PPIE (gen) - PPIE (gene)

PPIE
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	1ZMF, 2CQB, 2KU7, 2KYX, 2R99, 3LPY, 3MDF, 3UCH
Identifikátory
Aliasy	PPIE, CYP-33, CYP33, peptidylprolylizomeráza E.
Externí ID	OMIM: 602435 MGI: 1917118 HomoloGene: 38142 Genové karty: PPIE
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 1 (lidský)
Konec	39,763,914 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 4 (myš)
Konec	123,139,951 bp
Exprese RNA vzor
	; ;
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• aktivita izomerázy; • aktivita peptidyl-prolyl cis-trans izomerázy; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • vazba nukleové kyseliny; • vazba cyklosporinu A.; • Vazba RNA; • mRNA vazba; • poly (A) vazba; • rozložená vazba na protein;
Buněčná složka	• katalytický krok 2 spliceosom; • nukleoplazma; • spliceosomální komplex; • buněčné jádro; • extracelulární oblast; • cytosol; • jaderná skvrna; • lumen sekreční granule; • lumen granule bohaté na ficolin-1; • Spliceosom katalytického kroku 2 typu U2;
Biologický proces	• regulace transkripce, DNA-šablony; • Zpracování mRNA; • proteinová peptidyl-prolyl izomerizace; • skládání bílkovin; • Sestřih RNA; • pozitivní regulace replikace virového genomu; • oprava nukleotidů excizí spojená s transkripcí; • Sestřih mRNA prostřednictvím spliceosomu; • degranulace neutrofilů; • skládání bílkovin;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	10450
	56031
	ENSG00000084072
	ENSMUSG00000028651
	Q9UNP9
	Q9QZH3
	NM_001195007; NM_006112; NM_203456; NM_203457; NM_001319293
	NM_019489
	NP_001181936; NP_001306222; NP_006103; NP_982281
	NP_062362
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Peptidylprolyl izomeráza E (cyklofilin E), také známý jako PPIE, je enzym který je u lidí kódován PPIE gen na chromozomu 1. Jako člen rodiny peptidyl-prolyl cis-trans izomerázy (PPIáza) tento protein katalyzuje cis-trans izomerizace prolin imidic peptidové vazby, což umožňuje usnadnit skládání nebo opravu proteinů.^[5] PPIE se navíc účastní mnoha biologických procesů, včetně mitochondrií metabolismus, apoptóza, a zánět, jakož i související nemoci a stavy, jako je ischemické reperfuzní poškození, AIDS, chřipka, a rakovina.^[6]^[7]^[8]

Struktura

Stejně jako ostatní cyklofiliny, PPIE tvoří strukturu p-barelu s hydrofobním jádrem. Tato β-hlaveň se skládá z osmi antiparalelních β-řetězců a je uzavřena dvěma α-šroubovicemi nahoře a dole. Kromě toho β-otáčky a smyčky v pramenech přispívají k pružnosti hlavně. Zejména PPIE obsahuje dvě domény vázající RNA na N-konci a 165 bází dlouhou doménu PPIázy na C-konci. Doména PPIázy je homologní s PPIA a může být vázána a inhibována CsA.^[8]

Funkce

Protein kódovaný tímto genem je členem peptidyl-prolyl cis-trans izomerázy (PPIase ) rodina. PPIázy katalyzují cis-trans izomerizace z prolin imidové peptidové vazby v oligopeptidy a zrychlit skládací bílkovin.^[5] Obecně se PPIázy nacházejí ve všech eubakteriích a eukaryotech, stejně jako v několika archaeobakteriích, a proto jsou vysoce konzervativní.^[6]^[9] Rodina PPIase se dále dělí na tři strukturně odlišné podrodiny: cyklofilin (CyP), protein vázající FK506 (FKBP ), a parvulin (Pvn).^[6]^[8] Jako cyklofilin se váže PPI cyklosporin A (CsA) a lze je nalézt v buňce nebo vylučované buňkou.^[7] U eukaryot se cyklofiliny všudypřítomně lokalizují do mnoha typů buněk a tkání.^[7]^[8] Kromě aktivit PPIasy a chaperonu proteinů fungují cyklofiliny v mitochondriálním metabolismu, apoptóze, imunologické odpovědi, zánětu a buněčném růstu a proliferaci.^[6]^[7]^[8] Zejména PPIE také vykazuje aktivitu vázání RNA.^[5]

Klinický význam

Vzhledem k úzké homologii v doméně PPIase mezi PPIE a PPIA, PPIE může být také zapojen do procesu replikace HIV.^[8] PPIE navíc pomáhá předcházet infekcím pomocí virus chřipky A..^[10] Jako cyklofilin PPIE také váže imunosupresivní léčivo CsA za vzniku komplexu CsA-cyklofilin, který se pak zaměřuje na kalcineurin, aby inhiboval signální cestu pro aktivaci T-buněk.^[7]

V srdečních myogenních buňkách bylo pozorováno, že cyklofiliny jsou aktivovány tepelným šokem a hypoxií-reoxygenací, stejně jako komplexem s proteiny tepelného šoku. Cyklofiliny tedy mohou fungovat při kardioprotekci během ischemicko-reperfuzního poškození.

V současnosti exprese cyklofilinu vysoce koreluje s rakovinovou patogenezí, ale je třeba ještě objasnit konkrétní mechanismy.^[7]

Interakce

Bylo prokázáno, že PPIE (gen) komunikovat s CsA a MLL.^[7]^[11]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000084072 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000028651 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ ^A ^b ^C "Entrez Gene: PPID peptidylprolyl izomeráza E (cyklofilin E)".
^ ^A ^b ^C ^d Kazui T, Inoue N, Yamada O, Komatsu S (leden 1992). „Selektivní cerebrální perfúze během operace pro aneuryzma aortálního oblouku: přehodnocení“. Annals of Thoracic Surgery. 53 (1): 109–14. doi:10.1016 / 0003-4975 (92) 90767-x. PMID 1530810.
^ ^A ^b ^C ^d ^E ^F ^G Yao Q, Li M, Yang H, Chai H, Fisher W, Chen C (březen 2005). "Role cyklofilinů v rakovině a jiných orgánových systémech". World Journal of Surgery. 29 (3): 276–80. doi:10.1007 / s00268-004-7812-7. PMID 15706440.
^ ^A ^b ^C ^d ^E ^F Wang T, Yun CH, Gu SY, Chang WR, Liang DC (srpen 2005). „1.88 Krystalová struktura C domény hCyP33: nová doména peptidyl-prolyl cis-trans izomerázy“. Sdělení o biochemickém a biofyzikálním výzkumu. 333 (3): 845–9. doi:10.1016 / j.bbrc.2005.06.006. PMID 15963461.
^ Hoffmann H, Schiene-Fischer C (červenec 2014). "Funkční aspekty extracelulárních cyklofilinů". Biologická chemie. 395 (7–8): 721–35. doi:10.1515 / hsz-2014-0125. PMID 24713575.
^ Wang Z, Liu X, Zhao Z, Xu C, Zhang K, Chen C, Sun L, Gao GF, Ye X, Liu W (2011). „Cyklofilin E funguje jako negativní regulátor replikace viru chřipky tím, že zhoršuje tvorbu komplexu virového ribonukleoproteinu“. PLOS ONE. 6 (8): e22625. doi:10,1371 / journal.pone.0022625. PMC 3160840. PMID 21887220.
^ Fair K, Anderson M, Bulanova E, Mi H, Tropschug M, Diaz MO (květen 2001). "Proteinové interakce prstů MLL PHD modulují regulaci cílového genu MLL v lidských buňkách". Molekulární a buněčná biologie. 21 (10): 3589–97. doi:10.1128 / MCB.21.10.3589-3597.2001. PMC 100280. PMID 11313484.

Další čtení

Mi H, Kops O, Zimmermann E, Jäschke A, Tropschug M (prosinec 1996). „Cyklofilin vázající nukleární RNA v lidských T buňkách“. FEBS Dopisy. 398 (2–3): 201–5. doi:10.1016 / S0014-5793 (96) 01248-3. PMID 8977107.
Fair K, Anderson M, Bulanova E, Mi H, Tropschug M, Diaz MO (květen 2001). "Proteinové interakce prstů MLL PHD modulují regulaci cílového genu MLL v lidských buňkách". Molekulární a buněčná biologie. 21 (10): 3589–97. doi:10.1128 / MCB.21.10.3589-3597.2001. PMC 100280. PMID 11313484.
Jurica MS, Licklider LJ, Gygi SR, Grigorieff N, Moore MJ (duben 2002). „Čištění a charakterizace nativních spliceosomů vhodných pro trojrozměrnou strukturní analýzu“. RNA. 8 (4): 426–39. doi:10.1017 / S1355838202021088. PMC 1370266. PMID 11991638.
Rual JF, Venkatesan K, Hao T, Hirozane-Kishikawa T, Dricot A, Li N, Berriz GF, Gibbons FD, Dreze M, Ayivi-Guedehoussou N, Klitgord N, Simon C, Boxem M, Milstein S, Rosenberg J, Goldberg DS, Zhang LV, Wong SL, Franklin G, Li S, Albala JS, Lim J, Fraughton C, Llamosas E, Cevik S, Bex C, Lamesch P, Sikorski RS, Vandenhaute J, Zoghbi HY, Smolyar A, Bosak S, Sequerra R, Doucette-Stamm L, Cusick ME, Hill DE, Roth FP, Vidal M (říjen 2005). „Směrem k mapě interakční sítě lidský protein-protein v měřítku proteomu“. Příroda. 437 (7062): 1173–8. doi:10.1038 / nature04209. PMID 16189514.
Davis TL, Walker JR, Campagna-Slater V, et al. (2010). "Strukturální a biochemická charakterizace rodiny lidských cyklofilinů peptidyl-prolyl izomeráz". PLoS Biol. 8 (7): e1000439. doi:10.1371 / journal.pbio.1000439. PMC 2911226. PMID 20676357.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000084072 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000028651 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[entrez-5] A ^b ^C "Entrez Gene: PPID peptidylprolyl izomeráza E (cyklofilin E)".

[pmid1530810-6] A ^b ^C ^d Kazui T, Inoue N, Yamada O, Komatsu S (leden 1992). „Selektivní cerebrální perfúze během operace pro aneuryzma aortálního oblouku: přehodnocení“. Annals of Thoracic Surgery. 53 (1): 109–14. doi:10.1016 / 0003-4975 (92) 90767-x. PMID 1530810.

[pmid15706440-7] A ^b ^C ^d ^E ^F ^G Yao Q, Li M, Yang H, Chai H, Fisher W, Chen C (březen 2005). "Role cyklofilinů v rakovině a jiných orgánových systémech". World Journal of Surgery. 29 (3): 276–80. doi:10.1007 / s00268-004-7812-7. PMID 15706440.

[pmid15963461-8] A ^b ^C ^d ^E ^F Wang T, Yun CH, Gu SY, Chang WR, Liang DC (srpen 2005). „1.88 Krystalová struktura C domény hCyP33: nová doména peptidyl-prolyl cis-trans izomerázy“. Sdělení o biochemickém a biofyzikálním výzkumu. 333 (3): 845–9. doi:10.1016 / j.bbrc.2005.06.006. PMID 15963461.

[pmid24713575-9] Hoffmann H, Schiene-Fischer C (červenec 2014). "Funkční aspekty extracelulárních cyklofilinů". Biologická chemie. 395 (7–8): 721–35. doi:10.1515 / hsz-2014-0125. PMID 24713575.

[pmid21887220-10] Wang Z, Liu X, Zhao Z, Xu C, Zhang K, Chen C, Sun L, Gao GF, Ye X, Liu W (2011). „Cyklofilin E funguje jako negativní regulátor replikace viru chřipky tím, že zhoršuje tvorbu komplexu virového ribonukleoproteinu“. PLOS ONE. 6 (8): e22625. doi:10,1371 / journal.pone.0022625. PMC 3160840. PMID 21887220.

[pmid11313484-11] Fair K, Anderson M, Bulanova E, Mi H, Tropschug M, Diaz MO (květen 2001). "Proteinové interakce prstů MLL PHD modulují regulaci cílového genu MLL v lidských buňkách". Molekulární a buněčná biologie. 21 (10): 3589–97. doi:10.1128 / MCB.21.10.3589-3597.2001. PMC 100280. PMID 11313484.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]