Genevestigátor - Genevestigator

Genevestigátor je aplikace sestávající z databáze genové exprese a nástrojů pro analýzu dat. Existuje ve dvou verzích, biomedicínské a rostlinné, v závislosti na druhu podkladu microarray a RNAseq data. Bylo zahájeno v lednu 2004 vědci z ETH Curych a je v současné době vyvíjen a komercializován společností Nebion AG.

Vědci a vědci z akademické sféry a průmyslu jej používají k identifikaci, charakterizaci a validaci nových lékových cílů a biomarkerů, identifikaci vhodných modelů výzkumu a obecně k pochopení toho, jak se genová exprese mění při různých způsobech léčby.

Databáze genových výrazů

Databáze Genevestigator zahrnuje transciptomická data z mnoha veřejných úložišť včetně GEO, Array Express a renomované projekty výzkumu rakoviny jako TCGA. V závislosti na licenční smlouvě může obsahovat také data ze soukromých studií genové exprese. Všechna data jsou ručně zpracována, kontrolována kvalita a obohacena o popis vzorků a experimentů odvozených z odpovídajících vědeckých publikací.

Počet druhů, ze kterých jsou vzorky odvozeny, se neustále zvyšuje. V současné době obsahuje biomedicínská verze data z člověk, myš, krysa, opice, ovocný let a další druhy a používají se v biomedicínském výzkumu. Studie genové exprese pocházejí z různých oblastí výzkumu, včetně onkologie, imunologie, neurologie, dermatologie a kardiovaskulárních onemocnění. Vzorky zahrnují tkáňové biopsie a buněčné linie.

Rostlinná verze obsahuje oba široce používané modelové druhy, jako např arabidopsis a Medicago stejně jako hlavní druhy korpusu jako např kukuřice, rýže, pšenice a sója.

Nástroje pro genový výraz

Více než 60 000 vědců z akademické sféry a průmyslu používá Genevestigator pro svou práci v molekulární biologie, toxikogenomika, biomarker objev a ověření cíle. Původní vědecká publikace byla citována více než 3 500krát.

Analytické nástroje jsou rozděleny do tří hlavních sad:

• VYHLEDÁVÁNÍ PODMÍNEK: vyhledejte podmínky, jako je tkáň, nemoc, léčba nebo genetické pozadí, které regulují požadovaný gen (geny)
• Nástroje GENE SEARCH: vyhledejte geny, které jsou specificky exprimovány v podmínkách zájmu
• Nástroje VYHLEDÁVÁNÍ PODOBNOSTI: vyhledejte geny nebo podmínky, které vykazují podobný vzor genové exprese

Viz také

• Spatiotemporální genová exprese

Reference

• Prasad A, Suresh Kumar S, Dessimoz C, Bleuler S, Laule O, Hruz T, Gruissem W a P Zimmermann (2013) Globální regulační architektura transkriptomů lidské, myší a potkaní tkáně. BMC Genomics 2013, 14: 716.
• Hruz T, Wyss M, Lucas C, Laule O, von Rohr P, Zimmermann P a S Bleuler (2013) Víceúrovňový algoritmus rozložení gama klastru pro vizualizaci biologických sítí. Advances in Bioinformatics, sv. 2013, ID článku 920325, 10 stran, 2013. doi: 10.1155 / 2013/920325.
• Hruz T, Wyss M, Docquier M, Pfaffl MW, Masanetz S, Borghi L, Verbrugge P, Kalaydjieva L, Bleuler S, Laule O, Descombes P, Gruissem W a P Zimmermann (2011) RefGenes: identifikace spolehlivých a specifických referencí geny pro normalizaci dat RT-qPCR. BMC Genomics 2011, 12: 156.
• Hruz T, Laule O, Szabo G, Wessendorp F, Bleuler S, Oertle L, Widmayer P, Gruissem W a P Zimmermann (2008) Genevestigator V3: databáze referenčních výrazů pro metaanalýza transkriptomů. Advances in Bioinformatics 2008, 420747
• Grennan AK (2006) Genevestigator. Usnadnění webové analýza genové exprese. Fyziologie rostlin 141(4):1164-6
• Laule O, Hirsch-Hoffmann M, Hruz T, Gruissem W a P Zimmermann (2006) Webová analýza myšího transkriptomu pomocí Genevestigator. BMC Bioinformatics 7: 311
• Zimmermann P, Hennig L a W Gruissem (2005) Analýza genové exprese a zjišťování sítě pomocí Genevestigator. Trendy v Plant Science 9 10, 407-409
• Zimmermann P, Hirsch-Hoffmann M, Hennig L a W Gruissem (2004) GENEVESTIGATOR: Arabidopsis Microarray Database and Analysis Toolbox. Fyziologie rostlin 136 1, 2621-2632
• Zimmermann P, Schildknecht B, Garcia-Hernandez M, Gruissem W, Craigon D, Mukherjee G, May S, Parkinson H, Rhee S, Wagner U a L Hennig (2006) MIAME / Plant - přidávání hodnoty experimentům s mikročipy na rostlinách. Rostlinné metody 2, 1