POLR2A - POLR2A

POLR2A
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	2GHQ, 2 GHT, 2LTO, 3D9K, 3D9L, 3D9M, 3D9N, 3D9O, 3D9P, 4JXT, 5IY9, 5IYA, 5IYC, 5YYB, 5IY7, 5IY8, 5YYD, 5IY6
Identifikátory
Aliasy	POLR2A, POLR2, POLRA, RPB1, RPBh1, RPO2, RPOL2, RpIILS, hRPB220, hsRPB1, podjednotka A polymerázy (RNA) II, podjednotka A polymerázy II, NEDHIB
Externí ID	OMIM: 180660 MGI: 98086 HomoloGene: 721 Genové karty: POLR2A
EC číslo	2.7.7.48
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 17 (lidský)
Konec	7,514,616 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 11 (myš)
Konec	69,758,637 bp
Exprese RNA vzor
	; ;
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• aktivita transferázy; • Vazba DNA; • aktivita nukleotidyltransferázy; • Aktivita RNA polymerázy II; • vazba kovových iontů; • Aktivita 5'-3 'RNA polymerázy zaměřená na RNA; • Aktivita 5'-3 'RNA polymerázy zaměřená na DNA; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • vazba ubikvitinové proteinové ligázy; • Vazba RNA; • vazba na C-konec proteinu; • promotor-specifická chromatinová vazba;
Buněčná složka	• Prp19 komplex; • jádro; • DNA zaměřená RNA polymeráza II, jádrový komplex; • buněčné jádro; • nukleoplazma; • cytoplazma;
Biologický proces	• Sestřih mRNA prostřednictvím spliceosomu; • regulace transkripce, DNA-šablony; • udržování populace somatických kmenových buněk; • Transkripce s templátem DNA, ukončení; • prodloužení transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • Uzávěr mRNA 7-methylguanosinu; • transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • transkripce, templátovaná RNA; • pozitivní regulace sestřihu RNA; • pozitivní regulace virové transkripce; • oprava nukleotidů excizí spojená s transkripcí; • iniciace transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • transkripce snRNA z promotoru RNA polymerázy II; • signální dráha receptoru pro růstový faktor fibroblastů; • transkripce, chráněná DNA; • RNA metabolický proces; • regulace umlčování genů miRNA;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	5430
	20020
	ENSG00000284832; ENSG00000181222
	ENSMUSG00000005198
	P24928
	P08775
	NM_000937
	NM_009089; NM_001291068
	NP_000928
	NP_001277997
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

DNA-řízená RNA polymeráza II podjednotka RPB1, také známý jako RPB1, je enzym že u lidí je kódován POLR2A gen.

Funkce

Tento gen kóduje největší podjednotku RNA polymeráza II polymeráza odpovědná za syntézu messenger RNA v eukaryoty. Produkt tohoto genu obsahuje a karboxyterminální doména složený z heptapeptidových opakování, která jsou nezbytná pro polymeráza aktivita. Tyto repetice obsahují serinové a threoninové zbytky, které jsou fosforylovány v aktivní transkripci RNA polymeráza. Kromě toho tato podjednotka v kombinaci s několika dalšími podjednotkami polymerázy tvoří doménu vázající DNA polymerázy, drážku, ve které je templát DNA transkribován do RNA.^[5]

Interakce

Bylo prokázáno, že POLR2A komunikovat s:

Reference

^ ^A ^b ^C ENSG00000181222 GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000284832, ENSG00000181222 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000005198 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Entrez Gene: POLR2A polymeráza (RNA) II (řízená DNA) polypeptid A, 220 kDa“.
^ Krum SA, Miranda GA, Lin C, Lane TF (prosinec 2003). „BRCA1 se asociuje s procesivní RNA polymerázou II“. J. Biol. Chem. 278 (52): 52012–20. doi:10,1074 / jbc.M308418200. PMID 14506230.
^ ^A ^b ^C ^d ^E ^F ^G ^h Scully R, Anderson SF, Chao DM, Wei W, Ye L, Young RA, Livingston DM, Parvin JD (květen 1997). „BRCA1 je složkou holoenzymu RNA polymerázy II“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 94 (11): 5605–10. doi:10.1073 / pnas.94.11.5605. PMC 20825. PMID 9159119.
^ Chiba N, Parvin JD (říjen 2001). „Redistribuce BRCA1 mezi čtyři různé proteinové komplexy po zablokování replikace“. J. Biol. Chem. 276 (42): 38549–54. doi:10,1074 / jbc.M105227200. PMID 11504724.
^ Krum SA, Womack JE, Lane TF (září 2003). „Hovězí BRCA1 vykazuje klasické reakce na genotoxický stres, ale nízkou aktivitu aktivace transkripce in vitro“. Onkogen. 22 (38): 6032–44. doi:10.1038 / sj.onc.1206515. PMID 12955082.
^ ^A ^b ^C ^d ^E ^F ^G Cho H, Orphanides G, Sun X, Yang XJ, Ogryzko V, Lees E, Nakatani Y, Reinberg D (září 1998). „Komplex lidské RNA polymerázy II obsahující faktory, které modifikují strukturu chromatinu“. Mol. Buňka. Biol. 18 (9): 5355–63. doi:10.1128 / MCB.18.9.5355. PMC 109120. PMID 9710619.
^ Suñé C, Hayashi T, Liu Y, Lane WS, Young RA, Garcia-Blanco MA (říjen 1997). „CA150, jaderný protein spojený s holoenzymem RNA polymerázy II, je zapojen do transkripce viru lidské imunodeficience typu 1 aktivovaného Tat“. Mol. Buňka. Biol. 17 (10): 6029–39. doi:10.1128 / MCB.17.10.6029. PMC 232452. PMID 9315662.
^ Sato S, Tomomori-Sato C, Parmely TJ, Florens L, Zybailov B, Swanson SK, Banks CA, Jin J, Cai Y, Washburn MP, Conaway JW, Conaway RC (červen 2004). „Sada konsensuálních podjednotek savčích mediátorů identifikovaných multidimenzionální technologií identifikace proteinů“. Mol. Buňka. 14 (5): 685–91. doi:10.1016 / j.molcel.2004.05.006. PMID 15175163.
^ ^A ^b ^C ^d Acker J, de Graaff M, Cheynel I, Khazak V, Kedinger C, Vigneron M (červenec 1997). „Interakce mezi podjednotkami lidské RNA polymerázy II“. J. Biol. Chem. 272 (27): 16815–21. doi:10.1074 / jbc.272.27.16815. PMID 9201987.
^ Humbert S, Saudou F (květen 2002). "Směrem ke specificitě buněk v SCA1". Neuron. 34 (5): 669–70. doi:10.1016 / s0896-6273 (02) 00715-8. PMID 12062012. S2CID 15993809.
^ ^A ^b ^C Sif S, Saurin AJ, Imbalzano AN, Kingston RE (březen 2001). "Čištění a charakterizace komplexů remodelace chromatinu Brg1 a hBrm obsahující mSin3A". Genes Dev. 15 (5): 603–18. doi:10,1101 / gad.872801. PMC 312641. PMID 11238380.
^ ^A ^b ^C Wang W, Côté J, Xue Y, Zhou S, Khavari PA, Biggar SR, Muchardt C, Kalpana GV, Goff SP, Yaniv M, Workman JL, Crabtree GR (říjen 1996). „Čištění a biochemická heterogenita savčího komplexu SWI-SNF“. EMBO J.. 15 (19): 5370–82. doi:10.1002 / j.1460-2075.1996.tb00921.x. PMC 452280. PMID 8895581.
^ Zhao K, Wang W, Rando OJ, Xue Y, Swiderek K, Kuo A, Crabtree GR (listopad 1998). „Rychlá a na fosfoinositolu závislá vazba komplexu BAF podobného SWI / SNF na chromatin po signalizaci T lymfocytárního receptoru“. Buňka. 95 (5): 625–36. doi:10.1016 / s0092-8674 (00) 81633-5. PMID 9845365. S2CID 3184211.
^ Hamamoto R, Furukawa Y, Morita M, Iimura Y, Silva FP, Li M, Yagyu R, Nakamura Y (srpen 2004). „SMYD3 kóduje histonmethyltransferázu zapojenou do proliferace rakovinných buněk“. Nat. Cell Biol. 6 (8): 731–40. doi:10.1038 / ncb1151. PMID 15235609. S2CID 13456531.
^ Yang J, Aittomäki S, Pesu M, Carter K, Saarinen J, Kalkkinen N, Kieff E, Silvennoinen O (září 2002). „Identifikace p100 jako koaktivátoru pro STAT6, který přemosťuje STAT6 s RNA polymerázou II“. EMBO J.. 21 (18): 4950–8. doi:10.1093 / emboj / cdf463. PMC 126276. PMID 12234934.
^ Kim JB, Yamaguchi Y, Wada T, Handa H, Sharp PA (září 1999). „Protein Tat-SF1 se asociuje s proteiny RAP30 a lidskými proteiny SPT5“. Mol. Buňka. Biol. 19 (9): 5960–8. doi:10,1128 / mcb.19,9.5960. PMC 84462. PMID 10454543.
^ Wada T, Takagi T, Yamaguchi Y, Ferdous A, Imai T, Hirose S, Sugimoto S, Yano K, Hartzog GA, Winston F, Buratowski S, Handa H (únor 1998). „DSIF, nový faktor prodlužování transkripce, který reguluje procesivitu RNA polymerázy II, se skládá z lidských homologů Spt4 a Spt5“. Genes Dev. 12 (3): 343–56. doi:10.1101 / gad.12.3.343. PMC 316480. PMID 9450929.
^ Conaway RC, Kong SE, Conaway JW (srpen 2003). „TFIIS a GreB: dva stejně smýšlející faktory prodloužení transkripce s lepkavými prsty“. Buňka. 114 (3): 272–4. doi:10.1016 / S0092-8674 (03) 00607-X. PMID 12914690. S2CID 14209300.
^ Archambault J, Pan G, Dahmus GK, Cartier M, Marshall N, Zhang S, Dahmus ME, Greenblatt J (říjen 1998). „FCP1, podjednotka interagující s RAP74 lidské proteinové fosfatázy, která defosforyluje karboxylterminální doménu RNA polymerázy IIO“. J. Biol. Chem. 273 (42): 27593–601. doi:10.1074 / jbc.273.42.27593. PMID 9765293.
^ Pan G, Aso T, Greenblatt J (září 1997). „Interakce elongačních faktorů TFIIS a elonginu A s holoenzymem lidské RNA polymerázy II schopným iniciace specifické pro promotor a reagující na transkripční aktivátory“. J. Biol. Chem. 272 (39): 24563–71. doi:10.1074 / jbc.272.39.24563. PMID 9305922.
^ Carty SM, Goldstrohm AC, Suñé C, Garcia-Blanco MA, Greenleaf AL (srpen 2000). „Moduly pro interakci proteinů, které organizují jadernou funkci: FF domény CA150 vážou fosfoCTD RNA polymerázy II“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 97 (16): 9015–20. doi:10.1073 / pnas.160266597. PMC 16813. PMID 10908677.
^ Grondin B, Côté F, Bazinet M, Vincent M, Aubry M (říjen 1997). „Přímá interakce proteinu ZNF74 se zinkovým prstem KRAB / Cys2-His2 s hyperfosforylovanou formou největší podjednotky RNA polymerázy II“. J. Biol. Chem. 272 (44): 27877–85. doi:10.1074 / jbc.272.44.27877. PMID 9346935.

Další čtení

Jeang KT (1998). "Tat, kináza asociovaná s Tat a transkripce". J. Biomed. Sci. 5 (1): 24–7. doi:10.1007 / BF02253352. PMID 9570510.
Yankulov K, Bentley D (1998). "Kontrola transkripce: Tat kofaktory a transkripční prodloužení". Curr. Biol. 8 (13): R447–9. doi:10.1016 / S0960-9822 (98) 70289-1. PMID 9651670. S2CID 15480646.
Romano G, Kasten M, De Falco G, Micheli P, Khalili K, Giordano A (2000). "Regulační funkce Cdk9 a cyklinu T1 při expresi genu pro transaktivační dráhu HIV tat". J. Cell. Biochem. 75 (3): 357–68. doi:10.1002 / (SICI) 1097-4644 (19991201) 75: 3 <357 :: AID-JCB1> 3.0.CO; 2-K. PMID 10536359.
Szentirmay MN, Sawadogo M (2000). "Prostorová organizace transkripce RNA polymerázy II v jádru". Nucleic Acids Res. 28 (10): 2019–25. doi:10.1093 / nar / 28.10.2019. PMC 105382. PMID 10773068.
Marcello A, Zoppé M, Giacca M (2002). "Více režimů transkripční regulace transaktivátorem HIV-1 Tat". IUBMB Life. 51 (3): 175–81. doi:10.1080/152165401753544241. PMID 11547919. S2CID 10931640.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C ENSG00000181222 GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000284832, ENSG00000181222 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000005198 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[5] „Entrez Gene: POLR2A polymeráza (RNA) II (řízená DNA) polypeptid A, 220 kDa“.

[pmid14506230-6] Krum SA, Miranda GA, Lin C, Lane TF (prosinec 2003). „BRCA1 se asociuje s procesivní RNA polymerázou II“. J. Biol. Chem. 278 (52): 52012–20. doi:10,1074 / jbc.M308418200. PMID 14506230.

[pmid9159119-7] A ^b ^C ^d ^E ^F ^G ^h Scully R, Anderson SF, Chao DM, Wei W, Ye L, Young RA, Livingston DM, Parvin JD (květen 1997). „BRCA1 je složkou holoenzymu RNA polymerázy II“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 94 (11): 5605–10. doi:10.1073 / pnas.94.11.5605. PMC 20825. PMID 9159119.

[pmid11504724-8] Chiba N, Parvin JD (říjen 2001). „Redistribuce BRCA1 mezi čtyři různé proteinové komplexy po zablokování replikace“. J. Biol. Chem. 276 (42): 38549–54. doi:10,1074 / jbc.M105227200. PMID 11504724.

[pmid12955082-9] Krum SA, Womack JE, Lane TF (září 2003). „Hovězí BRCA1 vykazuje klasické reakce na genotoxický stres, ale nízkou aktivitu aktivace transkripce in vitro“. Onkogen. 22 (38): 6032–44. doi:10.1038 / sj.onc.1206515. PMID 12955082.

[pmid9710619-10] A ^b ^C ^d ^E ^F ^G Cho H, Orphanides G, Sun X, Yang XJ, Ogryzko V, Lees E, Nakatani Y, Reinberg D (září 1998). „Komplex lidské RNA polymerázy II obsahující faktory, které modifikují strukturu chromatinu“. Mol. Buňka. Biol. 18 (9): 5355–63. doi:10.1128 / MCB.18.9.5355. PMC 109120. PMID 9710619.

[pmid9315662-11] Suñé C, Hayashi T, Liu Y, Lane WS, Young RA, Garcia-Blanco MA (říjen 1997). „CA150, jaderný protein spojený s holoenzymem RNA polymerázy II, je zapojen do transkripce viru lidské imunodeficience typu 1 aktivovaného Tat“. Mol. Buňka. Biol. 17 (10): 6029–39. doi:10.1128 / MCB.17.10.6029. PMC 232452. PMID 9315662.

[pmid15175163-12] Sato S, Tomomori-Sato C, Parmely TJ, Florens L, Zybailov B, Swanson SK, Banks CA, Jin J, Cai Y, Washburn MP, Conaway JW, Conaway RC (červen 2004). „Sada konsensuálních podjednotek savčích mediátorů identifikovaných multidimenzionální technologií identifikace proteinů“. Mol. Buňka. 14 (5): 685–91. doi:10.1016 / j.molcel.2004.05.006. PMID 15175163.

[pmid9201987-13] A ^b ^C ^d Acker J, de Graaff M, Cheynel I, Khazak V, Kedinger C, Vigneron M (červenec 1997). „Interakce mezi podjednotkami lidské RNA polymerázy II“. J. Biol. Chem. 272 (27): 16815–21. doi:10.1074 / jbc.272.27.16815. PMID 9201987.

[pmid12062018-14] Humbert S, Saudou F (květen 2002). "Směrem ke specificitě buněk v SCA1". Neuron. 34 (5): 669–70. doi:10.1016 / s0896-6273 (02) 00715-8. PMID 12062012. S2CID 15993809.

[pmid11238380-15] A ^b ^C Sif S, Saurin AJ, Imbalzano AN, Kingston RE (březen 2001). "Čištění a charakterizace komplexů remodelace chromatinu Brg1 a hBrm obsahující mSin3A". Genes Dev. 15 (5): 603–18. doi:10,1101 / gad.872801. PMC 312641. PMID 11238380.

[pmid8895581-16] A ^b ^C Wang W, Côté J, Xue Y, Zhou S, Khavari PA, Biggar SR, Muchardt C, Kalpana GV, Goff SP, Yaniv M, Workman JL, Crabtree GR (říjen 1996). „Čištění a biochemická heterogenita savčího komplexu SWI-SNF“. EMBO J.. 15 (19): 5370–82. doi:10.1002 / j.1460-2075.1996.tb00921.x. PMC 452280. PMID 8895581.

[pmid9845365-17] Zhao K, Wang W, Rando OJ, Xue Y, Swiderek K, Kuo A, Crabtree GR (listopad 1998). „Rychlá a na fosfoinositolu závislá vazba komplexu BAF podobného SWI / SNF na chromatin po signalizaci T lymfocytárního receptoru“. Buňka. 95 (5): 625–36. doi:10.1016 / s0092-8674 (00) 81633-5. PMID 9845365. S2CID 3184211.

[pmid15235609-18] Hamamoto R, Furukawa Y, Morita M, Iimura Y, Silva FP, Li M, Yagyu R, Nakamura Y (srpen 2004). „SMYD3 kóduje histonmethyltransferázu zapojenou do proliferace rakovinných buněk“. Nat. Cell Biol. 6 (8): 731–40. doi:10.1038 / ncb1151. PMID 15235609. S2CID 13456531.

[pmid12234934-19] Yang J, Aittomäki S, Pesu M, Carter K, Saarinen J, Kalkkinen N, Kieff E, Silvennoinen O (září 2002). „Identifikace p100 jako koaktivátoru pro STAT6, který přemosťuje STAT6 s RNA polymerázou II“. EMBO J.. 21 (18): 4950–8. doi:10.1093 / emboj / cdf463. PMC 126276. PMID 12234934.

[pmid10454543-20] Kim JB, Yamaguchi Y, Wada T, Handa H, Sharp PA (září 1999). „Protein Tat-SF1 se asociuje s proteiny RAP30 a lidskými proteiny SPT5“. Mol. Buňka. Biol. 19 (9): 5960–8. doi:10,1128 / mcb.19,9.5960. PMC 84462. PMID 10454543.

[pmid9450929-21] Wada T, Takagi T, Yamaguchi Y, Ferdous A, Imai T, Hirose S, Sugimoto S, Yano K, Hartzog GA, Winston F, Buratowski S, Handa H (únor 1998). „DSIF, nový faktor prodlužování transkripce, který reguluje procesivitu RNA polymerázy II, se skládá z lidských homologů Spt4 a Spt5“. Genes Dev. 12 (3): 343–56. doi:10.1101 / gad.12.3.343. PMC 316480. PMID 9450929.

[pmid12914699-22] Conaway RC, Kong SE, Conaway JW (srpen 2003). „TFIIS a GreB: dva stejně smýšlející faktory prodloužení transkripce s lepkavými prsty“. Buňka. 114 (3): 272–4. doi:10.1016 / S0092-8674 (03) 00607-X. PMID 12914690. S2CID 14209300.

[pmid9765293-23] Archambault J, Pan G, Dahmus GK, Cartier M, Marshall N, Zhang S, Dahmus ME, Greenblatt J (říjen 1998). „FCP1, podjednotka interagující s RAP74 lidské proteinové fosfatázy, která defosforyluje karboxylterminální doménu RNA polymerázy IIO“. J. Biol. Chem. 273 (42): 27593–601. doi:10.1074 / jbc.273.42.27593. PMID 9765293.

[pmid9305922-24] Pan G, Aso T, Greenblatt J (září 1997). „Interakce elongačních faktorů TFIIS a elonginu A s holoenzymem lidské RNA polymerázy II schopným iniciace specifické pro promotor a reagující na transkripční aktivátory“. J. Biol. Chem. 272 (39): 24563–71. doi:10.1074 / jbc.272.39.24563. PMID 9305922.

[pmid10908677-25] Carty SM, Goldstrohm AC, Suñé C, Garcia-Blanco MA, Greenleaf AL (srpen 2000). „Moduly pro interakci proteinů, které organizují jadernou funkci: FF domény CA150 vážou fosfoCTD RNA polymerázy II“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 97 (16): 9015–20. doi:10.1073 / pnas.160266597. PMC 16813. PMID 10908677.

[pmid9346935-26] Grondin B, Côté F, Bazinet M, Vincent M, Aubry M (říjen 1997). „Přímá interakce proteinu ZNF74 se zinkovým prstem KRAB / Cys2-His2 s hyperfosforylovanou formou největší podjednotky RNA polymerázy II“. J. Biol. Chem. 272 (44): 27877–85. doi:10.1074 / jbc.272.44.27877. PMID 9346935.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]

[17]

[18]

[19]

[20]

[21]

[22]

[23]

[24]

[25]

[26]