HNRPD - HNRPD

HNRNPD
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	1HD0, 1HD1, 1 IQT, 1 WTB, 1X0F, 2Z5N
Identifikátory
Aliasy	HNRNPD, AUF1, AUF1A, HNRPD, P37, hnRNPD0, heterogenní nukleární ribonukleoprotein D
Externí ID	OMIM: 601324 MGI: 101947 HomoloGene: 22410 Genové karty: HNRNPD
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 4 (lidský)
Konec	82,374,503 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 5 (myš)
Konec	99,978,938 bp
Exprese RNA vzor
	; ; ; ;
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• vazba telomerické DNA; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • AT DNA vazba; • mRNA vazba; • vazba histon-deacetylázy; • transkripční faktor vazba; • vazba chromatinu; • Vazba na oblast bohatou na mRNA 3'-UTR AU; • Vazba DNA; • vazba nukleové kyseliny; • Vazba RNA; • sekvenčně specifická vazba DNA; • sekvenčně specifické dvouřetězcové vázání DNA;
Buněčná složka	• cytoplazma; • cytosol; • extracelulární exosom; • nukleoplazma; • buněčné jádro; • synapse; • ribonukleoprotein;
Biologický proces	• reakce na elektrický podnět; • dediferenciace hepatocytů; • buněčná odpověď na stimul aminokyselin; • pozitivní regulace transkripce, chráněná DNA; • odpověď na estradiol; • stabilizace mRNA; • reakce na rapamycin; • buněčná odpověď na putrescin; • vývoj mozečku; • negativní regulace genové exprese; • Sestřih mRNA prostřednictvím spliceosomu; • pozitivní regulace překladu; • Zpracování RNA; • vývoj jater; • transkripce, chráněná DNA; • regulace cirkadiánního rytmu; • reakce na iont vápníku; • reakce na fosforečnan sodný; • Destabilizace mRNA zprostředkovaná 3'-UTR; • regulace stability mRNA; • buněčná odpověď na oxid dusnatý; • rytmický proces; • buněčná odpověď na estradiolový stimul; • vývoj mozku; • RNA katabolický proces; • cirkadiánní regulace překladu; • regulace transkripce, DNA-šablony; • pozitivní regulace genové exprese; • reakce na drogu; • transkripce mRNA z promotoru RNA polymerázy II; • pozitivní regulace omezení telomer; • pozitivní regulace aktivity reverzní transkriptázy telomerázy RNA; • regulace údržby telomer; • RNA metabolický proces;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	3184
	11991
	ENSG00000138668
	ENSMUSG00000000568
	Q14103
	Q60668
	NM_031370; NM_001003810; NM_002138; NM_031369
	NM_001077265; NM_001077266; NM_001077267; NM_007516
	NP_001003810; NP_002129; NP_112737; NP_112738
	NP_001070733; NP_001070734; NP_001070735; NP_031542
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Heterogenní jaderný ribonukleoprotein D0 (HNRNPD) také známý jako Protein vázající RNA na prvek bohatý na AU 1 (AUF1) je a protein že u lidí je kódován HNRNPD gen.^[5]^[6] Alternativní sestřih tohoto genu vede ke čtyřem variantám transkriptu.

Funkce

Konsenzuální sekundární struktura a primární sekvence pro cíle proteinu vázajícího RNA AUF1.

Tento gen patří do podčeledi všudypřítomně exprimovaných heterogenní nukleární ribonukleoproteiny (hnRNPs). HnRNP jsou proteiny vázající nukleové kyseliny a komplexují se s nimi heterogenní nukleární RNA (hnRNA). Interakční místa na RNA jsou často ovlivněna konkrétními motivy sekvencí.^[7] Tyto proteiny jsou spojeny s pre-mRNA v jádro a zdá se, že ovlivňují zpracování pre-mRNA a další aspekty metabolismu a transportu mRNA. Zatímco všechny hnRNP jsou přítomny v jádru, zdá se, že některé přecházejí mezi jádrem a cytoplazma. Proteiny hnRNP mají odlišné vlastnosti vázání nukleových kyselin. Protein kódovaný tímto genem má dvě repetice kvazi-RRM domén, které se vážou na RNA. Lokalizuje se do jádra i do cytoplazmy. Tento protein se podílí na regulaci stability mRNA.^[6]

Interakce

Bylo prokázáno, že HNRPD komunikovat s SAFB^[8] a Hsp27.^[9] Bylo také hlášeno, že AUF1 interaguje s mRNA, jako je mRNA Mef2c.^[10]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000138668 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000000568 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Dempsey LA, Li MJ, DePace A, Bray-Ward P, Maizels N (srpen 1998). "Lidský HNRPD lokus se mapuje na 4q21 a kóduje vysoce konzervovaný protein". Genomika. 49 (3): 378–384. doi:10.1006 / geno.1998.5237. PMID 9615222.
^ ^A ^b "Entrez Gene: HNRPD heterogenní nukleární ribonukleoprotein D (protein bohatý na RNA RNA vázající prvek 1, 37 kDa)" ".
^ Mazan-Mamczarz K, Kuwano Y, Zhan M, White EJ, Martindale JL, Lal A, Gorospe M (leden 2009). "Identifikace signativního motivu v cílových mRNA RNA-vazebného proteinu AUF1". Výzkum nukleových kyselin. 37 (1): 204–14. doi:10.1093 / nar / gkn929. PMC 2615618. PMID 19033365.
^ Arao Y, Kuriyama R, Kayama F, Kato S (srpen 2000). „Faktor související s jadernou matricí, SAF-B, interaguje se specifickými izoformami AUF1 / hnRNP D“. Oblouk. Biochem. Biophys. 380 (2): 228–36. doi:10.1006 / abbi.2000.1938. PMID 10933876.
^ Sinsimer KS, Gratacós FM, Knapinska AM, Lu J, Krause CD, Wierzbowski AV, Maher LR, Scrudato S, Rivera YM, Gupta S, Turrin DK, De La Cruz MP, Pestka S, Brewer G (září 2008). „Chaperone Hsp27, nová podjednotka proteinových komplexů AUF1, funguje při rozpadu mRNA na prvky bohaté na AU“. Mol. Buňka. Biol. 28 (17): 5223–37. doi:10.1128 / MCB.00431-08. PMC 2519747. PMID 18573886.
^ Panda AC, Abdelmohsen K, Yoon JH, Martindale JL, Yang X, Curtis J, Mercken EM, Chenette DM, Zhang Y, Schneider RJ, Becker KG, de Cabo R, Gorospe M (srpen 2014). „RNA-vazebný protein AUF1 podporuje myogenezi regulací úrovní exprese MEF2C“. Mol Cell Biol. 34 (16): 3106–19. doi:10.1128 / MCB.00423-14. PMC 4135590. PMID 24891619.

Další čtení

Tay N, Chan SH, Ren EC (1992). „Identifikace a klonování nového heterogenního proteinu podobného nukleárnímu ribonukleoproteinu C, který funguje jako transkripční aktivátor zesilovače viru hepatitidy B II“. J. Virol. 66 (12): 6841–8. doi:10.1128 / JVI.66.12.6841-6848.1992. PMC 240284. PMID 1433497.
Lahiri DK, Thomas JO (1986). „Klon cDNA proteinů hnRNP C a jeho homologie s jednořetězcovým proteinem vázajícím DNA UP2“. Nucleic Acids Res. 14 (10): 4077–4094. doi:10.1093 / nar / 14.10.4077. PMC 339847. PMID 3754960.
Kajita Y, Nakayama J, Aizawa M, Ishikawa F (1995). „UUAG-specifický protein vázající RNA, heterogenní nukleární ribonukleoprotein D0. Společná modulární struktura a vazebné vlastnosti rodiny 2xRBD-Gly“. J. Biol. Chem. 270 (38): 22167–75. doi:10.1074 / jbc.270.38.22167. PMID 7673195.
Zhang W, Wagner BJ, Ehrenman K, Schaefer AW, DeMaria CT, Crater D, DeHaven K, Long L, Brewer G (prosinec 1993). „Čištění, charakterizace a klonování cDNA proteinu vázajícího RNA na prvek bohatý na AU, AUF1“. Mol. Buňka. Biol. 13 (12): 7652–65. doi:10.1128 / MCB.13.12.7652. PMC 364837. PMID 8246982.
Wagner BJ, Long L, Rao PN, Pettenati MJ, Brewer G (červen 1996). „Lokalizace a fyzikální mapování genů kódujících protein vázající RNA AF na protein AUF1 na lidské chromozomy 4 a X“. Genomika. 34 (2): 219–22. doi:10.1006 / geno.1996.0269. PMID 8661052.
Kiledjian M, DeMaria CT, Brewer G, Novick K (1997). „Identifikace AUF1 (heterogenní nukleární ribonukleoprotein D) jako složky komplexu stability mRNA alfa-globinu“. Mol. Buňka. Biol. 17 (8): 4870–6. doi:10.1128 / MCB.17.8.4870. PMC 232339. PMID 9234743.
Wagner BJ, DeMaria CT, Sun Y, Wilson GM, Brewer G (březen 1998). „Struktura a genomická organizace lidského genu AUF1: alternativní sestřih pre-mRNA generuje čtyři proteinové izoformy“. Genomika. 48 (2): 195–202. doi:10.1006 / geno.1997.5142. PMID 9521873.
Siomi MC, Fromont M, Rain JC, Wan L, Wang F, Legrain P, Dreyfuss G (červenec 1998). "Funkční zachování transportní dráhy pro jaderný dovoz v odlišných organismech". Mol. Buňka. Biol. 18 (7): 4141–8. doi:10.1128 / MCB.18.7.4141. PMC 108998. PMID 9632798.
Tolnay M, Vereshchagina LA, Tsokos GC (1999). „Heterogenní jaderný ribonukleoprotein D0B je sekvenčně specifický protein vázající DNA“. Biochem. J. 338 (2): 417–25. doi:10.1042/0264-6021:3380417. PMC 1220068. PMID 10024518.
Nagata T, Kurihara Y, Matsuda G, Saeki J, Kohno T, Yanagida Y, Ishikawa F, Uesugi S, Katahira M (březen 1999). "Struktura a interakce s RNA N-terminální UUAG specifické domény vázající RNA hnRNP D0". J. Mol. Biol. 287 (2): 221–37. doi:10.1006 / jmbi.1999.2616. PMID 10080887.
Laroia G, Cuesta R, Brewer G, Schneider RJ (1999). "Řízení rozpadu mRNA cestou tepelného šoku - ubikvitin - proteazom". Věda. 284 (5413): 499–502. doi:10.1126 / science.284.5413.499. PMID 10205060.
Blaxall BC, Dwyer-Nield LD, Bauer AK, Bohlmeyer TJ, Malkinson AM, Port JD (červen 2000). „Diferenciální exprese a lokalizace mRNA vázajících proteinů, mRNA vázající protein bohatý na AU (AUF1) a Hu antigen R (HuR) v neoplastické plicní tkáni“. Mol. Karcinogen. 28 (2): 76–83. doi:10.1002 / 1098-2744 (200006) 28: 2 <76 :: AID-MC3> 3.0.CO; 2-0. PMID 10900464.
Moraes KC, Quaresma AJ, Maehnss K, Kobarg J (leden 2003). "Identifikace a charakterizace proteinů, které selektivně interagují s izoformami mRNA vázajícího proteinu AUF1 (hnRNP D)". Biol. Chem. 384 (1): 25–37. doi:10.1515 / BC.2003.004. PMID 12674497. S2CID 30993043.
Arao Y, Kuriyama R, Kayama F, Kato S (2000). „Faktor související s jadernou matricí, SAF-B, interaguje se specifickými izoformami AUF1 / hnRNP D“. Oblouk. Biochem. Biophys. 380 (2): 228–236. doi:10.1006 / abbi.2000.1938. PMID 10933876.
Grosset C, Chen CY, Xu N, Sonenberg N, Jacquemin-Sablon H, Shyu AB (září 2000). „Mechanismus translačně vázaného obratu mRNA: interakce mezi poly (A) ocasem a c-fos RNA kódující determinant prostřednictvím proteinového komplexu“. Buňka. 103 (1): 29–40. doi:10.1016 / S0092-8674 (00) 00102-1. PMID 11051545. S2CID 18135412.
Katahira M, Miyanoiri Y, Enokizono Y, Matsuda G, Nagata T, Ishikawa F, Uesugi S (srpen 2001). „Struktura C-koncové domény vázající RNA hnRNP D0 (AUF1), její interakce s RNA a DNA a změna dynamiky páteře při tvorbě komplexu s DNA“. J. Mol. Biol. 311 (5): 973–88. doi:10.1006 / jmbi.2001.4862. PMID 11531333.
Lapucci A, Donnini M, Papucci L, Witort E, Tempestini A, Bevilacqua A, Nicolin A, Brewer G, Schiavone N, Capaccioli S (květen 2002). „AUF1 Je protein vázající prvek bohatý na bcl-2 A + U podílející se na destabilizaci mRNA bcl-2 během apoptózy“. J. Biol. Chem. 277 (18): 16139–46. doi:10,1074 / jbc.M201377200. PMID 11856759.
Tolnay M, Juang YT, Tsokos GC (2002). „Proteinkináza A zvyšuje, zatímco glykogen syntáza kináza-3 beta inhibuje, aktivitu exon 2-kódované transaktivační domény heterogenního jaderného ribonukleoproteinu D hierarchicky“. Biochem. J. 363 (Pt 1): 127–36. doi:10.1042/0264-6021:3630127. PMC 1222459. PMID 11903055.
Pioli PA, Hamilton BJ, Connolly JE, Brewer G, Rigby WF (září 2002). „Laktátdehydrogenáza je protein vázající prvky bohatý na AU, který přímo interaguje s AUF1“. J. Biol. Chem. 277 (38): 35738–45. doi:10,1074 / jbc.M204002200. PMID 12107167.
Shchors K, Yehiely F, Kular RK, Kotlo KU, Brewer G, Deiss LP (prosinec 2002). „RNA inhibující buněčnou smrt (CDIR) odvozená z 3'-nepřekládané oblasti váže AUF1 a protein tepelného šoku 27“. J. Biol. Chem. 277 (49): 47061–72. doi:10,1074 / jbc.M202272200. PMID 12356764.

externí odkazy

PDBe-KB poskytuje přehled všech strukturních informací dostupných v PDB pro lidský heterogenní jaderný ribonukleoprotein D0 (HNRPD)

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000138668 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000000568 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid9615222-5] Dempsey LA, Li MJ, DePace A, Bray-Ward P, Maizels N (srpen 1998). "Lidský HNRPD lokus se mapuje na 4q21 a kóduje vysoce konzervovaný protein". Genomika. 49 (3): 378–384. doi:10.1006 / geno.1998.5237. PMID 9615222.

[entrez-6] A ^b "Entrez Gene: HNRPD heterogenní nukleární ribonukleoprotein D (protein bohatý na RNA RNA vázající prvek 1, 37 kDa)" ".

[7] Mazan-Mamczarz K, Kuwano Y, Zhan M, White EJ, Martindale JL, Lal A, Gorospe M (leden 2009). "Identifikace signativního motivu v cílových mRNA RNA-vazebného proteinu AUF1". Výzkum nukleových kyselin. 37 (1): 204–14. doi:10.1093 / nar / gkn929. PMC 2615618. PMID 19033365.

[pmid10933876-8] Arao Y, Kuriyama R, Kayama F, Kato S (srpen 2000). „Faktor související s jadernou matricí, SAF-B, interaguje se specifickými izoformami AUF1 / hnRNP D“. Oblouk. Biochem. Biophys. 380 (2): 228–36. doi:10.1006 / abbi.2000.1938. PMID 10933876.

[pmid18573886-9] Sinsimer KS, Gratacós FM, Knapinska AM, Lu J, Krause CD, Wierzbowski AV, Maher LR, Scrudato S, Rivera YM, Gupta S, Turrin DK, De La Cruz MP, Pestka S, Brewer G (září 2008). „Chaperone Hsp27, nová podjednotka proteinových komplexů AUF1, funguje při rozpadu mRNA na prvky bohaté na AU“. Mol. Buňka. Biol. 28 (17): 5223–37. doi:10.1128 / MCB.00431-08. PMC 2519747. PMID 18573886.

[10] Panda AC, Abdelmohsen K, Yoon JH, Martindale JL, Yang X, Curtis J, Mercken EM, Chenette DM, Zhang Y, Schneider RJ, Becker KG, de Cabo R, Gorospe M (srpen 2014). „RNA-vazebný protein AUF1 podporuje myogenezi regulací úrovní exprese MEF2C“. Mol Cell Biol. 34 (16): 3106–19. doi:10.1128 / MCB.00423-14. PMC 4135590. PMID 24891619.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]