SNX9 - SNX9

SNX9
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	2RAI, 2 RAJ, 2RAK, 3DYT, 3DYU, 3LGE
Identifikátory
Aliasy	SNX9, SDP1, SH3PX1, SH3PXD3A, WISP, třídění nexin 9
Externí ID	OMIM: 605952 MGI: 1913866 HomoloGene: 49454 Genové karty: SNX9
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 6 (lidský)
Konec	157,945,077 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 17 (myš)
Konec	5,931,954 bp
Exprese RNA vzor
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• aktivita homodimerizace proteinu; • Vazba komplexu Arp2 / 3; • Vazba 1-fosfatidylinositolu; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • vazba fosfatidylinositolu; • vazba ubikvitinové proteinové ligázy; • vazba lipidů; • kadherinová vazba; • identická vazba na protein;
Buněčná složka	• cytoplazma; • Golgiho aparát; • buněčná projekce; • membrána; • prohrábnout; • vnější složka cytoplazmatické strany plazmatické membrány; • buněčná membrána; • trans-Golgiho síť; • extracelulární exosom; • cytoplazmatická vezikulární membrána; • vezikul potažený klatrinem; • cytosol; • cytoplazmatický váček; • kutikulární deska;
Biologický proces	• endocytóza; • tvorba štěpné brázdy; • mitotická cytokineze; • pozitivní regulace proteolýzy ektodomény membránového proteinu; • receptorem zprostředkovaná endocytóza; • tubulace plazmatické membrány; • buněčné dělení; • endozomální transport; • GO: 0032320, GO: 0032321, GO: 0032855, GO: 0043089, GO: 0032854 pozitivní regulace aktivity GTPázy; • pozitivní regulace oligomerizace proteinů; • transport bílkovin; • sestava lipidové trubice; • buněčný cyklus; • transport intracelulárních proteinů; • pozitivní regulace aktivity proteinkinázy; • membránová organizace; • GO: 0007067 mitotický buněčný cyklus; • doprava; • pozitivní regulace polymerace aktinových vláken;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	51429
	66616
	ENSG00000130340
	ENSMUSG00000002365
	Q9Y5X1
	Q91VH2
	NM_016224
	NM_025664
	NP_057308
	NP_079940
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Třídění nexinu-9 je protein že u lidí je kódován SNX9 gen.^[5]^[6]^[7]

Tento gen kóduje člena rodiny třídících nexinů. Členové této rodiny obsahují doménu phox (PX), která je doménou vázající fosfoinositid, a jsou zapojeni do intracelulárního obchodování. Tento protein neobsahuje vinutou cívkovou oblast, jako někteří členové rodiny, ale obsahuje doménu SH3 poblíž jejího N-konce. Tento protein interaguje s cytoplazmatickými doménami prekurzoru, ale nikoli se zpracovanými formami disintegrinové a metaloproteázové domény 9 a 15. Tento protein váže doménu beta-přídavku adaptačního proteinu 2 a může fungovat tak, aby napomáhal adaptačnímu proteinu 2 v jeho roli plazmatická membrána. Tento protein interaguje s aktivovanou kinázou-2 asociovanou s Cdc42 za účelem regulace degradace proteinu receptoru epidermálního růstového faktoru.^[7]

Interakce

SNX9 bylo prokázáno komunikovat s ADAM9,^[5] DNM2^[8] a 15. ADAM.^[5]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000130340 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000002365 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ ^A ^b ^C Howard L; Nelson KK; Maciewicz RA; Blobel CP (prosinec 1999). „Interakce metaloproteázy dezintegruje MDC9 a MDC15 se dvěma proteiny obsahujícími doménu SH3, endofilinem I a SH3PX1“. J Biol Chem. 274 (44): 31693–9. doi:10.1074 / jbc.274.44.31693. PMID 10531379.
^ Yarar D; Waterman-Storer CM; Schmid SL (červenec 2007). „SNX9 spojuje sestavu aktinu s fosfoinositidovými signály a je nezbytná pro remodelaci membrány během endocytózy“. Dev Cell. 13 (1): 43–56. doi:10.1016 / j.devcel.2007.04.014. PMID 17609109.
^ ^A ^b „Entrez Gene: SNX9 sorting nexin 9“.
^ Lundmark, Richard; Carlsson Sven R (listopad 2003). „Třídění nexinu 9 se účastní klatrinem zprostředkované endocytózy prostřednictvím interakcí s hlavními složkami“. J. Biol. Chem. Spojené státy. 278 (47): 46772–81. doi:10,1074 / jbc.M307334200. ISSN 0021-9258. PMID 12952949.

Další čtení

Teasdale RD, Loci D, Houghton F a kol. (2001). „Velká rodina proteinů lokalizovaných v endosomu souvisejících s tříděním nexinu 1“. Biochem. J. 358 (Pt 1): 7–16. doi:10.1042/0264-6021:3580007. PMC 1222026. PMID 11485546.
Lin Q; Lo CG; Cerione RA; Yang W (2002). „Cdc42 cíl ACK2 interaguje s tříděním nexinu 9 (SH3PX1) za účelem regulace degradace receptoru epidermálního růstového faktoru“. J. Biol. Chem. 277 (12): 10134–8. doi:10,1074 / jbc.M110329200. PMID 11799118.
Lundmark R; Carlsson SR (2002). „Beta-přídavky čtyř komplexů adaptér-protein (AP): struktura a vazebné vlastnosti a identifikace třídění nexinu 9 jako doplňkového proteinu k AP-2“. Biochem. J. 362 (Pt 3): 597–607. doi:10.1042/0264-6021:3620597. PMC 1222423. PMID 11879186.
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH a kol. (2003). „Generování a počáteční analýza více než 15 000 lidských a myších cDNA sekvencí plné délky“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99 (26): 16899–903. Bibcode:2002PNAS ... 9916899M. doi:10.1073 / pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
Lundmark R; Carlsson SR (2004). „Třídění nexinu 9 se účastní klatrinem zprostředkované endocytózy prostřednictvím interakcí s hlavními složkami“. J. Biol. Chem. 278 (47): 46772–81. doi:10,1074 / jbc.M307334200. PMID 12952949.
Mungall AJ, Palmer SA, Sims SK a kol. (2003). „Sekvence DNA a analýza lidského chromozomu 6“. Příroda. 425 (6960): 805–11. Bibcode:2003 Natur.425..805M. doi:10.1038 / nature02055. PMID 14574404.
Schulze WX; Mann M (2004). „Nový proteomický screening interakcí peptid-protein“. J. Biol. Chem. 279 (11): 10756–64. doi:10,1074 / jbc.M309909200. PMID 14679214.
Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T a kol. (2004). „Kompletní sekvenování a charakterizace 21 243 lidských cDNA plné délky“. Nat. Genet. 36 (1): 40–5. doi:10.1038 / ng1285. PMID 14702039.
Lehner B; Sanderson CM (2004). „Rámec interakce proteinů pro degradaci lidské mRNA“. Genome Res. 14 (7): 1315–23. doi:10,1101 / gr. 2122004. PMC 442147. PMID 15231747.
Lundmark R; Carlsson SR (2004). „Regulovaný nábor membrány dynaminu-2 zprostředkovaný tříděním nexinu 9“. J. Biol. Chem. 279 (41): 42694–702. doi:10,1074 / jbc.M407430200. PMID 15299020.
Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA a kol. (2004). „Stav, kvalita a rozšíření projektu cDNA NIH v plné délce: Mammalian Gene Collection (MGC)“. Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10,1101 / gr. 2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
Soulet F; Yarar D; Leonard M; Schmid SL (2005). „SNX9 reguluje sestavu dynaminu a je vyžadován pro účinnou endocytózu zprostředkovanou klatrinem“. Mol. Biol. Buňka. 16 (4): 2058–67. doi:10,1091 / mbc.E04-11-1016. PMC 1073683. PMID 15703209.
Yeow-Fong L; Lim L; Manser E (2005). "SNX9 jako adaptér pro propojení synaptojaninu-1 s efektorem Cdc42 ACK1". FEBS Lett. 579 (22): 5040–8. doi:10.1016 / j.febslet.2005.07.093. PMID 16137687. S2CID 44482842.
Rual JF, Venkatesan K, Hao T a kol. (2005). „Směrem k mapě lidské interakční sítě protein-protein v měřítku proteomu“. Příroda. 437 (7062): 1173–8. Bibcode:2005 Natur.437.1173R. doi:10.1038 / nature04209. PMID 16189514. S2CID 4427026.
Childress C; Lin Q; Yang W (2006). „U fosforylace tyrosinu SH3PX1 je nutná dimerizace v reakci na signalizaci epidermálního růstového faktoru a interakci s ACK2“. Biochem. J. 394 (Pt 3): 693–8. doi:10.1042 / BJ20050576. PMC 1383719. PMID 16316319.
Marchès O, Batchelor M, Shaw RK a kol. (2006). „EspF enteropatogenní Escherichia coli váže třídění nexinu 9“. J. Bacteriol. 188 (8): 3110–5. doi:10.1128 / JB.188.8.3110-3115.2006. PMC 1447016. PMID 16585770.
Schmid EM, Ford MG, Burtey A a kol. (2007). „Role AP2 beta-appendage hub při náboru partnerů pro sestavu vezikul potaženou klatrinem“. PLOS Biol. 4 (9): e262. doi:10.1371 / journal.pbio.0040262. PMC 1540706. PMID 16903783.
Badour K, McGavin MK, Zhang J a kol. (2007). „Interakce proteinu Wiskott-Aldrichova syndromu s tříděním nexinu 9 je nutná pro endocytózu CD28 a kosignalizaci v T buňkách“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 104 (5): 1593–8. Bibcode:2007PNAS..104.1593B. doi:10.1073 / pnas.0610543104. PMC 1785243. PMID 17242350.

Tento článek o gen na lidský chromozom 6 je pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000130340 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000002365 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid10531379-5] A ^b ^C Howard L; Nelson KK; Maciewicz RA; Blobel CP (prosinec 1999). „Interakce metaloproteázy dezintegruje MDC9 a MDC15 se dvěma proteiny obsahujícími doménu SH3, endofilinem I a SH3PX1“. J Biol Chem. 274 (44): 31693–9. doi:10.1074 / jbc.274.44.31693. PMID 10531379.

[pmid17609109-6] Yarar D; Waterman-Storer CM; Schmid SL (červenec 2007). „SNX9 spojuje sestavu aktinu s fosfoinositidovými signály a je nezbytná pro remodelaci membrány během endocytózy“. Dev Cell. 13 (1): 43–56. doi:10.1016 / j.devcel.2007.04.014. PMID 17609109.

[entrez-7] A ^b „Entrez Gene: SNX9 sorting nexin 9“.

[pmid12952949-8] Lundmark, Richard; Carlsson Sven R (listopad 2003). „Třídění nexinu 9 se účastní klatrinem zprostředkované endocytózy prostřednictvím interakcí s hlavními složkami“. J. Biol. Chem. Spojené státy. 278 (47): 46772–81. doi:10,1074 / jbc.M307334200. ISSN 0021-9258. PMID 12952949.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

Třídění nexinů
SNX-BAR	SNX1 SNX2 SNX4 SNX5 SNX6 SNX7 SNX8 SNX9 SNX18 SNX30 SNX32 SNX33
SNX-PX	SNX3 SNX10 SNX11 SNX12 SNX16 SNX20 SNX21 SNX22 SNX24 SNX29
SNX-Ostatní	SNX13 SNX14 SNX15 SNX17 SNX19 SNX23 SNX25 SNX26 SNX27 SNX28 SNX31
Související články	PX doména BAR doména Retromer