkologii. 10: 738. doi:10.3389 / fon.2020.00738. PMC  7272708. PMID  32547943.
  111. ^ Yang R, Wilcox DM, Haasch DL, Jung PM, Nguyen PT, Voorbach MJ a kol. (Srpen 2007). „Játrový pokles JNK1 reguluje proliferátorem aktivovaný receptor gama koaktivátor 1 beta a zvyšuje triglyceridy v plazmě navzdory snížené hladině glukózy a inzulínu u obézních myší vyvolaných stravou“. The Journal of Biological Chemistry. 282 (31): 22765–74. doi:10,1074 / jbc.m700790200. PMID  17550900.

Další čtení