H2AFY - H2AFY - Wikipedia

MACROH2A1
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	1U35, 1ZR3, 1ZR5, 2F8N, 2FXK, 3HQH, 3HSV, 3IID, 3IIF, 3IVB, 5IIT
Identifikátory
Aliasy	MACROH2A1, H2A.y, H2A / y, H2AF12M, H2AFJ, MACROH2A1.1, mH2A1, macroH2A1.2, H2A člen rodiny histonů Y, H2AFY, makroH2A.1 histon
Externí ID	OMIM: 610054 MGI: 1349392 HomoloGene: 3598 Genové karty: MACROH2A1
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 5 (lidský)
Konec	135,399,914 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 13 (myš)
Konec	56,136,361 bp
Exprese RNA vzor
	; ; ; ;
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• vazba protein kinázy; • vazba rDNA; • aktivita inhibitoru proteinové serin / threonin kinázy; • Vazba DNA specifické pro regulační oblast RNA polymerázy II; • vazba chromatinu; • dvouvláknová vazba methylované DNA; • aktivita heterodimerizace proteinu; • Vazba DNA specifické pro sekvenci jádra promotoru RNA polymerázy II; • vazba DNA specifické pro sekvenci jádrového promotoru; • Vazba DNA; • vazba chromatinové DNA; • vazba enzymu; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • vazba nukleosomální DNA; • promotor-specifická chromatinová vazba;
Buněčná složka	• extracelulární exosom; • ESC / E (Z) komplex; • jádro; • kondenzovaný chromozom; • jaderný chromozom, telomerická oblast; • chromozóm; • pericentrický heterochromatin; • nukleosom; • buněčné jádro; • nukleární chromozom; • pohlavní chromatin; • Barrovo tělo; • nukleární chromatin; • chromatin;
Biologický proces	• umlčování chromatinu; • negativní regulace methylace histonu H3-K4; • regulace umlčování chromatinu na rDNA; • kompenzace dávky; • negativní regulace buněčného cyklu G2 / M fázový přechod; • pozitivní regulace genové exprese, epigenetická; • regulace buněčného růstu; • pozitivní regulace diferenciace keratinocytů; • negativní regulace histonové fosforylace; • negativní regulace aktivity proteinové serin / threonin kinázy; • negativní regulace transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • shromáždění nukleosomů; • negativní regulace lokalizace proteinu na chromozomu, telomerické oblasti; • negativní regulace genové exprese, epigenetická; • negativní regulace methylace histonu H3-K27; • epigenetická regulace genové exprese; • pozitivní regulace udržování soudržnosti mitotických sesterských chromatid; • stanovení lokalizace proteinu na chromatinu; • negativní regulace transkripce transkriptu velké nukleární rRNA z promotoru RNA polymerázy I.; • regulace metabolismu lipidů; • kovalentní modifikace chromatinu; • regulace reakce na oxidační stres; • negativní regulace reakce na oxidační stres; • pozitivní regulace reakce na oxidační stres; • organizace chromatinu;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	9555
	26914
	ENSG00000113648
	ENSMUSG00000015937
	O75367
	Q9QZQ8
	NM_001040158; NM_004893; NM_138609; NM_138610
	NM_001159513; NM_001159514; NM_001159515; NM_012015
	NP_001035248; NP_004884; NP_613075; NP_613258
	NP_001152985; NP_001152986; NP_001152987; NP_036145
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Hlavní histonový makro-H2A.1 je protein že u lidí je kódován H2AFY gen.^[5]^[6]^[7]

Funkce

Histony jsou základní jaderné bílkoviny které jsou odpovědné za nukleosom struktura chromozomálního vlákna v eukaryoty. Nukleosomy sestávají z přibližně 146 bp DNA omotal kolem a histonový oktamer složený z párů každého ze čtyř hlavních histonů (H2A, H2B, H3 a H4). The chromatin vlákno je dále zhutňováno interakcí histonu linkeru, H1 s DNA mezi nukleosomy za vzniku struktur chromatinu vyššího řádu. Tento gen kóduje člena rodiny histonů H2A. Nahrazuje konvenční H2A histony v podskupině nukleosomů, kde potlačuje transkripce a účastní se stabilní Inaktivace chromozomu X. Alternativní sestřih má za následek více varianty přepisu kódování různých izoforem.^[7] Exprese těchto izoforem je spojena s několika druhy rakoviny, jako je hepatocelulární karcinom.^[8]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000113648 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000015937 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Mao M, Fu G, Wu JS, Zhang QH, Zhou J, Kan LX, Huang QH, He KL, Gu BW, Han ZG, Shen Y, Gu J, Yu YP, Xu SH, Wang YX, Chen SJ, Chen Z (Červenec 1998). "Identifikace genů exprimovaných v lidských CD34 (+) hematopoetických kmenových / progenitorových buňkách pomocí exprimovaných sekvenčních značek a účinného klonování cDNA v plné délce". Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 95 (14): 8175–80. doi:10.1073 / pnas.95.14.8175. PMC 20949. PMID 9653160.
^ Lee Y, Hong M, Kim JW, Hong YM, Choe YK, Chang SY, Lee KS, Choe IS (červenec 1998). "Izolace cDNA klonů kódujících subtypy lidských histonových makroH2A1". Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - genová struktura a exprese. 1399 (1): 73–7. doi:10.1016 / s0167-4781 (98) 00098-0. PMID 9714746.
^ ^A ^b "Entrez Gene: H2AFY H2A histonová rodina, člen Y".
^ Rappa F, Greco A, Podrini C, Cappello F, Foti M, Bourgoin L, Peyrou M, Marino A, Scibetta N, Williams R, Mazzoccoli G, Federici M, Pazienza V, Vinciguerra M (2013). „Imunopozitivita na histonové isoformy makroH2A1 označuje hepatocelulární karcinom spojený se steatózou“. PLOS ONE. 8 (1): e54458. doi:10.1371 / journal.pone.0054458. PMC 3553099. PMID 23372727.

Další čtení

El Kharroubi A, Piras G, Zensen R, Martin MA (květen 1998). „Transkripční aktivace integrovaného promotoru viru lidské imunodeficience typu 1 spojeného s chromatinem“. Molekulární a buněčná biologie. 18 (5): 2535–44. doi:10,1128 / mcb.18.5.2535. PMC 110633. PMID 9566873.
Costanzi C, Pehrson JR (červen 1998). „Histon macroH2A1 je koncentrován v neaktivním X chromozomu ženských savců“. Příroda. 393 (6685): 599–601. doi:10.1038/31275. PMID 9634239. S2CID 205001095.
Zhang QH, Ye M, Wu XY, Ren SX, Zhao M, Zhao CJ, Fu G, Shen Y, Fan HY, Lu G, Zhong M, Xu XR, Han ZG, Zhang JW, Tao J, Huang QH, Zhou J , Hu GX, Gu J, Chen SJ, Chen Z (říjen 2000). „Klonování a funkční analýza cDNA s otevřenými čtecími rámci pro 300 dříve nedefinovaných genů exprimovaných v CD34 + hematopoetických kmenových / progenitorových buňkách“. Výzkum genomu. 10 (10): 1546–60. doi:10,1101 / gr. 140200. PMC 310934. PMID 11042152.
Deng L, de la Fuente C, Fu P, Wang L, Donnelly R, Wade JD, Lambert P, Li H, Lee CG, Kashanchi F (listopad 2000). „Acetylace HIV-1 Tat pomocí CBP / P300 zvyšuje transkripci integrovaného genomu HIV-1 a zvyšuje vazbu na hlavní histony“. Virologie. 277 (2): 278–95. doi:10.1006 / viro.2000.0593. PMID 11080476.
Chadwick BP, Willard HF (květen 2001). „Varianty histonu H2A a neaktivní chromozom X: identifikace druhé varianty makroH2A“. Lidská molekulární genetika. 10 (10): 1101–13. doi:10,1093 / hmg / 10.10.1101. PMID 11331621.
Deng L, Wang D, de la Fuente C, Wang L, Li H, Lee CG, Donnelly R, Wade JD, Lambert P, Kashanchi F (říjen 2001). "Zlepšení aktivity p300 HAT pomocí HIV-1 Tat na chromatinové DNA". Virologie. 289 (2): 312–26. doi:10.1006 / viro.2001.1129. PMID 11689053.
Chadwick BP, Willard HF (červen 2002). „Lokalizace makroH2A závislá na buněčném cyklu v chromatinu neaktivního chromozomu X“. The Journal of Cell Biology. 157 (7): 1113–23. doi:10.1083 / jcb.200112074. PMC 2173542. PMID 12082075.
Takahashi I, Kameoka Y, Hashimoto K (srpen 2002). "MacroH2A1.2 váže jaderný protein Spop". Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - výzkum molekulárních buněk. 1591 (1–3): 63–8. doi:10.1016 / S0167-4889 (02) 00249-5. PMID 12183056.
Ganesan S, Silver DP, Greenberg RA, Avni D, Drapkin R, Miron A, Mok SC, Randrianarison V, Brodie S, Salstrom J, Rasmussen TP, Klimke A, Marrese C, Marahrens Y, Deng CX, Feunteun J, Livingston DM (Listopad 2002). „BRCA1 podporuje koncentraci XIST RNA na neaktivním chromozomu X“. Buňka. 111 (3): 393–405. doi:10.1016 / S0092-8674 (02) 01052-8. PMID 12419249. S2CID 372211.
Angelov D, Molla A, Perche PY, Hans F, Côté J, Khochbin S, Bouvet P, Dimitrov S (duben 2003). „Histonová varianta makroH2A interferuje s vazbou transkripčního faktoru a remodelací nukleozomů SWI / SNF“. Molekulární buňka. 11 (4): 1033–41. doi:10.1016 / S1097-2765 (03) 00100-X. PMID 12718888.
Behrends U, Schneider I, Rössler S, Frauenknecht H, Golbeck A, Lechner B, Eigenstetter G, Zobywalski C, Müller-Weihrich S, Graubner U, Schmid I, Sackerer D, Späth M, Goetz C, Prantl F, Asmuss HP, Bise K, Mautner J (srpen 2003). „Nové nádorové antigeny identifikované autologním screeningem protilátek v knihovnách cDNA dětského medulloblastomu“. International Journal of Cancer. 106 (2): 244–51. doi:10.1002 / ijc.11208. PMID 12800201. S2CID 36836051.
Lusic M, Marcello A, Cereseto A, Giacca M (prosinec 2003). „Regulace exprese genu HIV-1 acetylací histonu a nábor faktorů u promotoru LTR“. Časopis EMBO. 22 (24): 6550–61. doi:10.1093 / emboj / cdg631. PMC 291826. PMID 14657027.
Acín-Pérez R, poslanec Bayona-Bafaluy, Fernández-Silva P, Moreno-Loshuertos R, Pérez-Martos A, Bruno C, Moraes CT, Enríquez JA (březen 2004). „Respirační komplex III je nutný k udržení komplexu I v savčích mitochondriích“. Molekulární buňka. 13 (6): 805–15. doi:10.1016 / S1097-2765 (04) 00124-8. PMC 3164363. PMID 15053874.
Zhang R, Poustovoitov MV, Ye X, Santos HA, Chen W, Daganzo SM, Erzberger JP, Serebriiskii IG, Canutescu AA, Dunbrack RL, Pehrson JR, Berger JM, Kaufman PD, Adams PD (leden 2005). "Tvorba ohnisek heterochromatinu asociovaných se senescencí obsahující MacroH2A a senescence řízená ASF1a a HIRA". Vývojová buňka. 8 (1): 19–30. doi:10.1016 / j.devcel.2004.10.019. PMID 15621527.
Hernández-Muñoz I, Lund AH, van der Stoop P, Boutsma E, Muijrers I, Verhoeven E, Nusinow DA, Panning B, Marahrens Y, van Lohuizen M (květen 2005). „Stabilní inaktivace chromozomu X zahrnuje komplex PRC1 Polycomb a vyžaduje histon MACROH2A1 a ligand ubikvitin E3 CULLIN3 / SPOP“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 102 (21): 7635–40. doi:10.1073 / pnas.0408918102. PMC 1140410. PMID 15897469.
Ioudinkova ES, Barat A, Pichugin A, Markova E, Sklyar I, Pirozhkova I, Robin C, Lipinski M, Ogryzko V, Vassetzky YS, Razin SV (2012). „Výrazná distribuce ektopicky exprimovaných histonových variant H2A.Bbd a MacroH2A v otevřené a uzavřené doméně chromatinu“. PLOS ONE. 7 (10): e47157. doi:10.1371 / journal.pone.0047157. PMC 3484066. PMID 23118866.