FARS2 - FARS2

FARS2
Protein FARS2 PDB 3CMQ.png
Dostupné struktury
PDBHledání ortologu: PDBe RCSB
Identifikátory
AliasyFARS2, COXPD14, FARS1, HSPC320, PheRS, dJ520B18.2, fenylalanyl-tRNA syntetáza 2, mitochondriální, SPG77, mtPheRS
Externí IDOMIM: 611592 MGI: 1917205 HomoloGene: 4788 Genové karty: FARS2
Umístění genu (člověk)
Chromozom 6 (lidský)
Chr.Chromozom 6 (lidský)[1]
Chromozom 6 (lidský)
Genomické umístění pro FARS2
Genomické umístění pro FARS2
Kapela6p25.1Start5,261,044 bp[1]
Konec5,829,192 bp[1]
Exprese RNA vzor
PBB GE FARS2 204283 na fs.png

PBB GE FARS2 204282 s na fs.png
Další údaje o referenčních výrazech
Ortology
DruhČlověkMyš
Entrez

10667

69955

Ensembl

ENSG00000145982

ENSMUSG00000021420

UniProt

O95363

Q99M01

RefSeq (mRNA)

NM_006567
NM_001318872

NM_001039189
NM_024274

RefSeq (protein)

NP_001034278
NP_077236

Místo (UCSC)Chr 6: 5,26 - 5,83 MbChr 13: 36,12 - 36,73 Mb
PubMed Vyhledávání[3][4]
Wikidata
Zobrazit / upravit člověkaZobrazit / upravit myš

Fenylalanyl-tRNA syntetáza, mitochondriální (FARS2) je enzym že u lidí je kódován FARS2 gen.[5] Tento protein kódováno uživatelem FARS2 lokalizuje do mitochondrie a hraje roli v mitochondriích překlad bílkovin. Mutace v tomto genu byly spojeny s kombinovaným nedostatkem oxidační fosforylace 14, také známý jako Alpersova encefalopatie, stejně jako spastická paraplegie 77 a infantilní nástup epilepsie a cytochrom c oxidáza nedostatek.[6][7]

Struktura

FARS2 se nachází na p rameno z chromozom 6 na pozici 25,1 a má 15 exony.[6] Tento gen kóduje člena aminoacyl-tRNA syntetáza třídy II rodina.[8][9] FARS2 je fenylalanin-tRNA syntetáza (PheRS) lokalizovaný na mitochondrie který se skládá z jediného polypeptidový řetězec, na rozdíl od (alfa-beta) 2 struktury prokaryotický a eukaryotický cytoplazmatický formy PheRS. Strukturální analýza a katalytické vlastnosti naznačují, že mitochondriální PheRS mohou tvořit třídu PheRS odlišnou od enzymů nalezených v prokaryotech a v eukaryotické cytoplazmě.[6]

Funkce

Aminoacyl-tRNA syntetázy jsou třídou enzymy ten náboj tRNA s jejich příbuznými aminokyseliny.[6] FARS2 nabíjí tRNA (Phe) fenylalanin a katalyzuje přímé připojení m-Tyr (oxidovaná verze Phe) k tRNA (Phe). To je pro mitochondriální systém důležité překlad a za dodání misacylované tRNA do ribozom a začlenění ROS - poškozená aminokyselina na proteiny.[8][9][10][11] Alternativní sestřih má za následek více variant přepisu.[6]

Katalytická aktivita

ATP + L-fenylalanin + tRNA (Phe) = AMP + difosfát + L-fenylalanyl-tRNA (Phe)[8][9][10][11]

Klinický význam

Mutace v FARS2 byly spojeny s kombinovaným nedostatkem oxidační fosforylace 14, spastická paraplegie 77 a infantilní nástup epilepsie a cytochrom c oxidáza nedostatek. Jak kombinovaný deficit 14 oxidační fosforylace, tak spastická paraplegie 77 jsou autosomálně recesivní v přírodě a byly spojeny s několika patogenními variantami včetně Y144C,[12] I329T, D391V,[11] a D142Y.[13] Kombinovaný deficit 14 oxidační fosforylace je charakterizován nástupem novorozence globální vývojové zpoždění, žáruvzdorný záchvaty, laktátová acidóza a nedostatky více mitochondriálních respiračních enzymů. Spastická paraplegie je zatím neurodegenerativní porucha charakterizovaná pomalou, postupnou, progresivní slabostí a spasticita dolních končetin, přičemž pacienti často vykazují potíže s rovnováhou, slabostí a ztuhlostí nohou, svalové křeče a tažení prstů při chůzi.[8][9] Jeden případ infantilní epilepsie a deficitu cytochrom c oxidázy vyplývající z a FARS2 Asp325Tyr missense mutace bylo také hlášeno. Epilepsie s časným nástupem neurologické deficity, a komplex IV nedostatek jsou hlavními charakteristikami nemoci vyplývající z této mutace.[7]

Interakce

Ukázalo se, že FARS2 má 193 binárních interakce protein-protein včetně 12 společných interakcí. Zdá se, že FARS2 interaguje s RCBTB2 KRTAP10-9, CALCOCO2, KRT40, MID2, APPL1, IKZF3, KRT13, TADA2A, STX11, TRIM27 KRTAP10-5, KRTAP10-7, TFCP2, MKRN3, KRT31, HMBOX1, AGTRAP, ADAMTSL4, NOTCH2NL, CMTM5, TRIM54, FSD2, CYSRT1, HIGD1C, homez, SPRY1, ZNF500, KRT34, YIF1A, BAG4, TPM2, SYP, KRTAP10-8, KRTAP1-1, AP1B1, TRAF2, GRB10, MESD, TRIP6, CCDC152, BEX5, FHL5, MORN3, DGAT2L6, ZNF438, KCTD17, ZNF655, BANP, SPERT, NFKBID, ZNF526, PCSK5, DVL3, AJUBA, PPP1R16B, MDFI, DPH2, CDCA4, KRTAP3-3, BACH2, KCNF1, MAN1C1, RIMBP3, ZRANB1, ISY1, FKBP7 a E7.[14]

Reference

  1. ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000145982 - Ensembl, Květen 2017
  2. ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000021420 - Ensembl, Květen 2017
  3. ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
  4. ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
  5. ^ Bullard JM, Cai YC, Demeler B, Spremulli LL (květen 1999). "Exprese a charakterizace lidské mitochondriální fenylalanyl-tRNA syntetázy". Journal of Molecular Biology. 288 (4): 567–77. doi:10.1006 / jmbi.1999.2708. PMID  10329163.
  6. ^ A b C d E „Entrez Gene: FARS2 fenylalanyl-tRNA syntetáza 2, mitochondriální“. Tento článek včlení text z tohoto zdroje, který je v veřejná doména.
  7. ^ A b Almalki A, Alston CL, Parker A, Simonic I, Mehta SG, He L, Reza M, Oliveira JM, Lightowlers RN, McFarland R, Taylor RW, Chrzanowska-Lightowlers ZM (leden 2014). „Mutace lidské mitochondriální fenylalanin-tRNA syntetázy způsobuje infantilní epilepsii a nedostatek cytochrom c oxidázy“. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Molekulární základ choroby. 1842 (1): 56–64. doi:10.1016 / j.badis.2013.10.008. PMC  3898479. PMID  24161539.
  8. ^ A b C d „FARS2 - fenylalanin - tRNA ligáza, mitochondriální prekurzor - Homo sapiens (člověk) - gen a protein FARS2“. www.uniprot.org. Citováno 2018-09-05. Tento článek včlení text dostupný pod CC BY 4.0 licence.
  9. ^ A b C d „UniProt: univerzální znalostní databáze proteinů“. Výzkum nukleových kyselin. 45 (D1): D158 – D169. Ledna 2017. doi:10.1093 / nar / gkw1099. PMC  5210571. PMID  27899622.
  10. ^ A b Klipcan L, Moor N, Kessler N, Safro MG (červenec 2009). „Eukaryotické cytosolické a mitochondriální fenylalanyl-tRNA syntetázy katalyzují nabíjení tRNA meta-tyrosinem“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 106 (27): 11045–8. Bibcode:2009PNAS..10611045K. doi:10.1073 / pnas.0905212106. PMC  2700156. PMID  19549855.
  11. ^ A b C Elo JM, Yadavalli SS, Euro L, Isohanni P, Götz A, Carroll CJ, Valanne L, Alkuraya FS, Uusimaa J, Paetau A, Caruso EM, Pihko H, Ibba M, Tyynismaa H, Suomalainen A (říjen 2012). „Mitochondriální mutace fenylalanyl-tRNA syntetázy jsou základem fatální infantilní Alpersovy encefalopatie“. Lidská molekulární genetika. 21 (20): 4521–9. doi:10,1093 / hmg / dds294. PMID  22833457.
  12. ^ Shamseldin HE, Alshammari M, Al-Sheddi T, Salih MA, Alkhalidi H, Kentab A, Repetto GM, Hashem M, Alkuraya FS (duben 2012). „Genomická analýza mitochondriálních onemocnění u pokrvné populace odhaluje nové kandidátské geny onemocnění“. Journal of Medical Genetics. 49 (4): 234–41. doi:10.1136 / jmedgenet-2012-100836. PMID  22499341. S2CID  5856138.
  13. ^ Yang Y, Liu W, Fang Z, Shi J, Che F, He C, Yao L, Wang E, Wu Y (únor 2016). „Nově identifikovaná mutace missense ve FARS2 způsobuje autozomálně recesivní spastickou paraplegii“. Lidská mutace. 37 (2): 165–9. doi:10,1002 / humu.22930. PMID  26553276. S2CID  46241711.
  14. ^ „Bylo nalezeno 193 binárních interakcí pro hledaný výraz FARS2“. Databáze molekulárních interakcí IntAct. EMBL-EBI. Citováno 2018-09-05.

externí odkazy

Další čtení

Tento článek včlení text z United States National Library of Medicine, který je v veřejná doména.