ATPAF2 - ATPAF2
| ATPAF2 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikátory | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasy | ATPAF2, ATP12, ATP12p, MC5DN1, LP3663, ATP syntáza mitochondriální F1 komplexní montážní faktor 2 | ||||||||||||||||||||||||
| Externí ID | OMIM: 608918 MGI: 2180561 HomoloGene: 34602 Genové karty: ATPAF2 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortology | |||||||||||||||||||||||||
| Druh | Člověk | Myš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNA) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (protein) | |||||||||||||||||||||||||
| Místo (UCSC) | Chr 17: 17,98 - 18,04 Mb | Chr 11: 60,4 - 60,42 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed Vyhledávání | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikidata | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
ATP syntáza mitochondriální komplex F1 komplexní faktor 2 je enzym že u lidí je kódován ATPAF2 gen.[5][6][7]
Tento gen kóduje montážní faktor pro složku F (1) v mitochondriální ATP syntáza. Tento protein se váže specificky na F1 alfa podjednotka a předpokládá se, že brání podjednotce ve vytváření neproduktivních homooligomerů během enzymové montáže. Tento gen se nachází uvnitř Smith-Magenisův syndrom oblast na chromozomu 17. An alternativně sestříhané přepis byla popsána varianta, ale její biologická platnost nebyla stanovena.[7] A mutace v tomto genu způsobil jaderný typ 1 Komplex V nedostatek, charakterizovaný laktátová acidóza, encefalopatie, a vývojové zpoždění.[8][9]
Struktura
The ATPAF2 Gen se nachází na p rameni chromozom 17 na pozici 11,2 a zabírá 24 110 párů bází.[7] Gen produkuje protein 32,8 kDa složený z 289 aminokyseliny.[10][11] Tento gen má alespoň 8 exony a nachází se v oblasti syndromu Smith-Magenis na chromozomu 17.[7]
Funkce
The ATPAF2 gen kóduje esenciální domácí protein, montážní faktor pro F1 složku mitochondriální ATP syntázy. Tento protein se váže specificky na podjednotku F1 alfa a předpokládá se, že brání této podjednotce ve vytváření neproduktivních homooligomerů během sestavování enzymu.[5][7]
Klinický význam
V jediné zprávě o mutaci v ATPAF2 genem, výsledným fenotypem byl nedostatek komplexu V jaderného typu 1 zděděný v autozomálně recesivní způsob. A homozygotní 280T-A transverze způsobil W94R substituce aminokyselin sousedící s a vysoce konzervativní glutamin. Mezi příznaky patřila zvýšená hladina krve, mozkomíšního moku a laktátu v moči, zpoždění vývoje s neúspěchem a záchvaty a degenerativní encefalopatie s kortikální a subkortikální atrofie.[8][9]
Interakce
Zakódovaný protein interaguje s ATP5F1A a FMC1, spolu s mnoha dalšími proteiny.[5][12][13]
Modelové organismy
| Charakteristický | Fenotyp |
|---|---|
| Homozygot životaschopnost | Abnormální |
| Recesivní smrtící studie | Abnormální |
| Plodnost | Normální |
| Tělesná hmotnost | Normální |
| Úzkost | Normální |
| Neurologické hodnocení | Normální |
| Síla úchopu | Normální |
| Horký talíř | Normální |
| Dysmorfologie | Normální |
| Nepřímá kalorimetrie | Normální |
| Zkouška tolerance glukózy | Normální |
| Sluchová odezva mozkového kmene | Normální |
| DEXA | Normální |
| Radiografie | Abnormální[14] |
| Tělesná teplota | Normální |
| Morfologie očí | Normální |
| Klinická chemie | Normální |
| Hematologie | Normální |
| Lymfocyty periferní krve | Normální |
| Mikrojaderný test | Normální |
| Váha srdce | Normální |
| Histopatologie kůže | Normální |
| Histopatologie mozku | Normální |
| Oční histopatologie | Normální |
| Salmonella infekce | Normální[15] |
| Citrobacter infekce | Normální[16] |
| Všechny testy a analýzy od[17][18] |
Modelové organismy byly použity při studiu funkce ATPAF2. Podmíněný knockout myš linka, tzv Atpaf2tm1a (KOMP) Wtsi[19][20] byl vygenerován jako součást International Knockout Mouse Consortium program - vysoce výkonný projekt mutageneze pro generování a distribuci zvířecích modelů nemocí zainteresovaným vědcům.[21][22][23]
Samci a samice prošli standardizací fenotypová obrazovka k určení účinků vypuštění.[17][24] Bylo provedeno dvacet šest testů mutant myši a byly pozorovány tři významné abnormality.[17] Ne homozygotní mutant embrya byla identifikována během těhotenství, a proto žádná nepřežila až do odstavení. Zbývající testy byly provedeny dne heterozygotní mutantní dospělé myši; muži měli neobvyklé obratel morfologie.[17]
Reference
- ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000171953 - Ensembl, Květen 2017
- ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000042709 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ A b C Wang ZG, White PS, Ackerman SH (srpen 2001). „Atp11p a Atp12p jsou montážní faktory pro F (1) -ATPázu v lidských mitochondriích“. The Journal of Biological Chemistry. 276 (33): 30773–30778. doi:10,1074 / jbc.M104133200. PMID 11410595.
- ^ Bi W, Yan J, Stankiewicz P, Park SS, Walz K, Boerkoel CF, Potocki L, Shaffer LG, Devriendt K, Nowaczyk MJ, Inoue K, Lupski JR (květen 2002). „Geny v rafinovaném Smith-Magenisově syndromu, interval kritické delece na chromozomu 17p11.2 a syntenická oblast myši“. Výzkum genomu. 12 (5): 713–728. doi:10,1101 / gr. 73702. PMC 186594. PMID 11997338.
- ^ A b C d E „Entrez Gene: ATPAF2 ATP syntáza mitochondriální F1 komplexní montážní faktor 2“.
Tento článek včlení text z tohoto zdroje, který je v veřejná doména. - ^ A b De Meirleir L, Seneca S, Lissens W, De Clercq I, Eyskens F, Gerlo E, Smet J, Van Coster R (únor 2004). „Nedostatek komplexu V dýchacího řetězce v důsledku mutace montážního genu ATP12“. Journal of Medical Genetics. 41 (2): 120–124. doi:10.1136 / jmg.2003.012047. PMC 1735674. PMID 14757859.
- ^ A b Online Mendelian Inheritance in Man, OMIM®. Johns Hopkins University, Baltimore, MD. Číslo MIM: {608918}: {2017-08-17}:. Adresa URL webu: https://omim.org/
- ^ Zong NC, Li H, Li H, Lam MP, Jimenez RC, Kim CS a kol. (Říjen 2013). „Integrace biologie a medicíny srdečního proteomu pomocí specializované znalostní databáze“. Výzkum oběhu. 113 (9): 1043–1053. doi:10.1161 / CIRCRESAHA.113.301151. PMC 4076475. PMID 23965338.
- ^ „ATPAF2 - ATP syntáza mitochondriální F1 komplexní montážní faktor 2“. Znalostní databáze Atlas srdečních organelárních proteinů (COPaKB).[trvalý mrtvý odkaz ]
- ^ Li Y, Jourdain AA, Calvo SE, Liu JS, Mootha VK (červenec 2017). „CLIC, nástroj pro rozšiřování biologických cest založených na společné expresi v tisících datových sad“. PLOS výpočetní biologie. 13 (7): e1005653. doi:10.1371 / journal.pcbi.1005653. PMC 5546725. PMID 28719601.
- ^ „UniProt: univerzální znalostní databáze proteinů“. Výzkum nukleových kyselin. 45 (D1): D158 – D169. Ledna 2017. doi:10.1093 / nar / gkw1099. PMC 5210571. PMID 27899622.
- ^ "Radiografická data pro Atpaf2". Wellcome Trust Sanger Institute.
- ^ "Salmonella data infekce pro Atpaf2 ". Wellcome Trust Sanger Institute.
- ^ "Citrobacter data infekce pro Atpaf2 ". Wellcome Trust Sanger Institute.
- ^ A b C d Gerdin AK (2010). „Genetický program Sanger Mouse: Vysoce výkonná charakterizace knockoutovaných myší“. Acta Ophthalmologica. 88: 925–927. doi:10.1111 / j.1755-3768.2010.4142.x. S2CID 85911512.
- ^ Portál myších zdrojů Wellcome Trust Sanger Institute.
- ^ „International Knockout Mouse Consortium“.
- ^ "Myší genomová informatika".
- ^ Skarnes WC, Rosen B, West AP, Koutsourakis M, Bushell W, Iyer V, Mujica AO, Thomas M, Harrow J, Cox T, Jackson D, Severin J, Biggs P, Fu J, Nefedov M, de Jong PJ, Stewart AF, Bradley A (červen 2011). „Podmíněný knockoutový zdroj pro celogenomové studium funkce myšího genu“. Příroda. 474 (7351): 337–342. doi:10.1038 / příroda10163. PMC 3572410. PMID 21677750.
- ^ Dolgin E (červen 2011). „Knihovna myší je vyřazena“. Příroda. 474 (7351): 262–263. doi:10.1038 / 474262a. PMID 21677718.
- ^ Collins FS, Rossant J, Wurst W (leden 2007). "Myš ze všech důvodů". Buňka. 128 (1): 9–13. doi:10.1016 / j.cell.2006.12.018. PMID 17218247. S2CID 18872015.
- ^ van der Weyden L, White JK, Adams DJ, Logan DW (červen 2011). „Sada nástrojů pro genetiku myší: odhalení funkce a mechanismu“. Genome Biology. 12 (6): 224. doi:10.1186 / gb-2011-12-6-224. PMC 3218837. PMID 21722353.
Tento článek včlení text z tohoto zdroje, který je v Další čtení
- Andersson B, Wentland MA, Ricafrente JY, Liu W, Gibbs RA (duben 1996). „Metoda„ dvojitého adaptéru “pro vylepšenou konstrukci knihovny brokovnic“. Analytická biochemie. 236 (1): 107–113. doi:10.1006 / abio.1996.0138. PMID 8619474.
- Yu W, Andersson B, Worley KC, Muzny DM, Ding Y, Liu W, Ricafrente JY, Wentland MA, Lennon G, Gibbs RA (duben 1997). "Velké zřetězení cDNA sekvenování". Výzkum genomu. 7 (4): 353–358. doi:10,1101 / gr. 7.4.353. PMC 139146. PMID 9110174.
- Hartley JL, Temple GF, Brasch MA (listopad 2000). „Klonování DNA pomocí in vitro místně specifické rekombinace“. Výzkum genomu. 10 (11): 1788–1795. doi:10,1101 / gr. 143000. PMC 310948. PMID 11076863.
- De Meirleir L, Seneca S, Lissens W, De Clercq I, Eyskens F, Gerlo E, Smet J, Van Coster R (únor 2004). „Nedostatek komplexu V dýchacího řetězce v důsledku mutace montážního genu ATP12“. Journal of Medical Genetics. 41 (2): 120–124. doi:10.1136 / jmg.2003.012047. PMC 1735674. PMID 14757859.
- Wiemann S, Arlt D, Huber W, Wellenreuther R, Schleeger S, Mehrle A, Bechtel S, Sauermann M, Korf U, Pepperkok R, Sültmann H, Poustka A (říjen 2004). „Od ORFeome k biologii: funkční plynovod genomiky“. Výzkum genomu. 14 (10B): 2136–2144. doi:10,1101 / gr. 2576704. PMC 528930. PMID 15489336.
- Mehrle A, Rosenfelder H, Schupp I, del Val C, Arlt D, Hahne F, Bechtel S, Simpson J, Hofmann O, Hide W, Glatting KH, Huber W, Pepperkok R, Poustka A, Wiemann S (leden 2006). „Databáze LIFEdb v roce 2006“. Výzkum nukleových kyselin. 34 (Problém s databází): D415–8. doi:10.1093 / nar / gkj139. PMC 1347501. PMID 16381901.
externí odkazy
- Člověk ATPAF2 umístění genomu a ATPAF2 stránka s podrobnostmi o genu v UCSC Genome Browser.
Tento článek včlení text z United States National Library of Medicine, který je v veřejná doména.