KARS (gen) - KARS (gene)

KARS1
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	3BJU, 4DPG, 4YCU, 4YCW
Identifikátory
Aliasy	KARS1, CMTRIB, DFNB89, KARS2, KRS, Lysyl-tRNA syntetáza, KARS, lysyl-tRNA syntetáza 1
Externí ID	OMIM: 601421 MGI: 1934754 HomoloGene: 4053 Genové karty: KARS1
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 16 (lidský)
Konec	75,648,643 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 8 (myš)
Konec	112,011,323 bp
Exprese RNA vzor
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• aktivita aminoacyl-tRNA ligázy; • vazba nukleotidů; • vázání aminokyselin; • vazba tRNA; • aktivita lysin-tRNA ligázy; • ligázová aktivita; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • vazba nukleové kyseliny; • ATP vazba; • ATP aktivita adenylyltransferázy; • aktivita homodimerizace proteinu; • aktivita transferázy; • identická vazba na protein;
Buněčná složka	• membrána; • buněčná membrána; • extracelulární oblast; • mitochondriální matice; • mitochondrie; • extracelulární; • multienzymový komplex aminoacyl-tRNA syntetázy; • buněčné jádro; • cytoplazma; • cytosol;
Biologický proces	• biosyntéza bílkovin; • Zpracování tRNA; • Aminoacylace tRNA pro translaci proteinu; • aminoacylace lysyl-tRNA; • GO: virový proces 0022415; • aktivace aktivity MAPK; • aktivace bazofilů účastnící se imunitní odpovědi; • negativní regulace buněčné proliferace; • pozitivní regulace chemotaxe makrofágů; • signální dráha zprostředkovaná faktorem nekrózy nádorů; • pozitivní regulace aktivace makrofágů; • pozitivní regulace transkripce, chráněná DNA; • Kaskáda ERK1 a ERK2; • pozitivní regulace kaskády ERK1 a ERK2; • pozitivní regulace produkce cytokinů podílející se na zánětlivé reakci; • pozitivní regulace kaskády p38MAPK; • pozitivní regulace aktivity metalopeptidázy; • biosyntetický proces diadenosintetrafosfátu; • reakce na rentgen;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	3735
	85305
	ENSG00000065427
	ENSMUSG00000031948
	Q15046
	Q99MN1
	NM_005548; NM_001130089; NM_001378148
	NM_001130868; NM_001286384; NM_053092; NM_001363429; NM_001363430
	NP_001123561; NP_005539; NP_001365077
	NP_001124340; NP_001273313; NP_444322; NP_001350358; NP_001350359
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Lysyl-tRNA syntetáza je enzym že u lidí je kódován KARS gen.^[5]^[6]^[7]

Funkce

Aminoacyl-tRNA syntetázy jsou třídou enzymů, které nabíjejí tRNA svými příbuznými aminokyselinami. Lysyl-tRNA syntetáza je homodimer lokalizovaný v cytoplazmě, který patří do třídy II rodiny tRNA syntetáz. Ukázalo se, že je cílem autoprotilátek u lidských autoimunitních onemocnění, polymyositidy nebo dermatomyositidy.^[7]

Kromě své role v translaci je lysyl-tRNA syntetáza zapojena do signální dráhy vedoucí k aktivaci genu.^[8] Po fyziologické stimulaci různých buněk se Lysyl-tRNA syntetáza váže na transkripční faktory MITF^[9] a USF2^[10] a pak mohou ovlivnit jejich transkripční aktivity. Taková fyziologická stimulace zahrnuje imunologickou aktivaci žírných buněk, takže tato cesta může být relevantní pro alergickou reakci.

Interakce

Bylo prokázáno, že KARS (gen) komunikovat s Multisynthetase komplex pomocná složka p38.^[11]^[12] Fyziologické spouštění, jako je imunologická aktivace, vede k fosforylaci LysRS na jeho serinových zbytcích. Odděluje se od multisyntetázového komplexu a iniciuje Ap4A Výroba.^[8]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000065427 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000031948 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Nichols RC, Blinder J, Pai SI, Ge Q, Targoff IN, Plotz PH, Liu P (srpen 1996). "Přiřazení dvou lidských autoantigenových genů - isoleucyl-tRNA syntetázy lokalizuje na 9q21 a lysyl-tRNA syntetázy lokalizuje na 16q23-q24". Genomika. 36 (1): 210–3. doi:10.1006 / geno.1996.0449. PMID 8812440.
^ Shiba K, Stello T, Motegi H, Noda T, Musier-Forsyth K, Schimmel P (září 1997). „Lidská lysyl-tRNA syntetáza přijímá varianty nukleotidů 73 a zachraňuje dvojitě defektní mutantu Escherichia coli“. The Journal of Biological Chemistry. 272 (36): 22809–16. doi:10.1074 / jbc.272.36.22809. PMID 9278442.
^ ^A ^b „Entrez Gene: KARS lysyl-tRNA syntetáza“.
^ ^A ^b Yannay-Cohen N, Carmi-Levy I, Kay G, Yang CM, Han JM, Kemeny DM, Kim S, Nechushtan H, Razin E (červen 2009). „LysRS slouží jako klíčová signální molekula v imunitní odpovědi regulací genové exprese“. Molekulární buňka. 34 (5): 603–11. doi:10.1016 / j.molcel.2009.05.019. PMID 19524539.
^ Lee YN, Nechushtan H, Figov N, Razin E (únor 2004). „Funkce lysyl-tRNA syntetázy a Ap4A jako signálních regulátorů aktivity MITF v žírných buňkách aktivovaných FcepsilonRI“. Imunita. 20 (2): 145–51. doi:10.1016 / S1074-7613 (04) 00020-2. PMID 14975237.
^ Lee YN, Razin E (říjen 2005). „Nekonvenční zapojení LysRS do molekulárního mechanismu transkripční aktivity USF2 ve žírných buňkách aktivovaných FcepsilonRI“. Molekulární a buněčná biologie. 25 (20): 8904–12. doi:10.1128 / MCB.25.20.8904-8912.2005. PMC 1265770. PMID 16199869.
^ Rual JF, Venkatesan K, Hao T, Hirozane-Kishikawa T, Dricot A, Li N, Berriz GF, Gibbons FD, Dreze M, Ayivi-Guedehoussou N, Klitgord N, Simon C, Boxem M, Milstein S, Rosenberg J, Goldberg DS, Zhang LV, Wong SL, Franklin G, Li S, Albala JS, Lim J, Fraughton C, Llamosas E, Cevik S, Bex C, Lamesch P, Sikorski RS, Vandenhaute J, Zoghbi HY, Smolyar A, Bosak S, Sequerra R, Doucette-Stamm L, Cusick ME, Hill DE, Roth FP, Vidal M (říjen 2005). „Směrem k mapě lidské interakční sítě protein-protein v měřítku proteomu“. Příroda. 437 (7062): 1173–8. doi:10.1038 / nature04209. PMID 16189514. S2CID 4427026.
^ Quevillon S, Robinson JC, Berthonneau E, Siatecka M, Mirande M (leden 1999). „Makromolekulární shromáždění aminoacyl-tRNA syntetáz: identifikace interakcí protein-protein a charakterizace jádrového proteinu“. Journal of Molecular Biology. 285 (1): 183–95. doi:10.1006 / jmbi.1998.2316. PMID 9878398.

Další čtení

Yannay-Cohen N, Razin E (říjen 2006). "Překlad a transkripce: dvojí funkce LysRS v žírných buňkách". Molekuly a buňky. 22 (2): 127–32. PMID 17085962.
Carmi-Levy I, Yannay-Cohen N, Kay G, Razin E, Nechushtan H (září 2008). „Diadenosintetraposfát hydroláza je součástí transkripční regulační sítě v imunologicky aktivovaných žírných buňkách“. Molekulární a buněčná biologie. 28 (18): 5777–84. doi:10.1128 / MCB.00106-08. PMC 2546939. PMID 18644867.
Carmi-Levy I, Motzik A, Ofir-Birin Y, Yagil Z, Yang CM, Kemeny DM, Han JM, Kim S, Kay G, Nechushtan H, Suzuki R, Rivera J, Razin E (květen 2011). „Importin beta hraje zásadní roli v regulaci dráhy LysRS-Ap (4) v imunologicky aktivovaných žírných buňkách“. Molekulární a buněčná biologie. 31 (10): 2111–21. doi:10.1128 / MCB.01159-10. PMC 3133347. PMID 21402779.
Kleiman L, Halwani R, Javanbakht H (duben 2004). "Selektivní balení a žíhání primeru tRNALys3 v HIV-1". Současný výzkum HIV. 2 (2): 163–75. doi:10.2174/1570162043484988. PMID 15078180.
Kino T, Pavlakis GN (duben 2004). „Partnerské molekuly doplňkového proteinu Vpr viru lidské imunodeficience typu 1“. DNA a buněčná biologie. 23 (4): 193–205. doi:10.1089/104454904773819789. PMID 15142377.
Kleiman L, Cen S (září 2004). "Balicí komplex tRNALys v HIV-1". International Journal of Biochemistry & Cell Biology. 36 (9): 1776–86. doi:10.1016 / j.biocel.2004.02.022. PMID 15183344.
Norcum MT (srpen 1991). „Strukturní analýza komplexu aminoacyl-tRNA syntetázy s vysokou molekulovou hmotností. Účinky neutrálních solí a detergentů“. The Journal of Biological Chemistry. 266 (23): 15398–405. PMID 1651330.
Nomura N, Nagase T, Miyajima N, Sazuka T, Tanaka A, Sato S, Seki N, Kawarabayasi Y, Ishikawa K, Tabata S (1995). „Predikce kódujících sekvencí neidentifikovaných lidských genů. II. Kódující sekvence 40 nových genů (KIAA0041-KIAA0080) odvozené analýzou klonů cDNA z lidské buněčné linie KG-1“. Výzkum DNA. 1 (5): 223–9. doi:10.1093 / dnares / 1.5.223. PMID 7584044.
Stark LA, Hay RT (duben 1998). „Virový protein R (Vpr) viru lidské imunodeficience typu 1 (HIV-1) interaguje s Lys-tRNA syntetázou: důsledky pro aktivaci reverzní transkripce HIV-1“. Journal of Virology. 72 (4): 3037–44. doi:10.1128 / JVI.72.4.3037-3044.1998. PMC 109751. PMID 9525626.
Quevillon S, Robinson JC, Berthonneau E, Siatecka M, Mirande M (leden 1999). „Makromolekulární shromáždění aminoacyl-tRNA syntetáz: identifikace interakcí protein-protein a charakterizace jádrového proteinu“. Journal of Molecular Biology. 285 (1): 183–95. doi:10.1006 / jmbi.1998.2316. PMID 9878398.
Tolkunova E, Park H, Xia J, King MP, Davidson E (listopad 2000). „Gen lidské lyzyl-tRNA syntetázy kóduje jak cytoplazmatické, tak mitochondriální enzymy neobvyklým alternativním sestřihem primárního transkriptu.“. The Journal of Biological Chemistry. 275 (45): 35063–9. doi:10,1074 / jbc.M006265200. PMID 10952987.
Cen S, Khorchid A, Javanbakht H, Gabor J, Stello T, Shiba K, Musier-Forsyth K, Kleiman L (červen 2001). „Začlenění lysyl-tRNA syntetázy do viru lidské imunodeficience typu 1“. Journal of Virology. 75 (11): 5043–8. doi:10.1128 / JVI.75.11.5043-5048.2001. PMC 114908. PMID 11333884.
Sang Lee J, Gyu Park S, Park H, Seol W, Lee S, Kim S (únor 2002). „Interakční síť lidských aminoacyl-tRNA syntetáz a podjednotek komplexu elongačního faktoru 1“. Sdělení o biochemickém a biofyzikálním výzkumu. 291 (1): 158–64. doi:10.1006 / bbrc.2002.6398. PMID 11829477.
Ahn HC, Kim S, Lee BJ (květen 2003). "Struktura řešení a vazba p43 motivu zipu leucinového p38: interakce mezi cívkou a cívkou zprostředkovávají asociaci mezi p38 a p43". FEBS Dopisy. 542 (1–3): 119–24. doi:10.1016 / S0014-5793 (03) 00362-4. PMID 12729910. S2CID 39222196.
Javanbakht H, Halwani R, Cen S, Saadatmand J, Musier-Forsyth K, Gottlinger H, Kleiman L (červenec 2003). „Interakce mezi HIV-1 Gag a lidskou lysyl-tRNA syntetázou během virové montáže“. The Journal of Biological Chemistry. 278 (30): 27644–51. doi:10,1074 / jbc.M301840200. PMID 12756246.
Kim MJ, Park BJ, Kang YS, Kim HJ, Park JH, Kang JW, Lee SW, Han JM, Lee HW, Kim S (červenec 2003). „K diferenciaci plicních buněk je nutná downregulace proteinu vázajícího FUSE a c-myc kofaktorem t38NA tRNA syntetázy p38.“ Genetika přírody. 34 (3): 330–6. doi:10.1038 / ng1182. PMID 12819782. S2CID 41006480.
Di Y, Li J, Zhang Y, He X, Lu H, Xu D, Ling J, Huo K, Wan D, Li YY, Gu J (červen 2003). „Protein HCAP1 asociovaný s HCC, varianta GEMIN4, interaguje s proteiny se zinkovým prstem“. Journal of Biochemistry. 133 (6): 713–8. doi:10.1093 / jb / mvg091. PMID 12869526.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000065427 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000031948 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid8812440-5] Nichols RC, Blinder J, Pai SI, Ge Q, Targoff IN, Plotz PH, Liu P (srpen 1996). "Přiřazení dvou lidských autoantigenových genů - isoleucyl-tRNA syntetázy lokalizuje na 9q21 a lysyl-tRNA syntetázy lokalizuje na 16q23-q24". Genomika. 36 (1): 210–3. doi:10.1006 / geno.1996.0449. PMID 8812440.

[pmid9278442-6] Shiba K, Stello T, Motegi H, Noda T, Musier-Forsyth K, Schimmel P (září 1997). „Lidská lysyl-tRNA syntetáza přijímá varianty nukleotidů 73 a zachraňuje dvojitě defektní mutantu Escherichia coli“. The Journal of Biological Chemistry. 272 (36): 22809–16. doi:10.1074 / jbc.272.36.22809. PMID 9278442.

[entrez-7] A ^b „Entrez Gene: KARS lysyl-tRNA syntetáza“.

[pmid19524539-8] A ^b Yannay-Cohen N, Carmi-Levy I, Kay G, Yang CM, Han JM, Kemeny DM, Kim S, Nechushtan H, Razin E (červen 2009). „LysRS slouží jako klíčová signální molekula v imunitní odpovědi regulací genové exprese“. Molekulární buňka. 34 (5): 603–11. doi:10.1016 / j.molcel.2009.05.019. PMID 19524539.

[pmid14975237-9] Lee YN, Nechushtan H, Figov N, Razin E (únor 2004). „Funkce lysyl-tRNA syntetázy a Ap4A jako signálních regulátorů aktivity MITF v žírných buňkách aktivovaných FcepsilonRI“. Imunita. 20 (2): 145–51. doi:10.1016 / S1074-7613 (04) 00020-2. PMID 14975237.

[pmid16199869-10] Lee YN, Razin E (říjen 2005). „Nekonvenční zapojení LysRS do molekulárního mechanismu transkripční aktivity USF2 ve žírných buňkách aktivovaných FcepsilonRI“. Molekulární a buněčná biologie. 25 (20): 8904–12. doi:10.1128 / MCB.25.20.8904-8912.2005. PMC 1265770. PMID 16199869.

[pmid16189514-11] Rual JF, Venkatesan K, Hao T, Hirozane-Kishikawa T, Dricot A, Li N, Berriz GF, Gibbons FD, Dreze M, Ayivi-Guedehoussou N, Klitgord N, Simon C, Boxem M, Milstein S, Rosenberg J, Goldberg DS, Zhang LV, Wong SL, Franklin G, Li S, Albala JS, Lim J, Fraughton C, Llamosas E, Cevik S, Bex C, Lamesch P, Sikorski RS, Vandenhaute J, Zoghbi HY, Smolyar A, Bosak S, Sequerra R, Doucette-Stamm L, Cusick ME, Hill DE, Roth FP, Vidal M (říjen 2005). „Směrem k mapě lidské interakční sítě protein-protein v měřítku proteomu“. Příroda. 437 (7062): 1173–8. doi:10.1038 / nature04209. PMID 16189514. S2CID 4427026.

[pmid9878398-12] Quevillon S, Robinson JC, Berthonneau E, Siatecka M, Mirande M (leden 1999). „Makromolekulární shromáždění aminoacyl-tRNA syntetáz: identifikace interakcí protein-protein a charakterizace jádrového proteinu“. Journal of Molecular Biology. 285 (1): 183–95. doi:10.1006 / jmbi.1998.2316. PMID 9878398.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]