RAB5A - RAB5A

RAB5A
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	1N6H, 1N6I, 1N6K, 1N6L, 1N6N, 1N6O, 1N6P, 1N6R, 1R2Q, 1TU3, 1TU4, 3MJH, 4Q9U
Identifikátory
Aliasy	RAB5A, RAB5, člen onkogenní rodiny RAS
Externí ID	OMIM: 179512 MGI: 105926 HomoloGene: 68142 Genové karty: RAB5A
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 3 (lidský)
Konec	19,985,175 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 17 (myš)
Konec	53,507,680 bp
Exprese RNA vzor
	; ;
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• vazba nukleotidů; • Vazba na HDP; • Vazba GTP; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • Aktivita GTPázy; • vazba guanyl nukleotidů;
Buněčná složka	• cytoplazma; • axonový konec; • endozom; • buněčná projekce; • membrána; • synaptický váček; • melanosom; • prohrábnout; • buněčná membrána; • endocytický váček; • axon; • tělo neuronových buněk; • terminální tlačítko; • dendrit; • somatodendritické oddělení; • časný endosom; • fagocytární váček; • aktinový cytoskelet; • membránový vor; • cytoplazmatická strana membrány raného endozomu; • extracelulární exosom; • cytoplazmatický váček; • membrána fagocytických vezikul; • cytosol; • endosomová membrána; • klatrinem potažená membrána vezikul; • časná endosomová membrána; • časný fagozom; • postsynaptický časný endosom; • zakotvená součást membrány synaptických vezikul;
Biologický proces	• regulace endocytózy; • regulace sestavy filopodia; • endocytóza; • srážení krve; • internalizace receptoru zapojená do kanonické signální dráhy Wnt; • regulace sestavování autofagozomu; • recyklace synaptických vezikul; • transport raného endosomu k pozdnímu endosomu; • doprava; • transport bílkovin; • pozitivní regulace exocytózy; • regulace exaptózy synaptických vezikul; • regulace velikosti endosomu; • replikace genomu virové RNA; • fagocytóza; • proces biosyntézy fosfatidylinositolu; • membránová organizace; • posttranslační modifikace; • transport intracelulárních proteinů; • Transdukce signálu Rab proteinu; • regulace dlouhodobé neuronální synaptické plasticity; • clearance amyloidu-beta transcytózou;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	5868
	271457
	ENSG00000144566
	ENSMUSG00000017831
	P20339
	Q9CQD1
	NM_004162; NM_001292048
	NM_025887
	NP_001278977; NP_004153
	NP_080163
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Protein související s Ras Rab-5A je protein že u lidí je kódován RAB5A gen.^[5]^[6]

Funkce

RAB5A se lokalizuje brzy endozomy kde se podílí na náboru RAB7A a zrání těchto kompartmentů na pozdní endosomy.^[7] Řídí zrání endosomů transportem vakuolární (H +) - ATPázy (V-ATPázy) od trans-Golgiho sítě po endocytické vezikuly.^[8]

Interakce

RAB5A bylo prokázáno komunikovat s:

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000144566 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000017831 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Rousseau-Merck MF, Zahraoui A, Touchot N, Tavitian A, Berger R (únor 1991). "Přiřazení čtyř RAB genů RAS souvisejících s chromozomy". Genetika člověka. 86 (4): 350–4. doi:10.1007 / BF00201831. PMID 1999336. S2CID 30730416.
^ „Entrez Gene: RAB5A RAB5A, člen RAS onkogenní rodiny“.
^ Huotari J, Helenius A (srpen 2011). „Zrání endosomu“. Časopis EMBO. 30 (17): 3481–500. doi:10.1038 / emboj.2011.286. PMC 3181477. PMID 21878991.
^ Zhang C, Li A, Zhang X, Xiao H (březen 2011). „Nový proteinový komplex TIP30 reguluje signalizaci receptoru EGF a endocytickou degradaci“. The Journal of Biological Chemistry. 286 (11): 9373–81. doi:10.1074 / jbc.M110.207720. PMC 3058969. PMID 21252234.
^ Anant JS, Desnoyers L, Machius M, Demeler B, Hansen JC, Westover KD, Deisenhofer J, Seabra MC (září 1998). "Mechanismus Rab geranylgeranylace: tvorba katalytického ternárního komplexu". Biochemie. 37 (36): 12559–68. doi:10.1021 / bi980881a. PMID 9730828.
^ Cremers FP, Armstrong SA, Seabra MC, Brown MS, Goldstein JL (leden 1994). „REP-2, doprovodný protein Rab kódovaný genem podobným choroideremii“. The Journal of Biological Chemistry. 269 (3): 2111–7. PMID 8294464.
^ Xiao GH, Shoarinejad F, Jin F, Golemis EA, Yeung RS (březen 1997). „Produkt genu pro tuberózní sklerózu 2, tuberin, funguje jako protein aktivující GTPázu Rab5 (GAP) při modulaci endocytózy.“. The Journal of Biological Chemistry. 272 (10): 6097–100. doi:10.1074 / jbc.272.10.6097. PMID 9045618.
^ Vitale G, Rybin V, Christoforidis S, Thornqvist P, McCaffrey M, Stenmark H, Zerial M (duben 1998). „Výrazné Rab vazebné domény zprostředkovávají interakci Rabaptinu-5 s GTP vázanými Rab4 a Rab5“. Časopis EMBO. 17 (7): 1941–51. doi:10.1093 / emboj / 17.7.1941. PMC 1170540. PMID 9524117.
^ Stenmark H, Vitale G, Ullrich O, Zerial M (listopad 1995). „Rabaptin-5 je přímým efektorem malé GTPázy Rab5 při fúzi endocytové membrány“. Buňka. 83 (3): 423–32. doi:10.1016/0092-8674(95)90120-5. PMID 8521472. S2CID 18768939.
^ Valsdottir R, Hashimoto H, Ashman K, Koda T, Storrie B, Nilsson T (listopad 2001). "Identifikace rabaptinu-5, rabexu-5 a GM130 jako domnělého efektoru rab33b, regulátoru retrográdního provozu mezi Golgiho aparátem a ER". FEBS Dopisy. 508 (2): 201–9. doi:10.1016 / s0014-5793 (01) 02993-3. PMID 11718716. S2CID 21545088.
^ Tomoda T, Kim JH, Zhan C, Hatten ME (březen 2004). „Role Unc51.1 a jejích vazebných partnerů v růstu axonů CNS“. Geny a vývoj. 18 (5): 541–58. doi:10.1101 / gad.1151204. PMC 374236. PMID 15014045.
^ Nielsen E, Christoforidis S, Uttenweiler-Joseph S, Miaczynska M, Dewitte F, Wilm M, Hoflack B, Zerial M (říjen 2000). „Rabenosyn-5, nový efektor Rab5, je komplexován s hVPS45 a získáván do endosomů prostřednictvím domény prstu FYVE“. The Journal of Cell Biology. 151 (3): 601–12. doi:10.1083 / jcb.151.3.601. PMC 2185588. PMID 11062261.

Další čtení

Bucci C, Parton RG, Mather IH, Stunnenberg H, Simons K, Hoflack B, Zerial M (září 1992). „Malá GTPáza rab5 funguje jako regulační faktor na počátku endocytické dráhy“. Buňka. 70 (5): 715–28. doi:10.1016 / 0092-8674 (92) 90306-W. PMID 1516130.
Zahraoui A, Touchot N, Chardin P, Tavitian A (červenec 1989). „Lidské geny Rab kódují rodinu proteinů vázajících GTP souvisejících s produkty kvasinek YPT1 a SEC4 zapojenými do sekrece.“ The Journal of Biological Chemistry. 264 (21): 12394–401. PMID 2501306.
Farnsworth CC, Seabra MC, Ericsson LH, Gelb MH, Glomset JA (prosinec 1994). „Rab geranylgeranyl transferáza katalyzuje geranylgeranylaci sousedních cysteinů v malých GTPázách Rab1A, Rab3A a Rab5A“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 91 (25): 11963–7. doi:10.1073 / pnas.91.25.11963. PMC 45356. PMID 7991565.
Cremers FP, Armstrong SA, Seabra MC, Brown MS, Goldstein JL (leden 1994). „REP-2, doprovodný protein Rab kódovaný genem podobným choroideremii“. The Journal of Biological Chemistry. 269 (3): 2111–7. PMID 8294464.
Stenmark H, Vitale G, Ullrich O, Zerial M (listopad 1995). „Rabaptin-5 je přímým efektorem malé GTPázy Rab5 při fúzi endocytové membrány“. Buňka. 83 (3): 423–32. doi:10.1016/0092-8674(95)90120-5. PMID 8521472. S2CID 18768939.
Vita F, Soranzo MR, Borelli V, Bertoncin P, Zabucchi G (září 1996). "Subcelulární lokalizace malé GTPázy Rab5a v klidových a stimulovaných lidských neutrofilech". Experimentální výzkum buněk. 227 (2): 367–73. doi:10.1006 / excr.1996.0286. PMID 8831575.
Xiao GH, Shoarinejad F, Jin F, Golemis EA, Yeung RS (březen 1997). „Produkt genu pro tuberózní sklerózu 2, tuberin, funguje jako protein aktivující GTPázu Rab5 (GAP) při modulaci endocytózy.“. The Journal of Biological Chemistry. 272 (10): 6097–100. doi:10.1074 / jbc.272.10.6097. PMID 9045618.
Simonsen A, Lippé R, Christoforidis S, Gaullier JM, Brech A, Callaghan J, Toh BH, Murphy C, Zerial M, Stenmark H (červenec 1998). "EEA1 spojuje funkci PI (3) K s regulací fúze endozomů Rab5". Příroda. 394 (6692): 494–8. doi:10.1038/28879. PMID 9697774. S2CID 4305220.
Anant JS, Desnoyers L, Machius M, Demeler B, Hansen JC, Westover KD, Deisenhofer J, Seabra MC (září 1998). "Mechanismus Rab geranylgeranylace: tvorba katalytického ternárního komplexu". Biochemie. 37 (36): 12559–68. doi:10.1021 / bi980881a. PMID 9730828.
Bucci C, Chiariello M, Lattero D, Maiorano M, Bruni CB (květen 1999). "Interakční klonování a charakterizace cDNA kódující lidský prenylovaný akceptor rab (PRA1)". Sdělení o biochemickém a biofyzikálním výzkumu. 258 (3): 657–62. doi:10.1006 / bbrc.1999.0651. PMID 10329441.
Callaghan J, Nixon S, Bucci C, Toh BH, Stenmark H (říjen 1999). "Přímá interakce EEA1 s Rab5b". European Journal of Biochemistry / FEBS. 265 (1): 361–6. doi:10.1046 / j.1432-1327.1999.00743.x. PMID 10491193.
Shisheva A, Chinni SR, DeMarco C (září 1999). „Obecná role inhibitoru disociace GDP 2 v membránovém uvolňování proteinů Rab: modulace jeho funkčních interakcí strukturálními modifikacemi in vitro a in vivo“. Biochemie. 38 (36): 11711–21. doi:10.1021 / bi990200r. PMID 10512627.
Masuda ES, Luo Y, Young C, Shen M, Rossi AB, Huang BC, Yu S, Bennett MK, Payan DG, Scheller RH (březen 2000). „Rab37 je nová GTPáza specifická pro mastocyty lokalizovaná do sekrečních granulí“. FEBS Dopisy. 470 (1): 61–4. doi:10.1016 / S0014-5793 (00) 01288-6. PMID 10722846. S2CID 38218555.
Hoffenberg S, Liu X, Nikolova L, Hall HS, Dai W, Baughn RE, Dickey BF, Barbieri MA, Aballay A, Stahl PD, Knoll BJ (srpen 2000). "Nový membránově ukotvený protein interagující s Rab5 požadovaný pro homotypickou fúzi endosomu". The Journal of Biological Chemistry. 275 (32): 24661–9. doi:10,1074 / jbc.M909600199. PMID 10818110.
Nielsen E, Christoforidis S, Uttenweiler-Joseph S, Miaczynska M, Dewitte F, Wilm M, Hoflack B, Zerial M (říjen 2000). „Rabenosyn-5, nový efektor Rab5, je komplexován s hVPS45 a získáván do endosomů prostřednictvím domény prstu FYVE“. The Journal of Cell Biology. 151 (3): 601–12. doi:10.1083 / jcb.151.3.601. PMC 2185588. PMID 11062261.
Hartley JL, Temple GF, Brasch MA (listopad 2000). „Klonování DNA pomocí in vitro místně specifické rekombinace“. Výzkum genomu. 10 (11): 1788–95. doi:10,1101 / gr. 143000. PMC 310948. PMID 11076863.
Lanzetti L, Rybin V, Malabarba MG, Christoforidis S, Scita G, Zerial M, Di Fiore PP (listopad 2000). "Protein Eps8 koordinuje signalizaci receptoru EGF přes Rac a obchodování přes Rab5". Příroda. 408 (6810): 374–7. doi:10.1038/35042605. PMID 11099046. S2CID 4405293.
Wolf RM, Wilkes JJ, Chao MV, Resh MD (říjen 2001). "Fosforylace tyrosinu p190 RhoGAP pomocí Fyn reguluje diferenciaci oligodendrocytů". Journal of Neurobiology. 49 (1): 62–78. doi:10,1002 / neu.1066. PMID 11536198.
Seachrist JL, Laporte SA, Dale LB, Babwah AV, Caron MG, Anborgh PH, Ferguson SS (leden 2002). „Asociace Rab5 s receptorem angiotensinu II typu 1A podporuje vazbu Rab5 GTP a vezikulární fúzi“. The Journal of Biological Chemistry. 277 (1): 679–85. doi:10,1074 / jbc.M109022200. PMID 11682489.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000144566 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000017831 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid1999336-5] Rousseau-Merck MF, Zahraoui A, Touchot N, Tavitian A, Berger R (únor 1991). "Přiřazení čtyř RAB genů RAS souvisejících s chromozomy". Genetika člověka. 86 (4): 350–4. doi:10.1007 / BF00201831. PMID 1999336. S2CID 30730416.

[entrez-6] „Entrez Gene: RAB5A RAB5A, člen RAS onkogenní rodiny“.

[7] Huotari J, Helenius A (srpen 2011). „Zrání endosomu“. Časopis EMBO. 30 (17): 3481–500. doi:10.1038 / emboj.2011.286. PMC 3181477. PMID 21878991.

[8] Zhang C, Li A, Zhang X, Xiao H (březen 2011). „Nový proteinový komplex TIP30 reguluje signalizaci receptoru EGF a endocytickou degradaci“. The Journal of Biological Chemistry. 286 (11): 9373–81. doi:10.1074 / jbc.M110.207720. PMC 3058969. PMID 21252234.

[pmid9730828-9] Anant JS, Desnoyers L, Machius M, Demeler B, Hansen JC, Westover KD, Deisenhofer J, Seabra MC (září 1998). "Mechanismus Rab geranylgeranylace: tvorba katalytického ternárního komplexu". Biochemie. 37 (36): 12559–68. doi:10.1021 / bi980881a. PMID 9730828.

[pmid8294464-10] Cremers FP, Armstrong SA, Seabra MC, Brown MS, Goldstein JL (leden 1994). „REP-2, doprovodný protein Rab kódovaný genem podobným choroideremii“. The Journal of Biological Chemistry. 269 (3): 2111–7. PMID 8294464.

[pmid9045618-11] Xiao GH, Shoarinejad F, Jin F, Golemis EA, Yeung RS (březen 1997). „Produkt genu pro tuberózní sklerózu 2, tuberin, funguje jako protein aktivující GTPázu Rab5 (GAP) při modulaci endocytózy.“. The Journal of Biological Chemistry. 272 (10): 6097–100. doi:10.1074 / jbc.272.10.6097. PMID 9045618.

[pmid9524117-12] Vitale G, Rybin V, Christoforidis S, Thornqvist P, McCaffrey M, Stenmark H, Zerial M (duben 1998). „Výrazné Rab vazebné domény zprostředkovávají interakci Rabaptinu-5 s GTP vázanými Rab4 a Rab5“. Časopis EMBO. 17 (7): 1941–51. doi:10.1093 / emboj / 17.7.1941. PMC 1170540. PMID 9524117.

[pmid8521472-13] Stenmark H, Vitale G, Ullrich O, Zerial M (listopad 1995). „Rabaptin-5 je přímým efektorem malé GTPázy Rab5 při fúzi endocytové membrány“. Buňka. 83 (3): 423–32. doi:10.1016/0092-8674(95)90120-5. PMID 8521472. S2CID 18768939.

[pmid11718716-14] Valsdottir R, Hashimoto H, Ashman K, Koda T, Storrie B, Nilsson T (listopad 2001). "Identifikace rabaptinu-5, rabexu-5 a GM130 jako domnělého efektoru rab33b, regulátoru retrográdního provozu mezi Golgiho aparátem a ER". FEBS Dopisy. 508 (2): 201–9. doi:10.1016 / s0014-5793 (01) 02993-3. PMID 11718716. S2CID 21545088.

[pmid15014045-15] Tomoda T, Kim JH, Zhan C, Hatten ME (březen 2004). „Role Unc51.1 a jejích vazebných partnerů v růstu axonů CNS“. Geny a vývoj. 18 (5): 541–58. doi:10.1101 / gad.1151204. PMC 374236. PMID 15014045.

[pmid11062261-16] Nielsen E, Christoforidis S, Uttenweiler-Joseph S, Miaczynska M, Dewitte F, Wilm M, Hoflack B, Zerial M (říjen 2000). „Rabenosyn-5, nový efektor Rab5, je komplexován s hVPS45 a získáván do endosomů prostřednictvím domény prstu FYVE“. The Journal of Cell Biology. 151 (3): 601–12. doi:10.1083 / jcb.151.3.601. PMC 2185588. PMID 11062261.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]