EIF4A3 - EIF4A3

EIF4A3
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	2HXY, 2HYI, 2J0Q, 2J0S, 2J0U, 2XB2, 3EX7, 4C9B
Identifikátory
Aliasy	EIF4A3, DDX48, MUK34, NMP265, NUK34, RCPS, eIF4AIII, eukaryotický iniciační faktor translace 4A3, Fal1, eIF4A-III, eIF-4A-III
Externí ID	OMIM: 608546 MGI: 1923731 HomoloGene: 5602 Genové karty: EIF4A3
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 17 (lidský)
Konec	80,147,151 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 11 (myš)
Konec	119,300,089 bp
Exprese RNA vzor
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• vazba nukleotidů; • vazba sekvence inzerce selenocysteinu; • GO: Aktivita helikázy 0008026; • poly (A) vazba; • Vazba kmenové smyčky RNA; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • vazba nukleové kyseliny; • vazba ribonukleoproteinového komplexu; • aktivita hydrolázy; • ATP vazba; • mRNA vazba; • Vazba RNA; • činnost regulačního orgánu překladu;
Buněčná složka	• cytoplazma; • cytosol; • jaderná skvrna; • katalytický krok 2 spliceosom; • membrána; • komplex spojení exon-exon; • tělo neuronových buněk; • dendrit; • spliceosomální komplex; • buněčné jádro; • nukleoplazma; • jádro; • glutamátergická synapse; • postsynaptický cytosol; • ribonukleoprotein; • Spliceosom katalytického kroku 1 typu U2;
Biologický proces	• zkrácení ocasu nukleární transkribované mRNA poly (A); • transport mRNA; • negativní regulace překladu; • asociativní učení; • reakce na organickou cyklickou sloučeninu; • regulace vazby mRNA; • Zpracování mRNA; • pozitivní regulace překladu; • negativní regulace genové exprese; • negativní regulace excitačního postsynaptického potenciálu; • buněčná odpověď na podnět neurotrofního faktoru odvozeného z mozku; • buněčná odpověď na seleničitý iont; • průzkumné chování; • Odvíjení sekundární struktury RNA; • Sestřih RNA; • zpracování rRNA; • embryonální kraniální kostra morfogeneze; • negativní regulace vazby sekvence inzerce selenocysteinu; • nukleárně transkribovaný katabolický proces mRNA, nesmysl zprostředkovaný rozpad; • regulace překladu; • negativní regulace inkorporace selenocysteinu; • Sestřih mRNA prostřednictvím spliceosomu; • Export RNA z jádra; • ukončení transkripce RNA polymerázy II; • export mRNA z jádra; • Zpracování mRNA 3'-end; • pozitivní regulace transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • pozitivní regulace sestřihu mRNA prostřednictvím spliceosomu; • doprava; • regulace překladu v postsynapse, modulační synaptický přenos;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	9775
	192170
	ENSG00000141543
	ENSMUSG00000025580
	P38919
	Q91VC3
	NM_014740
	NM_138669
	NP_055555
	NP_619610
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Eukaryotický iniciační faktor 4A-III je protein že u lidí je kódován EIF4A3 gen.^[5]^[6]^[7]

Funkce

Tento gen kóduje člena DEAD box rodina bílkovin. DEAD box proteiny, charakterizované konzervovaným motivem Asp-Glu-Ala-Asp (DEAD), jsou domnělé RNA helikázy. Jsou zapojeny do řady buněčných procesů zahrnujících změnu sekundární struktury RNA, jako je iniciace translace, nukleární a mitochondriální sestřih a ribozom a spliceosome shromáždění. Na základě jejich distribučních vzorců se někteří členové této rodiny považují za členy embryogeneze, spermatogeneze a buněčný růst a dělení. Protein kódovaný tímto genem je protein nukleární matrice. Jeho aminokyselinová sekvence je velmi podobná aminokyselinovým sekvencím faktorů iniciace translace eIF4A-I a eIF4A-II, další dva členové rodiny proteinů DEAD box.^[7]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000141543 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000025580 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Holzmann K, Gerner C, Poltl A, Schafer R, Obrist P, Ensinger C, Grimm R, Sauermann G (únor 2000). "Lidský běžný protein jaderné matrice homologní s eukaryotickým iniciačním faktorem translace 4A". Biochem Biophys Res Commun. 267 (1): 339–44. doi:10.1006 / bbrc.1999.1973. PMID 10623621.
^ Chan CC, Dostie J, MD Diem, Feng W, Mann M, Rappsilber J, Dreyfuss G (leden 2004). „eIF4A3 je nová součást komplexu exonového spojení“. RNA. 10 (2): 200–9. doi:10,1261 / rna.5230104. PMC 1370532. PMID 14730019.
^ ^A ^b „Entrez Gene: EIF4A3 eukaryotický iniciační faktor translace 4A, izoforma 3“.

Další čtení

Nagase T, Miyajima N, Tanaka A a kol. (1995). „Predikce kódujících sekvencí neidentifikovaných lidských genů. III. Kódující sekvence 40 nových genů (KIAA0081-KIAA0120) odvozené analýzou klonů cDNA z lidské buněčné linie KG-1“. DNA Res. 2 (1): 37–43. doi:10.1093 / dnares / 2.1.37. PMID 7788527.
Li Q, Imataka H, Morino S a kol. (1999). „Faktor iniciace eukaryotického překladu 4AIII (eIF4AIII) je funkčně odlišný od eIF4AI a eIF4AII“. Mol. Buňka. Biol. 19 (11): 7336–46. doi:10,1128 / mcb.19.11.7336. PMC 84727. PMID 10523622.
Jurica MS, Licklider LJ, Gygi SR a kol. (2002). „Čištění a charakterizace nativních spliceosomů vhodných pro trojrozměrnou strukturní analýzu“. RNA. 8 (4): 426–39. doi:10.1017 / S1355838202021088. PMC 1370266. PMID 11991638.
Lee S, Baek M, Yang H a kol. (2002). "Identifikace genů odlišně exprimovaných mezi rakovinou žaludku a normální žaludeční sliznicí pomocí cDNA microarrays". Cancer Lett. 184 (2): 197–206. doi:10.1016 / S0304-3835 (02) 00197-0. PMID 12127692.
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH a kol. (2003). „Generování a počáteční analýza více než 15 000 lidských a myších cDNA sekvencí plné délky“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073 / pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
Palacios IM, Gatfield D, St Johnston D, Izaurralde E (2004). "Komplex obsahující eIF4AIII požadovaný pro lokalizaci mRNA a nesmyslně zprostředkovaný rozpad mRNA". Příroda. 427 (6976): 753–7. doi:10.1038 / nature02351. PMID 14973490. S2CID 4400243.
Ferraiuolo MA, Lee CS, Ler LW a kol. (2004). „Faktor podobný nukleárnímu překladu eIF4AIII je získáván do mRNA během sestřihu a funguje v nesmyslném rozpadu“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 101 (12): 4118–23. doi:10.1073 / pnas.0400933101. PMC 384704. PMID 15024115.
Shibuya T, Tange TØ, Sonenberg N, Moore MJ (2004). „eIF4AIII váže sestřiženou mRNA v komplexu exonového spojení a je nezbytný pro nesmyslem zprostředkovaný rozpad“. Nat. Struct. Mol. Biol. 11 (4): 346–51. doi:10.1038 / nsmb750. PMID 15034551. S2CID 30171314.
Jin J, Smith FD, Stark C a kol. (2004). "Proteomická, funkční a doménová analýza in vivo 14-3-3 vazebných proteinů zapojených do cytoskeletální regulace a buněčné organizace". Curr. Biol. 14 (16): 1436–50. doi:10.1016 / j.cub.2004.07.051. PMID 15324660. S2CID 2371325.
Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA a kol. (2004). „Stav, kvalita a rozšíření projektu cDNA NIH v plné délce: Sbírka genů savců (MGC)“. Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10,1101 / gr. 2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
Andersen JS, Lam YW, Leung AK a kol. (2005). "Dynamika nukleolárního proteomu". Příroda. 433 (7021): 77–83. doi:10.1038 / nature03207. PMID 15635413. S2CID 4344740.
Xia Q, Kong XT, Zhang GA a kol. (2005). „Proteomická identifikace proteinu DEAD-box 48 jako nového autoantigenu, prospektivního sérového markeru pro rakovinu pankreatu“. Biochem. Biophys. Res. Commun. 330 (2): 526–32. doi:10.1016 / j.bbrc.2005.02.181. PMID 15796914.
Ballut L, Marchadier B, Baguet A a kol. (2005). „Komplex jádra exonového spojení je uzamčen na RNA inhibicí aktivity eIF4AIII ATPázy“. Nat. Struct. Mol. Biol. 12 (10): 861–9. doi:10.1038 / nsmb990. PMID 16170325. S2CID 1359792.
Rual JF, Venkatesan K, Hao T a kol. (2005). „Směrem k mapě lidské interakční sítě protein-protein v měřítku proteomu“. Příroda. 437 (7062): 1173–8. doi:10.1038 / nature04209. PMID 16189514. S2CID 4427026.
Gehring NH, Kunz JB, Neu-Yilik G a kol. (2005). "Komponenty komplexu Exon-Junction specifikují odlišné cesty rozpadu mRNA zprostředkovaného nesmysly s odlišnými požadavky na kofaktory". Mol. Buňka. 20 (1): 65–75. doi:10.1016 / j.molcel.2005.08.012. PMID 16209946.
Andersen CB, Ballut L, Johansen JS a kol. (2006). „Struktura jádrového komplexu exonu s chycenou ATPázou DEAD-boxu navázanou na RNA“. Věda. 313 (5795): 1968–72. doi:10.1126 / science.1131981. PMID 16931718. S2CID 26409491.
Vy KT, Li LS, Kim NG a kol. (2007). „Selektivní translační represe zkrácených proteinů z mRNA odvozených od mutace Frameshift v nádorech“. PLOS Biol. 5 (5): e109. doi:10.1371 / journal.pbio.0050109. PMC 1854916. PMID 17456004.
Zhang Z, Krainer AR (2007). „Splicing remodels messenger ribonucleoprotein architecture via eIF4A3-independent and-independent bend recruitment of exon junction complex components“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 104 (28): 11574–9. doi:10.1073 / pnas.0704946104. PMC 1913901. PMID 17606899.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000141543 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000025580 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid10623621-5] Holzmann K, Gerner C, Poltl A, Schafer R, Obrist P, Ensinger C, Grimm R, Sauermann G (únor 2000). "Lidský běžný protein jaderné matrice homologní s eukaryotickým iniciačním faktorem translace 4A". Biochem Biophys Res Commun. 267 (1): 339–44. doi:10.1006 / bbrc.1999.1973. PMID 10623621.

[pmid14730019-6] Chan CC, Dostie J, MD Diem, Feng W, Mann M, Rappsilber J, Dreyfuss G (leden 2004). „eIF4A3 je nová součást komplexu exonového spojení“. RNA. 10 (2): 200–9. doi:10,1261 / rna.5230104. PMC 1370532. PMID 14730019.

[entrez-7] A ^b „Entrez Gene: EIF4A3 eukaryotický iniciační faktor translace 4A, izoforma 3“.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]