Referenční geny - Reference genes - Wikipedia
Tento článek pojednává o konkrétním tématu referenčních genů. Obecnější seznam úklidových genů viz geny pro úklid
Referenční geny jsou vyjádřený ve všech buňkách organismu za normálních a patofyziologických podmínek.[1][2][3][4] Ačkoli někteří geny pro úklid (jako LDHA,[5] NE,[5] PGK1[5] a PPIH,[5]) jsou ve většině nepatologických situací exprimovány na relativně stálých úrovních, jiné geny pro úklid se mohou lišit v závislosti na experimentálních podmínkách.[6]Přestože se pojmy „gen pro úklid“ a „referenční gen“ používají poněkud zaměnitelně, je třeba při výběru genů pro referenční účely postupovat opatrně. Vhodné referenční geny musí být stabilně exprimovány ve specifických experimentálních podmínkách nebo sledované tkáni [1]. Nedávno webová databáze člověk a myš buněčně specifické referenční geny / přepisy, pojmenované Atlas úklidu a přepisu referencí (HRT Atlas), byl vyvinut s cílem nabídnout spolehlivé referenční geny / přepisy pro normalizaci dat RT-qPCR [1].
Toto je seznam geny pro úklid a přepisy stabilně exprimované v 52 lidských tkáních a typech buněk, které lze použít pro referenční účely po empirické validaci: [1]
| Gen | Enskripta Přepis č. | Popis | Chromozóm |
|---|---|---|---|
| AES | ENST00000309311 | Aminoterminální zesilovač split | chr19 |
| AP2M1 | ENST00000292807 | Proteinový komplex související s adaptérem 2 podjednotka mu 1 | chr3 |
| BSG | ENST00000353555 | Basigin (OK krevní skupina) | chr19 |
| CD59 | ENST00000395850 | Molekula CD59 | chr11 |
| CSNK2B | ENST00000375882 | Kasein kináza 2 beta | chr6 |
| EDF1 | ENST00000224073 | Faktor související s endoteliální diferenciací 1 | chr9 |
| EEF2 | ENST00000309311 | Faktor prodloužení eukaryotického překladu 2 | chr19 |
| GABARAP | ENST00000577035 | Protein spojený s receptorem GABA typu A. | chr17 |
| PFDN5 | ENST00000334478 | Prefoldinová podjednotka 5 | chr12 |
| RHOA | ENST00000418115 | Člen rodiny Ras homolog A | chr3 |
| ubikvitin C. | ENST00000546120 | Ubikvitin C. | chr12 |
Atlas HRT umožňuje vyhledávání úplného seznamu spolehlivých kandidátských referenčních genů a transkriptů pro normalizaci RT-qPCR ve více než 120 člověk a myš tkáně nebo typy buněk. Databáze také nabízí některé empiricky validované primery a predikované modifikátory (onemocnění a malé molekuly) exprese těchto referenčních genů.
Následující představují geny, které by pravděpodobně měly nelze použít pro referenční účely: GUSB,[5] RPLP0,[5] TFRC,[5] GAPDH, HSP90, a β-aktin. Ačkoli byly kdysi považovány za „geny pro úklid“, nedávná data naznačují, že nejsou tak spolehlivé, jak se dříve myslelo.[1][2]
Viz také
Reference
- ^ A b C d E Hounkpe, Bidossessi Wilfried; Chenou, Francine; de-Lima, Franciele; De-Paula, Erich Vinicius (2020-07-14). „Databáze HRT Atlas v1.0: předefinování lidských a myších úklidových genů a kandidátních referenčních přepisů těžbou masivních datových sad RNA-seq“. Výzkum nukleových kyselin: gkaa609. doi:10.1093 / nar / gkaa609. ISSN 0305-1048.
- ^ A b Eisenberg E, Levanon EY (říjen 2013). "Lidské geny pro úklid, znovu navštíveny". Trendy v genetice. 29 (10): 569–574. doi:10.1016 / j.tig.2013.05.010. PMID 23810203.
- ^ kon Butte, AJ .; et al. (2001). Geny pro „další definici úklidu“ nebo „údržbu“ se zaměřují na kompendium genové exprese v normálních lidských tkáních'". Physiol. Genomika. 7 (2): 95–96. doi:10.1152 / physiolgenomics.2001.7.2.95. PMID 11773595.
- ^ Zhu, J .; et al. (2008). „O povaze lidských úklidových genů“. Trendy v genetice. 24 (10): 481–484. doi:10.1016 / j.tig.2008.08.004. PMID 18786740.
- ^ A b C d E F G Quiagen. "RT2 Profiler PCR Array (96jamkový formát a 384jamkový formát"). Qiagen katalogové číslo 330231 PAHS-00ZA.
- ^ Greer S, Honeywell R, Geletu M, Arulanandam R, Raptis L (19. února 2010). "Úklidové geny; úrovně exprese se mohou měnit s hustotou kultivovaných buněk". J Immunol metody. 355 (1–2): 76–9. doi:10.1016 / j.jim.2010.02.006. PMID 20171969.