RAB11B - RAB11B
Protein související s Ras Rab-11B je protein že u lidí je kódován RAB11B gen.[5][6] Rab11b je uváděn jako nejhojněji vyjádřený v mozku, srdci a varlatech.
Rab (Ras-související v mozku) proteiny tvoří největší část Ras nadčeleď malých GTPasy. Proteiny rodiny Rab regulují procesy přenosu intracelulární membrány včetně váček nadějné, uvázané a fúze. Izoformy Rab11a, Rab11b a Rab11c /Rab25 tvoří podrodinu Rab11 na základě konkrétních sekvenční motivy.[7] Zatímco RAB11A je umístěn na chromozom 15[8] a RAB11C zapnuto chromozom 1, RAB11B je umístěn na chromozom 19. Jsou zahrnuty proteiny Rab11 endocytóza a exocytóza.[9] Rab11b je uváděn jako nejhojněji exprimovaný v mozku, srdci a varlatech.[10] Rané studie s delecemi homologů RAB11 v roce 2006 Saccharomyces cerevisiae prokázaly jejich důležitost pro přežití buněk.[11][12]Přes vysoké sdílení sekvenční homologie „Rab11a a Rab11b zřejmě sídlí v odlišných vezikulárních kompartmentech.[13] Většina Rab11b se ani nekolokalizovala s receptor transferinu ani s polymerní IgA receptor. Tento protein také vykazuje závislost na mikrotubulu cytoskelet to se liší od Rab11a.[13] Vysoká sekvenční diverzita v C-koncové hypervariabilní oblasti je zodpovědná za variabilní membránové cílení mezi těmito proteiny.
Funkce
Členové podčeledi Rab11 působí při recyklaci proteinů z endozomy do plazmatická membrána, při transportu molekul z trans-Golgiho síť na plazmatickou membránu a dovnitř fagocytóza. Tato podrodina také působí v polarizovaném transportu dovnitř epitelové buňky.[14][15][16][17][18] Zatímco většina studií se týká izoformy Rab11a, o Rab11b je zatím známo jen málo. Rab11b se lokalizuje převážně v pericentriolární recyklační komoře a slouží jako důležitá součást vezikulárního aparátu.[19] Je to nutné pro přenos internalizovaných transferin z recyklačního oddělení do plazmatické membrány, pro kterou je aktivní Rab11b stejně jako GTP hydrolýza je nutná.[19]
Struktura
Všechny Ras GTPasy se skládají z podobné základní struktury a jsou vysoce konzervativní P-smyčka, přepněte oblasti 1 a 2. Monomer Rab11b vykazuje typický Ras podobný malý záhyb GTPázy se šesti vlákny β-list jádro (β1-β6) obklopené pěti hlavními α-šroubovice (α1-α5)[16] a jednu menší α-šroubovici (α6). Podle sekvenční podobnosti s jinými Rab GTPázami lze předpokládat, že vykazují velmi podobné vlastnosti ve vazbě nukleotidů a hydrolýza. Izoformy Rab11 se však mohly lišit v kinetice hydrolýzy kvůli rozdílům v konformace, protože Rab11a a Rab11b nevykazují oblast α-helikální přepínání 2 jako jiné Rab GTPasy. Rab11b sdílí 90% aminokyselinovou identitu s Rab11a.[16] Kinetické experimenty s Rablla / b a Rabll interagujícími proteiny (FIP) naznačují, že FIP nemohou rozlišovat mezi Rab11a a Rabllb vázanými na GTP in vitro.[20] Hlavní odchylky se projevují v neaktivním stavu. Zatímco Pasqualato et al. krystalizoval neaktivní Rablla jako dimer v asymetrické jednotce, Scapin et al. pozorovány monokrystalogicky nezávislé monomery struktur Rab11b vázaných na GDP a GppNHp.[16][21]
![](http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/8/87/Rab11b-GNP-bind.png/450px-Rab11b-GNP-bind.png)
![](http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/2/2a/Alignment_mod.png/450px-Alignment_mod.png)
Klinický význam
Vzhledem ke svému zásadnímu významu při transportu a recyklaci vezikul jsou proteiny Rab11 spojeny s různými nepatogenními nebo patogeny indukovanými chorobami. Většina publikovaných údajů neurčuje, zda se jedná o a- nebo b-izoformu. Byly zahrnuty proteiny Rab11 Alzheimerova choroba,[22][23] Artrogrypóza - renální dysfunkce - cholestáza (OBLOUK),[24] Battenova choroba,[25] a Charcot-Marie-Tooth neuropatie typu 4C (CMT4C).[26]Intracelulární bakterie Chlamydia pneumoniae a Chlamydia trachomatis které replikují v oddílech vázaných na membránu, unesou zařízení pro obchodování s náborem Rab GTPas, aby podporovaly jejich replikaci v hostitelská buňka. Srazení Rab11 snížilo tvorbu infekčních částic.[27][28][29]Nedávné studie uvádějí podobné použití intracelulárního obchodování u Hantavirus a Virus chřipky A.. Replikované viry těží z recyklace zprostředkované Rab11 endozom cesta k opuštění buňky a infikování okolní tkáně.[30][31][32][33]
Reference
- ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000185236 - Ensembl, Květen 2017
- ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000077450 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ Zhu AX, Zhao Y, Flier JS (prosinec 1994). "Molekulární klonování dvou malých proteinů vázajících GTP z lidského kosterního svalu". Komunikace pro biochemický a biofyzikální výzkum. 205 (3): 1875–82. doi:10.1006 / bbrc.1994.2889. PMID 7811277.
- ^ „Entrez Gene: RAB11B RAB11B, člen onkogenní rodiny RAS“.
- ^ Bhartur SG, Calhoun BC, Woodrum J, Kurkjian J, Iyer S, Lai F, Goldenring JR (březen 2000). "Genomická struktura myších členů rodiny Rab11". Komunikace pro biochemický a biofyzikální výzkum. 269 (2): 611–7. doi:10,1006 / bbrc.2000.2334. PMID 10708602.
- ^ Gromov PS, Celis JE, Hansen C, Tommerup N, Gromova I, Madsen P (červen 1998). "Lidská rablla: transkripce, mapování chromozomů a účinek na úrovně exprese hostitelských proteinů vázajících GTP". FEBS Dopisy. 429 (3): 359–64. doi:10.1016 / s0014-5793 (98) 00607-3. PMID 9662449. S2CID 22139183.
- ^ Wilcke M, Johannes L, Galli T, Mayau V, Goud B, Salamero J (prosinec 2000). „Rab11 reguluje rozčlenění časných endosomů potřebných pro efektivní transport z časných endosomů do transgolgiho sítě“. The Journal of Cell Biology. 151 (6): 1207–20. doi:10.1083 / jcb.151.6.1207. PMC 2190589. PMID 11121436.
- ^ Lai F, Stubbs L, Artzt K (srpen 1994). "Molekulární analýza myší Rab11b: nový typ savčího YPT / Rab proteinu". Genomika. 22 (3): 610–6. doi:10.1006 / geno.1994.1434. PMID 8001972.
- ^ Benli M, Döring F, Robinson DG, Yang X, Gallwitz D (prosinec 1996). „Dvě izoformy GTPázy, Ypt31p a Ypt32p, jsou nezbytné pro funkci Golgi v kvasinkách“. Časopis EMBO. 15 (23): 6460–75. doi:10.1002 / j.1460-2075.1996.tb01037.x. PMC 452471. PMID 8978673.
- ^ Jedd G, Mulholland J, Segev N (květen 1997). „Pro výstup z kvasinkového trans-Golgiho prostoru jsou zapotřebí dvě nové Ypt GTPasy“. The Journal of Cell Biology. 137 (3): 563–80. doi:10.1083 / jcb.137.3.563. PMC 2139891. PMID 9151665.
- ^ Chen W, Feng Y, Chen D, Wandinger-Ness A (listopad 1998). „Rab11 je vyžadován pro trans-golgiho transport mezi membránou a plazmou a preferenční cíl pro inhibitor disociace GDP“. Molekulární biologie buňky. 9 (11): 3241–57. doi:10,1091 / mbc.9.11.3241. PMC 25617. PMID 9802909.
- ^ Cox D, Lee DJ, Dale BM, Calafat J, Greenberg S (leden 2000). "Rab11 obsahující rychle se recyklační kompartment v makrofágech, který podporuje fagocytózu". Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 97 (2): 680–5. Bibcode:2000PNAS ... 97..680C. doi:10.1073 / pnas.97.2.680. PMC 15390. PMID 10639139.
- ^ A b C d E F Scapin SM, Carneiro FR, Alves AC, Medrano FJ, Guimarães BG, Zanchin NI (červen 2006). „Krystalová struktura malé GTPázy Rab11b odhaluje kritické rozdíly ve srovnání s izoformou Rab11a“. Journal of Structural Biology. 154 (3): 260–8. doi:10.1016 / j.jsb.2006.01.007. PMID 16545962.
- ^ Ullrich O, Reinsch S, Urbé S, Zerial M, Parton RG (listopad 1996). „Rab11 reguluje recyklaci prostřednictvím pericentriolárního recyklačního endosomu“. The Journal of Cell Biology. 135 (4): 913–24. doi:10.1083 / jcb.135.4.913. PMC 2133374. PMID 8922376.
- ^ Wang X, Kumar R, Navarre J, Casanova JE, Goldenring JR (září 2000). „Regulace obchodování váčků s psími ledvinovými buňkami madin-darby od Rab11a a Rab25“. The Journal of Biological Chemistry. 275 (37): 29138–46. doi:10,1074 / jbc.M004410200. PMID 10869360.
- ^ A b Schlierf B, Fey GH, Hauber J, Hocke GM, Rosorius O (srpen 2000). „Rab11b je nezbytný pro recyklaci transferinu do plazmatické membrány“. Experimentální výzkum buněk. 259 (1): 257–65. doi:10,1006 / excr. 2000,4947. PMID 10942597.
- ^ Shiba T, Koga H, Shin HW, Kawasaki M, Kato R, Nakayama K, Wakatsuki S (říjen 2006). „Strukturální základ pro nábor membrány závislé na Rab11 rodiny Rab11 interagujícího proteinu 3 (FIP3) / Arfophilin-1“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 103 (42): 15416–21. Bibcode:2006PNAS..10315416S. doi:10.1073 / pnas.0605357103. PMC 1622838. PMID 17030804.
- ^ Pasqualato S, Senic-Matuglia F, Renault L, Goud B, Salamero J, Cherfils J (březen 2004). „Strukturální cyklus HDP / GTP Rab11 odhaluje nové rozhraní zapojené do dynamiky recyklace endosomů“. The Journal of Biological Chemistry. 279 (12): 11480–8. doi:10,1074 / jbc.M310558200. PMID 14699104.
- ^ Greenfield JP, Leung LW, Cai D, Kaasik K, Gross RS, Rodriguez-Boulan E, Greengard P, Xu H (duben 2002). „Estrogen snižuje tvorbu beta-amyloidu Alzheimerovou chorobou stimulací biogeneze vezikul trans-Golgiho sítě“. The Journal of Biological Chemistry. 277 (14): 12128–36. doi:10,1074 / jbc.M110009200. PMID 11823458.
- ^ Dumanchin C, česky C, Campion D, Cuif MH, Poyot T, Martin C, Charbonnier F, Goud B, Pradier L, Frebourg T (červenec 1999). „Preseniliny interagují s Rab11, malou GTPázou zapojenou do regulace vezikulárního transportu“. Lidská molekulární genetika. 8 (7): 1263–9. doi:10,1093 / hmg / 8.7.1263. PMID 10369872.
- ^ Cullinane AR, Straatman-Iwanowska A, Zaucker A, Wakabayashi Y, Bruce CK, Luo G, Rahman F, Gürakan F, Utine E, Ozkan TB, Denecke J, Vukovic J, Di Rocco M, Mandel H, Cangul H, Matthews RP , Thomas SG, Rappoport JZ, Arias IM, Wolburg H, Knisely AS, Kelly DA, Müller F, Maher ER, Gissen P (duben 2010). „Mutace ve VIPAR způsobují fenotyp artrogrypózy, renální dysfunkce a syndromu cholestázy s defekty epiteliální polarizace“. Genetika přírody. 42 (4): 303–12. doi:10,1038 / ng.538. PMC 5308204. PMID 20190753.
- ^ Luiro K, Yliannala K, Ahtiainen L, Maunu H, Järvelä I, Kyttälä A, Jalanko A (prosinec 2004). „Propojení proteinů CLN3, Hook1 a Rab spojuje Battenovu chorobu s defekty v endocytické dráze“. Lidská molekulární genetika. 13 (23): 3017–27. doi:10,1093 / hmg / ddh321. PMID 15471887.
- ^ Stendel C, Roos A, Kleine H, Arnaud E, Ozçelik M, Sidiropoulos PN, Zenker J, Schüpfer F, Lehmann U, Sobota RM, Litchfield DW, Lüscher B, Chrast R, Suter U, Senderek J (srpen 2010). „SH3TC2, proteinový mutant v neuropatii Charcot-Marie-Tooth, spojuje myelinaci periferních nervů s endozomální recyklací“. Mozek. 133 (Pt 8): 2462–74. doi:10.1093 / mozek / awq168. PMID 20826437.
- ^ Cortes C, Rzomp KA, Tvinnereim A, Scidmore MA, Wizel B (prosinec 2007). „Membránový protein pro začlenění Chlamydia pneumoniae Cpn0585 interaguje s více Rab GTPázami“. Infekce a imunita. 75 (12): 5586–96. doi:10.1128 / IAI.01020-07. PMC 2168330. PMID 17908815.
- ^ Rejman Lipinski A, Heymann J, Meissner C, Karlas A, Brinkmann V, Meyer TF, Heuer D (říjen 2009). „Rab6 a Rab11 regulují vývoj Chlamydia trachomatis a fragmentaci Golgiho systému závislou na golgin-84“. PLOS patogeny. 5 (10): e1000615. doi:10.1371 / journal.ppat.1000615. PMC 2752117. PMID 19816566.
- ^ Rzomp KA, Scholtes LD, Briggs BJ, Whittaker GR, Scidmore MA (říjen 2003). „Rab GTPasy jsou přijímány do chlamydiových inkluzí jak druhově, tak druhově nezávislým způsobem“. Infekce a imunita. 71 (10): 5855–70. doi:10.1128 / IAI.71.10.5855-5870.2003. PMC 201052. PMID 14500507.
- ^ Amorim MJ, Bruce EA, Read EK, Foeglein A, Mahen R, Stuart AD, Digard P (květen 2011). „Mechanismus závislý na Rab11 a mikrotubulech pro cytoplazmatický transport virové RNA viru chřipky A“. Journal of Virology. 85 (9): 4143–56. doi:10.1128 / JVI.02606-10. PMC 3126276. PMID 21307188.
- ^ Bruce EA, Digard P, Stuart AD (červen 2010). „Cesta Rab11 je vyžadována pro pučení a tvorbu vláken chřipky A“. Journal of Virology. 84 (12): 5848–59. doi:10.1128 / JVI.00307-10. PMC 2876627. PMID 20357086.
- ^ Momose F, Sekimoto T, Ohkura T, Jo S, Kawaguchi A, Nagata K, Morikawa Y (2011-06-22). „Apikální transport ribonukleoproteinu viru chřipky A vyžaduje recyklační endozom pozitivní na Rab11“. PLOS ONE. 6 (6): e21123. Bibcode:2011PLoSO ... 621123M. doi:10.1371 / journal.pone.0021123. PMC 3120830. PMID 21731653.
- ^ Rowe, Regina K .; Jason W. Suszko; Andrew Pekosz (2008-12-20). „Role pro recyklaci endosomu Rab8 a Rab11 při uvolňování hantaviru z epiteliálních buněk“. Virologie. 382 (2): 239–249. doi:10.1016 / j.virol.2008.09.021. ISSN 0042-6822. PMC 2648827. PMID 18951604.
Další čtení
- Maruyama K, Sugano S (leden 1994). „Oligo-capping: jednoduchá metoda k nahrazení struktury cap eukaryotických mRNA oligoribonukleotidy“. Gen. 138 (1–2): 171–4. doi:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID 8125298.
- Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K, Suyama A, Sugano S (říjen 1997). "Konstrukce a charakterizace knihovny cDNA obohacené o celou délku a 5'-end". Gen. 200 (1–2): 149–56. doi:10.1016 / S0378-1119 (97) 00411-3. PMID 9373149.
- Schlierf B, Fey GH, Hauber J, Hocke GM, Rosorius O (srpen 2000). „Rab11b je nezbytný pro recyklaci transferinu do plazmatické membrány“. Experimentální výzkum buněk. 259 (1): 257–65. doi:10,1006 / excr. 2000,4947. PMID 10942597.
- Lapierre LA, Kumar R, Hales CM, Navarre J, Bhartur SG, Burnette JO, Provance DW, Mercer JA, Bähler M, Goldenring JR (červen 2001). „Myosin vb je spojen se systémy recyklace plazmové membrány“. Molekulární biologie buňky. 12 (6): 1843–57. doi:10.1091 / MBBC 12. 6. 1843. PMC 37346. PMID 11408590.
- Prekeris R, Davies JM, Scheller RH (říjen 2001). "Identifikace nové vazebné domény Rab11 / 25 přítomné v proteinech Eferin a Rip". The Journal of Biological Chemistry. 276 (42): 38966–70. doi:10,1074 / jbc.M106133200. PMID 11481332.
- Hales CM, Griner R, Hobdy-Henderson KC, Dorn MC, Hardy D, Kumar R, Navarre J, Chan EK, Lapierre LA, Goldenring JR (říjen 2001). "Identifikace a charakterizace rodiny proteinů interagujících s Rab11". The Journal of Biological Chemistry. 276 (42): 39067–75. doi:10,1074 / jbc.M104831200. PMID 11495908.
- Khvotchev MV, Ren M, Takamori S, Jahn R, Südhof TC (listopad 2003). „Divergentní funkce neuronu Rab11b v Ca2 + regulované versus konstitutivní exocytóza“. The Journal of Neuroscience. 23 (33): 10531–9. doi:10.1523 / JNEUROSCI.23-33-10531.2003. PMC 6740915. PMID 14627637.
- Scapin SM, Carneiro FR, Alves AC, Medrano FJ, Guimarães BG, Zanchin NI (červen 2006). „Krystalová struktura malé GTPázy Rab11b odhaluje kritické rozdíly ve srovnání s izoformou Rab11a“. Journal of Structural Biology. 154 (3): 260–8. doi:10.1016 / j.jsb.2006.01.007. PMID 16545962.